Альфонсо Валенсия - Википедия - Alfonso Valencia

Альфонсо Валенсия
Alfonso Valencia speaking at ISMB/ECCB 2013
Альфонсо Валенсия выступает на ISMB / ECCB 2013.
Альма-матер
ИзвестенBioCreative[1][2][3][4]
Награды
Научная карьера
Поля
Учреждения
Академические консультантыКрис Сандер[6][7][8]

Альфонсо Валенсия это испанский биолог, профессор ICREA, нынешний директор отдела наук о жизни Барселонский суперкомпьютерный центр.[9] и из Испанский национальный институт биоинформатики (INB-ISCIII). С 2015 по 2018 год он был президентом Международное общество вычислительной биологии.[10] Его исследования сосредоточены на изучении биомедицинских систем с использованием подходов вычислительной биологии и биоинформатики.[5]

Образование

Валенсия изучала биологию в Мадридский университет Комплутенсе, обучение в популяционная генетика и биофизика.[11] В 1987 году он был приглашенным научным сотрудником лаборатории Красного Креста Америки.[12] Он получил докторскую степень в молекулярная биология в 1988 г. Автономный университет Мадрида.[13] С 1989 по 1994 год он был Сотрудник докторантуры в лаборатории Крис Сандер на Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL) в Гейдельберг, изучая эволюцию функции белков с помощью последовательность - и структура -основанные подходы.[12][14]

Статья 1994 г. «Коррелированные мутации и контакты остатков в белках»,[15] из которых Валенсия была старшим автором, установил идею о том, что коррелированные мутации в соответствующих местах в последовательностях ДНК у разных организмов могут указывать на то, что эти местоположения соответствуют аминокислотным остаткам, которые были физически близки друг к другу в конечном белке, что дает предсказание контактные карты. Этот ранее не рассмотренный источник дополнительной информации для предсказание структуры белка стали использоваться с возрастающей эффективностью в 2010-х годах, что в конечном итоге привело к успеху DeepMind с AlphaFold 2 в 2020 году.[16]

Исследование

В 1994 году Валенсия основала Protein Design Group в Испанский национальный центр биотехнологии (CNB).[13] Он был руководителем группы структурной и вычислительной биологии в CNIO.[13] В 2006 году он перешел в Испанский национальный центр исследований рака (CNIO) в качестве директора программы структурной биологии и биокомпьютеров.

С 2016 года он ICREA Профессор[17] и директор Департамента наук о жизни Барселонский суперкомпьютерный центр (BSC).[18][19]

Как компьютерный биолог, он специализируется на механистическом понимании биологических систем, включая рак и другие заболевания, с комбинацией подходов биоинформатики, сетевой биологии и машинного обучения. Его группа разработала системы в области предсказания структуры белков, взаимодействия белков и белковых сетей, системной биологии, интеллектуального анализа текста и данных с приложениями в эпигенетике и геномике рака. [20] и коморбидность заболевания. Все эти действия объединяются в общую тему персонализированной медицины с особым интересом к взаимодействию с искусственным интеллектом и высокопроизводительными вычислениями.

По состоянию на 2019 год, Валенсия опубликовала более 420 экспертная оценка документы[5][21][22] которые цитировались более 40 000 раз,[11] в научные журналы включая Природа,[23][24][25] PNAS,[6] Исследования нуклеиновых кислот,[26][27] то Журнал молекулярной биологии,[28][29][30] Биоинформатика,[31][32][33][34] Геномная биология,[2][3][35][36] PLOS вычислительная биология,[37] PLOS Биология,[38] Природа Генетика,[39][40] Природа Биотехнологии,[4][41] Геномные исследования,[42] Биохимия,[7] Текущее мнение в структурной биологии,[43] Структурная биология природы,[8] Тенденции в генетике[44] и Интеллектуальные системы для молекулярной биологии конференция.[45]

Награды и почести

Валенсия была назначена профессором-исследователем в CNB в 2005 году.[13] Он был одним из основателей Международное общество вычислительной биологии (ISCB) и был удостоен звания стипендиата ISCB в 2010 году.[46] Валенсия также занимала должность вице-президента ISCB, а в 2013 году была назначена избранным президентом.[11] С 2015 по 2018 год он был президентом ISCB, сменив Буркхард Рост. Валенсия является почетным доктором датского DTU и избрана член Европейской организации молекулярной биологии (EMBO).[47]

Валенсия участвует в нескольких международных консорциумах, таких как Genecode / КОДИРОВАТЬ,[23][38][42] то Международный консорциум генома рака, Международный консорциум по исследованию редких заболеваний (IRDiRC), Международный консорциум по эпигеномике человека.[41] Валенсия - директор Испанского национального института биоинформатики, платформы ISCIII, испанского узла Европейская медико-биологическая инфраструктура биологической информации (ELIXIR).[11]

Он в настоящее время соисполнительный редактор журнала Биоинформатика, а также член редакционной коллегии eLIFE, FEBS Letters, PeerJ и F1000 Prime.

Рекомендации

  1. ^ Hirschman, L .; Ага, А .; Blaschke, C .; Валенсия, А. (2005). «Обзор BioCreAtIvE: критическая оценка извлечения информации для биологии». BMC Bioinformatics. 6: S1. Дои:10.1186 / 1471-2105-6-S1-S1. ЧВК  1869002. PMID  15960821.
  2. ^ а б Krallinger, M; Морган, А; Смит, L; Leitner, F; Танабэ, L; Wilbur, J; Хиршман, Л; Валенсия, А (2008). "Оценка систем интеллектуального анализа текста для биологии: обзор второй биографии". творческий вызов сообщества ". Геномная биология. 9 Приложение 2: S1. Дои:10.1186 / gb-2008-9-s2-s1. ЧВК  2559980. PMID  18834487.
  3. ^ а б Krallinger, M; Leitner, F; Родригес-Пенагос, К; Валенсия, А (2008). "Обзор задачи извлечения аннотаций взаимодействия белков и белков в Bio творческий II ". Геномная биология. 9 Приложение 2: S4. Дои:10.1186 / gb-2008-9-s2-s4. ЧВК  2559988. PMID  18834495.
  4. ^ а б Leitner, F; Чатр-Арьямонтри, А; Mardis, S.A .; Ceol, A; Krallinger, M; Licata, L; Hirschman, L; Чезарени, G; Валенсия, А (2010). "Письма FEBS / Биография творческий II.5 эксперимент: Обеспечение доступности биологической информации ". Природа Биотехнологии. 28 (9): 897–9. Дои:10.1038 / nbt0910-897. PMID  20829821.
  5. ^ а б c Альфонсо Валенсия публикации, проиндексированные Google ученый
  6. ^ а б Борк, П; Сандер, С; Валенсия, А (1992). «Домен АТФазы, общий для белков прокариотического клеточного цикла, сахарных киназ, актина и белков теплового шока hsp70». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 89 (16): 7290–4. Bibcode:1992PNAS ... 89.7290B. Дои:10.1073 / пнас.89.16.7290. ЧВК  49695. PMID  1323828.
  7. ^ а б Валенсия, А .; Chardin, P .; Wittinghofer, A .; Сандер, К. (1991). «Семейство белков ras: эволюционное древо и роль консервативных аминокислот». Биохимия. 30 (19): 4637–4648. Дои:10.1021 / bi00233a001. PMID  2029511. S2CID  43450157.
  8. ^ а б Casari, G; Сандер, С; Валенсия, А (1995). «Метод предсказания функциональных остатков в белках». Структурная биология природы. 2 (2): 171–8. Дои:10.1038 / nsb0295-171. PMID  7749921.
  9. ^ "El fichaje de Alfonso Valencia refuerza Barcelona como capital bioinformática". La Vanguardia. 2017-03-07.
  10. ^ «Прошлые должностные лица и директора». www.iscb.org. Получено 12 апреля 2018.
  11. ^ а б c d "Альфонсо Валенсия, избранный президент ISCB" (PDF). Архивировано из оригинал (PDF) 10 января 2014 г..
  12. ^ а б "Основной доклад-детали". ISMB / ECCB 2011. Международное общество вычислительной биологии. Получено 7 января 2014.
  13. ^ а б c d "Альфонсо Валенсия - cnio.es". Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas. Архивировано из оригинал на 2014-07-20.
  14. ^ "Альфонсо Валенсия - ОБЪЯВЛЕНИЕ". Архивировано из оригинал на 2014-01-10. Получено 10 января 2014.
  15. ^ U Göbel 1, C Sander, R Schneider, A Valencia <, Коррелированные мутации и контакты остатков в белках, Белки18(4):309-17. (1994) Дои:10.1002 / prot.340180402
  16. ^ Кристина Саес, El último avance basic de la biología se basa en lavestigación de un científico español, La Vanguardia, 2 декабря 2020
  17. ^ "ICREA". www.icrea.cat. Получено 2018-10-27.
  18. ^ «Альфонсо Валенсия назначен директором департамента наук о жизни в BSC | BSC-CNS». www.bsc.es. Получено 2018-10-27.
  19. ^ "El fichaje de Alfonso Valencia refuerza Barcelona como capital bioinformática". La Vanguardia. Получено 2018-10-27.
  20. ^ «Группа структурной вычислительной биологии: обзор - cnio.es». Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas. Получено 10 января 2014.
  21. ^ Альфонсо Валенсия публикации из Европа PubMed Central
  22. ^ Публикации Альфонсо Валенсии индексируется Scopus библиографическая база данных. (требуется подписка)
  23. ^ а б Консорциум проектов ENCODE; Бирни Э; Стаматояннопулос Ж.А.; Датта А; Guigó R; Gingeras TR; Маргулис EH; Weng Z; Снайдер М; Dermitzakis ET; и другие. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE». Природа. 447 (7146): 799–816. Bibcode:2007Натура.447..799Б. Дои:10.1038 / природа05874. ЧВК  2212820. PMID  17571346.
  24. ^ Puente, X. S .; Пиньоль, М; Кесада, V; Конде, Л; Ordóñez, G.R .; Villamor, N; Escaramis, G; Jares, P; Beà, S; Гонсалес-Диас, М. Бассаганьяс, L; Бауман, Т; Хуан, М; López-Guerra, M; Коломер, D; Tubío, J.M .; Лопес, К; Наварро, А; Торнадор, C; Аймерич, М; Розман, М; Эрнандес, Дж. М .; Пуэнте, Д. А .; Freije, J.M .; Веласко, G; Гутьеррес-Фернандес, А; Коста, Д; Каррио, А; Guijarro, S; и другие. (2011). «Секвенирование всего генома выявляет повторяющиеся мутации при хроническом лимфолейкозе». Природа. 475 (7354): 101–5. Дои:10.1038 / природа10113. ЧВК  3322590. PMID  21642962.
  25. ^ Международный консорциум по геному рака; Hudson, T. J .; Андерсон, Вт; Артез, А; Barker, A.D .; Белл, C; Bernabé, R. R .; Bhan, M. K .; Calvo, F; Eerola, I; Герхард, Д. С .; Гутмахер, А; Гайер, М; Hemsley, F.M .; Jennings, J. L .; Kerr, D; Клатт, П; Колар, П; Кусада, Дж; Lane, D. P .; Лаплас, F; Youyong, L; Неттековен, Г; Озенбергер, Б; Петерсон, Дж; Rao, T. S .; Ремакл, Дж; Schafer, A.J .; Шибата, Т; и другие. (2010). «Международная сеть проектов генома рака». Природа. 464 (7291): 993–8. Bibcode:2010Натура.464..993Т. Дои:10.1038 / природа08987. ЧВК  2902243. PMID  20393554.
  26. ^ Hermjakob, H .; Montecchi ‐ Palazzi, L .; Lewington, C .; Mudali, S .; Kerrien, S .; Orchard, S .; Vingron, M .; Roechert, B .; Roepstorff, P .; Валенсия, А.; Маргалит, Н .; Armstrong, J .; Байрох, Амос; Cesareni, G .; Шерман, Д .; Апвейлер, Р. (2004). «IntAct: база данных молекулярных взаимодействий с открытым исходным кодом». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (90001): D452–5. Дои:10.1093 / нар / gkh052. ЧВК  308786. PMID  14681455.
  27. ^ Van Ham, R.C .; Kamerbeek, J; Паласиос, С; Rausell, C; Abascal, F; Бастолла, U; Fernández, J.M .; Хименес, L; Postigo, M; Silva, F.J .; Tamames, J; Viguera, E; Latorre, A; Валенсия, А; Моран, F; Моя, А (2003). «Редуктивная эволюция генома Buchnera aphidicola». Труды Национальной академии наук. 100 (2): 581–6. Bibcode:2003ПНАС..100..581В. Дои:10.1073 / pnas.0235981100. ЧВК  141039. PMID  12522265.
  28. ^ Пазос, Ф; Helmer-Citterich, M; Ausiello, G; Валенсия, А (1997). «Коррелированные мутации содержат информацию о межбелковом взаимодействии». Журнал молекулярной биологии. 271 (4): 511–23. CiteSeerX  10.1.1.360.2386. Дои:10.1006 / jmbi.1997.1198. PMID  9281423.
  29. ^ Дженсен, Л. Дж .; Gupta, R; Blom, N; Девос, Д; Tamames, J; Кесмир, К; Нильсен, Н; Staerfeldt, H.H .; Rapacki, K; Уоркман, C; Andersen, C.A .; Knudsen, S; Крог, А; Валенсия, А; Брунак, S (2002). «Прогнозирование функции белков человека по посттрансляционным модификациям и особенностям локализации». Журнал молекулярной биологии. 319 (5): 1257–65. CiteSeerX  10.1.1.139.2639. Дои:10.1016 / S0022-2836 (02) 00379-0. PMID  12079362.
  30. ^ Olmea, O; Рост, Б; Валенсия, А (1999). «Эффективное использование корреляции последовательностей и сохранения в распознавании складок». Журнал молекулярной биологии. 293 (5): 1221–39. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3208. PMID  10547297. S2CID  16167106.
  31. ^ Herrero, J; Валенсия, А; Допазо, Дж (2001). «Иерархическая неконтролируемая растущая нейронная сеть для кластеризации паттернов экспрессии генов». Биоинформатика. 17 (2): 126–36. Дои:10.1093 / биоинформатика / 17.2.126. PMID  11238068.
  32. ^ Hoffmann, R; Валенсия, А (2005). «Реализация концепции iHOP для навигации по биомедицинской литературе». Биоинформатика. 21 Дополнение 2: ii252–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti1142. PMID  16204114.
  33. ^ Пэн, Ханьчуань; Бейтман, Алекс; Валенсия, Альфонсо; Рен, Джонатан Д. (2012). «Информатика биоизображений: новая категория в биоинформатике». Биоинформатика. 28 (8): 1057. Дои:10.1093 / биоинформатика / bts111. ЧВК  3324521. PMID  22399678.
  34. ^ Бейтман, Алекс; Валенсия, Альфонсо (2006). «Структурная геномика встречается с вычислительной биологией». Биоинформатика. 22 (19): 2319. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl426. PMID  17032684.
  35. ^ Юнкер, А. С .; Дженсен, Л. Дж .; Pierleoni, A; Бернзель, А; Tress, M. L .; Борк, П; фон Хейне, G; Валенсия, А; Ouzounis, C.A .; Casadio, R; Брунак, S (2009). «Предсказание и аннотация белков на основе последовательностей». Геномная биология. 10 (2): 206. Дои:10.1186 / gb-2009-10-2-206. ЧВК  2688272. PMID  19226438.
  36. ^ Бодо, А; Гомес-Лопес, G; Валенсия, А (2009). «Трансляционная интерпретация болезни с помощью молекулярных сетей». Геномная биология. 10 (6): 221. Дои:10.1186 / gb-2009-10-6-221. ЧВК  2718486. PMID  19591646.
  37. ^ Васкес, М; де ла Торре, V; Валенсия, А (2012). «Глава 14: Анализ генома рака». PLOS вычислительная биология. 8 (12): e1002824. Bibcode:2012PLSCB ... 8E2824V. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1002824. ЧВК  3531315. PMID  23300415.
  38. ^ а б Консорциум проектов ENCODE (2011 г.). Беккер ПБ (ред.). «Руководство пользователя Энциклопедии элементов ДНК (ENCODE)». PLOS Биология. 9 (4): e1001046. Дои:10.1371 / journal.pbio.1001046. ЧВК  3079585. PMID  21526222. открытый доступ
  39. ^ Hoffmann, R; Валенсия, А (2004). «Генная сеть для навигации по литературе». Природа Генетика. 36 (7): 664. Дои:10.1038 / ng0704-664. PMID  15226743.
  40. ^ Кесада, V; Конде, л; Villamor, N; Ordóñez, G.R .; Jares, P; Бассаганьяс, L; Ramsay, A.J .; Beà, S; Пиньоль, М; Мартинес-Трильос, А; López-Guerra, M; Коломер, D; Наварро, А; Бауман, Т; Аймерич, М; Розман, М; Дельгадо, Дж; Giné, E; Эрнандес, Дж. М .; Гонсалес-Диас, М. Пуэнте, Д. А .; Веласко, G; Freije, J.M .; Tubío, J.M .; Ройо, Р. Gelpí, J. L .; Ороско, М; Pisano, D.G .; Замора, Дж; и другие. (2011). «Секвенирование экзома выявляет повторяющиеся мутации гена фактора сплайсинга SF3B1 при хроническом лимфолейкозе». Природа Генетика. 44 (1): 47–52. Дои:10,1038 / нг.1032. PMID  22158541.
  41. ^ а б Адамс, Д.; Altucci, L; Antonarakis, S.E .; Баллестерос, Дж; Бек, S; Птица, А; Бок, С; Бём, Б; Кампо, Э; Карикасол, А; Даль, Ф; Dermitzakis, E.T .; Энвер, Т; Эстеллер, М; Эстивилл, X; Фергюсон-Смит, А; Фитцгиббон, Дж; Flicek, P; Giehl, C; Граф, Т; Grosveld, F; Guigo, R; Gut, I; Хелин, К; Ярвиус, Дж; Küppers, R; Lehrach, H; Ленгауэр, Т; Лернмарк, Оке; и другие. (2012). «BLUEPRINT для декодирования эпигенетической подписи, написанной кровью». Природа Биотехнологии. 30 (3): 224–6. Дои:10.1038 / nbt.2153. HDL:11858 / 00-001M-0000-000E-E88D-5. PMID  22398613.
  42. ^ а б Харроу, Дж; Франкский, А; Gonzalez, J.M .; Tapanari, E; Диханс, М; Кокоцински, Ф; Aken, B.L .; Barrell, D; Задисса, А; Searle, S; Барнс, я; Бигнелл, А; Бойченко, В; Хант, Т; Кей, М; Mukherjee, G; Раджан, Дж; Despacio-Reyes, G; Сондерс, G; Стюард, C; Harte, R; Линь, М; Howald, C; Танзер, А; Derrien, T; Chrast, J; Уолтерс, N; Баласубраманян, S; Пей, Б; и другие. (2012). «GENCODE: эталонная аннотация генома человека для проекта ENCODE». Геномные исследования. 22 (9): 1760–74. Дои:10.1101 / гр.135350.111. ЧВК  3431492. PMID  22955987.
  43. ^ Валенсия, А; Пазос, Ф (2002). «Вычислительные методы предсказания белковых взаимодействий». Текущее мнение в структурной биологии. 12 (3): 368–73. Дои:10.1016 / s0959-440x (02) 00333-0. PMID  12127457.
  44. ^ Девос, Д; Валенсия, А (2001). «Внутренние ошибки в аннотации генома». Тенденции в генетике. 17 (8): 429–31. Дои:10.1016 / s0168-9525 (01) 02348-4. PMID  11485799.
  45. ^ Blaschke, C; Андраде, М. А .; Узунис, К; Валенсия, А (1999). «Автоматическое извлечение биологической информации из научного текста: белок-белковые взаимодействия». Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии: 60–7. PMID  10786287.
  46. ^ «Стипендиаты ISCB». www.iscb.org. Международное общество вычислительной биологии. Архивировано из оригинал 2015-03-28.
  47. ^ «Найдите члена EMBO». Европейская организация молекулярной биологии.
Предшествует
Буркхард Рост		 Президент
Международное общество вычислительной биологии
2015 – 2018		Преемник
Томас Ленгауэр