Дэн Гасфилд - Википедия - Dan Gusfield

Дэн Гасфилд
Родившийся
Дэниел Майер Гасфилд
Альма-матерКалифорнийский университет в Беркли (Бакалавр, доктор философии)
ИзвестенПроблема стабильного брака
Награды
Научная карьера
ПоляИнформатика
Вычислительная биология[1]
УчрежденияКалифорнийский университет в Дэвисе
Йельский университет
ТезисАнализ чувствительности для комбинаторной оптимизации  (1980)
ДокторантРичард Карп[2][3]
Интернет сайтсеть.cs.ucdavis.edu/ ~ Гасфилд

Дэниел Майер Гасфилд американский ученый-компьютерщик, заслуженный профессор компьютерных наук Калифорнийский университет в Дэвисе. Гасфилд известен своими исследованиями в области комбинаторной оптимизации и вычислительной биологии.[1]

Образование

Гасфилд получил степень бакалавра компьютерных наук в Калифорнийский университет в Беркли в 1973 г.,[нужна цитата ] его степень магистра компьютерных наук от Калифорнийский университет в Лос-Анджелесе (UCLA) в 1975 году,[нужна цитата ] и его кандидат наук доктор технических наук из Беркли в 1980 году;[3] его научный руководитель был Ричард Карп.[2]

Карьера и исследования

Гасфилд поступил на факультет компьютерных наук Йельского университета в 1980 году и ушел в 1986 году, чтобы поступить на факультет компьютерных наук Калифорнийского университета в Дэвисе в качестве доцента. Гасфилд был назначен профессором компьютерных наук в 1992 году и занимал должность заведующего кафедрой компьютерных наук Калифорнийского университета в Дэвисе с 2000 по 2004 год. Гасфилд был назван выдающимся профессором в 2016 году, что является наивысшим рангом в Университете Калифорнии в Дэвис.[4]

Ранняя работа Гасфилда заключалась в комбинаторной оптимизации и ее практическом применении. Одним из первых его основных результатов был сетевой поток, где он представил простой метод преобразования любого алгоритма сетевого потока в алгоритм, который строит Дерево Гомори-Ху, используя всего пять добавленных строк псевдокода.[5] Другой вклад был в стабильное сопоставление, где он внес свой вклад в алгоритм с полиномиальным временем[6] для эгалитаризма Проблема стабильного брака, предложено Дональд Кнут. Результатом работы Гасфилда над стабильным браком стала книга, написанная в соавторстве с Робертом Ирвингом: Проблема стабильного брака: структура и алгоритмы.[7]

Начиная с 1984 года Гусфилд занялся вычислительной биологией, что сделало Гусфилда одним из первых ученых-информатиков, работающих в этой области. Его первый результат в области вычислительной биологии был записан в Техническом отчете Йельского университета. Проблема дерева Штейнера в филогении, который никогда не публиковался в журнале. Его первая опубликованная статья по вычислительной биологии «Эффективные алгоритмы для вывода эволюционной истории» была первоначально опубликована как технический отчет в 1988 году.[8] и впоследствии была опубликована в журнале Сети;[9] эта статья в настоящее время является наиболее цитируемой из работ Гусфилда. Статья Гасфилда 1993 г. множественное выравнивание последовательностей[10] это первая публикация, проиндексированная в PubMed по «вычислительной биологии».

Влияние Гасфилда на первые дни компьютерных исследований в области алгоритмической вычислительной биологии очень велико. Он был членом Министерство энергетики США Группа по программе исследования генома человека в 1991 году и член руководящего комитета Рутгерского-Принстонского университета. DIMACS специальный год по математической поддержке молекулярной биологии с 1994 по 1995 год. В 1995 году он стал одним из организаторов Дагштуль Конференция по молекулярной биоинформатике. Был членом редколлегии журнала Журнал вычислительной биологии с момента его создания в 1996 году. В Калифорнийском университете в Дэвисе он входил в группу из трех человек, которая предлагала развитие Центра геномики Калифорнийского университета в Дэвисе, и был членом Руководящего комитета Центра геномики (1999–2003) , и помог создать междисциплинарное сообщество биологов и компьютерных ученых, работающих вместе над проблемами геномики. Наконец, в 2004 году Гусфилд помог предложить IEEE / ACM Transactions по вычислительной биологии и биоинформатике (TCBB), один из немногих журналов, специально ориентированных на информатику и математиков, работающих в области вычислительной биологии. Он был его главным редактором до 2009 года.[11] а затем в качестве председателя Руководящего комитета TCBB. Совсем недавно он был приглашенным ученым в Институт теории вычислений Саймонса в Калифорнийском университете в Беркли в течение двух семестровых программ (сначала по эволюции, а затем по «Алгоритмическим вызовам в геномике»). Кроме того, Гасфилд был советником доктора философии или постдокторантским наставником многих известных компьютерных ученых, работающих в области вычислительной биологии, включая профессора Оливера Ойленштейна (Университет штата Айова),[нужна цитата ] Доктор Пол Хортон (Токио),[нужна цитата ] Профессор Мин-Ян Као (Северо-Западный университет),[нужна цитата ] Проф. Джон Кечечиоглу (Аризона),[нужна цитата ] Проф. Юн С. Сонг (Калифорнийский университет в Беркли и Пенсильванский университет),[нужна цитата ] Проф. Р. Рави (CMU), проф. Йенс Стой (Билефельд), проф. Лушенг Ван (Городской университет Гонконга)[нужна цитата ]и проф. Юфэн Ву (У. Коннектикут).[нужна цитата ]

Гасфилд внес значительный вклад в сравнение и анализ молекулярных последовательностей,[12] филогенетическое дерево и вывод филогенетической сети,[13] гаплотипирование последовательностей ДНК,[14][15][16] проблема идеальной филогении с несколькими состояниями с использованием теории хордовых графов,[17] и быстрые алгоритмы сворачивания РНК.[18] С 2014 года он сосредоточился на применении и развитии целочисленного линейного программирования в вычислительной биологии.

Гасфилд наиболее известен своей книгой Алгоритмы на строках, деревьях и последовательностях: информатика и вычислительная биология,[19] который дает исчерпывающее представление об алгоритмических основах анализа молекулярных последовательностей для компьютерных ученых и был процитирован более 6000 раз.[1] Эта книга помогла определить и развить пересечение компьютерных наук и вычислительной биологии. Его вторая книга по вычислительной биологии посвящена филогенетическим сетям,[20] которые представляют собой теоретико-графовые модели эволюции, которые выходят за рамки классической модели дерева и предназначены для рассмотрения биологических процессов, таких как гибридизация, рекомбинация и горизонтальный перенос генов.

Награды и отличия

Гасфилд был назван Сотрудник Института инженеров по электротехнике и радиоэлектронике (IEEE) в 2015 г.[21] за вклад в комбинаторную оптимизацию и вычислительная биология. В 2016 году Гасфилд был избран Парень из Международное общество вычислительной биологии (ISCB)[22] за «его заметный вклад в вычислительную биологию, особенно его алгоритмическую работу по построению эволюционных деревьев, анализу молекулярных последовательностей, проблемам оптимизации в популяционной генетике, сворачиванию РНК и целочисленному программированию в биологии». В 2016 году Гасфилд был назван выдающимся профессором Калифорнийского университета в Дэвисе, что является наивысшим рангом в масштабах кампуса. Член ACM в 2017 году.[23]

Рекомендации

  1. ^ а б c Дэн Гасфилд публикации, проиндексированные Google ученый Отредактируйте это в Викиданных
  2. ^ а б Дэн Гасфилд на Проект "Математическая генеалогия" Отредактируйте это в Викиданных
  3. ^ а б Гасфилд, Дэниел Майер (1980). Анализ чувствительности для комбинаторной оптимизации (Кандидатская диссертация). Калифорнийский университет в Беркли. OCLC  40134251.
  4. ^ "Дэн Гасфилд". web.cs.ucdavis.edu. Получено 23 января 2019.
  5. ^ Гасфилд. Очень простые методы анализа потоков в сети для всех пар. SIAM J. Comput. 1990 г.
  6. ^ Р. В. Ирвинг, П. Кожа и Д. Гусфилд, "Эффективный алгоритм для" оптимального "стабильного брака", Журнал ACM, Vol. 34, выпуск 3, июль 1987 г., страницы 532-543
  7. ^ Гасфилд, Дэн; Ирвинг, Роберт (1999). Проблема стабильного брака: структура и алгоритмы. MIT Press. ISBN  0-262-07118-5.
  8. ^ "Компьютерные науки - Калифорнийский университет в Дэвисе". Cs.ucdavis.edu. Получено 23 января 2019.
  9. ^ Д. Гасфилд, «Эффективные алгоритмы для вывода эволюционных деревьев», Networks 1991 Дои:10.1002 / нетто.3230210104
  10. ^ Д. Гасфилд, "Эффективные методы согласования множественных последовательностей с гарантированными границами ошибок", Бюллетень по математической биологии, Vol. 55, No. 1, 141-154, 1993 г.
  11. ^ Дэн Гасфилд. «Введение в транзакции IEEE / ACM по вычислительной биологии и биоинформатике» (PDF). Computer.org. Архивировано из оригинал (PDF) 3 апреля 2015 г.. Получено 23 января 2019.
  12. ^ Гасфилд и Дж. Стоу. «Алгоритмы линейного времени для поиска и представления всех тандемных повторов в строке», JCSS, 2004
  13. ^ Гусфилд, Д., Эддху, С. и Лэнгли, К., 2004. «Оптимальная, эффективная реконструкция филогенетических сетей с ограниченной рекомбинацией». Журнал биоинформатики и вычислительной биологии, 2 (01), стр.173-213.
  14. ^ Гасфилд. «Haploytyping как совершенная филогения: концептуальные основы и эффективные решения». Труды RECOMB 2002.
  15. ^ Гусфилд, Д. (2003). «Вывод гаплотипа путем чистой экономии». В комбинаторном сопоставлении с образцом (стр. 144-155). Springer Berlin / Heidelberg.
  16. ^ Д. Гасфилд, "Вывод гаплотипов из выборок диплоидных популяций: сложность и алгоритмы". Журнал вычислительной биологии 8, вып. 3 (2001): 305-323.
  17. ^ Гасфилд. «Проблема идеальной филогении с множеством состояний с отсутствующими и удаляемыми данными: решения с помощью целочисленного линейного программирования и теории хордовых графов». Журнал вычислительной биологии, 2010.
  18. ^ Ю. Фрид и Гусфилд. "Простой, практичный и полный -временной алгоритм сворачивания РНК с использованием ускорения четырех русских ». Алгоритмы для молекулярной биологии, 2010
  19. ^ Гасфилд, Дэн (1999). Алгоритмы на строках, деревьях и последовательностях: информатика и вычислительная биология. Издательство Кембриджского университета. Дои:10.1017 / CBO9780511574931. ISBN  0-521-58519-8.
  20. ^ Гасфилд, Дэн (2014). Рекомбинаторика: алгоритмика графов рекомбинации предков и явных филогенетических сетей. MIT Press. ISBN  9780262027526.
  21. ^ «Высокопоставленный 2015» (PDF). Справочник стипендиатов IEEE.
  22. ^ «Стипендиаты ISCB». Iscb.org. Получено 23 января 2019.
  23. ^ ACM награждает стипендиатов 2017 года за их трансформационный вклад и развитие технологий в цифровую эпоху, Ассоциация вычислительной техники, 11 декабря 2017 г., получено 2017-11-13