Международный консорциум генома рака - International Cancer Genome Consortium

В Международный консорциум генома рака (МКГК) - это добровольная научная организация, которая обеспечивает форум для сотрудничества между ведущими мировыми исследователями рака и геномики. ICGC была создана в 2008 году для координации крупномасштабных исследования генома рака в опухолях 50 типов и / или подтипов рака, которые имеют большое значение во всем мире.

Систематические исследования более 25000 геномов рака в геномный, эпигеномный и транскриптомный Уровни выявят репертуар онкогенных мутаций, обнаружат следы мутагенных влияний, определят клинически значимые подтипы для прогноза и терапевтического управления, а также позволят разработать новые методы лечения рака.^[1]

ICGC включает данные из Атлас генома рака (TCGA) и Проект генома рака Сэнгера.

Профессор Андрей Бьянкин AO, региональный профессор и директор онкологического исследовательского центра Вольфсона Воля при Университете Глазго, с 2018 года является исполнительным директором и председателем.^[2]

Цели

ICGC - одно из самых амбициозных биомедицинских исследований со времен Проект "Геном человека". Консорциум поможет координировать текущие и будущие крупномасштабные проекты, чтобы понять геномные изменения, связанные с раковыми заболеваниями, вызывающими глобальную озабоченность. Каталоги, составленные членами ICGC, будут быстро и бесплатно доступны для квалифицированных исследователей, что позволит ученым всего мира использовать новую информацию для разработки более эффективных способов диагностики, лечения и профилактики многих типов рака.

Цель МКГК - дать всестороннее описание соматических (ненаследственных) геномных аномалий, присутствующих в широком диапазоне опухолей человека. Учитывая наши текущие знания о гетерогенности типов и подтипов опухолей, ICGC поставила цель координировать около 50 проектов, каждый из которых будет генерировать геномный анализ примерно 500 образцов рака каждого класса. Однако общепризнано, что рак очень неоднороден и можно выделить сотни типов / подтипов. Таким образом, заявленная цель 50 проектов ICGC не предназначена и не может исчерпывающе охватить весь спектр типов рака.

Члены ICGC по финансированию и исследованиям, предлагающие проект, должны согласиться с политикой ICGC, которая включает требования к быстрому выпуску данных, строгим стандартам качества и защите участников исследования.

Полный список целей, структуры, политики и руководящих принципов ICGC доступен по адресу http://icgc.org/

Структура и финансирование

ICGC финансируется участвующими странами, каждая из которых специализируется на одной или нескольких формах рака, с целью картирования геномы минимум 50 видов рака.^[3] Секретариат консорциума находится на Институт Онтарио по исследованию рака в Торонто, Канада,^[4] который также будет управлять центром координации данных. Провинциальный Правительство Онтарио предоставил финансирование в размере 40 миллионов долларов, и ожидается, что каждый участвующий финансирующий участник внесет 20 миллионов долларов в каждый проект. В 2009 г. Немецкая онкологическая помощь поддержал один проект ICGC на сумму 7,9 млн евро. Это была самая большая сумма, которую дала частная организация. Деньги пожертвованы немецким народом.

Членство в ICGC открыто для всех организаций, которые соглашаются следовать его принципам и руководящим принципам. ICGC получила обязательства от финансирующих организаций в Азии, Австралии, Европе и Северной Америке для 47 проектных групп в 15 юрисдикциях для изучения более 21 000 геномов опухолей. Проекты, которые в настоящее время финансируются, исследуют опухоли, поражающие мочевой пузырь, кровь, кости, мозг, грудь, шейку матки, толстую кишку, голову и шею, почки, печень, легкие, полость рта, яичники, поджелудочную железу, простату, прямую кишку, кожу, мягкие ткани, желудок, щитовидная железа и матка. Ожидается, что со временем к ICGC присоединятся другие страны и организации. Геномные анализы опухолей, проведенные членами ICGC в Австралии и Канаде (рак поджелудочной железы), Китае (рак желудка), Франции (рак печени), Германии (рак мозга), Японии (рак печени), Испании (рак крови), Великобритании. (рак крови, груди, легких и кожи) и США (кровь, мозг, грудь, толстая кишка, почки, легкие, яичники, рак прямой кишки, желудка и матки) теперь доступны через Центр координации данных, расположенный на веб-сайте ICGC по адресу http://www.icgc.org. Наборы данных доступны для просмотра и могут быть загружены на https://dcc.icgc.org/.

Члены исполкома

Австралия: Уорик Андерсон, Национальный совет здравоохранения и медицинских исследований
Канада:Томас Хадсон, Институт Онтарио по исследованию рака, Сьюзан Ланглуа, Рак простаты Канада и Синди Белл, Геном Канада
Китай: Генри Ян и Юйонг Лу, Китайский консорциум генома рака
Европейская комиссия: Жак Ремакль, Патрик Колар и Ииро Эерола
Франция: Фабьен Кальво, Национальный институт рака (INCa)
Германия: Аксель Арец и Франк Лаплас, Федеральное министерство образования и науки. Герд Неттековен, Deutsche Krebshilfe (Немецкая онкологическая помощь ), основанная в Милдред Шил, Бонн и Берлин.
Индия: M.K. Бхан и Т. Рао, Министерство науки и технологий, Кафедра биотехнологии
Италия: Мария Кристина Фальвелла Министерство образования, университетов и исследований Италии (MIUR) и Джампаоло Тортора Веронский университет
Япония: Соноко Ватанабэ, RIKEN, Тацухиро Шибата, Национальный онкологический центр Сатико Суэмацу, Рие Цучида и Хидео Ино Национальный институт биомедицинских инноваций
Мексика: Мигель Бетанкур Instituto Carlos Slim de la Salud
Саудовская Аравия: Султан бин Турки Аль Седайри Специализированная больница и исследовательский центр имени короля Фейсала
Южная Корея: Хён-Лэ Ким Национальный центр геномики рака, Национальный проект персонализированной геномной медицины, Министерство здравоохранения и социального обеспечения Южной Кореи
Испания: Элиас Кампо и Роза Родригес Бернабе, Министерство науки и инноваций Испании
Соединенное Королевство: Майкл Данн и Майкл Стрэттон, The Wellcome Trust Sanger Institute
Великобритания: Дэвид Скотт и Ник Джонс, Cancer Research UK
США: Жан Клод Зенклюзен и Луи Штаудт, Национальный институт рака Эрик Грин и Кэролайн Хаттер, Национальный институт исследования генома человека

Представители со статусом наблюдателя:

Гонконг: Джозеф Ли, Гонконгский университет науки и технологий

Текущие исследовательские проекты

В каждой стране-участнице основной целью исследования является определенный тип опухоли:^[5]

Австралия: Панкреатический рак – Аденокарцинома протоков и рак яичников - Серозная цистаденокарцинома^[6]
Канада: рак поджелудочной железы - протоковый аденокарцинома и рак простаты – аденокарцинома
Китай: Рак желудка - кишечного и диффузного типа
Европейский Союз /Франция: Рак почки – Карцинома почек (Сосредоточьтесь, но не ограничиваясь на подтипе чистой клетки)
Европейский Союз / Великобритания: Рак молочной железы - ER + ve, HER2-ve
Франция: рак груди - подтип, определяемый усилением HER2 ген
Франция: Рак печени – Гепатоцеллюлярная карцинома (Вторично по отношению к алкоголю и ожирению)
Германия: Детские опухоли головного мозга – Медуллобластома и пилоцитарная астроцитома у детей и злокачественная лимфома и рак простаты^[7]
Индия: Рак ротовой полости - гингивобуккальный
Италия: Редкие опухоли поджелудочной железы - Энтеропанкреатические эндокринные опухоли и редкие экзокринные опухоли поджелудочной железы
Япония: рак печени - гепатоцеллюлярная карцинома (ассоциированная с вирусом)
Испания: Хронический лимфолейкоз - ХЛЛ с мутированным и немутантным IgVH
Соединенное Королевство: рак груди - тройной отрицательный / дольчатый / другое
Соединенные Штаты: плоскоклеточный рак легкого, папиллярная карцинома почки, светлоклеточная карцинома почки, рак молочной железы, карцинома почек, рак шейки матки (плоскоклеточный), аденокарцинома толстой кишки, аденокарцинома желудка, рак прямой кишки, гепатоцеллюлярная карцинома, Плоскоклеточный рак головы и шеи (ротовой полости), карцинома щитовидной железы, уротелиальная карцинома мочевого пузыря - непапиллярное, тело матки (карцинома эндометрия ), аденокарцинома протока поджелудочной железы, острый миелоидный лейкоз, аденокарцинома простаты, аденокарцинома легких, кожная меланома, лобулярная карцинома молочной железы и глиома низшей степени, карцинома пищевода, серозная цистаденокарцинома яичников, плоскоклеточный рак легкого, адренокортикальная карцинома, Диффузная В-крупноклеточная лимфома, параганглиома & феохромоцитома, холангиокарцинома, карциносаркома матки, увеальная меланома, тимома, саркома, мезотелиома, и рак яичка половых клеток.

Будущая работа

ICGCmed

В контексте масштабных международных усилий по секвенированию и в ожидании новой эры точной медицины, The Международный медицинский консорциум по геному рака (ICGCmed) свяжет множество уже накопленных геномных данных, а также новые генерируемые геномные данные с клинической информацией и информацией о здоровье, включая образ жизни, историю болезни, данные диагностики рака, а также реакцию на терапию и выживаемость после нее, в зависимости от рака. спектр. Используя эти крупномасштабные интегрированные данные, исследователи, ученые, политики и клиницисты смогут работать с пациентами, поставщиками медицинских услуг и другими лицами для разработки превентивных стратегий, маркеров для раннего выявления заболеваний, более конкретных критериев и методов диагностики и прогнозов, а также вмешательства, основанные на сопоставлении молекулярного подтипа заболевания пациента с наиболее эффективными комбинациями терапий.

Это приведет к открытию новых терапевтических целей, более точным определениям заболеваний и улучшенным стратегиям предотвращения лекарственной устойчивости.