Джессика Киссинджер - Jessica Kissinger

Джессика Киссинджер является заслуженным профессором-исследователем Франклин колледж искусств и наук, Университет Джорджии и директор института Биоинформатика. Ее исследования сосредоточены на эволюции, сборке и обработке данных простейшие паразиты геномы особенно Криптоспоридиум, Toxoplasma gondii и Плазмодий.

биография

Киссинджер получила докторскую степень в Университет Индианы в 1995 г.[1] Во время ее PostDoc она работала с Дэвид Роос чтобы помочь установить База данных эукариотических патогенов (EuPathDB) серии коллекций генома, включая специфические для малярии PlasmoDB, для облегчения запросов и доступа ученых.[2][3] С момента запуска в 1999 году база данных накопила 9 ТБ данных, были получены новые грантовые взносы от Национальные институты здравоохранения США в каждом цикле финансирования, и теперь получает 6 миллионов запросов в год от 13 000 человек.[4] Совсем недавно Киссинджер и Роос получили грант, который, как ожидается, составит 23,4 миллиона долларов США на поддержание ресурса.[4] Успех EuPathDB привел к созданию базы данных клинической эпидемиологии (ClinEpiDB) на той же основе, рядом с Кристиан Стокерт и Кристиан Герц-Фаулер.[5]

В 2008 году, будучи адъюнкт-профессором, она была назначена национальным ассоциированным членом Национальные академии наук, инженерии и медицины.[6] Она помогла основать Институт биоинформатики в Университете Джорджии, а затем стала его директором.[7] В 2016 году она была награждена Премией Университета Ричарда Ф. Рейффа за интернационализацию (вместе с коллегой-профессором Роза Чепятор-Томсон ) за ее международное сотрудничество, открытие данных на международном уровне, а также за то, что она была членом руководящей группы для Международные центры передового опыта в области исследований малярии в Западной Африке на Национальные институты здоровья.[7]

Помимо создания баз данных, Киссинджер занимается анализом и сравнением геномов паразитов. Используя сборки генома из разных Apicomplexa (который включает паразитов малярии и токсоплазмоза) было показано, что генетическая синтения (гены, расположенные в одних и тех же группах в разных геномах) было значительно меньше, чем ожидалось от геномов животных, что позволяет предположить, что геномы паразитов претерпели серьезные перестройки или что их последний общий предок более древний, чем считалось ранее.[8] В 2012 году ее лаборатория помогла разработать вычислительный инструмент MCScanX для определения синтении в геномах, который был процитирован> 650 раз.[9][10]

Киссинджер продолжает делать большое количество данных полученные от исследований паразитов настолько доступны, насколько это возможно. В Центр взаимодействия "хозяин-возбудитель малярии", сотрудничество с Университет Эмори, финансируется Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний и во главе с Мэри Галински, приступает к реализации крупного проекта по характеристике многих тысяч ассоциаций малярийных млекопитающих, и Киссинджер принимает участие в преобразовании этих данных в формат, который может использовать каждый.[11] Она сказала о проекте: «Цель моей команды - объединить терабайты данных, производимых как на хосте, так и на паразите, и сделать их доступными для наших разработчиков математического моделирования, которые ищут шаблоны и сигналы, а также глобальные данные. сообщество исследователей малярии, чтобы гарантировать, что эти крупные инвестиции окажут самое большое влияние на исследования малярии ".[11]

использованная литература

  1. ^ "Джессика Киссинджер | Департамент генетики". www.genetics.uga.edu. Получено 2019-08-02.
  2. ^ "Паразитолог, перепрограммированный: профиль Дэвида Рооса". Журнал Scientist Magazine®. Получено 2019-08-02.
  3. ^ Aurrecoechea, C .; Barreto, A .; Brestelli, J .; Brunk, B.P .; Cade, S .; Doherty, R .; Фишер, С .; Gajria, B .; Гао, X. (01.01.2013). "EuPathDB: База данных эукариотических патогенов". Исследования нуклеиновых кислот. 41 (D1): D684 – D691. Дои:10.1093 / нар / гкс1113. ISSN  0305-1048. ЧВК  3531183. PMID  23175615.
  4. ^ а б Флурри, Алан (12 января 2015 г.). «Контракт на 23,4 млн долларов на пополнение базы данных по геномике патогенов». UGA сегодня. Получено 2019-08-02.
  5. ^ «Новый ресурс данных с открытым доступом призван укрепить сотрудничество в области глобальных исследований инфекционных заболеваний». Penn Today. Получено 2019-08-02.
  6. ^ "Джессика Киссинджер, национальный сотрудник Национального исследовательского совета". UGA сегодня. 2008-11-17. Получено 2019-08-02.
  7. ^ а б Смит, Сью Майерс (2016-04-08). «Преподаватели и сотрудники UGA получают награды от Управления международного образования». UGA сегодня. Получено 2019-08-02.
  8. ^ DeBarry, J.D .; Киссинджер, Дж. К. (01.10.2011). "Смешанные геномы: отсутствие апикомлексической синтении". Молекулярная биология и эволюция. 28 (10): 2855–2871. Дои:10.1093 / молбев / msr103. ISSN  0737-4038. ЧВК  3176833. PMID  21504890.
  9. ^ Wang, Y .; Tang, H .; DeBarry, J.D .; Tan, X .; Li, J .; Ван, X .; Lee, T.-h .; Jin, H .; Марлер, Б. (2012-04-01). «MCScanX: набор инструментов для обнаружения и эволюционного анализа синтении и коллинеарности генов». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (7): e49. Дои:10.1093 / нар / gkr1293. ISSN  0305-1048. ЧВК  3326336. PMID  22217600.
  10. ^ "Джессика К. Киссинджер - Цитирование ученых из Google". scholar.google.com. Получено 2019-08-02.
  11. ^ а б «Emory и UGA сотрудничают, чтобы использовать свои сильные стороны в исследованиях инфекционных заболеваний». news.emory.edu. 2014-12-16. Получено 2019-08-02.