Визуализирующая циклерная микроскопия - Imaging cycler microscopy

Сравнение неограниченных размеров флуоресцентной циклерной микроскопии (ICM) и стандартной трехпараметрической флуоресцентной микроскопии

An визуализирующий циклерный микроскоп (ICM) полностью автоматизированный (epi)флуоресцентный микроскоп который преодолевает предел спектрального разрешения, что приводит к получению флуоресцентных изображений без ограничений по параметрам и размерам. Принцип работы и роботизированное устройство были описаны Вальтером Шубертом в 1997 году.^[1] и получил дальнейшее развитие с коллегами в человеческом топоном проект.^[2]^[3]^[4]^[5] ICM запускает роботизированные повторяющиеся циклы инкубации-визуализации-отбеливания с библиотеками конъюгированных с красителем зондов, распознающими целевые структуры. на месте (биомолекулы в фиксированных клетках или срезах тканей). Это приводит к передаче произвольно большого числа различных биологических данных путем повторного использования того же канала флуоресценции после отбеливания для передачи другой биологической информации с использованием того же красителя, который конъюгирован с другим конкретным зондом, например Таким образом, генерируются квазиканальные флуоресцентные изображения с уменьшенным шумом и воспроизводимой физической, геометрической и биофизической стабильностью. Результирующая мощность комбинаторной молекулярной дискриминации (PCMD) на точку данных равна 65 536^k, где 65 536 - количество уровней серого (вывод 16-битной камеры CCD), и k представляет собой количество совместно картированных биомолекул и / или субдоменов на биомолекулу (ы). Показано высокое PCMD для k = 100,^[3]^[5] и в принципе может быть расширен для гораздо большего количестваk. В отличие от традиционной многоканальной малопараметрической флуоресцентной микроскопии (панель а на рисунке) высокие PCMD в ICM приводят к высокому функциональному и пространственному разрешению (панель б на рисунке). Систематический ICM-анализ биологических систем выявляет закон супрамолекулярной сегрегации, который описывает принцип порядка больших, иерархически организованных биомолекулярных сетей in situ (топоном).^[6] ICM - это основная технология для систематического картирования полного кода белковой сети в тканях (проект по топономии человека).^[2] Оригинальный метод ICM^[1] включает любую модификацию стадии отбеливания. Сообщалось о соответствующих модификациях для антитело поиск ^[7] и химический закалка красителя^[8] обсуждался недавно.^[9]^[10] Системы визуализации топономов (TIS) и мультиэпитоп-лигандные картографы (MELC) представляют собой разные этапы технологического развития ICM. Циклеровская микроскопия изображений получила в 2008 году американскую награду ISAC за лучшую бумагу за трехсимвольный код организованных протеомов.^[11]

Цитаты

^ ^а ^б Schubert W. (1997) Автоматизированное устройство и метод измерения и идентификации молекул или их фрагментов. Европейский патент EP 0810428 B1 [см. Также Schubert W. патент США 6,150,173 (2000); Патент Японии 3739528 (1998)].
^ ^а ^б Коттингем, Кэти (май 2008 г.). "Human Toponome Project | Human Proteinpedia открыта для (бесплатного) бизнеса". Журнал протеомных исследований. 7 (5): 1806. Дои:10.1021 / pr083701k.
^ ^а ^б Шуберт, Вальтер; Bonnekoh, Bernd; Поммер, Ансгар Дж .; Филипсен, Ларс; Бёкельманн, Райк; Малых, Янина; Голлник, Харальд; Friedenberger, Manuela; Боде, Маркус; Платье, Андреас В. М. (1 октября 2006 г.). «Анализ топологии и функции протеома с помощью автоматизированной многомерной флуоресцентной микроскопии». Природа Биотехнологии. 24 (10): 1270–1278. Дои:10.1038 / nbt1250. PMID 17013374. S2CID 30436820.
^ Friedenberger, Manuela; Боде, Маркус; Круще, Андреас; Шуберт, Вальтер (сентябрь 2007 г.). «Флуоресцентное обнаружение кластеров белка в отдельных клетках и срезах тканей с использованием системы топономической визуализации: подготовка образцов и процедуры измерения». Протоколы природы. 2 (9): 2285–2294. Дои:10.1038 / nprot.2007.320. PMID 17853885. S2CID 10987767.
^ ^а ^б Шуберт, В. «Прямая пространственная визуализация случайно больших супермолекул с использованием циклерной микроскопии TIS с неограниченными параметрами» (PDF). Международная конференция по микроскопии 2013. Получено 2013-09-23.
^ Шуберт, В. (2014). «Систематическая пространственная визуализация больших многомолекулярных ансамблей и новые принципы супрамолекулярного порядка в биологических системах». Журнал молекулярного распознавания. 27 (1): 3–18. Дои:10.1002 / jmr.2326. ЧВК 4283051. PMID 24375580.
^ Мичева, Кристина Д .; Смит, Стивен Дж. (Июль 2007 г.). «Матричная томография: новый инструмент для визуализации молекулярной архитектуры и ультраструктуры нейронных цепей». Нейрон. 55 (1): 25–36. Дои:10.1016 / j.neuron.2007.06.014. ЧВК 2080672. PMID 17610815.
^ Гердес, М. Дж .; Севинский, К. Дж .; Sood, A .; Адак, С .; Bello, M.O .; Bordwell, A .; Может, А .; Corwin, A .; Dinn, S .; Filkins, R.J .; Hollman, D .; Камат, V .; Kaanumalle, S .; Kenny, K .; Ларсен, М .; Lazare, M .; Li, Q .; Lowes, C .; McCulloch, C.C .; McDonough, E .; Montalto, M.C .; Pang, Z .; Rittscher, J .; Сантамария-Панг, А .; Сарахан, Б.Д .; Seel, M. L .; Сеппо, А .; Shaikh, K .; Sui, Y .; Zhang, J .; Гинти, Ф. (1 июля 2013 г.). «Высоко мультиплексный одноклеточный анализ фиксированной формалином и залитой парафином раковой ткани». Труды Национальной академии наук. 110 (29): 11982–11987. Bibcode:2013ПНАС..11011982Г. Дои:10.1073 / pnas.1300136110. ЧВК 3718135. PMID 23818604.
^ Schubert, W .; Платье, А .; Ruonala, M .; Круще, А .; Hillert, R .; Gieseler, A .; Уолден, П. (7 января 2014 г.). «Визуализирующая циклерная микроскопия». Труды Национальной академии наук. 111 (2): E215. Bibcode:2014ПНАС..111Е.215С. Дои:10.1073 / pnas.1319017111. ЧВК 3896151. PMID 24398531.
^ Гердес, М. Дж. (7 января 2014 г.). «Ответ Шуберту и др .: По поводу критики высоко мультиплексированных технологий». Труды Национальной академии наук. 111 (2): E216. Bibcode:2014PNAS..111E.216G. Дои:10.1073 / pnas.1319622111. ЧВК 3896205. PMID 24571024.
^ Шуберт, Вальтер (июнь 2007 г.). «Трехсимвольный код для организованных протеомов, основанный на циклической визуализации расположения белков». Цитометрия Часть А. 71A (6): 352–360. Дои:10.1002 / cyto.a.20281. PMID 17326231. S2CID 3132423.

использованная литература

дальнейшее чтение

Abott, A (12 октября 2006 г.). «Основные моменты исследования». Природа. 443 (7112): 608–609. Bibcode:2006Натура 443..608.. Дои:10.1038 / 443608a.
Адеммер; Эберт; Мюллер-Остермайер; Фрисс; Бюхлер; Шуберт; Малфертхайнер (апрель 1998 г.). «Субпопуляции эффекторных Т-лимфоцитов при раке поджелудочной железы человека: обнаружение CD8 + CD18 + клеток и CD8 + CD103 + клеток с помощью мультиэпитопной визуализации». Клиническая и экспериментальная иммунология. 112 (1): 21–26. Дои:10.1046 / j.1365-2249.1998.00546.x. ЧВК 1904939. PMID 9566785.
Барысенко, Андрей; Платье, Andreas W.M .; Шуберт, Вальтер (1 сентября 2010 г.). «Теоретико-информационный метод определения порога для обнаружения колокализаций белков в стопках флуоресцентных изображений». Журнал биотехнологии. 149 (3): 127–131. Дои:10.1016 / j.jbiotec.2010.01.009. PMID 20100525.
Беднер, Эльжбета; Ду, Литонг; Траганос, Франк; Дарзынкевич, Збигнев (1 января 2001 г.). «Кофеин диссоциирует комплексы между ДНК и интеркалирующими красителями: применение для отбеливания окрашенных флуорохромом клеток для их последующего восстановления и анализа с помощью лазерной сканирующей цитометрии». Цитометрия. 43 (1): 38–45. Дои:10.1002 / 1097-0320 (20010101) 43: 1 <38 :: AID-CYTO1017> 3.0.CO; 2-S. PMID 11122483.
Берндт, Юта; Филипсен, Ларс; Барч, Себастьян; Ху, Юцинь; Рёкен, Кристоф; Бертрам, Виденманн; Хэммерле, Маркус; Рёш, Томас; Штурм, Андреас (2010). «Сравнительная мультиэпитоп-лиганд-картография выявляет существенные иммунологические изменения в метаплазии Барретта и аденокарциноме пищевода». Молекулярный рак. 9 (1): 177. Дои:10.1186/1476-4598-9-177. ЧВК 2909181. PMID 20604962.
Бхаттачарья, Саятан; Мэтью, Джордж; Рубан, Эрни; Эпштейн, Дэвид Б. А .; Круще, Андреас; Хиллерт, Рейк; Шуберт, Вальтер; Хан, Майкл (3 декабря 2010 г.). «Система визуализации топонома: картирование белковой сети в нормальной и раковой толстой кишке у одного и того же пациента выявляет более пяти тысяч специфичных для рака кластеров белков и их субклеточную аннотацию с помощью трехсимвольного кода». Журнал протеомных исследований. 9 (12): 6112–6125. Дои:10.1021 / pr100157p. PMID 20822185.
Боде, Маркус; Ирмлер, Мартин; Friedenberger, Manuela; Мэй, Кэролайн; Юнг, Клаус; Стефан, Кристиан; Meyer, Helmut E .; Лах, Кристиана; Хиллерт, Рейк; Круще, Андреас; Бекерс, Йоханнес; Маркус, Катрин; Шуберт, Вальтер (март 2008 г.). «Технологии взаимосвязанной транскриптомики, протеомики и топономики для анализа ткани мозга в гиппокампе мышей». Протеомика. 8 (6): 1170–1178. Дои:10.1002 / pmic.200700742. PMID 18283665.
Bonnekoh, B .; Böckelmann, R .; Pommer, A.J .; Малых, Ю .; Philipsen, L .; Голлник, Х. (2007). «Сайт связывания CD11a эфализумаба в ткани псориатической кожи, как это было проанализировано с помощью роботизированной картографии с мультиэпитопным лигандом». Фармакология и физиология кожи. 20 (2): 96–111. Дои:10.1159/000097982. PMID 17167274. S2CID 1381176.
Bonnekoh, Bernd; Малых, Янина; Бёкельманн, Райк; Барч, Себастьян; Поммер, Ансгар Дж .; Голлник, Харальд. (2006). «Профилирование субпопуляций лимфоцитов в периферической крови при лечении псориаза эфализумабом с помощью роботизированной картографии с множеством эпитопных лигандов (MELC)». Eur J Dermatol. 16 (6): 623–635. PMID 17229602.
Bonnekoh, B .; Pommer, A.J .; Böckelmann, R .; Hofmeister, H .; Philipsen, L .; Голлник, Х. (2007). «Топопротеомный анализ in situ псориатических бляшек при лечении эфализумабом». Фармакология и физиология кожи. 20 (5): 237–252. Дои:10.1159/000104422. PMID 17587888. S2CID 43539332.
Bonnekoh, Bernd; Поммер, Ансгар Дж .; Бёкельманн, Райк; Филипсен, Ларс; Хофмайстер, Хеннинг; Голлник, Харальд (июнь 2008 г.). «Топопротеомный анализ кожных лимфом на месте: перспективы содействия дерматогистологической диагностике с помощью мультиэпитопно-лигандной картографии (MELC)». Journal der Deutschen Dermatologischen Gesellschaft. 6 (12): 1038–51. Дои:10.1111 / j.1610-0387.2007.06754.x. PMID 18540979.
Coste, O .; Brenneis, C .; Linke, B .; Pierre, S .; Maeurer, C .; Becker, W .; Schmidt, H .; Gao, W .; Geisslinger, G .; Шолич, К. (10 сентября 2008 г.). «Сфингозин-1-фосфат модулирует ноцицептивную обработку позвоночника». Журнал биологической химии. 283 (47): 32442–32451. Дои:10.1074 / jbc.M806410200. PMID 18805787.
Платье, Andreas W. M .; Локоть, Т .; Пустыльников, Л. Д .; Шуберт, В. (январь 2005 г.). "Числа Пуассона и распределения Пуассона в сюрпризологии подмножеств". Анналы комбинаторики. 8 (4): 473–485. Дои:10.1007 / s00026-004-0234-2. S2CID 122237186.
Платье, Андреас; Локоть, Татьяна; Шуберт, Вальтер; Сероцка, Петр (3 октября 2008 г.). «Две теоремы о картах подобия». Анналы комбинаторики. 12 (3): 279–290. Дои:10.1007 / s00026-008-0351-4.
Эберт, Маттиас П.А .; Адеммер, Карин; Мюллер-Остермейер, фрауке; Фрисс, Гельмут; Buchler, Markus W .; Шуберт, Вальтер; Малфертхайнер, Питер (ноябрь 1998 г.). «CD8 + CD103 + Т-клетки, аналогичные кишечным интраэпителиальным лимфоцитам, инфильтрируют поджелудочную железу при хроническом панкреатите». Американский журнал гастроэнтерологии. 93 (11): 2141–2147. PMID 9820387.
Ecker, Rupert C .; Рогожану, Раду; Штрайт, Марк; Остеррайхер, Катя; Штайнер, Георг Э. (март 2006 г.). «Усовершенствованный метод различения популяций клеток в тканевых срезах с использованием многоцветной тканевой цитометрии на основе микроскопии». Цитометрия Часть А. 69A (3): 119–123. Дои:10.1002 / cyto.a.20219. PMID 16479616. S2CID 22727860.
Eckhardt, J .; Ostalecki, C .; Kuczera, K .; Schuler, G .; Pommer, A.J .; Лехманн, М. (16 ноября 2012 г.). «Популяции иммунных клеток всего органа мыши, выявленные с помощью мультиэпитоп-лигандной картографии». Журнал гистохимии и цитохимии. 61 (2): 125–133. Дои:10.1369/0022155412470140. ЧВК 3636694. PMID 23160665.
Эйерих, Килиан; Бёкельманн, Райк; Поммер, Ансгар Дж .; Ферстер, Стефани; Хофмайстер, Хеннинг; Хусс-Марп, Йоханнес; Кавани, Андреа; Берендт, Хайдрун; Ринг, Йоханнес; Голлник, Харальд; Bonnekoh, Bernd; Трейдл-Хоффманн, Клаудиа (15 сентября 2009 г.). «Сравнительный анализ топопротеома in situ выявляет различия в экземе, вызванной патч-тестом: реакция на никель с преобладанием цитотоксичности и реакция на пыльцу плейотропа». Экспериментальная дерматология. 19 (6): 511–517. Дои:10.1111 / j.1600-0625.2009.00980.x. PMID 19758337.
Гизелер, А (2013). «Топономика клеточной мембраны». «Топономика клеточной мембраны» у Дубицкого, Волькенхауэра, Чо, Йокота. Энциклопедия системной биологии. Springer Нью-Йорк. С. 364–366. Дои:10.1007/978-1-4419-9863-7_1568. ISBN 978-1-4419-9862-0.
Гизелер, А (2013). «Синаптические белки». «Синаптические белки» по Дубицкому, Волькенгауэру, Чо, Йокоте. Энциклопедия системной биологии. Springer Нью-Йорк. С. 2034–2036. Дои:10.1007/978-1-4419-9863-7_632. ISBN 978-1-4419-9862-0.
Гизелер, А (2013). «Синаптический топоном». «Синаптический топоном» у Дубицкого, Волькенгауэра, Чо, Йокота. Энциклопедия системной биологии. Springer Нью-Йорк. С. 2036–2038. Дои:10.1007/978-1-4419-9863-7_633. ISBN 978-1-4419-9862-0.
Хаарс, Регина; Шнайдер, Абидат; Боде, Маркус; Шуберт, В. (2000). «Секреция и дифференциальная локализация продуктов протеолитического расщепления Abeta40 и Abeta42 белка-предшественника амилоида Альцгеймера в миогенных клетках плода человека». Европейский журнал клеточной биологии. 79 (6): 400–406. Дои:10.1078/0171-9335-00064. PMID 10928455.
Герольд, Джулия; Шуберт, Вальтер; Натткемпер, Тим В. (15 сентября 2010 г.). «Автоматическое обнаружение и количественная оценка флуоресцентно меченых синапсов в срезах ткани мозга мышей для высокопроизводительных приложений». Журнал биотехнологии. 149 (4): 299–309. Дои:10.1016 / j.jbiotec.2010.03.004. PMID 20230863.
Хиллер, Р. (2013). «Комбинаторные молекулярные фенотипы (CMP)». «Комбинаторные молекулярные фенотипы (CMP)» у Дубицкого, Волькенхауэра, Чо, Йокота. Энциклопедия системной биологии. Springer Нью-Йорк. С. 440–441. Дои:10.1007/978-1-4419-9863-7_634. ISBN 978-1-4419-9862-0.
Хиллер, Р. (2013). «Топономный анализ». «Топономический анализ» у Дубицкого, Волькенхауэра, Чо, Йокота. Энциклопедия системной биологии. Springer Нью-Йорк. С. 2188–2191. Дои:10.1007/978-1-4419-9863-7_635. ISBN 978-1-4419-9862-0.
Ковачева, В. Н .; Хан, А. М .; Хан, М .; Эпштейн, Д. Б. А .; Раджпут, Н. М. (21 ноября 2013 г.). «DiSWOP: новая мера для анализа белковой сети на клеточном уровне в локализованных протеомных изображениях». Биоинформатика. 30 (3): 420–427. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt676. PMID 24273247.
Круще, А (2013). «Робот ТИС». «Робот ТИС» в Дубицках, Волькенхауэре, Чо, Йокоте. Энциклопедия системной биологии. Springer Нью-Йорк. С. 2172–2174. Дои:10.1007/978-1-4419-9863-7_636. ISBN 978-1-4419-9862-0.
Лафферс, Вибке; Миттаг, Аня; Ленц, Доминик; Тарнок, Аттила; Герстнер, Андреас О. Х. (март 2006 г.). «Итеративное восстановление как основной инструмент для иммунофенотипирования n-цвета с помощью цитометрии на слайдах». Цитометрия Часть А. 69A (3): 127–130. Дои:10.1002 / cyto.a.20216. PMID 16479595. S2CID 26740218.
Миттаг, Аня; Ленц, Доминик; Герстнер, Андреас О. Х .; Тарнок, Аттила (июль 2006 г.). «Принципы гиперхроматической цитометрии для цитомики с использованием цитометрии на слайдах». Цитометрия Часть А. 69A (7): 691–703. Дои:10.1002 / cyto.a.20285. PMID 16680709. S2CID 11529363.
Мерфи, Роберт Ф (октябрь 2006 г.). «Наносим белки на карту». Природа Биотехнологии. 24 (10): 1223–1224. Дои:10.1038 / nbt1006-1223. PMID 17033657. S2CID 14651141.
Nattkemper, T.W .; Ritter, H.J .; Шуберт, В. (июнь 2001 г.). «Нейронный классификатор, обеспечивающий высокопроизводительный топологический анализ лимфоцитов в срезах тканей». IEEE Transactions по информационным технологиям в биомедицине. 5 (2): 138–149. Дои:10.1109/4233.924804. PMID 11420992. S2CID 313376.
Натткемпер, Тим У .; Твеллманн, Торстен; Риттер, Хельге; Шуберт, Вальтер (январь 2003 г.). «Человек против машины: оценка флуоресцентных микрофотографий». Компьютеры в биологии и медицине. 33 (1): 31–43. CiteSeerX 10.1.1.324.4664. Дои:10.1016 / с0010-4825 (02) 00060-4. PMID 12485628.
Oeltze, S .; Freiler, W .; Хиллерт, Рейк; Долейш, Гельмут; Прейм, Бернхард; Шуберт, Вальтер (декабрь 2011 г.). «Интерактивный, основанный на графике визуальный анализ многомерных данных многопараметрической флуоресцентной микроскопии в топономике». IEEE Transactions по визуализации и компьютерной графике. 17 (12): 1882–1891. Дои:10.1109 / TVCG.2011.217. PMID 22034305. S2CID 18790281.
Осталецкий, Кристиан; Конрад, Андреас; Турау, Элизабет; Шулер, Герольд; Croner, Roland S .; Поммер, Ансгар Дж .; Stürzl, Mich ael (август 2013 г.). «Комбинированный мультигенный анализ на уровне РНК и белка в отдельных срезах ткани FFPE». Экспериментальная и молекулярная патология. 95 (1): 1–6. Дои:10.1016 / j.yexmp.2013.03.008. PMID 23583336.
Philipsen, L .; Энгельс, Т .; Шиллинг, К .; Gurbiel, S .; Фишер, К.-Д .; Tedford, K .; Schraven, B .; Gunzer, M .; Райхард, П. (10 июня 2013 г.). «Мультимолекулярный анализ стабильных иммунологических синапсов выявляет устойчивый набор и последовательную сборку сигнальных кластеров». Молекулярная и клеточная протеомика. 12 (9): 2551–2567. Дои:10.1074 / mcp.M112.025205. ЧВК 3769330. PMID 23754785.
Рютце, Мартин; Галлинат, Стефан; Венк, Хорст; Депперт, Вольфганг; Кнотт, Аня (2010). «Локализация эпидермальных стволовых клеток in situ с использованием нового подхода к картографии с несколькими эпитопными лигандами». Интегративная биология. 2 (5–6): 241–9. Дои:10.1039 / b926147h. PMID 20535415.
Сейдж, Линда (5 июня 2009 г.). «Молекулярное лицо рака простаты». Журнал протеомных исследований. 8 (6): 2616. Дои:10.1021 / pr9003129. PMID 19385645.
Шмид, Ева М .; МакМахон, Харви Т. (23 августа 2007 г.). «Интеграция молекулярной и сетевой биологии для декодирования эндоцитоза». Природа. 448 (7156): 883–888. Bibcode:2007Натура.448..883С. Дои:10.1038 / природа06031. PMID 17713526. S2CID 4359776.
Шуберт, Вальтер (2002). «Полимиозит, технология топологической протеомики и парадигма динамики клеточной инвазии». Журнал теоретической медицины. 4 (1): 75–84. Дои:10.1080/10273660290015224.
Шуберт, В. (2003). «Топологическая протеомика, топономика, MELK-Technology». Протеомика микроорганизмов. Adv Biochem Eng Biotechnol. Достижения в области биохимической инженерии / биотехнологии. 83. С. 189–209. Дои:10.1007/3-540-36459-5_8. ISBN 978-3-540-00546-9. PMID 12934931.
Шуберт, Вальтер (апрель 2006 г.). «Цитомика в характеристике топономов: к биологическому коду клетки». Цитометрия Часть А. 69A (4): 209–211. Дои:10.1002 / cyto.a.20203. PMID 16498673. S2CID 42487389.
Шуберт, Вальтер (март 2006 г.). «Изучение молекулярных сетей прямо в клетке». Цитометрия Часть А. 69A (3): 109–112. Дои:10.1002 / cyto.a.20234. PMID 16496422. S2CID 43428638.
Шуберт, Вальтер (октябрь 2007 г.). «Нарушение биологического кода». Цитометрия Часть А. 71A (10): 771–772. Дои:10.1002 / cyto.a.20466. PMID 17879221. S2CID 43594438.
Шуберт, Вальтер (15 сентября 2010 г.). «О происхождении функций клетки, закодированных в топономе». Журнал биотехнологии. 149 (4): 252–259. Дои:10.1016 / j.jbiotec.2010.03.009. PMID 20362632.
Шуберт, W (2012). «Топономанализ» в Лотцпейхе, Энгельсе. Биоаналитик (3-е изд.). Spektrum Heidelberg. С. 1139–1151. ISBN 978-3-8274-2942-1.
Шуберт, Вальтер; Боде, Маркус; Хиллерт, Рейк; Круще, Андреас; Фриденбергер, Мануэла (апрель 2008 г.). «Топономика и нейротопономика: новый путь к медицинской системной биологии». Экспертный обзор протеомики. 5 (2): 361–369. Дои:10.1586/14789450.5.2.361. PMID 18466063. S2CID 26013277.
Шуберт, Вальтер; Friedenberger, Manuela; Боде, Маркус; Круще, Андреас; Хиллерт, Рейк (ноябрь 2008 г.). «Функциональная архитектура ядра клетки: на пути к исчерпывающим топономным справочным картам апоптоза». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Исследование молекулярных клеток. 1783 (11): 2080–2088. Дои:10.1016 / j.bbamcr.2008.07.019. PMID 18718492.
Schubert, W .; Friedenberger, M .; Haars, R .; Боде, М .; Philipsen, L .; Nattkemper, T .; Риттер, Х. (2002). «Автоматическое распознавание мышечно-инвазивных Т-лимфоцитов, экспрессирующих дипептидил-пептидазу IV (CD26), и анализ связанных фенотипов клеточной поверхности». Журнал теоретической медицины. 4 (1): 67–74. Дои:10.1080/10273660290015189.
Шуберт, Вальтер; Гизелер, Энн; Круще, Андреас; Хиллерт, Рейк (5 июня 2009 г.). «Топономное картирование при раке простаты: обнаружение 2000 кластеров белка на клеточной поверхности в одном участке ткани и аннотации, специфичные для типа клеток, с помощью трехсимвольного кода». Журнал протеомных исследований. 8 (6): 2696–2707. Дои:10.1021 / pr800944f. PMID 19275201.
Шуберт, Вальтер; Гизелер, Энн; Круще, Андреас; Сероцка, Петр; Хиллер, Рейк (июнь 2012 г.). «Биомаркеры нового поколения на основе 100-параметрической функциональной микроскопии сверхвысокого разрешения TIS». Новая биотехнология. 29 (5): 599–610. Дои:10.1016 / j.nbt.2011.12.004. PMID 22209707.
Шуберт, W (2013). «Топономика». «Топономика» у Дубицкого, Волькенхауэра, Чо, Йокота. Энциклопедия системной биологии. Springer Нью-Йорк. С. 2191–2212. Дои:10.1007/978-1-4419-9863-7_631. ISBN 978-1-4419-9862-0.
Шуберт, Вальтер (январь 2014 г.). «Систематическая пространственная визуализация больших многомолекулярных ансамблей и новые принципы супрамолекулярного порядка в биологических системах». Журнал молекулярного распознавания. 27 (1): 3–18. Дои:10.1002 / jmr.2326. ЧВК 4283051. PMID 24375580.
Schubert, W .; de Wit, N.C.J .; Уолден, П. (2013). "Системная биология рака" в Пеленгарисе, Хан. Молекулярная биология рака: мост от скамейки к постели (2-е изд.). Wiley-Blackwell Нью-Йорк. С. 554–584. ISBN 978-1-118-02287-0.

[ref1-1] а ^б Schubert W. (1997) Автоматизированное устройство и метод измерения и идентификации молекул или их фрагментов. Европейский патент EP 0810428 B1 [см. Также Schubert W. патент США 6,150,173 (2000); Патент Японии 3739528 (1998)].

[ref2-2] а ^б Коттингем, Кэти (май 2008 г.). "Human Toponome Project | Human Proteinpedia открыта для (бесплатного) бизнеса". Журнал протеомных исследований. 7 (5): 1806. Дои:10.1021 / pr083701k.

[ref3-3] а ^б Шуберт, Вальтер; Bonnekoh, Bernd; Поммер, Ансгар Дж .; Филипсен, Ларс; Бёкельманн, Райк; Малых, Янина; Голлник, Харальд; Friedenberger, Manuela; Боде, Маркус; Платье, Андреас В. М. (1 октября 2006 г.). «Анализ топологии и функции протеома с помощью автоматизированной многомерной флуоресцентной микроскопии». Природа Биотехнологии. 24 (10): 1270–1278. Дои:10.1038 / nbt1250. PMID 17013374. S2CID 30436820.

[ref4-4] Friedenberger, Manuela; Боде, Маркус; Круще, Андреас; Шуберт, Вальтер (сентябрь 2007 г.). «Флуоресцентное обнаружение кластеров белка в отдельных клетках и срезах тканей с использованием системы топономической визуализации: подготовка образцов и процедуры измерения». Протоколы природы. 2 (9): 2285–2294. Дои:10.1038 / nprot.2007.320. PMID 17853885. S2CID 10987767.

[ref5-5] а ^б Шуберт, В. «Прямая пространственная визуализация случайно больших супермолекул с использованием циклерной микроскопии TIS с неограниченными параметрами» (PDF). Международная конференция по микроскопии 2013. Получено 2013-09-23.

[ref6-6] Шуберт, В. (2014). «Систематическая пространственная визуализация больших многомолекулярных ансамблей и новые принципы супрамолекулярного порядка в биологических системах». Журнал молекулярного распознавания. 27 (1): 3–18. Дои:10.1002 / jmr.2326. ЧВК 4283051. PMID 24375580.

[ref7-7] Мичева, Кристина Д .; Смит, Стивен Дж. (Июль 2007 г.). «Матричная томография: новый инструмент для визуализации молекулярной архитектуры и ультраструктуры нейронных цепей». Нейрон. 55 (1): 25–36. Дои:10.1016 / j.neuron.2007.06.014. ЧВК 2080672. PMID 17610815.

[ref8-8] Гердес, М. Дж .; Севинский, К. Дж .; Sood, A .; Адак, С .; Bello, M.O .; Bordwell, A .; Может, А .; Corwin, A .; Dinn, S .; Filkins, R.J .; Hollman, D .; Камат, V .; Kaanumalle, S .; Kenny, K .; Ларсен, М .; Lazare, M .; Li, Q .; Lowes, C .; McCulloch, C.C .; McDonough, E .; Montalto, M.C .; Pang, Z .; Rittscher, J .; Сантамария-Панг, А .; Сарахан, Б.Д .; Seel, M. L .; Сеппо, А .; Shaikh, K .; Sui, Y .; Zhang, J .; Гинти, Ф. (1 июля 2013 г.). «Высоко мультиплексный одноклеточный анализ фиксированной формалином и залитой парафином раковой ткани». Труды Национальной академии наук. 110 (29): 11982–11987. Bibcode:2013ПНАС..11011982Г. Дои:10.1073 / pnas.1300136110. ЧВК 3718135. PMID 23818604.

[ref9-9] Schubert, W .; Платье, А .; Ruonala, M .; Круще, А .; Hillert, R .; Gieseler, A .; Уолден, П. (7 января 2014 г.). «Визуализирующая циклерная микроскопия». Труды Национальной академии наук. 111 (2): E215. Bibcode:2014ПНАС..111Е.215С. Дои:10.1073 / pnas.1319017111. ЧВК 3896151. PMID 24398531.

[ref10-10] Гердес, М. Дж. (7 января 2014 г.). «Ответ Шуберту и др .: По поводу критики высоко мультиплексированных технологий». Труды Национальной академии наук. 111 (2): E216. Bibcode:2014PNAS..111E.216G. Дои:10.1073 / pnas.1319622111. ЧВК 3896205. PMID 24571024.

[ref11-11] Шуберт, Вальтер (июнь 2007 г.). «Трехсимвольный код для организованных протеомов, основанный на циклической визуализации расположения белков». Цитометрия Часть А. 71A (6): 352–360. Дои:10.1002 / cyto.a.20281. PMID 17326231. S2CID 3132423.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]