Коварион - Covarion

	Ставка = 1				Ставка = 0
	A1	G1	C1	Т1	A0	G0	C0	T0
A1	–	α	β	γ	δ	0	0	0
G1	α	–	γ	β	0	δ	0	0
C1	β	γ	–	α	0	0	δ	0
Т1	γ	β	α	–	0	0	0	δ
A0	κδ	0	0	0	–	0	0	0
G0	0	κδ	0	0	0	–	0	0
C0	0	0	κδ	0	0	0	–	0
T0	0	0	0	κδ	0	0	0	–

Методика коварионы, или же coсовместно вариспособная трескана, это техника в вычислительная филогенетика что позволяет предположить скорость молекулярного эволюция на отдельных кодоны в комплекте нуклеотидные последовательности варьироваться в автокоррелированный манера. Согласно коварионной модели, темпы эволюции на разных ветвях гипотетического филогенетическое дерево изменяются автокоррелированным образом, и скорость эволюции в разных сайтах кодонов в выровнен набор из ДНК или же РНК последовательности различаются по отдельности, но автокоррелированы. Это обеспечивает дополнительные и более реалистичные ограничения на скорость эволюции по сравнению с более простой техникой, позволяющей случайным образом выбирать скорость эволюции на каждой ветви из подходящего распределение вероятностей такой как гамма-распределение. Коварионы - это конкретная форма более общей концепции гетеротахия.

Разработка вычислительной алгоритм Подходящий для идентификации участков с высокими темпами эволюции из статического набора данных является проблемой из-за ограничений автокорреляции. В исходной формулировке метода использовалась грубая стохастический модель эволюционного процесса, предназначенная для идентификации сайтов кодонов с временно высокой вариабельностью. Отказ от требования автокоррелированности скоростей на данной молекуле ДНК или РНК позволяет увеличить матрица замещения методы коварионной модели.

Матрица справа представляет собой коварионную модификацию трехпараметрической модели Кимуры. модель замещения, где вертикальная ось представляет исходное состояние, а горизонтальная ось - состояние назначения. Две скорости, 0 и 1, определяют пару состояний мутации; переходы между состоянием 0 и состоянием 1 могут происходить в любое время, но нуклеотиды могут мутировать только в состоянии 1. То есть скорость мутации в состоянии 0 равна 0. Здесь α и β - стандартные параметры Кимуры для переход и трансверсия мутаций, κδ - это скорость перехода между сайтом, который является инвариантным (состояние 0), и переменным (состояние 1), а δ - это скорость перехода между сайтом, являющимся переменным (состояние 1), и инвариантным (состояние 0). Поскольку нуклеотидные последовательности сами по себе не отражают разницу между состоянием 0 или 1, наблюдение данного нуклеотида рассматривается как неоднозначное; то есть, если данный сайт содержит нуклеотид C, он неоднозначен между состояниями C0 и C1.

Коварион - Covarion

Рекомендации