Терри Гаастерленд - Terry Gaasterland

Терри Гаастерленд
Терри Гаастерленд выступает в Интеллектуальные системы для молекулярной биологии (ISMB) конференция в Вена в 2011
Родившийся	Тереза ​​Гаастерленд
Альма-матер	Университет Дьюка (BS)[1] Университет Мэриленда, Колледж-Парк (MS, PhD)
Награды	Член ISCB (2018)[2]
Научная карьера
Учреждения	Калифорнийский университет в Сан-Диего
Тезис	Генерация совместных ответов в дедуктивных базах данных  (1992)
Докторант	Джек Минкер[3]
Интернет сайт	igm.ucsd.edu/факультет/ профили/ gaasterland.shtml

Тереза ​​Гаастерленд является Профессор из Вычислительная биология и Геномика и директор Центра генома Скриппса в Калифорнийский университет в Сан-Диего (UCSD).^[4][5] Она была избрана Парень из Международное общество вычислительной биологии (ISCB) в 2018 г. за выдающийся вклад в области вычислительной биологии и биоинформатика.^[2]

Публикации

1. Хот С., Икеда Й, Морганте М, Ван Х, Цзо Дж., Ханафей М.К., Гаастерленд Т, Тинги С.В., Чуа Н.Х. Мониторинг полногеномных изменений экспрессии генов в ответ на эндогенный цитокинин выявляет мишени у Arabidopsis thaliana. FEBS Lett. 2003 20 ноября; 554 (3): 373-80.^[6]
2. Gopal S, Cross GA, Gaasterland T. Организоспецифический метод ранжирования предсказанных кодирующих областей в Trypanosoma brucei. Nucleic Acids Res. 15 октября 2003 г .; 31 (20): 5877-85.
3. Аравин А.А., Лагос-Кинтана М., Ялчин А., Заволан М., Маркс Д., Снайдер Б., Гаастерланд Т., Мейер Дж., Тушл Т. Профиль малых РНК во время развития D. melanogaster. Dev Cell. 2003 5 (2): 337-50.
4. Ким У, Сигель Р., Рен Икс, Гюнтер С.С., Гаастерленд Т., Рёдер Р.Г. Идентификация OCA-B-зависимых генов коактиватора транскрипции, участвующих в антиген-зависимой дифференцировке B-клеток, с помощью анализа массива кДНК. Proc Natl Acad Sci U S. A. 2003, 22 июля; 100 (15): 8868-73. Epub 2003 11 июля.
5. Раваси Т., Хубер Т., Заволан М., Форрест А., Гаастерленд Т., Гриммонд С., Хьюм Д.А.; RIKEN GER Group; Члены GSL. Систематическая характеристика белков, содержащих цинковые пальцы, в транскриптоме мыши. Genome Res. 2003 июн; 13 (6B): 1430-42.
6. Заволан М., Кондо С., Шонбах К., Адачи Дж., Хьюм Д.А., Хаяшизаки Ю., Гаастерланд Т.; RIKEN GER Group; Члены GSL. Влияние альтернативной инициации, сплайсинга и терминации на разнообразие транскриптов мРНК, кодируемых транскриптомом мыши. Genome Res. 2003 июн; 13 (6B): 1290-300.
7. Окадзаки Y, 134 соавтора, и Хаяшизаки Y; Консорциум ФАНТОМ; Группа исследований генома RIKEN, группа этапов I и II. Анализ транскриптома мыши на основе функциональной аннотации 60 770 полноразмерных кДНК. Природа. 2002 5 декабря; 420 (6915): 563-73.
8. Ball CA, Sherlock G, Parkinson H, Rocca-Sera P, Brooksbank C, Causton HC, Cavalieri D, Gaasterland T, Hingamp P, Holstege F, Ringwald M, Spellman P, Stoeckert CJ Jr, Стюарт JE, Taylor R, Brazma A , Quackenbush J; Данные по экспрессии генов на микрочипах (MGED) Society. Стандарты для данных микрочипов. Наука. 2002, 18 октября; 298 (5593): 539.
9. Заволан М., Ван Нимвеген Э., Гаастерланд Т. Вариация сплайсинга в полноразмерных кДНК мыши, идентифицированная путем картирования в геном мыши. Genome Res. 2002 сентябрь; 12 (9): 1377-85.
10. Bapteste E, Brinkmann H, Lee JA, Moore DV, Sensen CW, Gordon P, Durufle L, Gaasterland T, Lopez P, Muller M, Philippe H. Анализ 100 генов подтверждает группировку трех сильно расходящихся амеб: Dictyostelium, Entamoeba , и Мастигамеба. Proc Natl Acad Sci U S. A. 2002 5 февраля; 99 (3): 1414-9.
11. Arisue N, Hashimot T, Lee JA, Moore DV, Gordon P, Sensen CW, Gaasterland T, Hasegawa M, Muller M. Филогенетическое положение пелобионта Mastigamoeba balamuthi основано на последовательностях рДНК и факторах удлинения трансляции EF-1alpha и EF- 2. J Eukaryot Microbiol. 2002, январь-февраль; 49 (1): 1-10.
12. Brazma A, Hingamp P, Quackenbush J, Sherlock G, Spellman P, Stoeckert C, Aach J, Ansorge W, Ball CA, Causton HC, Gaasterland T, Glenisson P, Holstege FC, Kim IF, Markowitz V, Matese JC, Parkinson H , Робинсон А., Сарканс Ю., Шульце-Кремер С., Стюарт Дж., Тейлор Р., Вило Дж., Вингрон М. Минимальная информация об эксперименте с микрочипами (MIAME) - стандарты для данных микрочипов. Нат Жене. 2001 декабрь; 29 (4): 365-71.
13. Мюллер М., Ли Дж. А., Гордон П., Гаастерленд Т., Сенсен К. В.. Присутствие прокариотических и эукариотических видов во всех подгруппах PP (i) -зависимого семейства белков фосфофруктокиназ группы II. J Bacteriol. 2001 ноя; 183 (22): 6714-6.
14. Ehrt S, Schnappinger D, Bekiranov S, Drenkow J, Shi S, Gingeras TR, Gaasterland T, Schoolnik G, Nathan C. Перепрограммирование транскриптома макрофагов в ответ на интерферон-гамма и Mycobacterium tuberculosis: сигнальные роли синтазы оксида азота-2 и оксидаза фагоцитов. J Exp Med. 2001 15 октября; 194 (8): 1123-40.
15. Серрес М.Х., Гопал С., Наум Л.А., Лян П., Гаастерланд Т., Райли М. Функциональное обновление генома Escherichia coli K-12. Genome Biol. 2001; 2 (9): RESEARCH0035.
16. Gopal S, Schroeder M, Pieper U, Sczyrba A, Kurban G, Bekiranov S, Fajardo JE, Eswar N, Sanchez R, Sali A, Gaasterland T. Аннотации на основе гомологии дают 1042 новых гена-кандидата в геноме Drosophila melanogaster. Nature Genetics, 27 (3): 337-40, 2001.
17. Kawai J, 93 соавтора и Hayashizaki Y. Функциональная аннотация коллекции полноразмерных кДНК мыши. Природа, 409 (6821): 685-90, 2001.
18. Альтманн Ч.Р., Белл Э., Ширба А., Пун Дж., Бекиранов С., Гаастерланд Т., Бриванлоу А.Х. Анализ раннего развития Xenopus laevis на основе микрочипов. Dev Biol. 2001, 1 августа; 236 (1): 64-75.
19. She Q, 30 соавторов и Ван дер Ост Дж. Полный геном кренархея Sulfolobus solfataricus P2. Proc Natl Acad Sci U S. A. 2001, 3 июля; 98 (14): 7835-40.
20. Gaasterland T, Sczyrba A, Thomas E, Kurban G, Gordon P, Sensen CW. MAGPIE / EGRET Аннотация исследования генома области ADH у Drosophila melanogaster размером 2,91 МБ, Vol. 10, выпуск 4 (апрель 2000 г.), стр. 502-510.
21. Гаастерланд Т., Бекиранов С. Максимальное использование данных микрочипов. Nature Genetics, 24: 204-206, 2000.
22. Hanneart V, Brinkmann H, Nowitzki U, Lee J, Albert M, Sensen CW, Gaasterland T, Miller M, Michels P, Martin W. Enolase из Trypanosoma brucei, из амитохондриального протиста Mastigamoeba balamuthi, а также из хлоропласта и цитозоля эвглены gracilis. Мол. Биол. Evol., 17: [[1] ], 2000.
23. Ромайн М., Стилуэлл Л., Вонг К.К., Терстон С.Дж., Сиск ЕС, Сенсен С.В., Гаастерленд Т., Саффер Д.Д., Фредериксон Дж. Полная последовательность катаболической плазмиды размером 184 т.п.н. из штамма F199 Sphingomonas aromaticivorans, Journal of Bacteriology, 181 (5): 1585-1602, 1999.
24. Гаастерленд и Рэган М. Построение мультигеномных представлений целых микробных геномов, Журнал микробной и сравнительной геномики, 3 (3), 1998.
25. Гаастерленд Т. и Рэган М. Прокариотический взгляд на геном дрожжей, Журнал микробной и сравнительной геномики, 3 (4): 219-235, 1998.
26. Gaasterland T и Ragan M. Филетические и функциональные паттерны распределения ORF среди прокариот, Journal of Microbial and Comparative Genomics, 3 (4): 199-217, 1998.
27. Гаастерланд Т. Структурная геномика: биоинформатика в водительском кресле. Nature Biotechnology, 16: 625-627, июль 1998 г.
28. Sensen CW, Gaasterland T et al. Sulfolobus solfataricus: секвенирование и аннотация первой полной мегабазы, Extremophiles, 2: 305-312, 1998.
29. Декерт Г., П. Уоррен П., Гаастерленд Т., Янг В. Г., Ленокс А., Грэм Д., Овербек Р., Снид М., Келлер М., Оджай Р., Хубер Р., Фельдман Р., Шорт Дж., Олсен Г., Суонсон Р. Aquifex aeolicus Genome, Nature 392 (353): 352-358, 26 марта 1998 г.
30. Гаастерленд Т. Структурная геномика обретает форму, тенденции в генетике, март 1998 г.
31. Gaasterland T и Lobo J. Квалификационные ответы в соответствии с потребностями и предпочтениями пользователей, Fundamenta Informatica, ноябрь 1997 г.
32. Гаастерленд Т. Совместные ответы через контролируемую релаксацию запросов, Эксперт IEEE, 12 (5): 48-59, сентябрь / октябрь 1997 г.
33. Sensen CW, Klenk HP, Singh RK, Allard G, Chan C, Liu Q, Penny S, Young F, Schenk M, Gaasterland T, Doolittle WF, Ragan M и Charlebois R. Организационные характеристики и информационное содержание архейного генома: 156 т.п.н. последовательности из Sulfolobus solfataricus P2, Journal of Molecular Microbiology, 22: 175-191, 1996.

Рекомендации