Расширенная публикация - Enhanced publication

Расширенные публикации или же улучшенные электронные книги являются формой электронное издание для распространения и обмена результатами исследований, первое формальное определение которых можно отследить еще в 2009 году.[1] Как и многие другие формы цифровых публикаций, они обычно имеют уникальный идентификатор (возможно, постоянный идентификатор ) и описательный метаданные Информация. В отличие от традиционных цифровых публикаций (например, статьи в формате PDF), расширенные публикации часто предназначены для обслуживания конкретных научных областей и обычно состоят из набора взаимосвязанных части соответствующие исследовательским активам нескольких видов (например, наборы данных, видео, изображения, таблицы стилей, услуги, рабочие процессы, базы данных, презентации) и текстовые описания исследования (например, статьи, главы, разделы, таблицы). Природа и формат таких частей и взаимосвязей между ними зависят от области применения и могут сильно различаться от случая к случаю.

Основные мотивы, лежащие в основе расширенных публикаций, заключаются в ограниченности традиционной научной литературы для описания всего контекста и результатов исследовательской деятельности. Их цель - выйти «за рамки простого PDF» (FORCE11 инициатива[2]) и поддержать ученых передовыми ИКТ инструменты для более широкого распространения результатов своих исследований без потери повествовательного духа «публикации» как средства распространения. Эта тенденция подтверждается несколькими усовершенствованными системами публикации, разработанными в литературе, предлагающими исследовательским сообществам одну или несколько из следующих функций: упаковка связанных исследовательских активов; Возможности чтения Web 2.0; Связывание результатов исследований; Воспроизведение и оценка научных экспериментов.

Упаковка связанных исследовательских активов

Первое усовершенствование, введенное для того, чтобы выйти за рамки основной оцифровки публикации и исследовать новые возможности цифровой научной коммуникации, вероятно, сопровождало цифровую публикацию (например, файл PDF) дополнительными материалами. В таких сценариях ученые могут обмениваться пакетами, состоящими из публикаций и дополнительных материалов, в попытке лучше представить гипотезу и результаты исследования, представленные в публикации.

Расширенная система публикацииРекомендации
PDF-файл с расширением ReadCubeReadCube Papers Дополнительные возможности просмотра,[3] Wiley Journals: что такое ReadCube[4]
Журналы с политикой дополнительных материаловПолитика дополнительных данных Elsevier,[5] Журналы SAGE: Руководство для авторов по дополнительным файлам[6]
Модульная статьяКирч, Йост Г. (2002)[7]
ЛОРГербер А. и Хантер Дж. (2010)[8]

Возможности чтения Web 2.0

Эта категория подходов фокусируется на расширенных моделях данных публикации, части, метаданные и отношения которых определены с целью улучшения взаимодействия с конечным пользователем при визуализации и обнаружении исследовательских материалов. Эти подходы являются естественным продолжением традиционных публикаций, ориентированных на чтение, и обычно объединяют все инструменты, предоставляемые сеть инфраструктура и ее источники данных.[9] В частности, они исследуют возможности:

  1. структурирование повествовательного текста на взаимосвязанные части;
  2. повторное использование вселенной веб-ресурсов для обогащения текста;
  3. включая динамические формы содержания в тексте.
Расширенная система публикацииРекомендации
PDF-файл с расширением ReadCubeWiley Journals: что такое ReadCube[4]
Документы D4Science LiveКандела, Л., Кастелли, Д., Пагано П., и Сими, М. (2005)[10]
НаукаФинк и Борн (2007)[11]
PLOS забытые тропические болезниШоттон, Портвин, Клайн и Майлз (2009)[12]
Проект ветеранских лентван ден Хеувель, ван Хорик, Сандерс, Скаглиола и Виткамп (2010)[13]
Документы УтопииЭттвуд, Т. К., Келл, Д. Б., Макдермотт, П., Марш, Дж., Петтифер, С. Р., и Торн, Д. (2010)[14]
Богатые Интернет-публикацииBreure, Voorbij и Hoogerwerf (2011)[15]
ЕДИНСТВЕННЫЙФам, Малик, Фостер, Ди Лауро и Монтелла (2012)[16]
Статья Эльзевьера о будущемОльберсберг, И. Дж., Химан, Ф., Коерс, Х., и Зудилова-Сейнстра, Э. (2012)[17]
Книжная полкаХёппнер (2013)[18]

Взаимосвязь результатов исследований

Научные сообщества, организации и финансирующие агентства поддерживают инициативы, стандарты и передовой опыт публикации и цитирования наборов данных и публикаций на сеть.[19][20] Примеры DataCite,[21] ЭПИЧЕСКИЙ[22] и CrossRef,[23] которые устанавливают общие передовые практики для присвоения информации метаданных и постоянные идентификаторы к наборам данных и публикациям. Практика публикации данных и цитирования поддерживается исследовательскими сообществами, которые считают, что наборы данных должны быть открытыми и повторно используемыми для улучшения научной деятельности.[24][25] В связи с этим было построено несколько усовершенствованных информационных систем публикации, чтобы предложить возможность дополнить публикацию ссылками на соответствующие данные исследований, возможно, хранящиеся в репозиториях данных или базах данных по конкретным дисциплинам. Наличие связей между литературой и данными поддерживает открытие использованных и произведенных научных данных, усиливает цитируемость данных, облегчает повторное использование данных и вознаграждает за драгоценную работу, лежащую в основе процедур управления данными.

Расширенная система публикацииРекомендации
PDF-файл с расширением ReadCubeФентон (2016)[26]
ОБЪЕМЧунг, Хантер, Лаштабег и Дреннан (2008)[27]
CENS ORE АгрегатыПепе, Майерник, Боргман и Ван де Сомпель (2009) [28]
европаPMCMcEntyre et al. (2011)[29]
WormBaseЮк и др. (2012)[30]
Проект расширенных публикаций DANSФарас, Францен, Сток, Сесинк и Рабина (2012)[31]
БиоЧайГарсия и др. (2013)[32]
Мультидисциплинарные расширенные публикации OpenAIREHoogerwerf et al. (2013)[33]

Воспроизведение и оценка научных экспериментов

Ученые должны быть оснащены оборудованием, необходимым для повторения или воспроизведения чужого эксперимента. В расширенных публикациях с исполняемыми частями повествовательные части сопровождаются исполняемыми рабочими процессами с целью воспроизведения и повторения экспериментов.

Расширенная система публикацииРекомендации
Пакеты научных моделейОхотник (2006a),[34] Охотник (2006b),[35] Охотник и Чунг (2007)[36]
Мой эксперимент (Объекты исследования )De Roure et al. (2009) ,;[37] Беххофер, Сур, Гэмбл, Гобл и Бьюкен (2010)[38]
IODAСисиарек и Вишневски (2011)[39]
Папье-машеБраммер, Кросби, Мэтьюз и Уильямс (2011)[40]
Среда создания коллажейНоваковски и др. (2011)[41]
SciCrunch с RRIDДжеффри и др. (2014)[42]
ПОДЕЛИТЬСЯВан Горп и Мазанек (2011)[43]

Рекомендации

  1. ^ Верной-Герритсен, Марьян (2009). Новые стандарты для усовершенствованных технологий публикаций и репозиториев: обзор технологий. Издательство Амстердамского университета.
  2. ^ "Инициатива FORCE11".
  3. ^ «Как мне просматривать и прикреплять файлы дополнений к ссылкам?». support.readcube.com. Получено 2019-09-04.
  4. ^ а б «ReadCube - Исследователи - Интернет-библиотека Wiley». onlinelibrary.wiley.com. Получено 2019-09-04.
  5. ^ «Политика Elsevier в отношении дополнительных данных».
  6. ^ «Журналы SAGE: Руководство для авторов по дополнительным файлам».
  7. ^ Кирч, Йост Г. (2002). «Новые практики электронных публикаций 2: Новые формы научных статей». Learned Publishing. Ассоциация издателей образованного и профессионального общества. 15 (1): 27–32. Дои:10.1087/095315102753303652. S2CID  20722855.
  8. ^ Гербер, А .; Хантер, Дж. (2010). «Создание, редактирование и визуализация составных объектов для литературных работ». Журнал цифровой информации. 11 (1). ISSN  1368-7506.
  9. ^ Jankowski, N.W .; Scharnhorst, A .; Tatum, C .; Татум, З. (2013). «Расширение научных публикаций: разработка гибридных монографий в гуманитарных и социальных науках». Научная и исследовательская коммуникация. 4 (1).
  10. ^ Candela, L .; Castelli, D .; Pagano, P .; Сими, М. (2005). «От гетерогенных информационных пространств к виртуальным документам». Электронные библиотеки: реализация стратегий и обмен опытом. Конспект лекций по информатике. 3815. п. 11. Дои:10.1007/11599517_2. ISBN  978-3-540-30850-8. S2CID  206594203.
  11. ^ Финк, Дж. Линн; Борн, Филип Э. (2007). «Переосмысление научных коммуникаций для электронной эпохи». CTWatch Ежеквартально. 3 (3).
  12. ^ Шоттон, Д .; Portwin, K .; Klyne, G .; Майлз, А. (2009). Борн, Филип Э. (ред.). «Приключения в семантическом издании: примеры семантических улучшений исследовательской статьи». PLOS вычислительная биология. 5 (4): e1000361. Bibcode:2009PLSCB ... 5E0361S. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1000361. ЧВК  2663789. PMID  19381256.
  13. ^ van den Heuvel, H .; van Horik, R .; Scagliola, S. I .; Sanders, E.P .; Виткамп, П. (2010). «Ленты-ветераны: корпус исследований, инструмент обработки фрагментов и расширенные публикации для электронных гуманитарных наук». Труды LREC. 7-я Международная конференция по языковым ресурсам и оценке (LREC). С. 2687–2692. HDL:2066/85921.
  14. ^ Аттвуд, Т.К.; Келл, Д. Б.; McDermott, P .; Marsh, J .; Петтифер, С.; Торн, Д. (2010). «Утопические документы: соединение научной литературы с данными исследований». Биоинформатика. 26 (18): i568 – i574. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq383. ЧВК  2935404. PMID  20823323.
  15. ^ Breure, L .; Voorbij, H .; Хугерверф, М. (2011). "Богатые Интернет-публикации:" Покажите, что вы говорите"". Журнал цифровой информации. 12 (1).
  16. ^ Pham, Q .; Малик, Т .; Фостер, I .; Lauro, R .; Монтелла, Р. (2012). «ЕДИНСТВЕННЫЙ: Соединение научных статей с научными объектами». Происхождение и аннотация данных и процессов. Конспект лекций по информатике. 7525. п. 203. Дои:10.1007/978-3-642-34222-6_16. ISBN  978-3-642-34221-9.
  17. ^ Зудилова-Сейнстра, Э .; Koers, H .; Heeman, F .; Альберсберг, И. Дж. (2012). «Статья будущего Elsevier, повышающая удобство работы пользователей и интегрирующая данные с помощью приложений». Insights: журнал UKSG. 25: 33–43. Дои:10.1629/2048-7754.25.1.33.
  18. ^ Хёппнер, М.А. (2012). «Книжная полка NCBI: книги и документы в области наук о жизни и здравоохранения». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Проблема с базой данных): D1251 – D1260. Дои:10.1093 / нар / gks1279. ЧВК  3531209. PMID  23203889.
  19. ^ Reilly, A .; Schallier, W .; Schrimpf, S .; Smit, E .; Уилкинсон, М. (2013). «Отчет об интеграции данных и публикаций». Научная и исследовательская коммуникация. 4 (1).
  20. ^ Mooney, H .; Ньютон, М. (2012). «Анатомия цитирования данных: открытие, повторное использование и кредит». Журнал библиотечного дела и научного общения. 1: 1035. Дои:10.7710/2162-3309.1035.
  21. ^ «ДатаСайт». Получено 27 января 2014.
  22. ^ "EPIC - Европейский консорциум постоянных идентификаторов". Получено 28 января 2014.
  23. ^ «CrossRef». Получено 27 января 2014.
  24. ^ Callaghan, S .; Donegan, S .; Pepler, S .; Thorley, M .; Cunningham, N .; Kirsch, P .; Ault, L .; Bell, P .; Bowie, R .; Leadbetter, A .; Lowry, R .; Moncoiffé, G .; Харрисон, К .; Smith-Haddon, B .; Weatherby, A .; Райт, Д. (2012). «Превращение данных в первоклассный научный продукт: цитирование и публикация данных центрами экологических данных НКРЭ». Международный журнал цифрового курирования. 7: 107–113. Дои:10.2218 / ijdc.v7i1.218.
  25. ^ Парсонс, М. А .; Фокс, П. А. (2013). «Является ли публикация данных правильной метафорой?». Журнал Data Science. 12: WDS32 – WDS46. Дои:10.2481 / dsj.wds-042.
  26. ^ Фентон, Уильям; 3 марта 2016 г., 11:32 EST; 3 марта 2016 г. «5 инструментов, которые упрощают управление цитированием и обмен ссылками». PCMAG. Получено 2019-09-04.CS1 maint: числовые имена: список авторов (связь)
  27. ^ Cheung, K .; Хантер, Дж .; Лаштабег, А .; Дреннан, Дж. (2008). "СФЕРА: Система публикации и редактирования составных научных объектов". Международный журнал цифрового курирования. 3 (2): 4–18. Дои:10.2218 / ijdc.v3i2.55.
  28. ^ Pepe, A .; Майерник, М .; Borgman, C.L .; ван де Сомпель, Х. (2009). «Технология для представления научной практики: данные, жизненные циклы и цепочки создания ценности». Журнал Американского общества информационных наук и технологий.
  29. ^ McEntyre, Johanna R .; Ананиаду, София; Эндрюс, Стивен; Блэк, Уильям Дж .; Боулдерстон, Ричард; Баттери, Паула; Чаплин, Дэвид; Чевуру, Сандипредди; Кобли, Норман; Коулман, Ли-Энн; Дэйви, Пол; Гупта, Бхарти; Хаджи-Голам, Лесли; Хокинс, Крейг; Хорн, Алан; Хаббард, Саймон Дж .; Ким, Джи-Хьюб; Левин, Ян; Lyte, Vic; Макинтайр, Росс; Мансур, Сами; Мейсон, Линда; Макнот, Джон; Ньюболд, Элизабет; Нобата, Чикаши; Онг, Эрнест; Пиллай, Шармила; Ребхольц-Шуманн, Дитрих; Рози, Хизер; Роуботэм, Роб; Rupp, C.J .; Стоер, Питер; Воан, Филип (2011). «UKPMC: ресурс для полнотекстовых статей по наукам о жизни». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Проблема с базой данных): D58 – D65. Дои:10.1093 / nar / gkq1063. ЧВК  3013671. PMID  21062818.
  30. ^ Юк, К .; Harris, T. W .; Bieri, T .; Cabunoc, A .; Chan, J .; Chen, W. J .; Davis, P .; de la Cruz, N .; Duong, A .; Fang, R .; Ganesan, U .; Grove, C .; Howe, K .; Kadam, S .; Кишор, Р .; Lee, R .; Li, Y .; Muller, H. -M .; Накамура, С .; Nash, B .; Озерский, П .; Паулини, М .; Raciti, D .; Рангараджан, А .; Schindelman, G .; Ши, X .; Schwarz, E.M .; Энн Тули, М .; Ван Аукен, К .; Ван, Д. (2011). "Червь Основание 2012: Больше геномов, больше данных, новый веб-сайт ". Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D735 – D741. Дои:10.1093 / нар / gkr954. ЧВК  3245152. PMID  22067452.
  31. ^ Farace, D. J .; Frantzen, J .; Stock, C .; Сесинк, Л .; Рабина Д. Л. (2012). «Связывание полнотекстовой серой литературы с базовыми исследованиями и данными после публикации: проект расширенных публикаций 2011–2012» (PDF). Серый журнал. 8 (3): 181–189.
  32. ^ Гарсия Кастро, L .; McLaughlin, C .; Гарсия, А. (2013). «Биочай: паб RDFizing» Med Центральное место в поддержке документа как интерфейса для Интернета данных ». Журнал биомедицинской семантики. 4: S5. Дои:10.1186 / 2041-1480-4-S1-S5. ЧВК  3804025. PMID  23734622.
  33. ^ Хугерверф, М. (2009). «Долговечные улучшенные публикации» (PDF). Материалы африканской цифровой стипендии и курирования. Получено 27 января 2014.
  34. ^ Хантер, Джейн (2006). Научные модели: ориентированный на пользователя подход к интеграции научных данных и электронных библиотек. VALA2006. стр. 1–16. Получено 27 января 2014.
  35. ^ Хантер, Дж. (2006). «Пакеты научных публикаций - выборочный подход к передаче и архивированию научных результатов». Международный журнал цифрового курирования. 1: 33–52. Дои:10.2218 / ijdc.v1i1.4.
  36. ^ Хантер, Дж .; Чунг, К. (2007). «Provenance Explorer - графический интерфейс для создания пакетов научных публикаций из следов происхождения». Международный журнал электронных библиотек. 7 (1–2): 99–107. Дои:10.1007 / s00799-007-0018-5. S2CID  18156460.
  37. ^ Де Рур, Д.; Гобл, К.; Стивенс, Р. (2009). «Разработка и реализация виртуальной исследовательской среды myExperiment для совместного использования рабочих процессов в социальных сетях». Компьютерные системы будущего поколения. 25 (5): 561–567. Дои:10.1016 / j.future.2008.06.010.
  38. ^ Bechhofer, S .; Bechhofer, S .; De Roure, D .; Gamble, M .; Goble, C .; Бьюкен, И. (2010). «Объекты исследования: обмен и повторное использование цифровых знаний». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2010.4626.1.
  39. ^ Siciarek, J .; Вишневский, Б. (2011). «IODA - интерактивная архитектура открытых документов». Процедуры информатики. 4: 668–677. Дои:10.1016 / j.procs.2011.04.070.
  40. ^ Brammer, G.R .; Crosby, R.W .; Matthews, S.J .; Уильямс, Т. Л. (2011). «Бумажное маше: создание динамической воспроизводимой науки». Процедуры информатики. 4: 658–667. Дои:10.1016 / j.procs.2011.04.069.
  41. ^ Новаковский, П .; Ciepiela, E .; Harężlak, D .; Kocot, J .; Kasztelnik, M .; Bartyński, T .; Meizner, J .; Dyk, G .; Малавский, М. (2011). "Среда создания коллажей". Процедуры информатики. 4: 608–617. Дои:10.1016 / j.procs.2011.04.064.
  42. ^ Джеффри, Грета; Анита, Бандровски; Дэвис, Бэнкс; Кристофер, Кондит; Амарнатх, Гупта; Стивен, Ларсон; Юелинг, Ли; Ибрагим, Озюрт; Андреа, Стэгг; Патрисия, Ветзель; Луис, Маренко; Перри, Миллер; Риксин, Ван; Гордон, пастырь; Марианн, Мартоне (2014). «SciCrunch: совместная платформа для поиска данных и ресурсов для научных сообществ». Границы нейроинформатики. 8. Дои:10.3389 / conf.fninf.2014.18.00069.
  43. ^ Ван Горп, П .; Мазанек, С. (2011). «ПОДЕЛИТЬСЯ: веб-портал для создания и обмена исполняемыми исследовательскими работами». Процедуры информатики. 4: 589–597. Дои:10.1016 / j.procs.2011.04.062.