KIAA0090 - KIAA0090

KIAA0090 человек ген кодирование для белок неизвестной функции.[1] KIAA0090 имеет два псевдонима: OTTHUMP00000002581 и RP1-43E13.1. Ген кодирует несколько вариантов транскриптов, которые могут располагаться в разных субклеточных компартментах. KIAA0090 взаимодействует с множеством эффекторных белков. KIAA0090 содержит консервативный домен повтора COG1520 WD40, который, как считается, является методом такого взаимодействия.

Характеристика гена KIAA0090 и продуктов его транскриптов

Рисунок 1: Графический обзор окрестностей гена KIAA0090, областей продвижения, экзонов / интронов и продуктов вариантных транскриптов.

KIAA0090 расположен на хромосоме 1 в плече p в позиции 1p36.132.[2] Он охватывает 36,74 т.п.н., от пар оснований с 19451486 до 19414744. Ген состоит из 37 интронов gt-at / альтернативных интронов с 57 экзонами, экспрессируемыми в 1 несплайсированной форме из 4253 п.н. и 20 альтернативно сплайсированных формах различной длины.[3] У гена 8 вероятных промоторов.[4] Ген фланкирован UBR4 справа и MRTO4 слева.[1] Эта информация графически отображается в Рисунок 1.

Выраженные теги последовательности и изолированные кДНК клоны указывают на то, что KIAA0090 экспрессируется повсеместно на низких или умеренных уровнях по всему телу.[5] Это включает, помимо прочего, яичко, язык, легкое, мозжечок, мозг, молочную железу, трахею, плаценту, пищевод, слюнную железу, мозг, гиппокамп, миндалину, костный мозг, таламус, селезенку, матку, тимус, почки, глаз, сердце, желчный пузырь, простата, печень, паращитовидная железа, яичник, желудок, скелетные мышцы, толстая кишка, поджелудочная железа и кожа. Выражение KIAA0090 изменений в процессе разработки (эмбриогенез, эмбриональный, взрослый и т. д.) и во время канцерогенез. Доказательства указывают на корреляцию между условиями и уровнем экспрессии, но нет данных, позволяющих предположить, что KIAA0090 ответственен за какое-либо заболевание или стадию развития.

В мРНК для этого гена кодирует 18 изоформ белка6. Остальные 3 варианта сплайсинга не имеют доказательств, подтверждающих их способность переводиться.

Характеристика белкового продукта KIAA0090

Анализ показывает, что несложенный белковый продукт KIAA0090 составляет 993 аминокислоты долго с изоэлектрическая точка 7,418 и молекулярный вес 111765,73 Дальтон.[6][7] Первичная структура этого белка содержит 4 консервативных домена.[8] Сюда входят сигнальный пептид с позиции 1 по 22, домен, подобный WD40 COG1520, домен лейциновой молнии, домен DUF1620 (домен с неизвестной функцией) и трансмембранный домен. Их можно посмотреть в фигура 2. Несколько консервативных остатков цистеина присутствуют в положениях 226 235, 335, 364 449, 581, 675, 925 и 985.[9] Также присутствует несколько сигналов внутренней локализации.[10][11][12][13][14] В зависимости от результата сплайсинга и посттрансляционной модификации эти дополнительные сигналы указывают на то, что белок может локализоваться в пероксисоме, плазматической мембране, вне клетки, в цитозоле, ядре или митохондриях.

Фигура 2: Аннотированная карта белка KIAA0090 с местом нахождения и функцией домена

Возможна посттрансляционная модификация KIAA0090. 54 возможных сайта фосфорилирование существовать; 33 серина, 10 треонинов и 11 тирозинов.[15] 3 сайта N-связанного гликозилирования присутствуют на остатках 370, 818 и 913.[16] Сигнальный пептид может быть расщеплен между остатками 21 и 22.[13]

Фигура 3: Концептуальная трансляция KIAA0090 с доменами, сайтами фосфорилирования, сайтами N-связанного гликозилирования и сигнальным пептидом.

Эта информация отображается графически в Рисунок 3. Структура за пределами основного остается предсказательной. Биоинформатический анализ дает согласованные данные, которые также отображаются в Рисунок 3.[17][18] Белок высоко консервативен у эукариот как в многоклеточных, так и в одноклеточных организмах. Это включает, помимо прочего, животных, растения, грибы и простейших.

Рисунок 4: KIAA0090 / Взаимодействие с белками

WD40-подобный домен COG1520 представляет собой только идентифицированный функциональный эффекторный домен KIAA0090. Белки, содержащие WD40, являются преобразователями сигналов, участвующими в передаче сигналов факторам связывания, центромерам и другим эффекторам.[19] Эксперименты по коиммунопреципитации доказали взаимодействие KIAA0090 с этими типами белков; в частности, центромерный белок CENPH, ингибитор BAX TMBI4, фактор рибозилирования ADP ARF6, киназа TNIK и репрессор транскрипции T22D1.[20] Количество вариантов сварки указывает на то, что этот список, вероятно, не окончательный. По мере завершения дальнейшей характеристики можно ожидать дополнительных взаимодействий.

Рекомендации

  1. ^ а б "Энтерес Джин, KIAA0090". NCBI. Март 2010 г.. Получено 2010-03-21.
  2. ^ «Энтерез Нуклеотид, KIAA0090». NCBI. Апрель 2010 г.. Получено 2010-04-23.
  3. ^ "Aceview". NCBI. Апрель 2010 г.. Получено 2010-04-23.
  4. ^ Genomatix. «Эльдорадо, KIAA0090». Геноматикс. Получено 2010-05-10.
  5. ^ «Unigene, KIAA0090». NCBI. Март 2010 г.. Получено 2010-04-05.
  6. ^ ААСТАТС; Джек Крамер, 1990 год. http://seqtool.sdsc.edu В архиве 2003-08-11 на Wayback Machine Доступ 21 апреля 2010 г.
  7. ^ ЧИСЛО ПИ; Программа доктора Луки Толдо, разработанная в http://www.embl-heidelberg.de. Изменено Бьорном Киндлером для печати также самого низкого найденного чистого заряда. http://seqtool.sdsc.edu В архиве 2003-08-11 на Wayback Machine Доступ 22 апреля 2010 г.
  8. ^ «Генные карты». Получено 2010-02-14.
  9. ^ Брендель В., Бухер П., Нурбахш И. Р., Блейсделл Б. Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 89 (6): 2002–6. Дои:10.1073 / пнас.89.6.2002. ЧВК  48584. PMID  1549558.
  10. ^ Хортон П., Парк К.Дж., Обаяси Т., Фуджита Н., Харада Х., Адамс-Кольер С.Дж., Накай К. (июль 2007 г.). «WoLF PSORT: предсказатель локализации белка». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (Выпуск веб-сервера): W585–7. Дои:10.1093 / нар / гкм259. ЧВК  1933216. PMID  17517783.
  11. ^ la Cour T, Kiemer L, Mølgaard A, Gupta R, Skriver K, Brunak S (июнь 2004 г.). «Анализ и прогнозирование сигналов ядерного экспорта, богатого лейцином». Protein Eng. Des. Sel. 17 (6): 527–36. Дои:10.1093 / белок / gzh062. PMID  15314210.
  12. ^ Бендцен Дж. Д., Йенсен Л. Дж., Блом Н., Фон Хейне Дж., Брунак С. (апрель 2004 г.). «Прогнозирование неклассической секреции белка без лидера на основе признаков». Protein Eng. Des. Sel. 17 (4): 349–56. Дои:10.1093 / белок / gzh037. PMID  15115854.
  13. ^ а б Бендцен Дж. Д., Нильсен Х., фон Хейне Г., Брунак С. (июль 2004 г.). «Улучшенное предсказание сигнальных пептидов: SignalP 3.0». J. Mol. Биол. 340 (4): 783–95. CiteSeerX  10.1.1.165.2784. Дои:10.1016 / j.jmb.2004.05.028. PMID  15223320.
  14. ^ Гупта Р., Брунак С. (2002). «Прогнозирование гликозилирования протеома человека и корреляция с функцией белка». Пак Симп Биокомпьютер: 310–22. Дои:10.1142/9789812799623_0029. PMID  11928486.
  15. ^ Блом Н., Гаммельтофт С., Брунак С. (декабрь 1999 г.). «Последовательность и предсказание на основе структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». J. Mol. Биол. 294 (5): 1351–62. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  16. ^ NetNGlyc; Прогнозирование сайтов N-гликозилирования в человеческих белках. Гупта, Э. Юнг и С. Брунак. В стадии подготовки, 2004 г. http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/ Доступ 20 апреля 2010 г.
  17. ^ Макгаффин Л.Дж., Брайсон К., Джонс Д.Т. (апрель 2000 г.). «Сервер прогнозирования структуры белка PSIPRED». Биоинформатика. 16 (4): 404–5. Дои:10.1093 / биоинформатика / 16.4.404. PMID  10869041.
  18. ^ ПРОФ; Группа вычислительной биологии Аберистуитского университета. Департамент компьютерных наук, Аберистуит SY23 3DB, Уэльс, Великобритания. http://www.aber.ac.uk/~phiwww/prof/ Доступ: 23 апреля 2010 г.
  19. ^ Нир Э.Дж., Шмидт С.Дж., Намбудрипад Р., Смит Т.Ф. (сентябрь 1994 г.). «Древнее семейство регуляторных белков WD-повторов». Природа. 371 (6495): 297–300. Дои:10.1038 / 371297a0. PMID  8090199.
  20. ^ Прието С., Де Лас Ривас Дж. (Июль 2006 г.). "APID: Agile Protein Interaction DataAnalyzer". Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск веб-сервера): W298–302. Дои:10.1093 / нар / gkl128. ЧВК  1538863. PMID  16845013.