Встроенный анализатор шума - Википедия - intrinsic Noise Analyzer
 | Эта статья поднимает множество проблем. Пожалуйста помоги Улучши это или обсудите эти вопросы на страница обсуждения. (Узнайте, как и когда удалить эти сообщения-шаблоны) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения)
|
| изначальный выпуск | 12 апреля 2012 г. |
|---|---|
| Стабильный выпуск | 0.4.3 / 13 марта 2014 г. |
| Написано в | C ++ |
| Операционная система | Linux, macOS и Майкрософт Виндоус |
| Платформа | Qt |
| Лицензия | GPL |
| Интернет сайт | www |
Встроенный анализатор шума (iNA) это программное обеспечение с открытым исходным кодом для изучения кинетики реакций в живых клетках.[1] Программное обеспечение анализирует математические модели кинетики внутриклеточных реакций, таких как экспрессия генов, регуляторные сети или сигнальные пути, для количественной оценки колебаний концентрации из-за случайного характера химических реакций.[2][3]
Фон
В хорошо перемешанных условиях концентрации в живых клетках часто моделируются набором детерминированных реакций. уравнения ставок. Этот подход часто становится неточным, когда некоторые молекулярные частицы присутствуют в низком количестве молекул на ячейку из-за случайности, присущей кинетике химической реакции. Эта случайность приводит к колебаниям количества внутриклеточных молекул и, следовательно, к изменчивость от клетки к клетке. Более точное стохастическое описание этих систем дает основное химическое уравнение.[4] Последние легко моделируются с помощью методов Монте-Карло, таких как алгоритм стохастического моделирования.[5] Однако этот метод часто становится неэффективным с вычислительной точки зрения из-за большого объема выборки, необходимого для точной статистики. iNA предоставляет более эффективный способ получения желаемой статистики через расширение размера системы химического главного уравнения, систематического аналитического метода приближения.
Рекомендации
- ^ Томас П., Матушек Х, Грима Р. (2012). Peccoud J (ред.). "Внутренний анализатор шума: программный пакет для исследования стохастической биохимической кинетики с использованием расширения размера системы". PLoS ONE. 7 (6): e38518. Bibcode:2012PLoSO ... 738518T. Дои:10.1371 / journal.pone.0038518. ЧВК 3373587. PMID 22723865.
- ^ «Статья Softpedia». Получено 25 янв 2013.
- ^ «Примечания к выпуску на FreeCode.com». Получено 25 янв 2013.
- ^ Гиллеспи, Д.Т. (1992). «Строгий вывод основного химического уравнения». Physica A: Статистическая механика и ее приложения. 188 (1): 404–425. Bibcode:1992PhyA..188..404G. CiteSeerX 10.1.1.159.5220. Дои:10.1016 / 0378-4371 (92) 90283-В.
- ^ Гиллеспи, Д.Т. (1976). «Общий метод численного моделирования стохастической временной эволюции связанных химических реакций». Журнал вычислительной физики. 22 (4): 403–434. Bibcode:1976JCoPh..22..403G. Дои:10.1016/0021-9991(76)90041-3.