Jalview - Jalview

Jalview
Разработчики)Эндрю Уотерхаус, Джеймс Проктер, Дэвид Мартин и Джеффри Бартон в Университет Данди.
Оригинальная версия Мишель Клэмп, Джеймса Каффа, Стивена Сирла, Джеффри Бартона.
Стабильный выпуск
2.11[1] / 4 июля 2019; 16 месяцев назад (2019-07-04)
Написано вЯва
Операционная системаUNIX, Linux, Mac OS X, Майкрософт Виндоус
ТипИнструмент биоинформатики
ЛицензияGPL
Интернет сайтhttp://www.jalview.org

Jalview это часть биоинформатика программное обеспечение, которое используется для просмотра и редактирования множественное выравнивание последовательностей. Первоначально программа была написана Мишель Клэмп, когда она работала в группе Джеффа Бартона в Оксфордский университет и Европейский институт биоинформатики (EBI).[2] Jalview 2, модернизированная версия, выпущенная Эндрю Уотерхаусом и Джимом Проктером, когда они работали в группе Джеффа Бартона в Школа наук о жизни, Университет Данди, выпущен в 2005 году,[3] и его развитие поддерживается Совет по исследованиям биотехнологии и биологических наук (BBSRC) и Wellcome Trust.

Он широко используется различными веб-серверами (например, EBI ClustalW сервер и Pfam Protein domain database), но также доступен как редактор выравнивания общего назначения.

Jalview имеет широкий спектр функций в дополнение к генерации, просмотру и редактированию множественного выравнивания последовательностей, включая вычисление филогенетические деревья и просмотр молекулярных структур. Последние версии Jalview включают функции для анализа генетической изменчивости из общедоступных баз данных или местных Вариант формата вызова (VCF) файлы. Jalview подключается ко многим внешним веб-сервисы для импорта данных и выполнения расчетов.

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ «История выпуска».
  2. ^ Clamp M, Cuff J, Searle SM, Barton GJ (февраль 2004 г.). "Редактор выравнивания Jalview Java". Биоинформатика. 20 (3): 426–7. Дои:10.1093 / биоинформатика / btg430. PMID  14960472.
  3. ^ Waterhouse AM, Procter JB, Martin DM, Clamp M, Barton GJ (май 2009 г.). «Jalview Version 2 - редактор множественного выравнивания последовательностей и инструментальные средства анализа». Биоинформатика. 25 (9): 1189–91. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp033. ЧВК  2672624. PMID  19151095.