Гипотетический белок - Hypothetical protein
В биохимия, а гипотетический белок это белок чье существование было предсказанный, но для которых нет экспериментальных доказательств того, что это выражается in vivo. Секвенирование нескольких геномов привело к многочисленным предсказанным открытым рамкам считывания, функции которых нельзя легко назначить. Эти белки, сиротские или консервативные гипотетические белки, составляют от 20% до 40% белков, кодируемых в каждом вновь секвенированном геноме.[1] Даже когда имеется достаточно доказательств того, что продукт гена экспрессируется с помощью таких методов, как микроматрица и масс-спектрометрия, трудно назначить ему функцию, учитывая его отсутствие идентичности с последовательностями белков с аннотированной биохимической функцией. В настоящее время большинство белковых последовательностей выводится из компьютерного анализа геномных Последовательность ДНК. Гипотетические белки создаются предсказание генов программное обеспечение во время геном анализ. Когда биоинформатический инструмент, используемый для идентификации гена, находит большой открытая рамка чтения без охарактеризованного гомолог в база данных белков, он возвращает «гипотетический белок» в качестве примечания аннотации.
Функцию гипотетического белка можно предсказать с помощью домен поиски гомологии с разным уровнем достоверности.[2] В гипотетических белках доступны консервативные домены, которые необходимо сравнивать с доменами известных семейств, с помощью которых гипотетический протеин может быть отнесен к определенным семействам протеинов, даже если они не исследовались in vivo. Функцию гипотетического белка можно также спрогнозировать с помощью моделирования гомологии, в котором гипотетический белок должен быть согласован с известной последовательностью белка, трехмерная структура которого известна, и с помощью метода моделирования, если структура предсказана, то способность гипотетического белка к функционированию может быть установлена с помощью вычислений.[2][3] Кроме того, подходы к аннотированию функции гипотетических белков включают определение трехмерной структуры этих белков с помощью инициатив структурной геномики, понимание природы и способа связывания простетической группы / иона металла, сходство складок с другими белками с известными функциями и аннотирование возможного каталитического сайта. и нормативный сайт.[4] Прогнозирование структуры с оценкой биохимической функции путем скрининга различных субстратов - еще один многообещающий подход к аннотированию функции.[2]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Гальперин М.Ю. (2001). «Консервированные« гипотетические »белки: новые подсказки и новые загадки». Сравнительная и функциональная геномика. 2 (1): 14–18. Дои:10.1002 / cfg.66. ЧВК 2447192. PMID 18628897.
- ^ а б c Шринивасан B; и другие. (2015). «Предсказание субстратной специфичности и предварительная кинетическая характеристика гипотетического белка PVX_123945 из Plasmodium vivax». Exp. Паразитол. 151-152: 56–63. Дои:10.1016 / j.exppara.2015.01.013. PMID 25655405.
- ^ П. С. Кьюейт; R C Urade; Д.Г. Гор; M A Soni; А. П. Копулвар (2015). «Прогнозирование функции ферментов in silico в гипотетических белках Mycobacterium bovis AF2122 / 97». Журнал фармацевтических исследований. 9 (3): 182–189.
- ^ Эйзенштейн E; и другие. (2000). «Биологическая функция сделана кристально ясной - аннотация гипотетических белков с помощью структурной геномики». Curr Opin Biotechnol. 11 (1): 25–30. Дои:10.1016 / j.exppara.2015.01.013. PMID 10679350.
- Сунил Панде Дилип Гор (2015). «Способны ли гипотетические белки Yersinia pestis CO92 кодировать ферменты?». Журнал фармацевтических исследований. 9: 278–287.
- Дилип Гор Ашиш Чакул (2012). «Гомологическое моделирование и прогнозирование функций в неохарактеризованных белках Pseudoxanthomonas spadix». Biocompx. 1: 23–32.
- Зарембински Т.И., Хунг Л.В., Мюллер-Дикманн Х.Дж., Ким К.К., Йокота Х., Ким Р., Ким С.Х. (декабрь 1998 г.). «Определение биохимической функции гипотетического белка на основе структуры: тестовый пример структурной геномики». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 95 (26): 15189–93. Дои:10.1073 / пнас.95.26.15189. ЧВК 28018. PMID 9860944.
- Нэн Дж, Бростромер Э, Лю XY, Кристенсен О, Су XD (2009). «Биоинформатика и структурная характеристика гипотетического белка из Streptococcus mutans: значение устойчивости к антибиотикам». PLoS ONE. 4 (10): e7245. Дои:10.1371 / journal.pone.0007245. ЧВК 2749211. PMID 19798411.
- Эрнандес С., Гомес А., Седано Дж., Керол Е. (октябрь 2009 г.). «Биоинформатическая аннотация гипотетических белков, обнаруженных методами omics, может помочь выявить дополнительные факторы вирулентности». Современная микробиология. 59 (4): 451–6. Дои:10.1007 / s00284-009-9459-у. PMID 19636617. S2CID 9561434.
- Дилип Гор (2009). «In silico предсказание структуры и ферментативной активности гипотетических белков Shigellaflexneri. Biofrontiers». Биофронтиерс. 1 (2): 1–10.
- Дилип Гор; Аланкар раут (2009). «Вычислительная функция и структурные аннотации для гипотетических белков Bacillus anthracis». Биофронтиерс. 1 (1): 27–36.
- Догра Праная; Дилип Гор (2010). «Прогнозирование ферментативной функции и структуры гипотетических белков H.influenzae - подход in silico». Международный журнал мягких вычислений и биоинформатики. 1 (в прессе).
- Д.Г. Гор; A P Denge; Н. М. Амруте (2010). "Гомологическое моделирование и прогнозирование ферментативных функций в гипотетических белках Helicobacter pylori - подход Insilico". Биозеркало. 1: 1–5.
внешняя ссылка
Этот белок -связанная статья является заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |