DPVweb - Википедия - DPVweb

DPVweb это база данных для вирусологов, работающих над вирусы растений объединение таксономический, биоинформатический и симптом данные.

Описание

DPVweb - это центральный веб-источник информации о вирусы, вироиды и спутники растения, грибы и простейшие.[1]

Он предоставляет исчерпывающую таксономическую информацию, включая краткие описания каждого семейства и рода, а также классифицированные списки вирусных последовательностей. Он использует большую базу данных, которая также содержит подробную, тщательно подобранную информацию для всех последовательностей вирусов, вироидов и спутников растений, грибов и простейших, которые являются полными или содержат хотя бы один полный ген. В настоящее время существует около 10 000 таких последовательностей. В целях сравнения DPVweb также содержит репрезентативную последовательность всех других полностью секвенированных видов вирусов с РНК или одноцепочечный ДНК геном. Для каждой контролируемой последовательности база данных содержит начальную и конечную позиции каждой функции (ген, непереведенный регион и т. д.), и они были проверены на точность. Насколько это возможно, номенклатура генов и белки стандартизированы внутри родов и семейств. Последовательности признаков (в виде ДНК или аминокислота последовательности) можно напрямую загрузить с веб-сайта в FASTA формат.

К информации о последовательности также можно получить доступ через клиентское программное обеспечение для персональных компьютеров.

История

Описания вирусов растений (DPV) были впервые опубликованы Ассоциация прикладных биологов в 1970 году в виде серии листовок, каждая из которых была написана экспертом и описывала конкретный растительный вирус.[2] В 1998 году все 354 DPV, опубликованные в бумажном виде, были отсканированы, преобразованы в электронный формат в базе данных и распространены на CDROM. В 2001 году описания были размещены на новом сайте DPVweb, что обеспечило открытый доступ к более чем 400 DPV (в настоящее время 415), а также к таксономическим данным и данным о последовательностях всех вирусов растений.

Использует

DPVweb - это помощь исследователям в области вирусологии растений, а также образовательный ресурс для студентов вирусология и молекулярная биология.

Сайт обеспечивает единую точку доступа для всех известных последовательностей генома вирусов растений, что упрощает сбор этих последовательностей вместе для дальнейшего анализа и сравнения. Данные последовательностей из базы данных DPVweb оказались ценными для ряда проектов:

  1. обзор кодон предвзятость использования среди всех вирусов растений,
  2. двусторонние сравнения между полными наборами последовательностей из семейств Flexiviridae и Potyviridae которые помогли сформировать таксономию и уточнить критерии дискриминации по родам и видам,
  3. исследование и проверка сайтов расщепления полипротеинов в семействе Potyviridae.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Адамс, М; Антонив, Дж (2005). «DPVweb: Интернет-ресурс открытого доступа по вирусам растений и вирусным заболеваниям». Перспективы борьбы с вредителями. 16 (6): 268–270. Дои:10.1564 / 16dec08.
  2. ^ Адамс, М; Антонив, J (январь 2006 г.). «DPVweb: обширная база данных генов и геномов вирусов растений и грибов». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск базы данных): D382–5. Дои:10.1093 / nar / gkj023. ЧВК  1347386. PMID  16381892.

внешняя ссылка