База данных рецепторов, связанных с G-белками - G protein-coupled receptors database
Содержание | |
---|---|
Описание | Рецептор, связанный с G-белком данные, веб-инструменты и диаграммы |
Типы данных захвачен | Структуры, мутанты, последовательности |
Контакт | |
Исследовательский центр | Копенгагенский университет |
Авторы | Виннир Исберг, Бас Вролин, Герт Вринд, Давид Глориам и другие. |
Основное цитирование | Pandy-Szekeres G, Munk C, Tsonkov TM, Mordalski S, Harpsoe K, Hauser AS, Bojarski AJ, Gloriam DE. [1] |
Дата выхода | 1993 |
Доступ | |
Интернет сайт | https://www.gpcrdb.org |
веб-сервис URL | https://gpcrdb.org/services/ |
Разное | |
Политика курирования | Полученные вручную и экспериментальные данные |
В GPCRdb база данных является основным хранилищем курируемых данных для G-белковые рецепторы (GPCR). Он объединяет различные веб-инструменты и диаграммы для анализа GPCR и хранит ручные аннотации всех кристаллических структур GPCR, доступных через PDB (Банк данных белков ), имеет самые большие коллекции мутантов рецепторов и сравнительных выравниваний последовательностей. Ряд инструментов, доступных на домашней странице GPCRdb, можно запустить в веб-браузере для анализа структур, сходства последовательностей, взаимоотношений рецепторов, моделей гомологии, тенденций в отношении лекарств, генетических вариантов и целевых профилей лигандов. Диаграммы иллюстрируют рецепторные последовательности (с использованием змеиных графиков и диаграмм спиральных ящиков) и взаимосвязи (филогенетические деревья).
Предпосылки и развитие
По словам Герта Вринда, одного из создателей GPCRdb, ресурс начинался следующим образом:
«GPCRdb был запущен в начале 90-х, когда Боб Байуотер, Эд Айзерман, Фридрих Риппманн и Герт Вринд организовали серию небольших семинаров по GPCR в EMBL. До появления первых браузеров GPCRdb работала как система автоматического ответа на электронную почту. которые могут отправлять пользователям последовательности, сопоставления и модели гомологии.В 1994 году Интернет прочно утвердился в его нынешнем виде, и из четвертой структуры ЕС были получены деньги для создания GPCRdb. Флоренс Хорн присоединилась к нам, чтобы сделать этот проект. Когда она ушла от нас в конце четырехлетнего периода постдокументации, GPCRdb прочно утвердился в качестве основного источника информации для данных GPCR ». [2]
За два десятилетия GPCRdb превратилась в комплексную информационную систему для хранения и анализа данных. В 2013 году управление GPCRdb было передано Дэвиду. Группа Глориам в Копенгагенском университете при поддержке международной группы участников и разработчиков из программы ЕС COST под названием «Сверкнуть '. GPCRdb предлагает справочные данные и простые в использовании веб-инструменты и диаграммы для многопрофильной аудитории, изучающей функцию GPCR, дизайн или эволюцию лекарств, и активно участвует в Европейской исследовательской сети по вопросам Передача сигнала (‘ЭРНЕСТ ’).
Содержание и особенности
Визуальный обзор основных функций GPCRdb можно увидеть на gpcrdb.org.
Система просмотра GPCRdb структурирована по наиболее важным категориям, а именно:
- GPCRdb[3]
- Рецепторы[4]
- G Белки[5]
- B-Арестины
- Предвзятая сигнализация
- Лиганды[6]
- Наркотики[7]
- Структурные конструкции
- Учебники, семинары и документация по использованию.
Под категориями можно найти подразделы для специализированных данных и инструментов.
Будущие направления
В составе двух сиротских GPCR проекты GPCRdb, финансируемый Европейской исследовательской комиссией и Фондом Лундбека, будет депонировать данные и разрабатывать вычислительные инструменты для идентификации эндогенных и суррогатных лигандов GPCR. GPCRdb нацелен на развитие и обеспечение нового прогресса в структуре, функции и дизайне лигандов GPCR. Он сшивается с Руководство по фармакологии базы данных и принял официальную NC-IUPHAR номенклатура наименования рецепторов, имеет обмен с GPCR серверы, а также недавно стал частью Консорциум GPCR намеревался создать беспрецедентное количество кристаллических структур. Приглашаются академические и промышленные группы обращаться в GPCRdb с предложениями по совместной разработке или размещению данных.
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Панди-Секерес, Гаспар; Мунк, Кристиан; Цонков, Цонко; Мордальский, Стефан; Харпсо, Каспер; Хаузер, Александр; Боярский, Анджей; Глориам, Дэвид (2017-11-16). «GPCRdb в 2018 году: добавление структурных моделей и лигандов GPCR». Исследования нуклеиновых кислот. 46 (D1): D440 – D446. Дои:10.1093 / нар / gkx1109. ЧВК 5753179. PMID 29155946.
- ^ «Благодарности - документация GPCRdb 3». docs.gpcrdb.org. Получено 2020-08-05.
- ^ Исберг, Виннир; Грааф, Крис де; Бортолато, Андреа; Черезов, Вадим; Катрич, Всеволод; Marshall, Fiona H .; Мордальский, Стефан; Пин, Жан-Филипп; Стивенс, Раймонд С. (01.01.2015). «Общие номера остатков GPCR - выравнивание топологических карт с учетом пробелов». Тенденции в фармакологических науках. 36 (1): 22–31. Дои:10.1016 / j.tips.2014.11.001. ЧВК 4408928. PMID 25541108.
- ^ Хаузер, Александр С .; Чавали, Шринивас; Масухо, Икуо; Ян, Леони Дж .; Мартемьянов, Кирилл А .; Gloriam, Дэвид Э .; Бабу, М. Мадан (2018). «Фармакогеномика лекарственных мишеней GPCR». Клетка. 172 (1–2): 41–54.e19. Дои:10.1016 / j.cell.2017.11.033. ЧВК 5766829. PMID 29249361.
- ^ Флок, Тильман; Хаузер, Александр С .; Лунд, Надя; Gloriam, David E .; Баладжи, Сантанам; Бабу, М. Мадан (май 2017 г.). «Детерминанты селективности связывания GPCR с G-белком». Природа. 545 (7654): 317–322. Bibcode:2017Натура.545..317F. Дои:10.1038 / природа22070. ISSN 1476-4687. ЧВК 5846738. PMID 28489817.
- ^ Панди-Секереш, Гаспар; Мунк, Кристиан; Цонков, Цонко М .; Мордальский, Стефан; Харпсе, Каспер; Хаузер, Александр С .; Bojarski, Andrzej J .; Глориам, Дэвид Э. (2018). «GPCRdb в 2018 году: добавление структурных моделей и лигандов GPCR». Исследования нуклеиновых кислот. 46 (D1): D440 – D446. Дои:10.1093 / нар / gkx1109. ЧВК 5753179. PMID 29155946.
- ^ Хаузер, Александр С .; Attwood, Misty M .; Раск-Андерсен, Матиас; Schiöth, Helgi B .; Глориам, Дэвид Э. (декабрь 2017 г.). «Тенденции в открытии лекарств с помощью GPCR: новые агенты, мишени и показания». Обзоры природы Drug Discovery. 16 (12): 829–842. Дои:10.1038 / nrd.2017.178. ISSN 1474-1784. ЧВК 6882681. PMID 29075003.
внешняя ссылка
- GPCRdb База данных GPCR
- Сверкнуть Действия ЕС по затратам на GPCR
- GPCR-HGmod Модели прогнозируемой структуры всех GPCR в геноме человека
- GPCR-EXP База данных для всех экспериментально решенных структур GPCR