DNAnexus - DNAnexus

DNAnexus
Основан2009
Товарыоблачный анализ данных
Интернет сайтwww.dnanexus.com

DNAnexus американская компания, которая предоставляет облачные данные платформа для анализа и управления Данные последовательности ДНК. Он основан в Маунтин-Вью, Калифорния, и была основана в 2009 году Стэндфордский Университет профессора Серафим Бацоглу и Аренд Сидоу и Стэнфордский ученый-компьютерщик Андреас Сандквист.[1]

История

DNAnexus был основан в начале 2009 года как Дополнительная выгода из Стэндфордский Университет для удовлетворения потребности в вычислительной инфраструктуре для анализа последовательности ДНК.[1]Компания привлекла 1,55 млн долларов венчурного финансирования от Первый раунд капитала, K9 Ventures и SoftTech VC.[2]

В апреле 2010 года DNAnexus запустила облачный сервис данных о последовательностях.[1]

В августе 2011 года компания расширила процесс приема на работу, предложив вознаграждение в размере 20 000 долларов США плюс полную последовательность генома для сотрудников, которые направили инженер-программист.[3][4][5]

В октябре 2011 года DNAnexus объявила, что привлекла 15 миллионов долларов Google Ventures, TPG Biotech, Первый раунд капитала, СофтТек ВК, K9 Ventures и Felicis Ventures.[6][7]

В 2012 году генеральный директор и соучредитель DNAnexus Андреас Сандквист был назван одним из 10 лучших специалистов в области биотехнологий FierceBiotech.[8]

В октябре 2013 года компания объявила о сотрудничестве с Центром секвенирования генома человека в г. Медицинский колледж Бейлора.[9] Благодаря партнерству DNAnexus и ученые из Baylor провели крупнейший на сегодняшний день облачный геномный анализ, обработав 3 751 полный геном человека и 10 771 экзом.[10] Анализ проводился с использованием Веб-сервисы Amazon инфраструктуры и проведены для Когорты для исследований сердца и старения в геномной эпидемиологии (ОПЛАТА) консорциум. На это потребовалось 2,4 миллиона ядерных часов вычислительного времени.[11] и сгенерировал 430 терабайт данных.[12]

Компания объявила о раунде венчурного финансирования серии C в размере 15 миллионов долларов в январе 2014 года.[13][14] Среди инвесторов были Claremont Creek Ventures, First Round Capital, Google Ventures и TPG Biotech.

Технологии

DNAnexus использует облачные вычисления от Amazon Web Services. Клиенты DNAnexus используют эти вычислительные ресурсы для запуска программ анализа данных последовательностей ДНК и хранения этих данных.[15] Продукт включает приложения для чтения карт, РНК-seq, ChIP-seq и анализа геномных вариантов.[16]

В октябре 2011 года после новостей о том, что Национальный центр биотехнологической информации прекратит финансирование своего архива последовательного чтения (SRA), DNAnexus заявила, что работает с Google Cloud Storage для размещения зеркала базы данных SRA. SRA был запущен NCBI в 2007 году для сбора данных о последовательностях, полученных с помощью инструментов секвенирования следующего поколения.[17] DNAnexus разработал новый веб-интерфейс для SRA и работал с Google над размещением более 350 терабайт данных последовательностей ДНК.[18] В июне 2012 года DNAnexus прекратил размещать данные SRA после того, как NCBI объявил, что продолжит финансирование базы данных.[17] Компания продолжает предоставлять интерфейс поиска и просмотра для базы данных SRA, размещенной в NCBI.

В феврале 2012 года компания объявила о партнерстве с Система здравоохранения Geisinger и Калифорнийский университет в Сан-Франциско, разработать технологию DNAnexus для применения в клинической медицине.[19] В сентябре 2013 года компания начала предлагать свою облачную платформу как услугу клиническим испытательным лабораториям для анализа данных последовательности ДНК.[20]

В июне 2013 года DNAnexus запустила программу, чтобы помочь разработчикам программного обеспечения создавать приложения, которые можно использовать на ее платформе.[21]

Рекомендации

  1. ^ а б c Каров, Юлия. «DNAnexus стремится облегчить головную боль анализа последовательностей нового поколения с помощью облачных сервисов». In Sequence, 20 апреля 2010 г. http://www.genomeweb.com/sequencing/dnanexus-aims-alleviate-next-gen-sequence-analysis-headache-cloud-based-service
  2. ^ Рикеттс, Камилла. «DNAnexus собирает 1,55 миллиона долларов на секвенирование ДНК». VentureBeat, 3 августа 2009 г. https://venturebeat.com/2009/08/03/dnanexus-raises-155m-for-dna-sequencing/
  3. ^ В Кремниевой долине снова время бума - Страница 2 - Los Angeles Times
  4. ^ Полный список передовых практик программы направления сотрудников (часть 1 из 2) - ERE.net
  5. ^ Интересный реферальный стимул | Карьера | GenomeWeb
  6. ^ Кинкейд, Джейсон. «DNAnexus собирает 15 миллионов долларов, объединившись с Google для размещения огромной базы данных ДНК». TechCrunch, 12 октября 2011 г. https://techcrunch.com/2011/10/12/dnanexus-raises-15-million-teams-with-google-to-host-massive-dna-database/
  7. ^ Кэрролл, Джон. «Google вмешивается, чтобы поддержать знаменосца революции в геномике». FierceBiotech, 12 октября 2011 г. http://www.fiercebiotech.com/story/google-steps-back-flag-bearer-genomics-revolution/2011-10-12
  8. ^ «Андреас Сандквист - 10 лучших специалистов в области биотехнологий Fierce». FierceBiotech, март 2012 г. http://www.fiercebiotechit.com/special-reports/fierce-s-top-10-biotech-techies/andreas-sundquist-fierces-top-10-biotech-techies
  9. ^ http://genengnews.com/gen-news-highlights/baylor-39-s-hgsc-dnanexus-amazon-team-up-in-cloud-based-analysis/81249025/?kwrd=dnanexus
  10. ^ Гренс, Керри. «Облачная геномика». Ученый, 28 октября 2013 г. http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/38044/title/Cloud-Based-Genomics/
  11. ^ Томас, Удуак Грейс. «DNANexus, проект Бейлора демонстрирует эффективность облака для крупномасштабных клинических и аналитических исследований». Биоинформ, 25 октября 2013 г. http://www.genomeweb.com/informatics/dnanexus-baylor-project-shows-clouds-efficacy-large-scale-clinical-research-anal
  12. ^ Уитли, Майк. «Внутри ДНК больших данных: будущее медицины и хранения». Кремниевый угол, 25 ноября 2013 г. http://siliconangle.com/blog/2013/11/25/inside-the-dna-of-big-data-the-future-of-medicine-storage/
  13. ^ http://www.fiercebiotech.com/story/google-ventures-backs-dnanexuss-15m-round-rd-cloud-platform/2014-01-03
  14. ^ https://venturebeat.com/2014/01/03/dnanexus-builds-online-hub-for-scientists-to-store-and-share-genetic-data/
  15. ^ Харрис, Деррик. «Крупные инвестиции обещают большие данные в биотехнологиях». GigaOm, 12 октября 2011 г. http://gigaom.com/cloud/dnanexus-cloudant-biotech-deals/
  16. ^ Томас, Удуак. «DNAnexus добавляет инструмент анализа вариантов, присоединяется к партнерской программе PacBio на фоне растущего интереса к облаку». БиоИнформ, 04 февраля 2011 г. http://www.genomeweb.com/informatics/dnanexus-adds-variant-analysis-tool-joins-pacbio-partner-program-amid-mounting-i
  17. ^ а б Объявления: Главная: Последовательность чтения Архив: NCBI / NLM / NIH В архиве 8 февраля 2013 г. Wayback Machine
  18. ^ «Компания помогает исследователям быстрее разгадывать загадки ДНК с помощью Google Cloud Storage». http://static.googleusercontent.com/external_content/untrusted_dlcp/www.google.com/en/us/enterprise/cloud/cases/pdf/dnanexus.pdf В архиве 2012-05-25 в Wayback Machine
  19. ^ Макбрайд, Райан. «DNAnexus, поддерживаемый Google Ventures, образует альянс, чтобы предоставить документам программное обеспечение для геномики». FierceBiotechIT, 14 февраля 2012 г. http://www.fiercebiotechit.com/story/google-ventures-backed-dnanexus-forms-alliance-provide-genomics-software-do/2012-02-14
  20. ^ Томас, Удуак Грейс. «Осознавая новые возможности рынка, DNANexus запускает PaaS для рынка клинического тестирования». БиоИнформ, 27 сентября 2013 г. http://www.genomeweb.com/informatics/sensing-new-market-opportunities-dnanexus-launches-paas-clinical-testing-market
  21. ^ http://www.genomeweb.com/informatics/downloads-and-upgrades-dnanexus-developer-program-active-infrastructure-hpc-life