Ричард М. Дурбин - Википедия - Richard M. Durbin

Для политика см. Дик Дурбин.

Ричард Дурбин
Ричард Дурбин, Wellcome-Sanger, Кембридж, Великобритания (2698443141) .jpg
Ричард Дурбин в своем офисе в WTSI
Родившийся
Ричард Майкл Дурбин

(1960-12-30) 30 декабря 1960 г. (59 лет)[1]
НациональностьБританский
Альма-матерКембриджский университет (Бакалавр, доктор философии)
Известен
  • Анализ биологической последовательности[2]
Супруг (а)
​
(м. 1996)​
[1]
Награды
Научная карьера
Поля
Учреждения
ТезисИсследования развития и организации нервной системы Caenorhabditis elegans  (1987)
ДокторантДжон Г. Уайт[6]
ДокторантыЮэн Бирни[7]
Другие известные студенты
Интернет сайтSanger.ac.Великобритания/люди/ каталог/ Дурбин-Ричард

Ричард Майкл Дурбин, ФРС,[3] родившийся (1960-12-30) 30 декабря 1960 г. (59 лет),[1] британец компьютерный биолог. В настоящее время он является ассоциированным членом факультета Wellcome Trust Sanger Institute [18] и профессор генетики в Кембриджский университет.[19][20] Ранее он был старшим руководителем группы в Wellcome Trust Sanger Institute более 20 лет [21][22][23][24][5][25] и Почетный профессор из Вычислительная геномика на Кембриджский университет.[26]

Образование

Дурбин получил образование в Холл Скул Хэмпстед[нужна цитата ] и Школа Highgate В Лондоне.[1] После участия в сезоне 1978/9 Международная математическая олимпиада,[27] он продолжал учиться в Кембриджский университет выпускник в 1982 г.[28] с диплом с отличием второй степени в Кембриджские экзамены по математике. После окончания учебы продолжил обучение на докторскую степень.[6] в Колледж Святого Иоанна, Кембридж[1] изучение развития и организации нервной системы Caenorhabditis elegans[29] во время работы в Лаборатория молекулярной биологии (ЛКМ) в Кембридже, под руководством Джон Грэм Уайт.


Исследование

Ранняя работа Дурбина включала разработку программного обеспечения основного инструмента для одного из первых Рентгеновская кристаллография детекторы площади[30] и MRC Биорад конфокальный микроскоп, а также вклад в нейронное моделирование.[31][32]

Затем он руководил информатикой в Caenorhabditis elegans геномный проект[33] и вместе с Жаном Тьерри-Мигом разработали базу данных генома AceDB, который превратился в WormBase Интернет-ресурс. После этого он сыграл важную роль в сборе данных и интерпретации последовательности генома человека.[34]

Он разработал множество методов вычислительной анализ последовательности.[35][36] К ним относятся поиск генов (например, GeneWise) с Юэн Бирни[37] и Скрытые марковские модели для выравнивания и сопоставления белков и нуклеиновых кислот (например, HMMER ) с Шон Эдди и Грэм Митчисон. Стандартный учебник Анализ биологической последовательности в соавторстве с Шон Эдди, Андерс Крог и Грэм Митчисон[2] описывает некоторые из этих работ. Используя эти методы, Дарбин работал с коллегами над созданием ряда важных ресурсов геномных данных, включая базу данных по семействам белков. Pfam,[38] база данных генома Ансамбль,[39] и база данных семейств генов TreeFam.[12]

Совсем недавно Дурбин вернулся к секвенированию и разработал подходы с низким охватом к секвенированию популяционного генома, применяемые сначала к дрожжам,[40][41] и был одним из лидеров в применении новой технологии секвенирования для изучения вариаций генома человека.[42][43] Дурбин в настоящее время является одним из руководителей международного Проект 1000 геномов для характеристики вариации до 1% частоты аллелей как основы генетики человека.

Награды и почести

Дурбин был одним из победителей Премия Малларда Королевского общества в 1994 г. (за работу над конфокальный микроскоп ), получил премию лорда Ллойда Килгерранского Фонд науки и технологий в 2004 г. и был избран Член Королевского общества (FRS) 2004 г.[3] и член Европейская организация молекулярной биологии (EMBO) в 2009 году. Королевское общество наградило Медаль Габора Дурбину в 2017 году за его вклад в вычислительную биологию.[44]

Свидетельство Дурбина об избрании в Королевское общество гласит:

Дурбин известен своим мощным вкладом в вычислительную биологию. В частности, он сыграл ведущую роль в создании новой области биоинформатики. Это позволяет обрабатывать биологические данные в беспрецедентных масштабах, обеспечивая процветание геномики. Он провел анализ C. elegans геном, и с Тьерри-Миег разработал программное обеспечение базы данных AceDB. В международном проекте генома он руководил анализом генов, кодирующих белки. Он представил ключевые вычислительные инструменты в программном обеспечении и обработке данных. Его Pfam база данных позволила идентификация доменов в новых белковых последовательностях; он использовал скрытые марковские модели, к которым он обычно привнес строгость и которые привели к ковариация модели для РНК последовательность.[45]

Личная жизнь

Дурбин - сын Джеймс Дурбин и женат на Джули Арингер, ученый из Институт Гурдона. У них двое детей, Бенджамин и Зоя.[1]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж "ДУРБИН, Ричард Майкл". Кто есть кто. ukwhoswho.com. 2016 (онлайн-издание через Oxford University Press ред.). A&C Black, отпечаток Bloomsbury Publishing plc. (подписка или Членство в публичной библиотеке Великобритании требуется) (требуется подписка)
  2. ^ а б Дурбин, Ричард М.; Эдди, Шон Р.; Крог, Андерс; Митчисон, Грэм (1998), Анализ биологической последовательности: вероятностные модели белков и нуклеиновых кислот (1-е изд.), Кембридж, Нью-Йорк: Издательство Кембриджского университета, Дои:10.2277/0521629713, ISBN  0-521-62971-3, OCLC  593254083
  3. ^ а б c "Профессор Ричард Дурбин Сотрудник FRS". Лондон: Королевское общество. Архивировано из оригинал 19 ноября 2015 г.
  4. ^ http://www.biochemist.org/society/page.htm?item=37150 EMBO приветствует 66 ведущих ученых-биологов в качестве членов
  5. ^ а б Ричард Дурбин публикации, проиндексированные Google ученый Отредактируйте это в Викиданных
  6. ^ а б Дурбин, Ричард (1987). Исследования развития и организации нервной системы Caenorhabditis elegans (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  499178924.
  7. ^ Бирни, Эван (2000). Выравнивание последовательностей в биоинформатике (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  8. ^ Eddy, S. R .; Mitchison, G; Дурбин, Р. (1995). «Максимальная дискриминация скрытых марковских моделей консенсуса последовательностей». Журнал вычислительной биологии. 2 (1): 9–23. Дои:10.1089 / cmb.1995.2.9. PMID  7497123.
  9. ^ Eddy, S. R .; Дурбин, Р. (1994). «Анализ последовательности РНК с использованием ковариационных моделей». Исследования нуклеиновых кислот. 22 (11): 2079–88. Дои:10.1093 / nar / 22.11.2079. ЧВК  308124. PMID  8029015.
  10. ^ Ли, Х.; Дурбин, Р. (2009). «Быстрое и точное согласование короткого чтения с преобразованием Барроуза-Уиллера». Биоинформатика. 25 (14): 1754–1760. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp324. ЧВК  2705234. PMID  19451168.
  11. ^ Ли, Х.; Ruan, J .; Дурбин, Р. (2008). «Картирование считываний коротких последовательностей ДНК и вызов вариантов с использованием показателей качества картирования». Геномные исследования. 18 (11): 1851–1858. Дои:10.1101 / гр.078212.108. ЧВК  2577856. PMID  18714091.
  12. ^ а б Ли, Х.; Coghlan, A .; Ruan, J .; Coin, L.J .; Hériché, J. K .; Osmotherly, L .; Li, R .; Лю, Т .; Zhang, Z .; Bolund, L .; Wong, G.K .; Zheng, W .; Dehal, P .; Wang, J .; Дурбин, Р. (2006). «TreeFam: тщательно подобранная база данных филогенетических деревьев семейств генов животных». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (90001): D572 – D580. Дои:10.1093 / нар / gkj118. ЧВК  1347480. PMID  16381935.
  13. ^ «Хэн Ли заслушивает родословную Дурбина в получении премии Франклина». bio-itworld.com. Архивировано из оригинал 27 февраля 2013 г.
  14. ^ Бейтман, А.; Монета, л .; Дурбин, Р.; Finn, R.D .; Hollich, V .; Griffiths-Jones, S .; Ханна, А .; Marshall, M .; Moxon, S .; Sonnhammer, E.L .; Studholme, D. J .; Йейтс, С .; Эдди, С. (2004). «База данных семейств белков Pfam». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (Выпуск базы данных): 138D – 1141. Дои:10.1093 / нар / гх121. ISSN  0305-1048. ЧВК  308855. PMID  14681378. открытый доступ
  15. ^ Бейтман, А.; Бирни, Э.; Cerruti, L .; Дурбин, Р.; Etwiller, L .; Эдди, С.; Griffiths-Jones, S .; Howe, K .; Marshall, M .; Зоннхаммер, Э. Л. (2002). «База данных семейств белков Pfam». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (1): 276–280. Дои:10.1093 / nar / 30.1.276. ЧВК  99071. PMID  11752314.
  16. ^ Бейтман, А; Бирни, Э; Дурбин, Р. Eddy, S. R .; Howe, K. L .; Зоннхаммер, Э. Л. (2000). «База данных семейств белков Pfam». Исследования нуклеиновых кислот. 28 (1): 263–6. Дои:10.1093 / nar / 28.1.263. ЧВК  102420. PMID  10592242.
  17. ^ Bateman, A .; Бирни, Э.; Дурбин, Р.; Эдди, С.; Finn, R .; Зоннхаммер, Э. (1999). «Pfam 3.1: 1313 множественных выравниваний и профилей HMM соответствуют большинству белков». Исследования нуклеиновых кислот. 27 (1): 260–262. Дои:10.1093 / nar / 27.1.260. ЧВК  148151. PMID  9847196.
  18. ^ www-core (веб-команда). "Дурбин, Ричард". www.sanger.ac.uk. Получено 2 января 2019.
  19. ^ [email protected]. «Дурбин Групп - Отдел генетики». www.gen.cam.ac.uk. Получено 2 января 2019.
  20. ^ [email protected]. «Профессор Ричард Дурбин - кафедра генетики». www.gen.cam.ac.uk. Получено 2 января 2019.
  21. ^ «Доктор Ричард Дурбин - Институт Сэнгера Wellcome Trust». Архивировано из оригинал 5 марта 2012 г.
  22. ^ Дурбин, публикации Ричарда М. индексируется Scopus библиографическая база данных. (требуется подписка)
  23. ^ Архив Ричарда Дурбина Запись Ричарда Дурбина в архиве библиотеки Wellcome.
  24. ^ Ричард Дурбин на Twitter Отредактируйте это в Викиданных
  25. ^ Ричард Дурбин в DBLP Сервер библиографии Отредактируйте это в Викиданных
  26. ^ «Почетные профессора». Репортер Кембриджского университета. Кембриджский университет. CXLV (5). 12 декабря 2014. Архивировано с оригинал 15 марта 2015 г.
  27. ^ Результаты Ричарда М. Дурбина в Международная математическая олимпиада
  28. ^ "Биоинформер № 1, 1997 - Интервью с доктором Ричардом Дурбином". Архивировано из оригинал 29 июля 2011 г.. Получено 30 июля 2011.
  29. ^ Дурбин, Ричард (1987). Исследования развития и организации нервной системы Caenorhabditis elegans (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  30. ^ Дурбин, Р.М.; Burns, R .; Moulai, J .; Metcalf, P .; Freymann, D .; Блюм, М .; Андерсон, Дж. Э .; Harrison, S.C .; Вили, Д. К. (1986). «Кристаллография белков, ДНК и вирусов со сфокусированным пропорциональным счетчиком». Наука. 232 (4754): 1127–1132. Bibcode:1986Научный ... 232.1127Д. Дои:10.1126 / science.3704639. PMID  3704639.
  31. ^ Дурбин, Р.; Уилшоу, Д. (1987). «Аналоговый подход к задаче коммивояжера с использованием метода эластичной сети». Природа. 326 (6114): 689–691. Bibcode:1987Натура.326..689D. Дои:10.1038 / 326689a0. PMID  3561510. S2CID  4321691.
  32. ^ Дурбин, Р.; Митчисон, Г. (1990). «Рамки уменьшения размеров для понимания корковых карт». Природа. 343 (6259): 644–647. Bibcode:1990Натура.343..644D. Дои:10.1038 / 343644a0. PMID  2304536. S2CID  4352870.
  33. ^ c. Elegans Sequencing, C. (1998). «Последовательность генома нематоды C. Elegans: платформа для изучения биологии». Наука. 282 (5396): 2012–2018. Bibcode:1998На ... 282.2012.. Дои:10.1126 / science.282.5396.2012. PMID  9851916.
  34. ^ Ландер, Э.С.; Linton, M .; Birren, B .; Nusbaum, C .; Zody, C .; Болдуин, Дж .; Девон, К .; Dewar, K .; Дойл, М .; Fitzhugh, W .; Funke, R .; Gage, D .; Harris, K .; Heaford, A .; Howland, J .; Kann, L .; Lehoczky, J .; Levine, R .; McEwan, P .; McKernan, K .; Meldrim, J .; Месиров, Дж. П .; Миранда, С .; Моррис, В .; Naylor, J .; Raymond, C .; Rosetti, M .; Santos, R .; Шеридан, А .; и другие. (Февраль 2001 г.). "Начальная последовательность и анализ человеческого генома" (PDF). Природа. 409 (6822): 860–921. Дои:10.1038/35057062. ISSN  0028-0836. PMID  11237011.
  35. ^ Simpson, J. T .; Дурбин, Р. (2011). «Эффективная сборка больших геномов de novo с использованием сжатых структур данных». Геномные исследования. 22 (3): 549–556. Дои:10.1101 / гр.126953.111. ЧВК  3290790. PMID  22156294.
  36. ^ Eilbeck, K .; Льюис, С.Э.; Mungall, C.J .; Yandell, M .; Штейн, Л.; Дурбин, Р.; Эшбернер, М. (2005). «Онтология последовательности: инструмент для унификации аннотаций генома». Геномная биология. 6 (5): R44. Дои:10.1186 / gb-2005-6-5-r44. ЧВК  1175956. PMID  15892872.
  37. ^ Бирни, Э.; Дурбин, Р. (2000). «Использование GeneWise в эксперименте с аннотациями дрозофилы». Геномные исследования. 10 (4): 547–548. Дои:10.1101 / гр.10.4.547. ЧВК  310858. PMID  10779496.
  38. ^ Sonnhammer, E. L. L .; Эдди, С.; Дурбин, Р. (1997). «Pfam: всеобъемлющая база данных семейств белковых доменов, основанная на выравнивании семян». Белки: структура, функции и генетика. 28 (3): 405–420. Дои:10.1002 / (SICI) 1097-0134 (199707) 28: 3 <405 :: AID-PROT10> 3.0.CO; 2-L. PMID  9223186.
  39. ^ Хаббард, Т.; Barker, D .; Бирни, Э.; Cameron, G .; Chen, Y .; Clark, L .; Cox, T .; Cuff, J .; Curwen, V .; Вниз, Т .; Durbin, R .; Eyras, E .; Gilbert, J .; Hammond, M .; Huminiecki, L .; Kasprzyk, A .; Lehvaslaiho, H .; Lijnzaad, P .; Melsopp, C .; Mongin, E .; Pettett, R .; Pocock, M .; Potter, S .; Rust, A .; Schmidt, E .; Searle, S .; Slater, G .; Smith, J .; Spooner, W .; Стабенау, А. (2002). «Проект базы данных генома Ensembl». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (1): 38–41. Дои:10.1093 / nar / 30.1.38. ЧВК  99161. PMID  11752248.
  40. ^ Liti, G .; Картер, Д. М .; Моисей, А. М .; Warringer, J .; Части, л .; Джеймс, С. А .; Davey, R.P .; Робертс, И. Н .; Burt, A .; Koufopanou, V .; Tsai, I.J .; Bergman, C.M .; Bensasson, D .; O'Kelly, M. J. T .; Van Oudenaarden, A .; Barton, D. B.H .; Bailes, E .; Nguyen, A.N .; Jones, M .; Quail, M. A .; Goodhead, I .; Sims, S .; Smith, F .; Бломберг, А .; Durbin, R .; Луи, Э. Дж. (2009). «Популяционная геномика домашних и диких дрожжей». Природа. 458 (7236): 337–341. Bibcode:2009Натура.458..337L. Дои:10.1038 / природа07743. ЧВК  2659681. PMID  19212322.
  41. ^ Warringer, J .; Zörgö, E .; Cubillos, F.A .; Зия, А .; Gjuvsland, A .; Simpson, J. T .; Forsmark, A .; Дурбин, Р.; Omholt, S.W .; Louis, E.J .; Liti, G .; Моисей, А .; Бломберг, А. (2011). Кругляк Леонид (ред.). «Изменчивость признаков дрожжей определяется историей популяции». PLOS Genetics. 7 (6): e1002111. Дои:10.1371 / journal.pgen.1002111. ЧВК  3116910. PMID  21698134.
  42. ^ Bentley, D. R .; Balasubramanian, S .; Swerdlow, H.P .; Smith, G.P .; Milton, J .; Brown, C.G .; Холл, К. П .; Эверс, Д. Дж .; Barnes, C.L .; Bignell, H.R .; Boutell, J.M .; Bryant, J .; Картер, Р. Дж .; Keira Cheetham, R .; Cox, A.J .; Эллис, Д. Дж .; Flatbush, M. R .; Гормли, Н. А .; Humphray, S.J .; Ирвинг, Л. Дж .; Карбелашвили, М. С .; Кирк, С. М .; Li, H .; Лю, X .; Maisinger, K. S .; Мюррей, Л. Дж .; Обрадович, Б .; Ост, Т .; Parkinson, M. L .; и другие. (2008). «Точное секвенирование всего генома человека с использованием химии обратимых терминаторов». Природа. 456 (7218): 53–59. Bibcode:2008Натура 456 ... 53Б. Дои:10.1038 / природа07517. ЧВК  2581791. PMID  18987734.
  43. ^ Ли, Х.; Дурбин, Р. (2011). «Вывод истории человеческой популяции из отдельных полногеномных последовательностей». Природа. 475 (7357): 493–496. Дои:10.1038 / природа10231. ЧВК  3154645. PMID  21753753.
  44. ^ «Медаль Габора - призер Габора 2017». Королевское общество. 2017 г.. Получено 10 октября 2017.
  45. ^ «Библиотечно-архивный каталог». Лондон: Королевское общество. Получено 14 ноября 2013.