Хелен М. Берман - Helen M. Berman

Эта статья про профессора химии. Для художника см. Хелен Берман.
Хелен Берман
Хелен Берман в 2008 году.
Хелен Берман в 2008 году.
Родившийся
Хелен Мириам Берман

1943 (76–77 лет)
Чикаго, Иллинойс
Альма-матер
Супруг (а)
  • Виктор Берман
  • Питер Янг (1976–1999)
ДетиДжейсон Ашер Янг[нужна цитата ]
Награды
Научная карьера
Поля
УчрежденияУниверситет Рутгерса
ТезисКристаллические структуры альфа-прайма и бета-D-маннита, галактикола, метил-альфа-D-глюкопиранозида и гидроксимочевины  (1967)
ДокторантДжордж А. Джеффри[нужна цитата ]
Другие научные консультантыБарбара Лоу
Интернет сайтRutchem.rutgers.edu/ berman-helen-m

Хелен Мириам Берман является профессором химии и химической биологии в совете управляющих Университет Рутгерса и бывший директор RCSB Protein Data Bank (одна из организаций-членов Всемирный банк данных о белках ). Как структурный биолог, ее работа включает структурный анализ комплексов белок-нуклеиновая кислота и роль воды в молекулярных взаимодействиях. Она также является основателем и директором базы данных нуклеиновых кислот и возглавляет базу знаний по структурной геномике Инициативы по структуре белка.[1][2][3]

Предпосылки и образование

Берман родился в Чикаго, штат Иллинойс, и вырос в Бруклине, штат Нью-Йорк. Ее отец Дэвид Бернштейн был врачом, а мать Дороти Бернштейн (урожденная Скупски) вела офисную практику отца. Вдохновленная своим трудолюбивым и ученым отцом, она интересовалась наукой в ​​юном возрасте и планировала стать ученым или врачом. Ее мать, которая активно участвовала в общественной и волонтерской работе, побуждала ее участвовать в общественной деятельности на протяжении всей ее жизни.

В старшей школе Берман работал в Ингрит Дейруп лаборатория в Колледж Барнарда. Дейруп призвал Бермана учиться у Барнарда в качестве бакалавра. Во время учебы в колледже она работала в Колледж врачей и хирургов Колумбийского университета лаборатория с Барбара Лоу. Там Берман узнал о кристаллография, который стал бы страстью на всю жизнь. Она окончила Barnard с A.B. по химии в 1964 году.

После колледжа Берман посещал Питтсбургский университет для аспирантуры - место, которое она выбрала, потому что это было единственное место в стране с отделением кристаллографии и одно из немногих, где кристаллография предлагалась в качестве предмета. Там она работала с Джорджем А. Джеффри над структурой углеводов, получив докторскую степень. в 1967 году. Берман проработал в Питтсбургском университете еще два года в качестве постдокторское исследование парень.

Карьера

В 1969 году Берман переехал в Онкологический центр Fox Chase в Филадельфии, где она работала в Дженни П. Глускер до начала своей собственной независимой исследовательской программы в качестве преподавателя в 1973 году. В Fox Chase Берман заинтересовалась структурами нуклеиновых кислот и биоинформатикой. Она знала, что логическая организация данных сделает их полезными для самых разных ученых.

В июне 1971 года Берман посетил симпозиум в Лаборатория Колд-Спринг-Харбор, где несколько ученых согласились с тем, что данные о растущем числе белковых структур следует архивировать в базе данных.[4] Эта встреча привела к созданию банка данных о белках (PDB) в Брукхейвенская национальная лаборатория.[5][6]

В 1989 году Берман переехала в Рутгерс, а в 1992 году вместе с другими учеными она стала соучредителем Базы данных нуклеиновых кислот (NDB) для сбора и распространения информации о структуре нуклеиновых кислот.[7] В Rutgers она продолжала изучать нуклеиновые кислоты, их взаимодействие с белками,[8] а также исследовали структуру коллаген в сотрудничестве с Барбарой Бродски и Хорди Белла.[9] Она указана в качестве депонента 38 структур в PDB с 1992 по 2011 год, комплексов белок / нуклеиновая кислота и их компонентов (например, 1RUN, 3SSX, 2B1B), фрагментов коллагена (например, 1CGD, 1EI8) и других макромолекул.

В 1998 г. Берман и Филип Борн вместе боролись и выиграли контракт на создание банка данных о белках, и база данных была перемещена из Брукхейвена под эгиду Исследовательского сотрудничества в области структурной биоинформатики (RCSB), в настоящее время являющегося результатом сотрудничества между Рутгерсом и Калифорнийским университетом в Сан-Диего. Вместе с коллегами Берман переработал систему управления данными, добавил новые пользовательские инструменты и сделал базу данных доступной для поиска.[10] С 2003 года архив PDB находится в ведении всемирный банк данных о белках (wwPDB), партнерство, основанное Берманом, которое состоит из организаций, которые действуют как центры хранения, обработки и распределения данных PDB - RCSB, PDBe в Европе и PDBj в Японии.[11] В 2006 году банк данных BioMagResData (BMRB) для Ядерный магнитный резонанс (ЯМР) структуры[12] стал четвертым членом wwPDB.[13] По состоянию на июль 2018 года NDB содержит более 9600 структур нуклеиновых кислот, а PDB - более 142000 макромолекулярных структур.

Также во главе с RCSB, Инициатива по структуре белка (PSI) База знаний по структурной геномике была запущена весной 2008 года, чтобы обеспечить постоянно обновляемый портал для исследовательских данных и других ресурсов, полученных в результате усилий PSI.[14]

Берман также был активен в научном сообществе, занимая пост президента Американской кристаллографической ассоциации в 1988 г., консультировал как Национальные институты здравоохранения, так и Национальный научный фонд, а также входил в состав редакционных советов нескольких журналов. Ее работы широко публиковались в экспертная оценка научные журналы.[8][9][15][16][17]

Почести и награды

  • Женщина достижений из Нью-Джерси (1993)
  • Сотрудник Американской ассоциации развития науки (1996 г.)
  • Премия «Выдающаяся женщина-ученый», Ассоциация женщин в науке, Нью-Йоркское отделение (1999)
  • Заслуженный преподаватель, Сигма Си: Общество научных исследований (2007–2009)[18]
  • Премия за выдающиеся заслуги, Биофизическое общество (2000)[1]
  • Член биофизического общества (2001)[19]
  • Премия М.Дж. Бюргера, Американская кристаллографическая ассоциация (2006 г.)[20]
  • Премия выпускникам факультета химии Питтсбургского университета (2010 г.)
  • Член Американской кристаллографической ассоциации (2011)[2]
  • Премия Карла Брандена от Белкового общества (2012)
  • Премия ДеЛано в области вычислительной биологии от Американского общества биохимии и молекулярной биологии (2013)[21]
  • Премия Бенджамина Франклина за открытый доступ в науках о жизни (2014 г.)

Личная жизнь

Берман была замужем дважды: за инженером Виктором Берманом в 1960-х годах и за молекулярным биологом Питером Янгом с 1976 по 1999 год. От второго брака у нее есть сын Джейсон Ашер Янг (1979 г.р.), физик.

В 1980-х у Бермана диагностировали рак груди. Этот опыт сделал ее более сосредоточенной в своей жизни и карьере и заинтересовала в поддержке других женщин, которые сталкиваются с таким же диагнозом.

Рекомендации

  1. ^ а б Хелен М. Берман публикации, проиндексированные Google ученый
  2. ^ Демастерс К: НА КАРТЕ; Банк, в котором валюта - это молекулы. Нью-Йорк Таймс 2000-11-26. Проверено 22 октября 2008 г.
  3. ^ История Хелен Берман от Управления по продвижению женщин в области науки, инженерии и математики Университета Рутгерса
  4. ^ Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии, т. XXXVI (1972)
  5. ^ Bernstein FC, Koetzle TF, Williams GJ, Meyer EF, Brice MD, Rodgers JR, Kennard O, Shimanouchi T, Tasumi M (1977). «Банк данных белков: компьютерный архивный файл для макромолекулярных структур». Журнал молекулярной биологии. 112 (3): 535–542. Дои:10.1016 / S0022-2836 (77) 80200-3. PMID  875032.
  6. ^ Берман Х (2008). «Банк данных о белках: историческая перспектива». Acta Crystallographica A. 64 (Pt 1): 88–95. Bibcode:2008AcCrA..64 ... 88B. Дои:10.1107 / S0108767307035623. PMID  18156675.
  7. ^ О базе данных нуклеиновых кислот В архиве 2008-09-20 на Wayback Machine
  8. ^ а б Бенофф Б., Ян Х., Лоусон К.Л., Паркинсон Г., Лю Дж., Блаттер Э., Эбрайт Ю.В., Берман Х.М., Эбрайт Р.Х. (2002). «Структурная основа активации транскрипции: комплекс CAP-αCTD-ДНК». Наука. 297 (5586): 1562–1566. Bibcode:2002Sci ... 297.1562B. Дои:10.1126 / science.1076376. PMID  12202833. S2CID  17422837.
  9. ^ а б Белла Дж, Итон М, Бродский Б, Берман Х.М. (1994). «Кристаллическая и молекулярная структура коллагеноподобного пептида с разрешением 1,9 Å». Наука. 266 (5182): 75–81. Bibcode:1994Наука ... 266 ... 75B. Дои:10.1126 / science.7695699. PMID  7695699.
  10. ^ Берман Х.М., Вестбрук Дж., Фенг Дж., Гиллиланд Дж., Бхат Т.Н., Вайссиг Х., Шиндялов И.Н., Борн П.Е. (2000). «Банк данных о белках». Исследования нуклеиновых кислот. 28 (1): 235–242. Дои:10.1093 / nar / 28.1.235. ЧВК  102472. PMID  10592235.
  11. ^ Берман Х.М., Хенрик К., Накамура Х. (2003). «Представляем всемирный банк данных о белках». Структурная биология природы. 10 (12): 980. Дои:10.1038 / nsb1203-980. PMID  14634627. S2CID  2616817.
  12. ^ Doreleijers, J. F .; Mading, S; Мазюк, Д; Соджорнер, К; Инь, L; Чжу, Дж; Markley, J. L .; Ульрих, Э. Л. (2003). «БиоМаг Res банк база данных с наборами экспериментальных ограничений ЯМР, соответствующих структурам более 1400 биомолекул, депонированных в Protein Data Bank ». Журнал биомолекулярного ЯМР. 26 (2): 139–46. Дои:10.1023 / а: 1023514106644. PMID  12766409. S2CID  13221156.
  13. ^ Berman HM; Хенрик К; Накамура H; Джон Л. Маркли JL (2007). «Всемирный банк данных о белках (wwPDB): обеспечение единого унифицированного архива данных PDB». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (Проблема с базой данных): D301 – D303. Дои:10.1093 / нар / gkl971. ЧВК  1669775. PMID  17142228.
  14. ^ Коуранов А., Се Л., де ла Круз Дж., Чен Л., Вестбрук Дж., Борн П.Е., Берман Х.М. (2006). «Информационный портал RCSB PDB по структурной геномике». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с базой данных): D302 – D305. Дои:10.1093 / nar / gkj120. ЧВК  1347482. PMID  16381872.
  15. ^ Berman, H.M .; Olson, W. K .; Beveridge, D. L .; Westbrook, J .; Gelbin, A .; Демени, Т .; Hsieh, S. H .; Srinivasan, A.R .; Шнайдер, Б. (1992). «База данных нуклеиновых кислот. Полная реляционная база данных трехмерных структур нуклеиновых кислот». Биофизический журнал. 63 (3): 751–759. Bibcode:1992BpJ .... 63..751B. Дои:10.1016 / S0006-3495 (92) 81649-1. ЧВК  1262208. PMID  1384741.
  16. ^ Берман, Х.М.; Westbrook, J .; Feng, Z .; Gilliland, G .; Bhat, T .; Weissig, H .; Шиндялов, И .; Борн, П. (2000). «Банк данных о белках». Исследования нуклеиновых кислот. 28 (1): 235–242. Дои:10.1093 / nar / 28.1.235. ЧВК  102472. PMID  10592235.
  17. ^ Берман, Х.М.; Клейвегт, Г. Дж.; Накамура, Н; Маркли, Дж. Л. (2012). «Банк данных о белках в 40 лет: размышления о прошлом для подготовки к будущему». Структура. 20 (3): 391–6. Дои:10.1016 / j.str.2012.01.010. ЧВК  3501388. PMID  22404998.
  18. ^ Выдающиеся лекторы Sigma Xi
  19. ^ «Два выдающихся химика Рутгерса, названные членами Биофизического общества». Биомедицина
  20. ^ Профессор Рутгерса Хелен М. Берман получит престижную премию М.Дж. Бюргера, Rutgers News Release, 16 августа 2006 г. В архиве 20 июля 2011 г. Wayback Machine
  21. ^ «Берман признательна за ее усилия по устранению барьеров для доступа к данным». Получено 22 января 2015.