Сеть болезней человека - Human disease network

А сеть болезней человека сеть человеческих расстройств и болезни со ссылкой на их генетическое происхождение или другие особенности. В частности, это карта ассоциаций болезней человека, относящаяся в основном к болезням. гены. Например, в сети болезней человека два заболевания связаны, если у них есть хотя бы один связанный ген. Типичная сеть болезней человека обычно происходит из двухсторонних сетей, которые содержат информацию как о болезнях, так и о генах. Кроме того, некоторые сети по заболеваниям человека используют другие функции, такие как симптомы и белки, связанные с заболеваниями.

Сеть болезней человека. Он генерируется как Сюжетно участок .[1] Узлы - это болезни. Два заболевания связаны между собой, если имеют общий генетический компонент.

История

В 2007 году Goh et al. построил двудольный граф гена болезни, используя информацию из OMIM база данных и названная сеть болезней человека.[2] В 2009 году Barrenas et al. получена сложная сеть заболеваний-генов с использованием GWA (исследования Genome Wide Association).[3] В том же году Идальго и др. опубликовал новый способ построения сетей по фенотипическим заболеваниям человека, в которых болезни были связаны в соответствии с их рассчитанным расстоянием.[4] В 2011 году Cusick et al. обобщенные исследования ассоциаций генотип-фенотип в клеточном контексте.[5] В 2014 году Чжоу и др. построил сеть болезней человека на основе симптомов, изучив базу данных биомедицинской литературы.[6]

Характеристики

Крупномасштабная сеть болезней человека демонстрирует безмасштабную собственность. Распределение степеней следует степенному закону, предполагающему, что только несколько заболеваний связаны с большим количеством болезней, тогда как большинство болезней мало связаны с другими. Такая сеть также демонстрирует тенденцию к кластеризации по классам болезней.[2][7]

В сети болезней, основанных на симптомах, болезни также сгруппированы в соответствии с их категориями. Более того, заболевания, имеющие одинаковые симптомы, с большей вероятностью имеют одни и те же гены и белковые взаимодействия.[6]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ http://nbviewer.jupyter.org/github/empet/Human-Disease-Network/blob/master/Human-Disease-Network.ipynb
  2. ^ а б Goh, Kwang-Il и др. «Сеть болезней человека». Труды Национальной академии наук 104.21 (2007): 8685-8690.
  3. ^ Барренас, Фредрик и др. «Сетевые свойства сложных генов болезней человека, выявленные с помощью полногеномных ассоциативных исследований». PLoS ONE 4.11 (2009 г.): e8090.
  4. ^ Идальго, Сезар А. и др. «Динамический сетевой подход для изучения фенотипов человека». PLoS Computational Biology 5.4 (2009): e1000353.
  5. ^ Видаль, Марк, Майкл Э. Кьюсик и Альберт-Ласло Барабаси. «Интерактомные сети и болезни человека». Cell 144.6 (2011): 986-998.
  6. ^ а б Чжоу, Сюэчжун и др. «Симптомы человека - сеть болезней». Nature Communications 5 (2014).
  7. ^ Каннан, Венкатешан и др. al. «Условное развитие болезни, извлеченное из данных когорт продленного медицинского обслуживания с использованием многоуровневого построения сети». Научные отчеты 6, 26170 (2016)[1]

внешняя ссылка