Терри Эттвуд - Terri Attwood

Терри Эттвуд
AttwoodTerri.jpeg
Портрет Терри Этвуд - автор Линда Басси
Родившийся
Тереза ​​К. Эттвуд

(1959-11-20) 20 ноября 1959 г. (61 год)[1]
Альма-матерУниверситет Лидса
Известен
НаградыСтипендия Университета Королевского общества 1993–2002[2]
Научная карьера
ПоляБиоинформатика
Дактилоскопия белков
Учреждения
ТезисХромонные мезофазы  (1984)
ДокторантДжон Э. Лайдон[3]
Докторанты
Интернет сайт

Тереза ​​К. Эттвуд является профессором Биоинформатика в Департамент компьютерных наук и Школа биологических наук на Манчестерский университет и посещение парень на Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI).[5] Она провела Стипендия Университета Королевского общества в Университетский колледж Лондона (UCL) с 1993 по 1999 год и в Манчестерском университете с 1999 по 2002 год.[2]

Образование

Эттвуд получил ее Бакалавр в Биофизика от Университет Лидса в 1982 г.[6] Она была награждена кандидат наук, также в области биофизики, два года спустя, в 1984 г.[3] под руководством Джона Э. Лайдона[7] изучение хромоники мезофазы.

Исследования и карьера

Аттвуд предпринял постдокторское исследование в Лидсе до 1993 года, когда она переехала в Университетский колледж Лондона[8] в течение пяти лет до переезда в Манчестерский университет в 1999 г. Ее исследование[9][10] касается белка выравнивание последовательностей и анализ белков.

Вдохновленный созданием PROSITE, Аттвуд разработал метод белковые отпечатки пальцев и использовал это, чтобы установить ПЕЧАТИ[11][12][13] база данных. С Амос Байрох она стремилась объединить работу над белковая семья классификации и аннотации, в конечном итоге совместно обеспечивая Евросоюз грант с Рольф Апвайлер установить ИнтерПро,[14][15] с Pfam, ProDom и Swiss-Prot / TrEMBL в качестве партнеров консорциума в 1997 году.[16]

Аттвуд руководил крупными проектами, включая BioMinT FP5[17] консорциум текстового майнинга, EMBER[18] образовательный консорциум по биоинформатике (включая EBI и Швейцарский институт биоинформатики в качестве партнеров), а EPSRC Платформа PARADIGM.[19] Она манчестер главный следователь по проектам SeqAhead (Секвенирование нового поколения сеть анализа данных)[20] и AllBio (инфраструктура биоинформатики для одноклеточных наук, животных и растений),[21] а также был Манчестер ЧИСЛО ПИ на EMBRACE[22] и EuroKUP (протеомика почек и мочи).[23] Аттвуд был членом комитета по стратегии обучения биоинформатике ELIXIR (Рабочий пакет 11)[24] на подготовительном этапе к ЭЛИКСИРУ. В настоящее время она является председателем EMBnet Глобальная сеть биоинформатики, она была членом исполнительных комитетов Международное общество биодокументации, и Учебной сети по биоинформатике, а недавно был избран в Совет директоров Международного общества вычислительной биологии. В 2012 году она возглавила создание GOBLET (Глобальная организация по обучению, образованию и обучению в области биоинформатики) с основными обществами, сетями и организациями в области биоинформатики, вычислительной биологии и биодокументации. По состоянию на 2016 год, Эттвуд - председатель КУБОК Исполнительный совет.[25][26]

А также быть биокуратор[16][27] она совместно разработала инструменты для выравнивания и визуализации белковых последовательностей и структур, включая Ambrosia и CINEMA.[28][29] Группа создает повторно используемые программные компоненты для создания полезных биоинформатических приложений с помощью UTOPIA (инструменты биоинформатики),[30][31] и разрабатываем новые подходы к автоматическому аннотации и интеллектуальный анализ текста, как и PRECIS,[32] МЕТИС,[33] БиоИЭ,[34] семантические подходы к интеграции данных,[35] например, семантический Биохимический журнал[36] опубликовано Портленд Пресс. В Инструменты UTOPIA лежат в основе семантических Биохимический журнал и совместный проект с Pfizer и АстраЗенека разработать интерфейс 21-го века для биомедицинской литературы и управления данными.

Исследование Аттвуда получило финансирование от Совет по инженерным и физическим наукам,[37] то Совет по исследованиям биотехнологии и биологических наук, то Wellcome Trust, то Королевское общество, то Евросоюз и промышленность.[6]

Обучение

Аттвуд учит студент и аспирант курсы и был научный руководитель или соруководитель нескольких аспирантов (например, Мануэль Корпус ). Аттвуд является соавтором нескольких глав книг и трех популярных учебников по биоинформатике: Введение в биоинформатику[38] и Биоинформатика и молекулярная эволюция.[39] Эттвуд - соавтор биоинформатика учебник Вызовы биоинформатики на стыке биологии и информатики: не забывайте о пробелах[40] с Стив Петтифер и Дэйв Торн.

Академическая служба

Эттвуд служит на редакционная коллегия из Биохимический журнал,[41] База данных: журнал биологических баз данных и курирования,[42] Молекулярная и клеточная протеомика,[нужна цитата ] то Журнал молекулярной графики и моделирования и EMBnet.journal.[нужна цитата ]

Награды и награды

Аттвуд провел Стипендия Университета Королевского общества (URF) с 1993 по 2002 гг.[2]

Рекомендации

  1. ^ Тереза ​​Эттвуд в Библиотека Конгресса Органы власти
  2. ^ а б c Анон (2016). "Профессор биоинформатики Терезы Эттвуд". manchester.ac.uk. Манчестер. Архивировано из оригинал 24 декабря 2016 г.
  3. ^ а б Аттвуд, Тереза ​​К. (1984). Хромонные мезофазы (Кандидатская диссертация). Университет Лидса. OCLC  59334329.
  4. ^ Corpas, Мануэль (2007). Шаблоны сворачивания в белковых последовательностях (Кандидатская диссертация). Манчестерский университет. Дои:10.6084 / m9.figshare.964811.v1.
  5. ^ 57193816586 Аттвуд, публикации Терезы индексируется Scopus библиографическая база данных. (требуется подписка)
  6. ^ а б Терри Эттвуд ORCID  0000-0003-2409-4235
  7. ^ Аттвуд, Т.К.; Лайдон, Дж. Э. (1984). «Формирование лиотропной мезофазы противоастматическими препаратами». Молекулярные кристаллы и жидкие кристаллы. 108 (3–4): 349. Дои:10.1080/00268948408078686.
  8. ^ "Тереза ​​К. Эттвуд". biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser.
  9. ^ Терри К. Эттвуд в DBLP Сервер библиографии Отредактируйте это в Викиданных
  10. ^ Терри Эттвуд публикации, проиндексированные Google ученый Отредактируйте это в Викиданных
  11. ^ Аттвуд, Т.К.; Coletta, A .; Muirhead, G .; Павлопулу, А .; Philippou, P. B .; Попов, И .; Romá-Mateo, C .; Theodosiou, A .; Митчелл, А. Л. (2012). «База данных PRINTS: подробный ресурс для аннотации и анализа последовательностей белков - его статус в 2012 году». База данных. 2012: bas019. Дои:10.1093 / база данных / bas019. ЧВК  3326521. PMID  22508994.
  12. ^ Аттвуд, Т.К.; Croning, M.D .; Flower, D. R .; Lewis, A. P .; Mabey, J. E .; Scordis, P .; Селли, Дж. Н .; Райт, W. (2000). "PRINTS-S: база данных, ранее известная как PRINTS". Исследования нуклеиновых кислот. 28 (1): 225–227. Дои:10.1093 / nar / 28.1.225. ЧВК  102408. PMID  10592232.
  13. ^ Аттвуд, Т.К.; Bradley, P .; Flower, D. R .; Gaulton, A .; Maudling, N .; Mitchell, A. L .; Moulton, G .; Nordle, A .; Paine, K .; Taylor, P .; Уддин, А .; Зигури, К. (2003). «ОТПЕЧАТКИ и их автоматические дополнения, препринты». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (1): 400–402. Дои:10.1093 / нар / gkg030. ЧВК  165477. PMID  12520033.
  14. ^ Апвейлер, Р.; Аттвуд, Т.К.; Байроч, А.; Бейтман, А.; Бирни, Э.; Biswas, M .; Bucher, P .; Cerutti, L .; Corpet, F .; Croning, M.D .; Дурбин, Р.; Falquet, L .; Fleischmann, W .; Gouzy, J .; Hermjakob, H .; Hulo, N .; Йонассен, I .; Kahn, D .; Канапин, А .; Karavidopoulou, Y .; Lopez, R .; Маркс, Б .; Малдер, Н. Дж .; Oinn, T. M .; Pagni, M .; Слуга, F .; Sigrist, C.J .; Здобнов, Э. М. (2001). «База данных InterPro, интегрированный ресурс документации для семейств белков, доменов и функциональных сайтов». Исследования нуклеиновых кислот. 29 (1): 37–40. Дои:10.1093 / nar / 29.1.37. ЧВК  29841. PMID  11125043.
  15. ^ Апвейлер, Р.; Аттвуд, Т.К.; Байроч, А.; Бейтман, А.; Бирни, Э.; Biswas, M .; Bucher, P .; Cerutti, L .; Corpet, F .; Croning, M. D. R .; Дурбин, Р.; Falquet, L .; Fleischmann, W .; Gouzy, J .; Hermjakob, H .; Hulo, N .; Йонассен, I .; Kahn, D .; Канапин, А .; Karavidopoulou, Y .; Lopez, R .; Маркс, Б .; Малдер, Н. Дж .; Oinn, T. M .; Pagni, M .; Слуга, F .; Sigrist, C.J.A .; Здобнов, Э. М .; Интерпро, К. (2000). «InterPro - интегрированный ресурс документации по семействам, доменам и функциональным сайтам белков». Биоинформатика. 16 (12): 1145–1150. Дои:10.1093 / биоинформатика / 16.12.1145. PMID  11159333.
  16. ^ а б http://www.biocurator.org/elec/candidates2011/Attwood.pdf Биография Аттвуда с сайта biocurator.org
  17. ^ "BioMinT: Проект качества жизни Европейского Союза FP5 по добыче биологического текста". Архивировано из оригинал 25 июля 2012 г.
  18. ^ "EMBER - Европейский мультимедийный образовательный ресурс по биоинформатике". www.bioinf.man.ac.uk.
  19. ^ «Грант платформы: PARADIGM - Платформа для аннотаций, надежного анализа, интеграции данных и управления геномом». Получено 25 июля 2012.
  20. ^ "ДЕЙСТВИЕ СТОИМОСТИ: Сеть анализа данных NGS". Получено 25 июля 2012.
  21. ^ "старт - AllBio". Архивировано из оригинал 25 июля 2012 г.
  22. ^ Pettifer, S .; Ison, J .; Kalas, M .; Thorne, D .; McDermott, P .; Йонассен, I .; Liaquat, A .; Fernández, J.M .; Rodriguez, J.M .; Партнеры, И. -; Pisano, D.G .; Blanchet, C .; Улудаг, М .; Rice, P .; Bartaseviciute, E .; Rapacki, K .; Хеккельман, М .; Sand, O .; Stockinger, H .; Clegg, A. B .; Bongcam-Rudloff, E .; Salzemann, J .; Бретон, В .; Attwood, T. K .; Cameron, G .; Вринд, Г. (2010). «Коллекция веб-сервисов EMBRACE». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с веб-сервером): W683 – W688. Дои:10.1093 / nar / gkq297. ЧВК  2896104. PMID  20462862.
  23. ^ "Европейская протеомика почек и мочи | Eurokup". Получено 25 июля 2012.
  24. ^ «Добро пожаловать в ЭЛИКСИР». Получено 26 июля 2012.
  25. ^ "Комитеты | ГОБЛЕТ". www.mygoblet.org. Получено 24 августа 2016.
  26. ^ Корпас, М.; Jimenez, R.C .; Бонгкам-Рудлофф, Э.; Budd, A .; Brazas, M.D .; Fernandes, P.L .; van Gelder, C .; Korpelainen, E .; Lewitter, F .; McGrath, A .; MacLean, D .; Palagi, P .; Rother, K .; Taylor, J .; Via, A .; Watson, M .; Schneider, M. V .; Аттвуд, Т. К. (2015). «Учебный портал GOBLET: глобальное хранилище учебных материалов, курсов и инструкторов по биоинформатике». Биоинформатика. 31 (1): 140–142. Дои:10.1093 / биоинформатика / btu601. ЧВК  4271145. PMID  25189782.
  27. ^ Burge, S .; Аттвуд, Т.К.; Бейтман, А.; Berardini, T. Z .; Cherry, M .; О'Донован, К .; Xenarios, L .; Годе, П. (2012). «Биокураторы и биокументация: исследование проблем 21 века». База данных. 2012: bar059. Дои:10.1093 / база данных / bar059. ЧВК  3308150. PMID  22434828.
  28. ^ Lord, P.W .; Селли, Дж. Н .; Аттвуд, Т.К. (2002). «CINEMA-MX: модульный редактор множественного выравнивания». Биоинформатика. 18 (10): 1402–1403. Дои:10.1093 / биоинформатика / 18.10.1402. PMID  12376388.
  29. ^ Парри-Смит, Д. Дж .; Payne, A. W. R .; Michie, A.D .; Аттвуд, Т.К. (1998). «CINEMA - новый интерактивный редактор цвета для множественных выравниваний». Ген. 221 (1): GC57 – GC63. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00650-1. PMID  9852962.
  30. ^ Аттвуд, Т.К.; Келл, Д. Б.; McDermott, P .; Marsh, J .; Петтифер, С.; Торн, Д. (2010). «Утопические документы: соединение научной литературы с данными исследований». Биоинформатика. 26 (18): i568 – i574. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq383. ЧВК  2935404. PMID  20823323.
  31. ^ Петтифер, С.; Sinnott, J. R .; Аттвуд, Т.К. (2004). «UTOPIA - удобные инструменты для работы с приложениями информатики». Сравнительная и функциональная геномика. 5 (1): 56–60. Дои:10.1002 / cfg.359. ЧВК  2447318. PMID  18629035.
  32. ^ Mitchell, A. L .; Reich, J. R .; Аттвуд, Т.К. (2003). «PRECIS: отчеты о белках, разработанные на основе краткой информации SWISS-PROT». Биоинформатика. 19 (13): 1664–1671. Дои:10.1093 / биоинформатика / btg204. PMID  12967963.
  33. ^ Mitchell, A. L .; Divoli, A .; Kim, J. -H .; Иларио, М .; Селимас, I .; Аттвуд, Т.К. (2005). «METIS: Множественные методы извлечения информативных предложений». Биоинформатика. 21 (22): 4196–4197. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti675. PMID  16159915.
  34. ^ Divoli, A .; Аттвуд, Т.К. (2005). «BioIE: извлечение информативных предложений из биомедицинской литературы». Биоинформатика. 21 (9): 2138–2139. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti296. PMID  15691860.
  35. ^ Петтифер, С.; Thorne, D .; McDermott, P .; Marsh, J .; Villéger, A .; Келл, Д. Б.; Аттвуд, Т.К. (2009). «Визуализация биологических данных: семантический подход к интеграции инструментов и баз данных». BMC Bioinformatics. 10: S19. Дои:10.1186 / 1471-2105-10-S6-S19. ЧВК  2697642. PMID  19534744.
  36. ^ Аттвуд, Т.К.; Келл, Д. Б.; McDermott, P .; Marsh, J .; Петтифер, С.; Торн, Д. (2009). "Вызов международного спасения: объем знаний, потерянных в литературе и данных!". Биохимический журнал. 424 (3): 317–333. Дои:10.1042 / BJ20091474. ЧВК  2805925. PMID  19929850.
  37. ^ Анон. «Гранты, присужденные Терри Этвуд от EPSRC». epsrc.ac.uk. Суиндон. Получено 25 июля 2012.
  38. ^ Парри-Смит, Дэвид Дж .; Аттвуд, Тереза ​​К. (1999). Введение в биоинформатику. Нью-Йорк: Лонгман. ISBN  978-0-582-32788-7.
  39. ^ Attwood, Teresa K .; Хиггс, Пол (2005). Биоинформатика и молекулярная эволюция. Кембридж, Массачусетс: Blackwell Publishers. ISBN  978-1-4051-0683-2.
  40. ^ Attwood, Teresa K .; Петтифер, Стивен Роберт; Торн, Дэвид (2016). Вызовы биоинформатики на стыке биологии и информатики: не забывайте о пробелах. Чичестер, Западный Сассекс; Хобокен, Нью-Джерси: Wiley-Blackwell. п. 424. ISBN  9780470035481. OCLC  951190363.
  41. ^ «Редакционная коллегия биохимического журнала». Архивировано из оригинал 20 февраля 1999 г.. Получено 25 июля 2012.
  42. ^ "Oxford Journals | Науки о жизни | База данных | Редакционная коллегия". Получено 25 июля 2012.