Топономе - Википедия - Toponome

В топоном это пространственная сеть код белки и другие биомолекулы в морфологически неповрежденном клетки и ткани.[1] Он отображается и декодируется визуализирующая циклерная микроскопия (ICM) на месте может сопоставлять многие тысячи супермолекулы в одном образце (срез ткани или образец клетки с высоким субклеточным разрешением). Термин «топоном» происходит от древнегреческий существительные «топос» (τόπος; место, положение) и «номос» (νόμος; закон), а также термин «топономика "относится к изучению топономии. Он был введен Вальтером Шубертом в 2003 году.[2] Это касается того факта, что сеть биомолекул в клетках и тканях следует топологический правила, позволяющие согласованные действия. Например, поверхность клетки Топоном обеспечивает пространственный код взаимодействия с белками для выполнения клеточного движения, «кодекс поведения».[2][3][4] Это внутренне зависит от конкретного пространственного расположения сходных и несходных составов супермолекул (композиционная периодичность) с определенным пространственным порядком вдоль мембраны клеточной поверхности. Этот пространственный порядок периодически повторяется, когда клетка пытается войти в исследовательское состояние из сферического состояния (пространственная периодичность).[5] Этот пространственный топономический код иерархически организован со свинцовыми биомолекулами, антиколокационными (отсутствующими) биомолекулами.[2][3] и молекулы с подстановочными знаками, которые в различной степени связаны с ведущей биомолекулой (ами). Было показано, что ингибирование молекулы (-ов) свинца в поверхностной мембране приводит к разборке соответствующей биомолекулярной сети и потере функции.[3][4]

Цитаты

  1. ^ Шуберт, W (2013). «Топономика». «Топономика» у Дубицкого, Волькенхауэра, Чо, Йокота. Энциклопедия системной биологии. Springer Нью-Йорк. С. 2191–2212. Дои:10.1007/978-1-4419-9863-7_631. ISBN  978-1-4419-9862-0.
  2. ^ а б c Шуберт, W (2003). Топологическая протеомика, топономика, MELK-Technology. Достижения в области биохимической инженерии / биотехнологии. 83. С. 189–209. Дои:10.1007/3-540-36459-5_8. ISBN  978-3-540-00546-9. PMID  12934931.
  3. ^ а б c Шуберт, Вальтер; Bonnekoh, Bernd; Поммер, Ансгар Дж; Филипсен, Ларс; Бёкельманн, Райк; Малых, Янина; Голлник, Харальд; Friedenberger, Manuela; Боде, Маркус; Платье Andreas W M (1 октября 2006 г.). «Анализ топологии и функции протеома с помощью автоматизированной многомерной флуоресцентной микроскопии». Природа Биотехнологии. 24 (10): 1270–1278. Дои:10.1038 / nbt1250. PMID  17013374. S2CID  30436820.
  4. ^ а б Шуберт, Вальтер (15 сентября 2010 г.). «О происхождении функций клетки, закодированных в топономе». Журнал биотехнологии. 149 (4): 252–259. Дои:10.1016 / j.jbiotec.2010.03.009. PMID  20362632.
  5. ^ Шуберт, Вальтер (январь 2014 г.). «Систематическая пространственная визуализация больших многомолекулярных ансамблей и новые принципы супрамолекулярного порядка в биологических системах». Журнал молекулярного распознавания. 27 (1): 3–18. Дои:10.1002 / jmr.2326. ЧВК  4283051. PMID  24375580.