База данных эукариотических патогенов - Eukaryotic Pathogen Database

EuPathDB Logo.jpg

В База данных эукариотических патогенов, или EuPathDB, представляет собой базу данных биоинформатических и экспериментальных данных, связанных с различными патогенами эукариот. Он был основан в 2006 году под Национальные институты здоровья программа для создания Ресурсные центры по биоинформатике для облегчения исследований патогенов, которые могут представлять угрозу биозащиты.[нужна цитата ] EuPathDB хранит данные, относящиеся к интересующим организмам, и предоставляет инструменты для поиска и анализа данных. В настоящее время он состоит из 14 компонентных баз данных, каждая из которых посвящена определенной теме исследования. EuPathDB включает:

  • Ресурсы по геномике эукариотических простейших паразитов
  • Ответы хозяина на заражение паразитом (HostDB)
  • Ортологи (OrthoMCL)
  • Данные клинических исследований (ClinEpiDB)
  • Данные микробиома (MicrobiomeDB)

История

EuPathDB была создана в рамках Национальные институты здравоохранения США Ресурсные центры по биоинформатике выступают в качестве ApiDB, ресурса, предназначенного для Апикомплексан паразиты.[1] Первоначально ApiDB состоял из сайтов-компонентов CryptoDB (для Криптоспоридиум ), PlasmoDB (для Плазмодий ) и ToxoDB (для Toxoplasma gondii ).[2] Поскольку ApiDB вырос, чтобы сосредоточиться на эукариотических патогенах, выходящих за рамки Apicomplexans, название было изменено на EuPathDB, чтобы поддерживать его расширенные возможности.[3] EuPathDB явилась результатом сотрудничества многих паразитологов, включая Дэвида Рооса, Джессика Киссинджер и Дайан Вирт.[4][5]

Функции

Это интегрированная база данных, охватывающая патогены эукариот нескольких родов. Это позволяет получить доступ к подробным геном информация, связанная с этими патогенами. EuPathDB ранее назывался ApiDB и был интегрированным ресурсом для апикомплекс охватывающая базы данных связанных патогенов, ToxoDB, PiroplasmDB и CryptoDB.[2]

В настоящее время EuPathDB охватывает 11 баз данных, последним дополнением является Пироплазма который поддерживает Бабезия и Theileria. Этот BRC является одним из пяти центров, финансируемых для поддержки исследовательских организаций. EuPath поддерживает исследование патогенов эукариот, а четыре других центра поддерживают исследования других патогенов болезней.[6] Он разработал сложную поисковую систему, оказывающую неоценимую помощь исследователям.[3]

Компонентные базы данных

EuPathDB состоит из 14 компонентных баз данных, каждая из которых имеет определенную направленность:[7]

  • AmoebaDB (Патогенная амеба)
  • CryptoDB (Криптоспоридиум виды)
  • FungiDB (Патогенные грибы)
  • GiardiaDB (Лямблии виды)
  • MicrosporidiaDB (Виды микроспоридий)
  • ПироплазмаDB (Патогенный Пироплазмида )
  • PlasmoDB (Плазмодий виды)
  • ToxoDB (Toxoplasma gondii)
  • TrichDB (Трихомонада виды)
  • TriTrypDB (Кинетопластида, такая как Лейшмания и Трипаносома виды)
  • HostDB (реакция хозяина на паразитарную инфекцию)
  • OrthoMCL (для ортологичных белковых последовательностей)
  • ClinEpiDB (для данных клинических исследований)
  • MicrobiomeDB (для данных микробиома)

использованная литература

  1. ^ Грин Дж. М., Коллинз Ф., Лефковиц Э. Дж., Роос Д., Шойерманн Р. Х., Собрал Б., Стивенс Р., Уайт О., Франко В. Д.. "Ресурсные центры по биоинформатике Национального института аллергии и инфекционных заболеваний: новые возможности для информатики патогенов". Цитировать журнал требует | журнал = (Помогите)
  2. ^ а б Aurrecoechea C, Heiges M, Wang H, Wang Z, Fischer S, Rhodes P, Miller J, Kraemer E, Stoeckert CJ Jr, Roos DS, Kissinger JC (2007). «ApiDB: интегрированные ресурсы для ресурсного центра апикомплексной биоинформатики». Нуклеиновые кислоты Res. 35: D427-30. Дои:10.1093 / нар / gkl880. ЧВК  1669770. PMID  17098930.
  3. ^ а б Aurrecoechea C, Brestelli J, Brunk BP, Fischer S, Gajria B, Gao X, Gingle A, Grant G, Harb OS, Heiges M, Innamorato F, Iodice J, Kissinger JC, Kraemer ET, Li W, Miller JA, Nayak V , Пеннингтон С., Пинни Д.Ф., Роос Д.С., Росс С., Сринивасамурти Дж., Стокерт С.Дж.-младший, Тибодо Р., Тритман С., Ван Х (2010). «EuPathDB: портал к базам данных эукариотических патогенов». Нуклеиновые кислоты Res. 38: D415-9. Дои:10.1093 / nar / gkp941. ЧВК  2808945. PMID  19914931.
  4. ^ "Паразитолог, перепрограммированный: профиль Дэвида Рооса". Журнал Scientist Magazine®. Получено 2019-08-02.
  5. ^ «EuPathDB: обо всем». eupathdb.org. Получено 2019-08-02.
  6. ^ Aurrecoechea C, Barreto A и др. (2013). «EuPathDB: база данных патогенов эукариот». Исследования нуклеиновых кислот. 41: D684-91. Дои:10.1093 / нар / гкс1113. ЧВК  3531183. PMID  23175615.
  7. ^ "Ресурс генома эукариотических патогенов". EuPathDB. Получено 2013-11-11.