Список инструментов для прогнозирования субклеточной локализации белка - List of Protein subcellular localization prediction tools

Этот список инструментов для предсказания субклеточной локализации белков включает программное обеспечение, базы данных и веб-службы, которые используются для прогноз субклеточной локализации белка.

Включены некоторые инструменты, которые обычно используются для определения местоположения на основе прогнозируемых структурных свойств, например сигнальный пептид или трансмембранные спирали, и эти инструменты выводят прогнозы этих функций, а не конкретных местоположений. Это программное обеспечение, связанное с предсказание структуры белка может также появиться в списки программного обеспечения для предсказания структуры белков.

инструменты

  • Описания взяты из записи в https://bio.tools/ реестр (используется по лицензии CC-BY) указывается по ссылке
имяОписаниеРекомендацииURLГод
AAIndexLocАлгоритм на основе машинного обучения, который использует аминокислотный индекс для прогнозирования субклеточной локализации белка на основе его последовательности. (запись в bio.tools )[1]http://aaindexloc.bii.a-star.edu.sg/2008
APSLAPПрогнозирование субклеточной локализации белка апоптоза[2]2013
AtSubPВысокоточный инструмент прогнозирования субклеточной локализации для аннотирования протеома Arabidopsis thaliana. (запись в bio.tools )[3]http://bioinfo3.noble.org/AtSubP/2010
BaCelLoBaCelLo является предиктором субклеточной локализации белков у эукариот. (запись в bio.tools )[4]http://gpcr.biocomp.unibo.it/bacello/index.htm2006
БАР +BAR + - это сервер для структурной и функциональной аннотации белковых последовательностей (запись в bio.tools )[5]http://bar.biocomp.unibo.it/bar2.0/2011
БАРBAR 3.0 - это сервер для аннотации белковых последовательностей, основанный на сравнительном крупномасштабном анализе на всем UniProt. С помощью BAR 3.0 и последовательности вы можете аннотировать, когда это возможно: функция (онтология генов), структура (банк данных белков), домены белков (Pfam). Кроме того, если ваша последовательность попадает в кластер со структурным / некоторым структурным шаблоном / ами, мы обеспечиваем выравнивание по шаблону / шаблонам на основе Cluster-HMM (профиль HMM), что позволяет вам напрямую вычислять вашу 3D-модель. Кластерные HMM доступны для скачивания. (запись в bio.tools )[6][5]https://bar.biocomp.unibo.it/bar3/2017
BASysBASys (Bacterial Annotation System) - это инструмент для автоматической аннотации бактериальных геномных (хромосомных и плазмидных) последовательностей, включая названия генов / белков, функции GO, функции COG, возможные паралоги и ортологи, молекулярные веса, изоэлектрические точки, структуры оперонов, субклеточную локализацию, сигнальные пептиды, трансмембранные области, вторичные структуры, трехмерные структуры, реакции и пути. (запись в bio.tools )[7]http://basys.ca2005
BOMPПредиктор белка внешней мембраны бета-ствола (BOMP) принимает одну или несколько полипептидных последовательностей в формате fasta от грамотрицательных бактерий в качестве входных данных и предсказывает, являются ли они интегральными белками внешней мембраны бета-ствола. (запись в bio.tools )[8]http://www.bioinfo.no/tools/bomp2004
BPROMPTБайесовский прогноз топологии мембранного белка (BPROMPT) использует байесовскую сеть убеждений для объединения результатов других методов прогнозирования мембранного белка для последовательности белка. (запись в bio.tools )[9]http://www.ddg-pharmfac.net/bprompt/BPROMPT/BPROMPT.html2003
Cell-PLocПакет веб-серверов для прогнозирования субклеточной локализации белков у различных организмов.[10]2008
ВИОЛОНЧЕЛЬCELLO использует двухуровневую систему Support Vector Machine для определения локализации как прокариотических, так и эукариотических белков.[11][12]2006
ClubSub-PClubSub-P - это база данных прогнозов субклеточной локализации (SCL) на основе кластеров для архей и грамотрицательных бактерий.[13]2011
CoBaltDBCoBaltDB - это новая мощная платформа, которая обеспечивает легкий доступ к результатам нескольких инструментов локализации и поддержку для прогнозирования локализации прокариотических белков.[14]2010
ComiRComiR - это веб-инструмент для прогнозирования целей комбинаторной микроРНК (miRNA). Учитывая информационную РНК (мРНК) в геномах человека, мыши, мухи или червя, ComiR предсказывает, является ли данная мРНК нацеленной на набор miRNA. (запись в bio.tools )[15]http://www.benoslab.pitt.edu/comir/2013
CropPALПортал данных для доступа к сборнику данных о субклеточном расположении белков сельскохозяйственных культур. (запись в bio.tools )[16]http://crop-pal.org/2016
DAS-TMфильтрDAS (Dense Alignment Surface) основан на точечных графиках низкой строгости запрашиваемой последовательности по отношению к набору библиотечных последовательностей - негомологичных мембранных белков - с использованием ранее полученной специальной матрицы оценки. Метод обеспечивает высокоточный профиль гидрофобности для запроса, из которого может быть получено местоположение потенциальных трансмембранных сегментов. Новизна алгоритма DAS-TMfilter - это второй цикл предсказания для предсказания TM-сегментов в последовательностях TM-библиотеки. (запись в bio.tools )[17]http://mendel.imp.ac.at/sat/DAS/DAS.html2002
DeepLocПрогнозирование субклеточной локализации эукариотических белков с помощью глубокого обучения (запись в bio.tools )[18]http://www.cbs.dtu.dk/services/DeepLoc/2017
ДИАНА-microT v5.0Веб-сервер, который прогнозирует мишени для miRNA и предоставляет функциональную информацию о предсказанном взаимодействии miRNA: target с геном из различных биологических ресурсов в Интернете. Обновления позволяют связывать miRNA с заболеваниями посредством библиографического анализа и подключения к браузеру генома UCSC. Обновления включают сложные рабочие процессы. (запись в bio.tools )[19][20]http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=MicroT_CDS/index2013
DrugBankDrugBank - это уникальный ресурс по биоинформатике / хеминформатике, который сочетает в себе подробные данные о лекарствах (например, химических) с исчерпывающей информацией о лекарствах (например, о белках). База данных содержит> 4100 записей о лекарствах, включая> 800 одобренных FDA низкомолекулярных и биотехнологических препаратов, а также> 3200 экспериментальных препаратов. Кроме того, с этими записями лекарств связано> 14000 целевых последовательностей белков или лекарств. (запись в bio.tools )[21]http://redpoll.pharmacy.ualberta.ca/drugbank/index.html2006
Индекс E.ColiИсчерпывающий справочник информации, касающейся кишечной палочки; home of Echobase: база данных генов E. coli, охарактеризованных с момента завершения генома. (запись в bio.tools )[22]http://www.york.ac.uk/res/thomas/2009
ePlantНабор инструментов с открытым исходным кодом на базе всемирной паутины для визуализации крупномасштабных наборов данных из модельного организма Arabidopsis thaliana. Его можно применить к любому модельному организму. В настоящее время имеется 3 модуля: обозреватель сохранения последовательности, который включает данные о гомологических отношениях и однонуклеотидном полиморфизме, обозреватель модели структуры белка, обозреватель сети молекулярного взаимодействия, обозреватель субклеточной локализации генного продукта и обозреватель паттернов экспрессии генов. (запись в bio.tools )[23]http://bar.utoronto.ca/eplant/2011
ESLpredESLpred - это инструмент для прогнозирования субклеточной локализации белков с помощью опорных векторных машин. Прогнозы основаны на дипептидном и аминокислотном составе, а также на физико-химических свойствах. (запись в bio.tools )[24]http://www.imtech.res.in/raghava/eslpred/2004
Euk-mPLoc 2.0Предсказание субклеточной локализации эукариотических белков как с одним, так и с несколькими сайтами.[25]2010
УДАРИсчерпывающая и тщательно подобранная база данных Herb Ingredients ?? Мишени (HIT). Эти растительные ингредиенты с целевым содержанием белка были тщательно отобраны. Информация о молекулярных мишенях включает те белки, которые прямо / косвенно активируются / ингибируются, связывающие белки и ферменты, субстратами или продуктами которых являются эти соединения. Эти регулируемые вверх / вниз гены также включены в обработку отдельных ингредиентов. Кроме того, для справки предоставляются условия эксперимента, наблюдаемая биоактивность и различные ссылки. База данных может быть запрошена с помощью поиска по ключевым словам или поиска по сходству. Были сделаны перекрестные ссылки на TTD, DrugBank, KEGG, PDB, Uniprot, Pfam, NCBI, TCM-ID и другие базы данных. (запись в bio.tools )[26]http://lifecenter.sgst.cn/hit/2011
HMMTOPПрогнозирование трансмембранных спиралей и топологии белков. (запись в bio.tools )[27][28]http://www.enzim.hu/hmmtop/2001
HSLpredПозволяет прогнозировать субклеточную локализацию белков человека. Это основано на различном типе состава остатков белков с использованием метода SVM. (запись в bio.tools )[29]http://www.imtech.res.in/raghava/hslpred/2005
idTargetidTarget - это веб-сервер для идентификации биомолекулярных мишеней малых химических молекул с надежными функциями оценки и подходом стыковки по принципу «разделяй и властвуй». idTarget выполняет скрининг белковых структур в PDB. (запись в bio.tools )[30]http://idtarget.rcas.sinica.edu.tw2012
iLoc-CellПредиктор субклеточного расположения белков человека с множеством сайтов. (запись в bio.tools )[31]http://www.jci-bioinfo.cn/iLoc-Hum2012
ЗнайПредсайтПодход, основанный на знаниях, для прогнозирования сайта (ов) локализации как одиночных, так и множественных локализованных белков для всех эукариот.[32]2009
lncRNAdbБаза данных lncRNAdb содержит исчерпывающий список длинных некодирующих РНК (lncRNA), которые, как было показано, выполняют или связаны с биологическими функциями у эукариот, а также информационные РНК, которые выполняют регуляторные роли. Каждая запись содержит указанную информацию о РНК, включая последовательности, структурную информацию, геномный контекст, экспрессию, субклеточную локализацию, сохранность, функциональные данные и другую важную информацию. lncRNAdb можно искать, запрашивая опубликованные названия и псевдонимы РНК, последовательности, виды и связанные гены, кодирующие белок, а также термины, содержащиеся в аннотациях, такие как ткани, в которых экспрессируются транскрипты, и связанные с ними заболевания. Кроме того, lncRNAdb связан с обозревателем генома UCSC для визуализации и базой данных экспрессии некодирующей РНК (NRED) для получения информации об экспрессии из различных источников. (запись в bio.tools )[33]http://arquivo.pt/wayback/20160516021755/http://www.lncrnadb.org/2011
Loc3DLOC3D - это база данных предсказанной субклеточной локализации для эукариотических белков с известной трехмерной (3D) структурой и включает инструменты для прогнозирования субклеточной локализации для представленных белковых последовательностей. (запись в bio.tools )[34][35][36]http://cubic.bioc.columbia.edu/db/LOC3d/2005
НАЙТИLOCATE - это тщательно подобранная база данных, в которой хранятся данные, описывающие мембранную организацию и субклеточную локализацию белков мыши. (запись в bio.tools )[37]https://web.archive.org/web/20171231015119/http://locate.imb.uq.edu.au/2006
LocDBLocDB - это управляемая вручную база данных с экспериментальными аннотациями для субклеточных локализаций белков у Homo sapiens (HS, человек) и Arabidopsis thaliana (AT, кресс-салат). Каждая запись в базе данных содержит экспериментально полученную локализацию в терминологии онтологии генов (GO), экспериментальную аннотацию локализации, прогнозы локализации с помощью современных методов и, если возможно, тип экспериментальной информации. LocDB доступен для поиска по ключевому слову, названию белка и субклеточному отделу, а также по идентификаторам из ресурсов UniProt, Ensembl и TAIR. (запись в bio.tools )[38]http://www.rostlab.org/services/locDB/2011
LOCtargetLOCtarget - это инструмент для прогнозирования и база данных предварительно рассчитанных прогнозов субклеточной локализации эукариотических и прокариотических белков. Для прогнозов используются несколько методов, включая текстовый анализ ключевых слов SWISS-PROT, сигналов ядерной локализации и использование нейронных сетей. (запись в bio.tools )[39]http://www.rostlab.org/services/LOCtarget/2004
LOCtreeПрогнозирование, основанное на имитации механизма клеточной сортировки с использованием иерархической реализации опорные векторные машины. LOCtree - это комплексный предсказатель, включающий прогнозы на основе PROSITE /PFAM подписи, а также SwissProt ключевые слова.[35]2005
LocTree2Структура для прогнозирования локализации в трех доменах жизни, включая глобулярные и мембранные белки (3 класса для архей, 6 для бактерий и 18 для эукариот). Полученный метод LocTree2 хорошо работает даже для фрагментов белка. Он использует иерархическую систему машин опорных векторов, имитирующую каскадный механизм клеточной сортировки. Метод достигает высоких уровней устойчивой производительности (эукариоты: Q18 = 65%, бактерии: Q6 = 84%). LocTree2 также точно различает мембранные и немембранные белки. В наших руках он выгодно отличался от лучших методов при тестировании на новых данных (запись в bio.tools )[40]https://rostlab.org/owiki/index.php/Loctree22012
LocTree3Прогнозирование субклеточной локализации белков в 18 классах для эукариот, 6 для бактерий и 3 для архей (запись в bio.tools )[40][41]https://rostlab.org/services/loctree3/2014
МАРСпредМетод прогнозирования Â для различения митохондриальных AARS и цитозольных AARS. (запись в bio.tools )[42]http://www.imtech.res.in/raghava/marspred/2012
MDLocПредиктор субклеточного расположения белков на основе зависимостей. (запись в bio.tools )[43]http://128.4.31.235/2015
MemLociПредиктор субклеточной локализации белков, связанных или встроенных в мембраны эукариот. (запись в bio.tools )[44]https://mu2py.biocomp.unibo.it/memloci2011
MemPypeПрогнозирование топологии и субклеточной локализации мембранных белков эукариот. (запись в bio.tools )[45]https://mu2py.biocomp.unibo.it/mempype2011
MetaLocGramNПредиктор мета-субклеточной локализации грамотрицательного белка. MetaLocGramN - это шлюз к ряду основных методов прогнозирования (различные типы: сигнальный пептид, бета-бочка, трансмембранные спирали и предикторы субклеточной локализации). В тесте автора MetaLocGramN показал лучшие результаты по сравнению с другими методами прогнозирования вероятности нежелательной почты (SCL), поскольку средний коэффициент корреляции Мэтьюза достиг 0,806, что повысило прогнозирующую способность на 12% (по сравнению с PSORTb3). MetaLocGramN можно запустить через МЫЛО.[46]2012
МирЗMirZ - это веб-сервер для оценки и анализа miRNA. Он объединяет два ресурса miRNA: атлас экспрессии miRNA smiRNAdb и алгоритм прогнозирования мишени miRNA E1MMo. (запись в bio.tools )[47]http://www.mirz.unibas.ch2009
MitPredВеб-сервер специально обучен предсказанию белков, которые должны быть локализованы в митохондриях дрожжей и животных. (запись в bio.tools )[48]http://www.imtech.res.in/raghava/mitpred/2006
MultiLocМеханизм прогнозирования на основе SVM для широкого диапазона субклеточных местоположений.[49]2006
MycosubЭтот веб-сервер использовался для прогнозирования субклеточной локализации микобактериальных белков на основе оптимальных составов трипептидов. (запись в bio.tools )[50]http://lin.uestc.edu.cn/server/Mycosub2015
NetNESПрогнозирование сигналов ядерного экспорта с высоким содержанием лейцина (NES) в эукариотических белках (запись в bio.tools )[51]http://cbs.dtu.dk/services/NetNES/2004
ngLOCngLOC - это байесовский классификатор на основе n-граммов, который предсказывает субклеточную локализацию белков как у прокариот, так и у эукариот. Общая точность прогнозов варьируется от 85,3% до 91,4% по видам. (запись в bio.tools )[52]http://genome.unmc.edu/ngLOC/index.html2007
OBCOLПрограммное обеспечение, которое мы разработали для выполнения анализа колокализации на основе органелл с помощью мультифлуорофорной микроскопии 2D, 3D и 4D визуализации клеток. (запись в bio.tools )[53]http://obcol.imb.uq.edu.au/2009
PA-SUBPA-SUB (специализированный сервер субклеточной локализации Proteome Analyst) может использоваться для прогнозирования субклеточной локализации белков с использованием установленных методов машинного обучения. (запись в bio.tools )[54][55]http://www.cs.ualberta.ca/~bioinfo/PA/Sub/2004
PharmMapperPharmMapper - это веб-сервер, который определяет потенциальные мишени лекарств из своей PharmTargetDB для заданной входной молекулы. Потенциальные мишени идентифицируются на основе предсказания пространственного расположения элементов, необходимых для взаимодействия данной молекулы с мишенью. (запись в bio.tools )[56]http://59.78.96.61/pharmmapper2010
PlantLocPlantLoc - это веб-сервер для прогнозирования субклеточной локализации растительного белка по мотиву субстанции. (запись в bio.tools )[57]http://cal.tongji.edu.cn/PlantLoc/2013
ПРЕД-ТМББPRED-TMBB - это инструмент, который принимает последовательность белка грамотрицательных бактерий в качестве входных данных и прогнозирует трансмембранные цепи и вероятность того, что это белок бета-ствола внешней мембраны. Пользователь может выбрать один из трех различных методов декодирования. (запись в bio.tools )[58][59]http://bioinformatics.biol.uoa.gr/PRED-TMBB/2004
PredictNLSПрогнозирование и анализ сигналов ядерной локализации (запись в bio.tools )[60]https://www.rostlab.org/owiki/index.php/PredictNLS2000
PredictProtein OpenПрогнозирование различных аспектов структуры и функции белков. Пользователь может отправить запрос на сервер без регистрации. (запись в bio.tools )[61][62][63][64]http://ppopen.informatik.tu-muenchen.de/2014
PREP ЛюксПакет PREP (Predictive RNA Editors for Plants) предсказывает места редактирования РНК, основываясь на том принципе, что редактирование органелл растений увеличивает сохранность белков у разных видов. Включены предикторы для митохондриальных генов, генов хлоропластов и выравнивания, введенные пользователем. (запись в bio.tools )[65][66]http://prep.unl.edu/2009
ProLoc-GOProLoc-GO - это эффективный метод на основе последовательностей, основанный на извлечении информативных терминов генной онтологии для прогнозирования субклеточной локализации белка. (запись в bio.tools )[67]http://140.113.239.45/prolocgo/2008
ProLocЭволюционные опорные векторы (ESVM) на основе классификатор с автоматическим выбором из большого набора физико-химический состав (PCC) особенность разработать точную систему для прогнозирования локализации белка субъядерной. (запись в bio.tools )[68]http://140.113.239.45/proloc/2007
ProtegenProtegen - это веб-база данных и система анализа, которая курирует, хранит и анализирует защитные антигены. Protegen включает в себя основную информацию об антигенах и экспериментальные данные, взятые из рецензируемых статей. Он также включает подробную информацию о генах / белках (например, последовательности ДНК и белков, а также классификацию COG). Предварительно вычисляются различные характеристики антигена, такие как масса белка и pI, а также субклеточная локализация бактериальных белков. (запись в bio.tools )[69]http://www.violinet.org/protegen2011
Протеомный аналитикProteome Analyst - это высокопроизводительный инструмент для прогнозирования свойств каждого белка в протеоме. Пользователь предоставляет протеом в формате fasta, а система использует Psi-blast, Psipred и Modeller для прогнозирования функции белка и субклеточной локализации. Proteome Analyst использует классификаторы с машинным обучением для предсказания таких вещей, как молекулярная функция GO. Предоставляемые пользователем данные обучения также можно использовать для создания настраиваемых классификаторов. (запись в bio.tools )[55]http://www.cs.ualberta.ca/~bioinfo/PA/2004
ProToxProTox - это веб-сервер для прогнозирования in silico оральной токсичности малых молекул у грызунов. (запись в bio.tools )[70][71]http://tox.charite.de/tox2018
PSLpredМетод субклеточной локализации белков принадлежит прокариотическим геномам. (запись в bio.tools )[72]http://www.imtech.res.in/raghava/pslpred/2005
PSORTbPSORTb (от «бактериального» PSORT) - это высокоточный метод прогнозирования локализации бактериальных белков. PSORTb остается наиболее точным предсказателем субклеточной локализации (SCL) бактериального белка с момента его первого появления в 2003 году. Версия PSORTb улучшила запоминание, более высокий протеом -масштабный прогнозный охват и новые уточненные подкатегории локализации. Это первый предсказатель SCL, специально предназначенный для всех прокариот, включая архей и бактерии с атипичной топологией мембраны / клеточной стенки. (запись в bio.tools )[73]http://www.psort.org/psortb/2010
PSORTdbPSORTdb (часть семейства PSORT) - это база данных субклеточных локализаций белков для бактерий и архей, которая содержит как информацию, полученную в результате лабораторных экспериментов (набор данных ePSORTdb), так и расчетные прогнозы (набор данных cPSORTdb). (запись в bio.tools )[74][75]http://db.psort.org2010
psРоботpsRobot - это веб-инструмент для метаанализа малых РНК растений. psRobot вычисляет предсказание малой РНК «стебель-петля», которое выравнивает загруженные пользователем последовательности по выбранному геному, извлекает их предсказанные предшественники и предсказывает, могут ли предшественники складываться во вторичную структуру в форме стебля-петли. psRobot также вычисляет предсказание цели малой РНК, которое предсказывает возможные цели, предоставленные пользователем, последовательности малых РНК из выбранной библиотеки транскриптов. (запись в bio.tools )[76]http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/2012
pTARGETpTARGET предсказывает субклеточную локализацию эукариотических белков на основе паттернов появления функциональных доменов белка, специфичных для локализации, и различий в аминокислотном составе белков из девяти различных субклеточных местоположений. (запись в bio.tools )[77][78]http://bioinformatics.albany.edu/~ptarget2006
RegPhosRegPhos - это база данных для исследования сети фосфорилирования, связанной с введением генов / белков. Также включена информация о субклеточной локализации. (запись в bio.tools )[79]http://regphos.mbc.nctu.edu.tw/2011
RepTarRepTar - это база данных прогнозов мишеней miRNA, основанная на алгоритме RepTar, который не зависит от эволюционных соображений сохранения и не ограничивается сайтами спаривания семян. (запись в bio.tools )[80]http://reptar.ekmd.huji.ac.il2011
РНКхищникRNApredator - это веб-сервер для прогнозирования бактериальных мишеней мРНК. Пользователь может выбирать из большого количества геномов. Учитывается доступность мишени для мРНК. (запись в bio.tools )[81]http://rna.tbi.univie.ac.at/RNApredator2011
S-PSorterНовый подход к построению классификатора на основе клеточной структуры для прогнозирования субклеточного местоположения белка на основе изображений путем использования предшествующей биологической структурной информации. (запись в bio.tools )[82]https://github.com/shaoweinuaa/S-PSorter2016
SChloroПрогнозирование субхлоропластической локализации белка. (запись в bio.tools )[83]http://schloro.biocomp.unibo.it2017
SCLAPМетод адаптивного бустинга для прогнозирования субхлоропластной локализации растительных белков.[84]2013
SCLPredПредсказание субклеточной локализации белка SCLpred с помощью нейронных сетей N-to-1.[85]2011
SCLpred-EMSПредсказание субклеточной локализации белков эндомембранной системы и секреторных путей с помощью сверточных нейронных сетей Deep N-to-1[86]http://distilldeep.ucd.ie/SCLpred2/2020
SecretomePПрогнозирование неклассической (т.е. не запускаемой сигнальным пептидом) секреции белка (запись в bio.tools )[87][88]http://cbs.dtu.dk/services/SecretomeP/2005
ПолубиомаркерНовый полуконтролируемый протокол, который может использовать данные немеченых белков рака при построении модели с помощью стратегии итеративного и инкрементного обучения, что может привести к повышению точности и чувствительности определения различия внутриклеточного местоположения. (запись в bio.tools )[89]http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/SemiBiomarker/2015
ШерлокПредиктор на основе SVM, сочетающий MultiLoc с текстовыми функциями, полученными из рефератов PubMed.[90]2007
SUBA3База данных субклеточной локализации белков Arabidopsis с интерфейсом онлайн-поиска. (запись в bio.tools )[91][92]http://suba3.plantenergy.uwa.edu.au/2014
SubChloВычислительная система для прогнозирования местоположения субхлоропластов белка по его первичной последовательности. Он может локализовать белок, субклеточное расположение которого - хлоропласт, в одной из четырех частей: оболочки (которая состоит из внешней и внутренней мембран), просвета тилакоида, стромы и тилакоидной мембраны. (запись в bio.tools )[93]http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/subchlo/2009
SuperPredВеб-сервер SuperPred сравнивает структурный отпечаток входящей молекулы с базой данных лекарств, связанных с их лекарственными мишенями и пораженными путями. Поскольку биологический эффект хорошо предсказуем, при достаточном структурном сходстве веб-сервер позволяет делать прогнозы относительно области медицинских показаний новых соединений и находить новые выводы для известных целей. Такая информация может быть полезна при классификации лекарств и прогнозировании целей. (запись в bio.tools )[94]http://bioinformatics.charite.de/superpred2008
SuperTargetИнтернет-ресурс для анализа взаимодействий лекарств с мишенью. Включает информацию о лекарствах, связанную с медицинскими показаниями, побочными эффектами лекарств, метаболизмом лекарств, путями и терминами генной онтологии (GO) для целевых белков. (запись в bio.tools )[95]http://bioinformatics.charite.de/supertarget/2012
SwissTargetPredictionSwissTargetPrediction - это веб-сервер для целевого прогнозирования биоактивных малых молекул. Этот веб-сайт позволяет вам предсказывать мишени для небольших молекул. Используя комбинацию двухмерных и трехмерных мер сходства, он сравнивает запрашиваемую молекулу с библиотекой из 280 000 соединений, действующих на более чем 2000 мишеней 5 различных организмов. (запись в bio.tools )[96][97]http://www.swisstargetprediction.ch2014
T3DBБаза данных токсинов и токсинов-мишеней (T3DB) - это уникальный биоинформатический ресурс, который собирает исчерпывающую информацию об общих или повсеместных токсинах и их токсин-мишенях. Каждая запись T3DB (ToxCard) содержит более 80 полей данных, содержащих подробную информацию о химических свойствах и дескрипторах, значениях токсичности, последовательностях белков и генов (как для мишеней, так и токсинов), данные о молекулярном и клеточном взаимодействии, токсикологические данные, механистическую информацию и ссылки. Эта информация была вручную извлечена и проверена вручную из множества источников, включая другие электронные базы данных, правительственные документы, учебники и научные журналы. Основное внимание T3DB уделяется обеспечению глубины ?? над ?? шириной ?? с подробным описанием, механизмами действия и информацией о токсинах и токсинах-мишенях. Потенциальные применения T3DB включают клиническую метаболомику, прогнозирование токсинных мишеней, прогнозирование токсичности и токсикологическое образование. (запись в bio.tools )[98]http://www.t3db.org2010
ТАЛАНТПодобный активатору транскрипции (TAL) Effector-Nucleotide Targeter 2.0 (TALE-NT) представляет собой набор сетевых инструментов, которые позволяют индивидуально проектировать массивы эффекторных повторов TAL для желаемых целей и предсказывать сайты связывания эффекторов TAL. (запись в bio.tools )[99]https://boglab.plp.iastate.edu/2012
TarFisDockTarget Fishing Dock (TarFisDock) - это веб-сервер, который стыкует небольшие молекулы с белковыми структурами в базе данных потенциальных мишеней для лекарств (PDTD) в попытке обнаружить новые мишени для лекарств. (запись в bio.tools )[100]http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/2006
TargetRNATargetRNA - это сетевой инструмент для идентификации мРНК-мишеней малых некодирующих РНК у видов бактерий. (запись в bio.tools )[101]http://cs.wellesley.edu/~btjaden/TargetRNA2/2008
TargetPПрогнозирование N-терминала сигналы сортировки.[102]2000
Цели TDRБаза данных исследований тропических болезней (TDR): разработана и разработана для облегчения быстрого определения и определения приоритетности молекулярных целей для разработки лекарств с упором на патогены, ответственные за забытые болезни человека. База данных объединяет геномную информацию, специфичную для патогенов, с функциональными данными для генов, собранными из различных источников, в том числе из литературы. Информацию можно просматривать и запрашивать. (запись в bio.tools )[103]http://tdrtargets.org/2012
ТетраМитоПредиктор на основе последовательностей для определения местоположения субмитохондрий белков. (запись в bio.tools )[104]http://lin.uestc.edu.cn/server/TetraMito2013
TMBETA-NETИнструмент, который предсказывает трансмембранные бета-цепи в белке внешней мембраны на основе его аминокислотной последовательности. (запись в bio.tools )[105][106]http://psfs.cbrc.jp/tmbeta-net/2005
ТМХММПрогнозирование трансмембранных спиралей для идентификации трансмембранные белки.[107]2001
TMPredПрограмма TMpred делает прогноз областей, охватывающих мембрану, и их ориентацию. Алгоритм основан на статистическом анализе TMbase, базы данных встречающихся в природе трансмембранных белков (запись в bio.tools )[108]http://embnet.vital-it.ch/software/TMPRED_form.html1993
TPpred 1.0Прогнозирование пептидов, нацеленных на органеллы (запись в bio.tools )[109]http://tppred.biocomp.unibo.it/tppred/default/index2013
TPpred 2.0Прогнозирование митохондриального целевого пептида (запись в bio.tools )[110][109]https://tppred3.biocomp.unibo.it2015
TPpred 3.0Обнаружение пептидов, нацеленных на органеллы, и прогнозирование сайтов расщепления (запись в bio.tools )[111]http://tppred3.biocomp.unibo.it/tppred32015
TTDБаза данных терапевтических целей (TTD) была разработана для предоставления информации о терапевтических целях и соответствующих лекарствах. TTD включает информацию об успешных, клинических испытаниях и целях исследования, одобренных, клинических испытаниях и экспериментальных препаратах, связанных с их основными целями, новых способах доступа к данным по способу действия препарата, рекурсивному поиску связанных целей или препаратов, цели сходства и поиску препарата, индивидуальная загрузка и загрузка всех данных, а также стандартизированный идентификатор цели. (запись в bio.tools )[112]http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/2010
UM-PPSСистема прогнозирования путей развития Миннесотского университета (UM-PPS) - это веб-инструмент, который распознает функциональные группы в органических соединениях, которые являются потенциальными мишенями микробных катаболических реакций, и прогнозирует трансформации этих групп на основе правил биотрансформации. Делаются многоуровневые прогнозы. (запись в bio.tools )[113]http://eawag-bbd.ethz.ch/predict/aboutPPS.html2008
WoLF PSORTWoLF PSORT - это расширение программы PSORT II для предсказания субклеточного местоположения белков. (запись в bio.tools )[114]https://wolfpsort.hgc.jp/2007
YLocYLoc - это веб-сервер для предсказания субклеточной локализации. Объясняются прогнозы и выделяются биологические свойства, используемые для прогнозов. Кроме того, оценка достоверности оценивает надежность индивидуальных прогнозов. (запись в bio.tools )[115]http://www.multiloc.org/YLoc2010
Цинковые инструменты для пальцевZinc Finger Tools предоставляет несколько инструментов для выбора целевых сайтов белков цинковых пальцев и для разработки белков, которые будут на них нацелены. (запись в bio.tools )[116][117][118][119][120][121]http://www.scripps.edu/mb/barbas/zfdesign/zfdesignhome.php2006

Рекомендации

  1. ^ Тантосо Э., Ли КБ (август 2008 г.). «AAIndexLoc: прогнозирование внутриклеточной локализации белков на основе нового представления последовательностей с использованием аминокислотных индексов». Аминокислоты. 35 (2): 345–53. Дои:10.1007 / s00726-007-0616-у. PMID  18163182. S2CID  712299.
  2. ^ Сараванан V, Лакшми П.Т. (декабрь 2013 г.). «APSLAP: метод адаптивного бустинга для прогнозирования субклеточной локализации апоптозного белка». Acta Biotheoretica. 61 (4): 481–97. Дои:10.1007 / s10441-013-9197-1. PMID  23982307. S2CID  23858443.
  3. ^ Каундал Р., Сайни Р., Чжао П. Х. (сентябрь 2010 г.). «Сочетание машинного обучения и подходов на основе гомологии для точного прогнозирования субклеточной локализации у Arabidopsis». Физиология растений. 154 (1): 36–54. Дои:10.1104 / стр.110.156851. ЧВК  2938157. PMID  20647376.
  4. ^ Пьерлеони А., Мартелли П.Л., Фаризелли П., Касадио Р. (июль 2006 г.). «BaCelLo: сбалансированный предсказатель субклеточной локализации». Биоинформатика. 22 (14): e408–16. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl222. PMID  16873501.
  5. ^ а б Piovesan D, Martelli PL, Fariselli P, Zauli A, Rossi I, Casadio R (июль 2011 г.). «BAR-PLUS: ресурс Болонской аннотации плюс для функциональной и структурной аннотации белковых последовательностей». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск веб-сервера): W197–202. Дои:10.1093 / nar / gkr292. ЧВК  3125743. PMID  21622657.
  6. ^ Профити Г., Мартелли П.Л., Касадио Р. (июль 2017 г.). «Ресурс аннотаций Болоньи (BAR 3.0): улучшение функциональной аннотации белков». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (W1): W285 – W290. Дои:10.1093 / нар / gkx330. ЧВК  5570247. PMID  28453653.
  7. ^ Ван Домселаар Г.Х., Стотхард П., Шривастава С., Круз Дж. А., Го А., Донг Х, Лу П., Шафрон Д., Грейнер Р., Вишарт Д. С. (июль 2005 г.). «BASys: веб-сервер для автоматической аннотации бактериального генома». Исследования нуклеиновых кислот. 33 (Выпуск веб-сервера): W455–9. Дои:10.1093 / нар / gki593. ЧВК  1160269. PMID  15980511.
  8. ^ Бервен Ф.С., Фликка К., Йенсен Х.Б., Эйдхаммер I (июль 2004 г.). «BOMP: программа для прогнозирования интегральных белков внешней мембраны бета-ствола, кодируемых в геномах грамотрицательных бактерий». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (Выпуск веб-сервера): W394–9. Дои:10.1093 / нар / гх351. ЧВК  441489. PMID  15215418.
  9. ^ Taylor PD, Attwood TK, Flower DR (июль 2003 г.). «BPROMPT: консенсусный сервер для предсказания мембранного белка». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (13): 3698–700. Дои:10.1093 / нар / gkg554. ЧВК  168961. PMID  12824397.
  10. ^ Чоу KC, Шен HB (01.01.2008). «Cell-PLoc: пакет веб-серверов для прогнозирования внутриклеточной локализации белков в различных организмах». Протоколы природы. 3 (2): 153–62. Дои:10.1038 / nprot.2007.494. PMID  18274516. S2CID  226104.
  11. ^ Ю. С., Линь С. Дж., Хван Дж. К. (май 2004 г.). «Прогнозирование внутриклеточной локализации белков для грамотрицательных бактерий с помощью опорных векторных машин на основе композиций н-пептидов». Белковая наука. 13 (5): 1402–6. Дои:10.1110 / пс. 03479604. ЧВК  2286765. PMID  15096640.
  12. ^ Ю.С., Чен Ю.С., Лу СН, Хван Дж.К. (август 2006 г.). «Прогнозирование субклеточной локализации белков». Белки. 64 (3): 643–51. Дои:10.1002 / prot.21018. PMID  16752418.
  13. ^ Парамасивам Н., Линке Д. (2011). «ClubSub-P: прогнозирование субклеточной локализации на основе кластеров для грамотрицательных бактерий и архей». Границы микробиологии. 2: 218. Дои:10.3389 / fmicb.2011.00218. ЧВК  3210502. PMID  22073040.
  14. ^ Goudenège D, Avner S, Lucchetti-Miganeh C, Barloy-Hubler F (март 2010 г.). «CoBaltDB: Полная база данных по субклеточной локализации орфеом бактерий и архей и связанные ресурсы». BMC Microbiology. 10: 88. Дои:10.1186/1471-2180-10-88. ЧВК  2850352. PMID  20331850.
  15. ^ Короннелло С., Бенос П.В. (июль 2013 г.). "ComiR: Комбинаторный инструмент прогнозирования мишеней микроРНК". Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Выпуск веб-сервера): W159–64. Дои:10.1093 / nar / gkt379. ЧВК  3692082. PMID  23703208.
  16. ^ Хупер С.М., Каслден И.Р., Арьяманеш Н., Джейкоби Р.П., Миллар А.Х. (январь 2016 г.). «Определение субклеточного расположения белков ячменя, пшеницы, риса и кукурузы: сборник белков сельскохозяйственных культур с аннотированными местоположениями (CropPAL)». Физиология растений и клеток. 57 (1): e9. Дои:10.1093 / pcp / pcv170. PMID  26556651.
  17. ^ Черзё, Миклош; Эйзенхабер, Франк; Эйзенхабер, Биргит; Саймон, Иштван (сентябрь 2002 г.). «О фильтрации ложноположительных предсказаний трансмембранного белка». Белковая инженерия, дизайн и отбор. 15 (9): 745–752. Дои:10.1093 / белок / 15.9.745. ISSN  1741-0134. PMID  12456873.
  18. ^ Альмагро Арментерос Дж.Дж., Сёндерби СК, Сёндерби СК, Нильсен Х., Винтер О. (ноябрь 2017 г.). «DeepLoc: прогнозирование субклеточной локализации белков с помощью глубокого обучения». Биоинформатика. 33 (21): 3387–3395. Дои:10.1093 / биоинформатика / btx431. PMID  29036616.
  19. ^ Maragkakis M, Reczko M, Simossis VA, Alexiou P, Papadopoulos GL, Dalamagas T., Giannopoulos G, Goumas G, Koukis E, Kourtis K, Vergoulis T., Koziris N, Sellis T., Tsanakas P, Hatzigeorgiou AG (июль 2009 г.). «Веб-сервер DIANA-microT: выяснение функций микроРНК посредством предсказания цели». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (Выпуск веб-сервера): W273–6. Дои:10.1093 / nar / gkp292. ЧВК  2703977. PMID  19406924.
  20. ^ Параскевопулу, доктор медицины, Георгакилас Г., Костулас Н., Влахос И.С., Вергулис Т., Рецко М., Филиппидис К., Даламагас Т., Хатцигеоргиу А.Г. (июль 2013 г.). «Веб-сервер DIANA-microT v5.0: интеграция сервиса в рабочие процессы функционального анализа miRNA». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Выпуск веб-сервера): W169–73. Дои:10.1093 / nar / gkt393. ЧВК  3692048. PMID  23680784.
  21. ^ Вишарт Д.С., Нокс С., Гуо А.С., Шривастава С., Хассанали М., Стотхард П., Чанг З., Вулси Дж. (Январь 2006 г.). «DrugBank: всеобъемлющий ресурс для поиска и исследования лекарств in silico». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Выпуск базы данных): D668–72. Дои:10.1093 / nar / gkj067. ЧВК  1347430. PMID  16381955.
  22. ^ Хорлер Р.С., Мясник А., Папангелопулос Н., Эштон П.Д., Томас Г.Х. (январь 2009 г.). «ЭХОЛОКАЦИЯ: анализ in silico субклеточных местоположений белков Escherichia coli и сравнение с экспериментально полученными местоположениями». Биоинформатика. 25 (2): 163–6. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn596. PMID  19015139.
  23. ^ Fucile G, Di Biase D, Nahal H, La G, Khodabandeh S, Chen Y, Easley K, Christendat D, Kelley L, Provart NJ (январь 2011 г.). «ePlant и инициатива по отображению трехмерных данных: интегративная системная биология во всемирной паутине». PLOS ONE. 6 (1): e15237. Bibcode:2011PLoSO ... 615237F. Дои:10.1371 / journal.pone.0015237. ЧВК  3018417. PMID  21249219.
  24. ^ Бхасин М., Рагхава Г.П. (июль 2004 г.). «ESLpred: метод на основе SVM для субклеточной локализации эукариотических белков с использованием дипептидной композиции и PSI-BLAST». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (Выпуск веб-сервера): W414–9. Дои:10.1093 / нар / гх350. ЧВК  441488. PMID  15215421.
  25. ^ Чжоу KC, Шен HB (апрель 2010 г.). «Новый метод прогнозирования субклеточной локализации эукариотических белков как с одним, так и с несколькими сайтами: Euk-mPLoc 2.0». PLOS ONE. 5 (4): e9931. Bibcode:2010PLoSO ... 5.9931C. Дои:10.1371 / journal.pone.0009931. ЧВК  2848569. PMID  20368981.
  26. ^ Е Х, Е Л., ​​Кан Х, Чжан Д., Тао Л., Тан К., Лю Х, Чжу Р., Лю Цюй, Чен ИЗ, Ли И, Цао З. (январь 2011 г.). «HIT: соединение активных ингредиентов на травах с целями». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D1055–9. Дои:10.1093 / nar / gkq1165. ЧВК  3013727. PMID  21097881.
  27. ^ Tusnády, Gábor E .; Саймон, Иштван (октябрь 1998 г.). "Принципы, регулирующие аминокислотный состав интегральных мембранных белков: приложение к предсказанию топологии 1 1 Под редакцией Дж. Торнтона". Журнал молекулярной биологии. 283 (2): 489–506. Дои:10.1006 / jmbi.1998.2107. ISSN  0022-2836. PMID  9769220.
  28. ^ Туснады, Г. Э .; Саймон, И. (2001-09-01). «Сервер прогнозирования трансмембранной топологии HMMTOP». Биоинформатика. 17 (9): 849–850. Дои:10.1093 / биоинформатика / 17.9.849. ISSN  1367-4803. PMID  11590105.
  29. ^ Гарг А., Бхасин М., Рагхава Г. П. (апрель 2005 г.). «Опорный векторный машинный метод субклеточной локализации белков человека с использованием аминокислотных композиций, их порядка и поиска сходства». Журнал биологической химии. 280 (15): 14427–32. Дои:10.1074 / jbc.M411789200. PMID  15647269.
  30. ^ Ван Дж. К., Чу П. Я., Чен С. М., Лин Дж. Х. (июль 2012 г.). «idTarget: веб-сервер для идентификации белковых мишеней малых химических молекул с надежными функциями подсчета очков и подходом стыковки« разделяй и властвуй »». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск веб-сервера): W393–9. Дои:10.1093 / нар / gks496. ЧВК  3394295. PMID  22649057.
  31. ^ Чжоу KC, Wu ZC, Сяо X (февраль 2012). «iLoc-Hum: использование шкалы меток накопления для прогнозирования субклеточного расположения белков человека как с одним, так и с несколькими сайтами». Молекулярные биосистемы. 8 (2): 629–41. Дои:10.1039 / c1mb05420a. PMID  22134333.
  32. ^ Линь Х.Н., Чен С.Т., Сун Т.Ю., Хо С.Ю., Сюй В.Л. (декабрь 2009 г.). «Предсказание субклеточной локализации белков эукариот с использованием подхода, основанного на знаниях». BMC Bioinformatics. 10 Приложение 15: S8. Дои:10.1186 / 1471-2105-10-S15-S8. ЧВК  2788359. PMID  19958518.
  33. ^ Амарал П.П., Кларк МБ, Гаскойн Д.К., Динджер М.Э., Мэттик Дж.С. (январь 2011 г.). «lncRNAdb: справочная база данных для длинных некодирующих РНК». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D146–51. Дои:10.1093 / nar / gkq1138. ЧВК  3013714. PMID  21112873.
  34. ^ Наир Р., Рост Б (июль 2003 г.). «LOC3D: аннотировать субклеточную локализацию белковых структур». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (13): 3337–40. Дои:10.1093 / нар / gkg514. ЧВК  168921. PMID  12824321.
  35. ^ а б Наир Р., Рост Б (апрель 2005 г.). «Имитация клеточной сортировки улучшает предсказание субклеточной локализации». Журнал молекулярной биологии. 348 (1): 85–100. Дои:10.1016 / j.jmb.2005.02.025. PMID  15808855.
  36. ^ Наир Р., Рост Б (декабрь 2003 г.). «Лучшее предсказание субклеточной локализации путем объединения эволюционной и структурной информации». Белки. 53 (4): 917–30. CiteSeerX  10.1.1.217.389. Дои:10.1002 / prot.10507. PMID  14635133.
  37. ^ Финк Дж. Л., Атуралия Р. Н., Дэвис М. Дж., Чжан Ф., Хансон К., Тисдейл М. С., Кай С., Кавай Дж., Карнинчи П., Хаяшизаки Ю., Тисдейл Р. Д. (январь 2006 г.). «LOCATE: база данных субклеточной локализации мышиного белка». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Выпуск базы данных): D213–7. Дои:10.1093 / nar / gkj069. ЧВК  1347432. PMID  16381849.
  38. ^ Растоги С, Рост Б (январь 2011). «LocDB: экспериментальные аннотации локализации для Homo sapiens и Arabidopsis thaliana». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D230–4. Дои:10.1093 / nar / gkq927. ЧВК  3013784. PMID  21071420.
  39. ^ Наир Р., Рост Б (июль 2004 г.). «LOCnet и LOCtarget: субклеточная локализация мишеней структурной геномики». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (Выпуск веб-сервера): W517–21. Дои:10.1093 / нар / гх441. ЧВК  441579. PMID  15215440.
  40. ^ а б Goldberg T, Hamp T, Rost B (сентябрь 2012 г.). «LocTree2 предсказывает локализацию для всех сфер жизни». Биоинформатика. 28 (18): i458 – i465. Дои:10.1093 / биоинформатика / bts390. ЧВК  3436817. PMID  22962467.
  41. ^ Голдберг Т., Хехт М., Хамп Т., Карл Т., Ячдав Г., Ахмед Н., Альтерманн Ю., Ангерер П., Ансорге С., Балаш К., Бернхофер М., Бец А., Джизмадия Л., До К.Т., Герке Дж., Грейл Р., Йорденс В. , Hastreiter M, Hembach K, Herzog M, Kalemanov M, Kluge M, Meier A, Nasir H, Neumaier U, Prade V, Reeb J, Sorokoumov A, Troshani I, Vorberg S, Waldraff S, Zierer J, Nielsen H, Rost B (июль 2014 г.). "Предсказание локализации LocTree3". Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Выпуск веб-сервера): W350–5. Дои:10.1093 / нар / gku396. ЧВК  4086075. PMID  24848019.
  42. ^ Панвар Б., Рагхава Г.П. (май 2012 г.). «Предсказание субклеточной локализации тРНК синтетаз из их первичных структур». Аминокислоты. 42 (5): 1703–13. Дои:10.1007 / s00726-011-0872-8. PMID  21400228. S2CID  2996097.
  43. ^ Симха Р., Бриземейстер С., Кольбахер О., Шаткай Х. (июнь 2015 г.). «Прогнозирование местоположения белков (нескольких): использование взаимозависимостей через генеративную модель». Биоинформатика. 31 (12): i365–74. Дои:10.1093 / биоинформатика / btv264. ЧВК  4765880. PMID  26072505.
  44. ^ Пьерлеони А., Мартелли П.Л., Касадио Р. (май 2011 г.). «MemLoci: прогнозирование внутриклеточной локализации мембранных белков у эукариот». Биоинформатика. 27 (9): 1224–30. Дои:10.1093 / биоинформатика / btr108. PMID  21367869.
  45. ^ Пьерлеони А, Индио V, Савохардо С., Фаризелли П., Мартелли П.Л., Касадио Р. (июль 2011 г.). «MemPype: конвейер для аннотации белков мембран эукариот». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск веб-сервера): W375–80. Дои:10.1093 / nar / gkr282. ЧВК  3125734. PMID  21543452.
  46. ^ Магнус М., Павловски М., Буйницкий Ю.М. (декабрь 2012 г.). «MetaLocGramN: мета-предиктор субклеточной локализации белка для грамотрицательных бактерий». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Белки и протеомика. 1824 (12): 1425–33. Дои:10.1016 / j.bbapap.2012.05.018. PMID  22705560.
  47. ^ Хауссер Дж., Бернингер П., Родак С., Янтшер Ю., Вирт С., Заволан М. (июль 2009 г.). «МирЗ: интегрированный атлас экспрессии микроРНК и целевой ресурс для прогнозирования». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (Выпуск веб-сервера): W266–72. Дои:10.1093 / nar / gkp412. ЧВК  2703880. PMID  19468042.
  48. ^ Кумар М., Верма Р., Рагхава Г.П. (март 2006 г.). «Прогнозирование митохондриальных белков с использованием машины опорных векторов и скрытой марковской модели». Журнал биологической химии. 281 (9): 5357–63. Дои:10.1074 / jbc.M511061200. PMID  16339140.
  49. ^ Höglund A, Dönnes P, Blum T., Adolph HW, Kohlbacher O (май 2006 г.). «MultiLoc: предсказание субклеточной локализации белка с использованием N-концевых целевых последовательностей, мотивов последовательностей и аминокислотного состава». Биоинформатика. 22 (10): 1158–65. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl002. PMID  16428265.
  50. ^ Чжу П.П., Ли В.К., Чжун Ц.Дж., Дэн Э.З., Дин Х., Чен В., Лин Х. (февраль 2015 г.). «Прогнозирование субклеточной локализации микобактериальных белков путем включения оптимальных трипептидов в общую форму псевдоаминокислотного состава». Молекулярные биосистемы. 11 (2): 558–63. Дои:10.1039 / c4mb00645c. PMID  25437899. S2CID  8130819.
  51. ^ la Cour T, Kiemer L, Mølgaard A, Gupta R, Skriver K, Brunak S (июнь 2004 г.). «Анализ и прогнозирование сигналов ядерного экспорта, богатого лейцином». Белковая инженерия, дизайн и выбор. 17 (6): 527–36. Дои:10.1093 / белок / gzh062. PMID  15314210.
  52. ^ Кинг, Брайан Р.; Гуда, Читтибабу (2007). «ngLOC: байесовский метод на основе n-граммов для оценки субклеточных протеомов эукариот». Геномная биология. 8 (5): R68. Дои:10.1186 / gb-2007-8-5-r68. ISSN  1465-6906. ЧВК  1929137. PMID  17472741.
  53. ^ Вудкрофт Б.Дж., Хаммонд Л., Стоу Д.Л., Гамильтон Н.А. (ноябрь 2009 г.). «Автоматизированная колокализация на основе органелл при визуализации целых клеток». Цитометрия. Часть А. 75 (11): 941–50. Дои:10.1002 / cyto.a.20786. PMID  19746416. S2CID  25068671.
  54. ^ Лу З., Шафрон Д., Грейнер Р., Лу П., Вишарт Д. С., Пулин Б., Анвик Дж., Макдонелл К., Эйснер Р. (март 2004 г.). «Предсказание субклеточной локализации белков с помощью классификаторов с машинным обучением». Биоинформатика. 20 (4): 547–56. CiteSeerX  10.1.1.216.1493. Дои:10.1093 / биоинформатика / btg447. PMID  14990451.
  55. ^ а б Szafron D, Lu P, Greiner R, Wishart DS, Poulin B, Eisner R, Lu Z, Anvik J, Macdonell C, Fyshe A, Meeuwis D (июль 2004 г.). «Proteome Analyst: пользовательские прогнозы с пояснениями в веб-инструменте для высокопроизводительных протеомных аннотаций». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (Проблема с веб-сервером): W365–71. Дои:10.1093 / нар / гх485. ЧВК  441623. PMID  15215412.
  56. ^ Лю X, Ouyang S, Yu B, Liu Y, Huang K, Gong J, Zheng S, Li Z, Li H, Jiang H (июль 2010 г.). «Сервер PharmMapper: веб-сервер для идентификации потенциальных мишеней лекарственного средства с использованием подхода к фармакофорному картированию». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Выпуск веб-сервера): W609–14. Дои:10.1093 / нар / gkq300. ЧВК  2896160. PMID  20430828.
  57. ^ Тан С., Ли Т., Конг П, Сюн В., Ван З., Сунь Дж. (Июль 2013 г.). «PlantLoc: точный веб-сервер для прогнозирования субклеточной локализации растительного белка по мотиву субстанциальности». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Выпуск веб-сервера): W441–7. Дои:10.1093 / nar / gkt428. ЧВК  3692052. PMID  23729470.
  58. ^ Багос П.Г., Лиакопулос Т.Д., Спиропулос И.К., Хамодракас С.Дж. (июль 2004 г.). "PRED-TMBB: веб-сервер для прогнозирования топологии белков внешней мембраны бета-ствола". Исследования нуклеиновых кислот. 32 (Выпуск веб-сервера): W400–4. Дои:10.1093 / нар / гх417. ЧВК  441555. PMID  15215419.
  59. ^ Багос П.Г., Лиакопулос Т.Д., Спиропулос И.К., Хамодракас С.Дж. (март 2004 г.). «Метод скрытой марковской модели, способный предсказывать и различать белки внешней мембраны бета-ствола». BMC Bioinformatics. 5: 29. Дои:10.1186/1471-2105-5-29. ЧВК  385222. PMID  15070403.
  60. ^ Cokol M, Nair R, Rost B (ноябрь 2000 г.). «Нахождение сигналов ядерной локализации». EMBO отчеты. 1 (5): 411–5. Дои:10.1093 / embo-reports / kvd092. ЧВК  1083765. PMID  11258480.
  61. ^ Yachdav G, Kloppmann E, Kajan L, Hecht M, Goldberg T, Hamp T, Hönigschmid P, Schafferhans A, Roos M, Bernhofer M, Richter L, Ashkenazy H, Punta M, Schlessinger A, Bromberg Y, Schneider R, Vriend G , Сандер С., Бен-Тал Н., Рост Б. (июль 2014 г.). «PredictProtein - открытый ресурс для онлайн-прогнозирования структурных и функциональных характеристик белков». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Выпуск веб-сервера): W337–43. Дои:10.1093 / нар / gku366. ЧВК  4086098. PMID  24799431.
  62. ^ Kaján L, Yachdav G, Vicedo E, Steinegger M, Mirdita M, Angermüller C, Böhm A, Domke S, Ertl J, Mertes C, Reisinger E, Staniewski C, Rost B (2013). «Облачное предсказание структуры и функции белков с помощью PredictProtein для Debian». BioMed Research International. 2013: 1–6. Дои:10.1155/2013/398968. ЧВК  3732596. PMID  23971032.
  63. ^ Рост Б., Лю Дж. (Июль 2003 г.). «Сервер PredictProtein». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (13): 3300–4. Дои:10,1093 / нар / гкг508. ЧВК  168915. PMID  12824312.
  64. ^ Рост Б., Ячдав Г., Лю Дж. (Июль 2004 г.). «Сервер PredictProtein». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (Проблема с веб-сервером): W321–6. Дои:10.1093 / нар / гх377. ЧВК  441515. PMID  15215403.
  65. ^ Косилка JP (июль 2009 г.). «Пакет PREP: предсказательные редакторы РНК для митохондриальных генов растений, генов хлоропластов и определяемых пользователем выравниваний». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (Выпуск веб-сервера): W253–9. Дои:10.1093 / нар / gkp337. ЧВК  2703948. PMID  19433507.
  66. ^ Косилка JP (апрель 2005 г.). «PREP-Mt: предсказательный редактор РНК для митохондриальных генов растений». BMC Bioinformatics. 6: 96. Дои:10.1186/1471-2105-6-96. ЧВК  1087475. PMID  15826309.
  67. ^ Хуанг В.Л., Тунг С.В., Хо С.В., Хван С.Ф., Хо С.Ю. (февраль 2008 г.). «ProLoc-GO: использование информативных терминов генной онтологии для предсказания субклеточной локализации белка на основе последовательностей». BMC Bioinformatics. 9: 80. Дои:10.1186/1471-2105-9-80. ЧВК  2262056. PMID  18241343.
  68. ^ Хуанг У.Л., Тунг Ч.В., Хуанг Х.Л., Хван С.Ф., Хо СИ (2007). «ProLoc: прогнозирование субядерной локализации белка с помощью SVM с автоматическим выбором по физико-химическим характеристикам состава». Биосистемы. 90 (2): 573–81. Дои:10.1016 / j.biosystems.2007.01.001. PMID  17291684.
  69. ^ Ян Б., Сэйерс С., Сян З., Хе И (январь 2011 г.). «Protegen: Интернет-база данных и система анализа защитных антигенов». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D1073–8. Дои:10.1093 / nar / gkq944. ЧВК  3013795. PMID  20959289.
  70. ^ Drwal, Malgorzata N .; Банерджи, Приянка; Дункель, Матиас; Wettig, Martin R .; Прейсснер, Роберт (16 мая 2014 г.). «ProTox: веб-сервер для in silico прогнозирования оральной токсичности для грызунов». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (W1): W53 – W58. Дои:10.1093 / нар / gku401. ISSN  1362-4962. ЧВК  4086068. PMID  24838562.
  71. ^ Банерджи, Приянка; Экерт, Андреас О; Шрей, Анна К; Прейсснер, Роберт (30.04.2018). «ProTox-II: веб-сервер для прогнозирования токсичности химических веществ». Исследования нуклеиновых кислот. 46 (W1): W257 – W263. Дои:10.1093 / нар / gky318. ISSN  0305-1048. ЧВК  6031011. PMID  29718510.
  72. ^ Бхасин М., Гарг А., Рагхава Г.П. (май 2005 г.). «PSLpred: прогноз субклеточной локализации бактериальных белков». Биоинформатика. 21 (10): 2522–4. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti309. PMID  15699023.
  73. ^ Yu NY, Wagner JR, Laird MR, Melli G, Rey S, Lo R, Dao P, Sahinalp SC, Ester M, Foster LJ, Brinkman FS (июль 2010 г.). «PSORTb 3.0: улучшенное предсказание субклеточной локализации белка с уточненными подкатегориями локализации и прогностическими возможностями для всех прокариот». Биоинформатика. 26 (13): 1608–15. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq249. ЧВК  2887053. PMID  20472543.
  74. ^ Ю. Нью-Йорк, Лэрд М.Р., Спенсер К., Бринкман Ф.С. (январь 2011 г.). «PSORTdb - расширенная, автоматически обновляемая, удобная база данных субклеточной локализации белков для бактерий и архей». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D241–4. Дои:10.1093 / nar / gkq1093. ЧВК  3013690. PMID  21071402.
  75. ^ Рей С., Акаб М., Гарди Дж. Л., Лэрд М. Р., де Фейс К., Ламберт С., Бринкман Ф. С. (январь 2005 г.). «PSORTdb: база данных субклеточной локализации белков для бактерий». Исследования нуклеиновых кислот. 33 (Выпуск базы данных): D164–8. Дои:10.1093 / nar / gki027. ЧВК  539981. PMID  15608169.
  76. ^ Ву Х.Дж., Ма Ю.К., Чен Т., Ван М, Ван XJ (июль 2012 г.). «PsRobot: набор инструментов для мета-анализа малых РНК растений». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск веб-сервера): W22–8. Дои:10.1093 / нар / гкс554. ЧВК  3394341. PMID  22693224.
  77. ^ Гуда С., Субраманиам С. (ноябрь 2005 г.). "pTARGET [исправлено] новый метод прогнозирования субклеточной локализации белков у эукариот". Биоинформатика. 21 (21): 3963–9. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti650. PMID  16144808.
  78. ^ Гуда С (июль 2006 г.). «pTARGET: веб-сервер для прогнозирования субклеточной локализации белка». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Выпуск веб-сервера): W210–3. Дои:10.1093 / nar / gkl093. ЧВК  1538910. PMID  16844995.
  79. ^ Ли Т.Ю., Бо-Кай Хсу Дж, Чанг В.К., Хуанг HD (январь 2011 г.). «RegPhos: система для исследования сети фосфорилирования протеинкиназа-субстрат у человека». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D777–87. Дои:10.1093 / nar / gkq970. ЧВК  3013804. PMID  21037261.
  80. ^ Элефант Н., Бергер А., Шейн Х, Хофри М., Маргалит Х, Алтувиа Й (январь 2011 г.). «RepTar: база данных прогнозируемых клеточных мишеней миРНК хозяина и вирусов». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D188–94. Дои:10.1093 / nar / gkq1233. ЧВК  3013742. PMID  21149264.
  81. ^ Эггенхофер Ф., Тафер Х., Штадлер П.Ф., Хофакер Иллинойс (июль 2011 г.). «RNApredator: быстрое предсказание целей мРНК на основе доступности». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск веб-сервера): W149–54. Дои:10.1093 / nar / gkr467. ЧВК  3125805. PMID  21672960.
  82. ^ Шао В., Лю М., Чжан Д. (январь 2016 г.). «Построение модели на основе структуры клеток человека для прогнозирования субклеточного местоположения белка по биологическим изображениям». Биоинформатика. 32 (1): 114–21. Дои:10.1093 / биоинформатика / btv521. PMID  26363175.
  83. ^ Савохардо К., Мартелли П.Л., Фаризелли П., Касадио Р. (февраль 2017 г.). «SChloro: направление белков Viridiplantae в шесть хлоропластических субкомпартментов». Биоинформатика. 33 (3): 347–353. Дои:10.1093 / биоинформатика / btw656. ЧВК  5408801. PMID  28172591.
  84. ^ Сараванан V, Лакшми П.Т. (февраль 2013 г.). «SCLAP: адаптивный бустерный метод для прогнозирования субхлоропластной локализации растительных белков». ОМИКС. 17 (2): 106–15. Дои:10.1089 / omi.2012.0070. PMID  23289782.
  85. ^ Муни С., Ван Й., Полластри Г. (октябрь 2011 г.). «SCLpred: предсказание субклеточной локализации белка с помощью нейронных сетей N-to-1». Биоинформатика. 27 (20): 2812–9. Дои:10.1093 / биоинформатика / btr494. PMID  21873639.
  86. ^ Kaleel, M; Чжэн, Y; Чен, Дж; Фэн, X; Симпсон, JC; Полластри, Г; Муни, К. (6 марта 2020 г.). «SCLpred-EMS: предсказание субклеточной локализации эндомембранной системы и белков секреторного пути с помощью сверточных нейронных сетей Deep N-to-1». Биоинформатика (Оксфорд, Англия). 36 (11): 3343–3349. Дои:10.1093 / биоинформатика / btaa156. PMID  32142105.
  87. ^ Бендцен Дж. Д., Дженсен Л. Дж., Блом Н., Фон Хейне Г, Брунак С (апрель 2004 г.). «Прогнозирование неклассической секреции белка без лидера на основе признаков». Белковая инженерия, дизайн и выбор. 17 (4): 349–56. Дои:10.1093 / белок / gzh037. PMID  15115854.
  88. ^ Бендцен Дж. Д., Кимер Л., Фаусбёлл А., Брунак С. (октябрь 2005 г.). «Неклассическая секреция белка у бактерий». BMC Microbiology. 5: 58. Дои:10.1186/1471-2180-5-58. ЧВК  1266369. PMID  16212653.
  89. ^ Сюй ИЙ, Ян Ф, Чжан И, Шен ХБ (апрель 2015 г.). «Обнаружение неверно локализованных белков в раковых опухолях человека на основе биовизуализации с помощью полу-контролируемого обучения». Биоинформатика. 31 (7): 1111–9. Дои:10.1093 / биоинформатика / btu772. ЧВК  4382902. PMID  25414362.
  90. ^ Shatkay H, Höglund A, Brady S, Blum T, Dönnes P, Kohlbacher O (июнь 2007 г.). «SherLoc: высокоточное предсказание субклеточной локализации белка за счет интеграции текста и данных о последовательности белка». Биоинформатика. 23 (11): 1410–7. Дои:10.1093 / биоинформатика / btm115. PMID  17392328.
  91. ^ Tanz SK, Castleden I, Hooper CM, Vacher M, Small I, Millar HA (январь 2013 г.). «SUBA3: база данных для интеграции экспериментов и прогнозов для определения субклеточного расположения белков у Arabidopsis». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Выпуск базы данных): D1185–91. Дои:10.1093 / нар / gks1151. ЧВК  3531127. PMID  23180787.
  92. ^ Хупер К.М., Танц С.К., Каслден И.Р., Вашер М.А., Small ID, Миллар А.Х. (декабрь 2014 г.). «SUBAcon: консенсусный алгоритм для объединения данных субклеточной локализации протеома Arabidopsis». Биоинформатика. 30 (23): 3356–64. Дои:10.1093 / биоинформатика / btu550. PMID  25150248.
  93. ^ Ду П, Цао С., Ли И (ноябрь 2009 г.).«SubChlo: прогнозирование местоположения белковых субхлоропластов с псевдо-аминокислотным составом и теоретико-доказательный алгоритм K-ближайшего соседа (ET-KNN)». Журнал теоретической биологии. 261 (2): 330–5. Дои:10.1016 / j.jtbi.2009.08.004. PMID  19679138.
  94. ^ Дункель М., Гюнтер С., Ахмед Дж., Виттиг Б., Прейсснер Р. (июль 2008 г.). «SuperPred: классификация лекарств и прогнозирование целей». Исследования нуклеиновых кислот. 36 (Выпуск веб-сервера): W55–9. Дои:10.1093 / nar / gkn307. ЧВК  2447784. PMID  18499712.
  95. ^ Hecker N, Ahmed J, von Eichborn J, Dunkel M, Macha K, Eckert A, Gilson MK, Bourne PE, Preissner R (январь 2012 г.). «SuperTarget становится количественным: обновленная информация о взаимодействиях лекарств и мишеней». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск базы данных): D1113–7. Дои:10.1093 / nar / gkr912. ЧВК  3245174. PMID  22067455.
  96. ^ Гфеллер, Дэвид; Мишелин, Оливье; Зоте, Винсент (17 сентября 2013 г.). «Формирование ландшафта взаимодействия биоактивных молекул». Биоинформатика. 29 (23): 3073–3079. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt540. ISSN  1460-2059. PMID  24048355.
  97. ^ Гфеллер, Дэвид; Гросдидье, Орельен; Вирт, Матиас; Дайна, Антуан; Мишелин, Оливье; Зотэ, Винсент (2014-05-03). «SwissTargetPrediction: веб-сервер для целевого прогнозирования биоактивных малых молекул». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (W1): W32 – W38. Дои:10.1093 / нар / gku293. ISSN  1362-4962. ЧВК  4086140. PMID  24792161.
  98. ^ Лим Э., Пон А., Джумбу Й., Нокс С., Шривастава С., Го А.С., Неве В., Вишарт Д.С. (январь 2010 г.). «T3DB: всесторонне аннотированная база данных распространенных токсинов и их целей». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Выпуск базы данных): D781–6. Дои:10.1093 / нар / gkp934. ЧВК  2808899. PMID  19897546.
  99. ^ Дойл Е.Л., Бухер Нью-Джерси, Стэндаж Д.С., Войтас Д.Ф., Брендель В.П., Вандик Дж. К., Богданов А.Дж. (июль 2012 г.). «TAL Effector-Nucleotide Targeter (TALE-NT) 2.0: инструменты для дизайна TAL эффекторов и прогнозирования мишеней». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск веб-сервера): W117–22. Дои:10.1093 / нар / гкс608. ЧВК  3394250. PMID  22693217.
  100. ^ Ли Х, Гао З, Кан Л., Чжан Х, Ян К., Ю К., Ло Х, Чжу В., Чен К., Шен Дж, Ван Х, Цзян Х (июль 2006 г.). «TarFisDock: веб-сервер для определения целей для наркотиков с помощью стыковки». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Выпуск веб-сервера): W219–24. Дои:10.1093 / нар / gkl114. ЧВК  1538869. PMID  16844997.
  101. ^ Тьяден Б. (июль 2008 г.). «TargetRNA: инструмент для прогнозирования мишеней действия малых РНК в бактериях». Исследования нуклеиновых кислот. 36 (Выпуск веб-сервера): W109–13. Дои:10.1093 / nar / gkn264. ЧВК  2447797. PMID  18477632.
  102. ^ Эмануэльссон О, Нильсен Х, Брунак С., Фон Хейне Г (Июль 2000 г.). «Предсказание субклеточной локализации белков на основе их N-концевой аминокислотной последовательности». Журнал молекулярной биологии. 300 (4): 1005–16. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3903. PMID  10891285.
  103. ^ Magariños MP, Carmona SJ, Crowther GJ, Ralph SA, Roos DS, Shanmugam D, Van Voorhis WC, Agüero F (январь 2012 г.). "TDR Targets: ресурс хемогеномики забытых болезней". Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск базы данных): D1118–27. Дои:10.1093 / nar / gkr1053. ЧВК  3245062. PMID  22116064.
  104. ^ Линь Х, Чен В., Юань Л.Ф., Ли ЗК, Дин Х (июнь 2013 г.). «Использование сверхпредставленных тетрапептидов для прогнозирования местоположения белковых субмитохондрий». Acta Biotheoretica. 61 (2): 259–68. Дои:10.1007 / s10441-013-9181-9. PMID  23475502. S2CID  30809970.
  105. ^ Громиха М.М., Ахмад С., Сува М. (апрель 2004 г.). «Прогнозирование на основе нейронных сетей трансмембранных сегментов бета-цепи в белках внешней мембраны». Журнал вычислительной химии. 25 (5): 762–7. Дои:10.1002 / jcc.10386. PMID  14978719.
  106. ^ Громиха М.М., Ахмад С., Сува М. (июль 2005 г.). «TMBETA-NET: различение и прогнозирование бета-цепей, охватывающих мембраны, в белках внешней мембраны». Исследования нуклеиновых кислот. 33 (Выпуск веб-сервера): W164–7. Дои:10.1093 / нар / gki367. ЧВК  1160128. PMID  15980447.
  107. ^ Крог, Андерс; Ларссон, Бьорн; фон Хейне, Гуннар; Зоннхаммер, Эрик Л.Л. (январь 2001 г.). «Прогнозирование топологии трансмембранного белка со скрытой марковской моделью: приложение для полных геномов». Журнал молекулярной биологии. 305 (3): 567–580. Дои:10.1006 / jmbi.2000.4315. ISSN  0022-2836. PMID  11152613.
  108. ^ Хофманн, К; Стоффель, В. (1993). «TMbase - база данных сегментов мембранных белков» (PDF). Биол Хем Хоппе-Зейлер. 374: 166.
  109. ^ а б Индио V, Мартелли П.Л., Савохардо С., Фаризелли П., Касадио Р. (апрель 2013 г.). «Прогнозирование нацеленных на органеллы пептидов в эукариотических белках с помощью грамматически ограниченных скрытых условных случайных полей». Биоинформатика. 29 (8): 981–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt089. PMID  23428638.
  110. ^ Савохардо К., Мартелли П.Л., Фаризелли П., Касадио Р. (октябрь 2015 г.). «TPpred3 обнаруживает и различает митохондриальные и хлоропластные целевые пептиды в эукариотических белках». Биоинформатика. 31 (20): 3269–75. Дои:10.1093 / биоинформатика / btv367. PMID  26079349.
  111. ^ Савохардо К., Мартелли П.Л., Фаризелли П., Касадио Р. (октябрь 2015 г.). «TPpred3 обнаруживает и различает митохондриальные и хлоропластные целевые пептиды в эукариотических белках». Биоинформатика. 31 (20): 3269–75. Дои:10.1093 / биоинформатика / btv367. PMID  26079349.
  112. ^ Чжу Ф, Хань Б., Кумар П., Лю Х, Ма Х, Вэй Х, Хуан Л., Го И, Хань Л., Чжэн Ц., Чен Ю. (январь 2010 г.). «Обновление TTD: База данных терапевтических целей». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Выпуск базы данных): D787–91. Дои:10.1093 / нар / gkp1014. ЧВК  2808971. PMID  19933260.
  113. ^ Эллис Л. Б., Гао Дж., Феннер К., Wackett LP (июль 2008 г.). "Система прогнозирования путей развития Миннесотского университета: прогнозирование метаболической логики". Исследования нуклеиновых кислот. 36 (Выпуск веб-сервера): W427–32. Дои:10.1093 / nar / gkn315. ЧВК  2447765. PMID  18524801.
  114. ^ Хортон П., Пак К.Дж., Обаяси Т., Фудзита Н., Харада Х., Адамс-Кольер С.Дж., Накай К. (июль 2007 г.). «WoLF PSORT: предсказатель локализации белка». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (Выпуск веб-сервера): W585–7. Дои:10.1093 / нар / гкм259. ЧВК  1933216. PMID  17517783.
  115. ^ Бриземейстер С., Раненфюрер Дж., Кольбахер О. (июль 2010 г.). «YLoc - интерпретируемый веб-сервер для предсказания субклеточной локализации». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Выпуск веб-сервера): W497–502. Дои:10.1093 / nar / gkq477. ЧВК  2896088. PMID  20507917.
  116. ^ Blancafort P, Magnenat L, Barbas CF (март 2003 г.). «Сканирование генома человека с помощью библиотек комбинаторных факторов транскрипции». Природа Биотехнологии. 21 (3): 269–74. Дои:10.1038 / nbt794. PMID  12592412. S2CID  9761535.
  117. ^ Драйер Б., Фуллер Р.П., Сегал Д.Д., Лунд К.В., Бланкафорт П., Хубер А., Кокш Б., Барбас С.Ф. (октябрь 2005 г.). «Разработка доменов цинкового пальца для распознавания последовательностей ДНК семейства 5'-CNN-3 'и их использование в создании искусственных факторов транскрипции». Журнал биологической химии. 280 (42): 35588–97. Дои:10.1074 / jbc.M506654200. PMID  16107335.
  118. ^ Драйер Б., Сегал ди-джей, Барбас, CF (ноябрь 2000 г.). «Понимание молекулярного распознавания последовательности ДНК семейства 5'-GNN-3 'доменами цинковых пальцев». Журнал молекулярной биологии. 303 (4): 489–502. Дои:10.1006 / jmbi.2000.4133. PMID  11054286. S2CID  11263372.
  119. ^ Манделл Дж. Г., Барбас К. Ф. (июль 2006 г.). «Zinc Finger Tools: специальные ДНК-связывающие домены для факторов транскрипции и нуклеаз». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Выпуск веб-сервера): W516–23. Дои:10.1093 / нар / gkl209. ЧВК  1538883. PMID  16845061.
  120. ^ Драйер Б., Бирли Р. Р., Сигал Д. Д., Флиппин Д. Д., Барбас К. Ф. (август 2001 г.). «Разработка доменов с цинковыми пальцами для распознавания семейства последовательностей ДНК 5'-ANN-3 'и их использование в создании искусственных факторов транскрипции». Журнал биологической химии. 276 (31): 29466–78. Дои:10.1074 / jbc.M102604200. PMID  11340073.
  121. ^ Сегал DJ, Драйер Б., Бирли Р.Р., Барбас С.Ф. (март 1999 г.). «На пути к произвольному контролю экспрессии генов: отбор и создание доменов« цинковые пальцы », распознающих каждую из целевых последовательностей ДНК 5'-GNN-3 '». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 96 (6): 2758–63. Bibcode:1999PNAS ... 96.2758S. Дои:10.1073 / пнас.96.6.2758. ЧВК  15842. PMID  10077584.