Геном джута - Jute genome
 | Эта статья поднимает множество проблем. Пожалуйста помоги Улучши это или обсудите эти вопросы на страница обсуждения. (Узнайте, как и когда удалить эти сообщения-шаблоны) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения)
|
Консорциум исследователей в Бангладеш успешно декодировал джут проект завода секвенирование генома. Консорциум состоял из Университет Дакки, Бангладешский научно-исследовательский институт джута и компания-разработчик программного обеспечения DataSoft Systems Bangladesh Ltd.[1] в сотрудничестве с Центром химической биологии, Научный университет Малайзии и Гавайский университет в Маноа, НАС. 16 июня 2010 г. премьер-министр Бангладеш Шейх Хасина сообщил в парламенте, что бангладешские исследователи успешно выполнили проект секвенирования генома джута, который будет способствовать улучшению качества джутового волокна. Бангладеш является второй страной после Малайзии среди развивающихся стран в этом виде достижений.[2]
История
Все началось в феврале 2008 года, когда Максудул Алам подошел к профессору Ахмад Шамсул Ислам, Координатор GNOBB (Глобальная сеть бангладешских биотехнологов) о возможности секвенирования генома джута. Бангладешское научное сообщество, которое уже рассматривало возможность секвенирования генома джута, откликнулось на это предложение, что положило начало процессу. Весь процесс начался со многих долгих конференц-связь между доктором Аламом и заводом молекулярные биологи, Профессора Хасина Хан и Зеба Ислам Серадж кафедры биохимии и молекулярной биологии, Университет Дакки. Они установили связь с Гавайским университетом, США, и Научным университетом Малайзии для технической поддержки и подготовили проектное предложение по сбору средств от различных учреждений. Вначале было много заверений, но на самом деле все было иначе. На начальном этапе Центр исследования генома США и Научный университет Малайзии оказали техническую помощь в сборе данных исследований джута со всего мира. Для анализа огромного количества данных возникла потребность в суперкомпьютере. По-прежнему требовалось финансирование полевых исследований. Команда «Свапнаджатра» разочаровывается из-за того, что не получает должной поддержки. Стало трудно удерживать участников команды. В 2009 году The Daily Prothom Alo опубликовала статью об исследовании, которое все изменило. Министр сельского хозяйства Матиа Чоудхури представила доктора Максудула Алама премьер-министру Шейху Хасину и заверила в дальнейшей поддержке.[3] Таким образом команда «Swapnajatra» вернула себе уверенность и продолжила свою работу.
Ресурсы
Геномная ДНК (гДНК) из Тосса Джут (Corchorus olitorius O-4) использовался для высокопроизводительных платформ секвенирования следующего поколения (NGS), включая 454 GS FLX, Illumina / Solexa и SOLiD. Для предварительной сборки было использовано более чем 50-кратное покрытие (более 100 миллиардов A, C, G и Ts) данных секвенирования джута генома. Для сборки и анализа необработанных данных использовались несколько открытых и коммерческих конвейеров сборки и аннотации генома. Чтобы проверить черновик генома, транскриптом также был проведен анализ. Для анализа данных используются различные вычислительные ресурсы, от высокопроизводительного кластерного сервера до серверов Dell и Силиконовая Графика Использовались SGI Altix-350 и 450.[4]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ "DataSoft Systems Bangladesh Ltd". Datasoft-bd.com. Получено 19 мая 2015.
- ^ «Расшифровка генома джута». The Daily Star. Получено 19 мая 2015.
- ^ নিজের জীবন, প্রাণের জীবন. Протом Ало (на бенгальском). 22 декабря 2014 г.. Получено 19 мая 2015.
- ^ "Как команда Swapnojaatra сделала это?". jutegenome.org. 22 июня 2010. Архивировано с оригинал 22 июня 2010 г.. Получено 27 апреля 2019.