FightAIDS @ Home - FightAIDS@Home

Заставка FightAIDS @ Home

FightAIDS @ Home («Борьба со СПИДом дома») - это распределенных вычислений проект, осуществляемый лабораторией Олсона в Научно-исследовательский институт Скриппса. Он работает на домашних компьютерах, подключенных к Интернету, а с июля 2013 года также работает на Android смартфоны и таблетки.[1] Он направлен на использование методов моделирования биомедицинского программного обеспечения для поиска способов лечения или предотвращения распространения ВИЧ / СПИД.

Методы

Целью Олсона является протеаза ВИЧ, ключевая молекулярная машина вируса, которая при блокировании останавливает его созревание. Эти блокираторы, известные как "ингибиторы протеазы ", таким образом, являются способом избежать появления СПИДа и продлить жизнь. Лаборатория Олсона использует вычислительные методы для определения новых лекарственных препаратов-кандидатов, которые имеют правильную форму и химические характеристики, чтобы блокировать протеазу ВИЧ. Этот общий подход называется дизайн лекарств на основе структуры, и, по данным Национального института общих медицинских наук Национального института здравоохранения, это уже оказало драматическое влияние на жизнь людей, живущих со СПИДом.

FightAIDS @ Home использует AutoDock VINA программное обеспечение, которое проверяет, насколько хорошо конкретная молекула связывается с Протеаза ВИЧ-1.

В октябре 2015 года был запущен FightAIDS @ Home Phase 2 с использованием ресурсоемких вычислений. Метод анализа распределения энергии связывания (BEDAM), чтобы «более тщательно оценить лучших кандидатов из огромного количества результатов, полученных на этапе 1».[2]

История

Первоначально он был реализован с использованием программной инфраструктуры распределенных вычислений, предоставленной Энтропия. Однако с мая 2003 года FightAIDS @ Home не ассоциировалась с Entropia,[3] а 21 ноября 2005 г. проект переехал в г. Сетка мирового сообщества и программное обеспечение Entropia было заброшено.[4]

Научно-исследовательский институт Скриппса опубликовал свою первую рецензируемую научную статью о результатах FightAIDS @ Home 21 апреля 2007 года.[5] В этом документе объясняется, что результаты до этого момента будут в первую очередь использоваться для повышения эффективности будущих расчетов FightAIDS @ Home.[6]

3 февраля 2010 года в рамках проекта было объявлено, что были обнаружены два соединения, которые делают возможным совершенно новый класс лекарств для борьбы со СПИДом: «два соединения, которые действуют на новые сайты связывания фермента, используемого вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ), вирусом это вызывает СПИД. Это открытие закладывает основу для разработки нового класса препаратов против ВИЧ для улучшения существующих методов лечения, лечения устойчивых к лекарствам штаммов болезни и замедления эволюции лекарственной устойчивости вируса ".

Системные Требования

Минимальные системные требования для запуска FightAIDS @ home:[7]

объем памяти250 МБ
Жесткий диск50 МБ
Компьютерная графиканеобязательный
Интернет связь

При распределенных вычислениях каждый добавленный компьютер ускоряет проект, в то время как программа мало влияет на производительность машины, на которой она установлена, поскольку процесс вычислений можно настроить на выполнение с минимальным приоритетом в фоновом режиме.

Публикации

  • Чанг, Макс Вт .; Линдстрем, Уильям; Олсон, Артур Дж .; Белью, Ричард К. (2007). «Анализ структур ВИЧ дикого типа и мутантов с помощью стыковки in Silico с различными библиотеками лигандов» (PDF). J. Chem. Инф. Модель. 47 (3): 1258–1262. Дои:10.1021 / ci700044s. PMID  17447753.
  • Perryman, A .; Сантьяго, Д .; Форли, С .; Santos-Martins, D .; Олсон, А. (2014), «Виртуальный скрининг с помощью AutoDock Vina и общего фармакофорного механизма библиотеки фрагментов с низким разнообразием и попаданий в три аллостерических сайта интегразы ВИЧ: участие в проблеме связывания белок-лиганд SAMPL4», Журнал компьютерного молекулярного дизайна, 28 (4): 429–441, Дои:10.1007 / s10822-014-9709-3, ЧВК  4053500, PMID  24493410

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ FightAIDS @ Home, получено 4 октября 2015
  2. ^ FightAIDS @ Home - Фаза 2, получено 4 октября 2015
  3. ^ «Достойное дело: проект« Борьба со СПИДом на домашнем компьютере »». FuturePundit. 2003-12-01. Получено 2007-08-08.
  4. ^ "FightAIDS @ Home". Научно-исследовательский институт Скриппса. Получено 2007-08-08.
  5. ^ Чанг, Макс Вт .; Уильям Линдстрем; Артур Дж. Олсон; Ричард К. Белью (21 апреля 2007 г.). «Анализ структур ВИЧ дикого типа и мутантов с помощью стыковки in Silico с различными библиотеками лигандов». J. Chem. Инф. Модель. 47 (3): 1258–1262. Дои:10.1021 / ci700044s. PMID  17447753. Получено 2007-07-30.
  6. ^ "FightAIDS @ Home News Том 3" (PDF). Научно-исследовательский институт Скриппса. 2007-05-10. Получено 2007-07-30.
  7. ^ "Системные Требования". Помощь. Сетка мирового сообщества. Получено 2015-10-04.

внешняя ссылка