Список методов омики с одной ячейкой - List of single cell omics methods

Список из более чем 100 различных секвенирование одной клетки (омикс) методы были опубликованы.[1] Подавляющее большинство методов сочетаются с технологиями секвенирования с коротким чтением, хотя некоторые из них совместимы с секвенированием с длинным чтением.

Список

МетодСсылкаРежим секвенированияРанняя оценкаПоздняя оценка
Тан метод[2]Короткие чтения20082009
CyTOF[3]Короткие чтения20112012
STRT-seq / C1[4]Короткие чтения20112012
SMART-seq[5]Короткие чтения20122013
CEL-seq[6]Короткие чтения20122013
Кварц-Seq[7]Короткие чтения20122013
PMA / SMA[8]Короткие чтения20122013
scBS-seq[9]Короткие чтения20132014
AbPair[10]Короткие чтения20142014
MARS-seq[11]Короткие чтения20142015
DR-seq[12]Короткие чтения20142015
G & T-Seq[13]Короткие чтения20142015
SCTG[14]Короткие чтения20142015
SIDR-seq[15]Короткие чтения20142015
sci-ATAC-seq[16]Короткие чтения20142015
Hi-SCL[17]Короткие чтения20152015
SUPeR-seq[18]Короткие чтения20152015
Drop-Chip[19]Короткие чтения20152015
CytoSeq[20]Короткие чтения20152016
inDrop[21]Короткие чтения20152016
sc-GEM[22]Короткие чтения20152016
scTrio-seq[23]Короткие чтения20152016
scM и T-seq[24]Короткие чтения20152016
PLAYR[25]Короткие чтения20152016
Genshaft-et-al-2016[26]Короткие чтения20152016
Darmanis-et-al-2016[27]Короткие чтения20152016
CRISP-seq[28]Короткие чтения20152016
scGESTALT[29]Короткие чтения20152016
CEL-Seq2 / C1[30]Короткие чтения20152016
STRT-seq-2i[31]Короткие чтения20162017
RNAseq @10xгеномика[32]Короткие чтения20162017
RNAseq / Экспрессия гена @нанострингтех[33]Короткие чтения20162017
sc Направленная экспрессия гена @Fluidigm[34]Короткие чтения20162017
scTCR Wafergen[35]Короткие чтения20162017
CROP-seq[36]Короткие чтения20162017
SiC-seq[37]Короткие чтения20162017
mcSCRB-seq[38]Короткие чтения20162017
Патч-последовательность[39]Короткие чтения20162017
Geo-seq[40]Короткие чтения20162017
scNOMe-seq[41]Короткие чтения20162017
scCOOL-seq[42]Короткие чтения20162017
Вырезать и запустить[43]Короткие чтения20162017
MATQ-seq[44]Короткие чтения20162017
Кварц-Seq2[45]Короткие чтения20172018
Seq-Well[46]Короткие чтения20172018
DroNC-Seq[47]Короткие чтения20172018
sci-RNA-seq[48]Короткие чтения20172018
scATAC @ 10xgenomics[49]Короткие чтения20172018
scVDJ @ 10xgenomics[50]Короткие чтения20172018
scNMT тройной омикс[51]Короткие чтения20172018
SPLIT-seq Split Biosciences[52]Короткие чтения20172018
CITE-Seq[53]Короткие чтения20172018
scMNase-seq[54]Короткие чтения20172018
Chaligne-et-al-2018[55]Короткие чтения20172018
Линней[56]Короткие чтения20172018
TracerSeq[57]Короткие чтения20172018
CellTag[58]Короткие чтения20172018
ScarTrace[59]Короткие чтения20172018
scRNA-Seq Dolomite Bio[60]Короткие чтения20172018
Зацикливание[61]Короткие чтения20172018
Perturb-ATAC[62]Короткие чтения20182019
скМетилирование[63]Короткие чтения20182019
SCHIC[64]Короткие чтения20182019
Мультиплексная капельная scRNAseq[65]Короткие чтения20182019
научная машина[66]Короткие чтения20182019
C1 CAGE одноклеточный[67]Короткие чтения20182019
sc парная микроРНК-мРНК[68]Короткие чтения20182019
scCAT-seq[69]Короткие чтения20182019
REAP-seq @fluidigm[70]Короткие чтения20182019
scCC[71]Короткие чтения20182019
yscRNA-SEQ[72]Короткие чтения20182019
TARGET-seq[73]Короткие чтения20182019
MULTI-seq[74]Короткие чтения20182019
snRNA-seq[75]Короткие чтения20182019
sci-RNA-seq3[76]Короткие чтения20182019
BRIF-seq[77]Короткие чтения20182019
Drop-seq Доломит Био[60]Короткие чтения20182019
Слайд-последовательность[78]Короткие чтения20182019
ВЫРЕЗАТЬ и пометить[79]Короткие чтения20182019
CellTagging[80]Короткие чтения20182019
DART-Seq[81]Короткие чтения20182019
scDamID & T[82]Короткие чтения20182019
ACT-seq[83]Короткие чтения20182019
Научно-Hi-C[84]Короткие чтения20182019
Слайд-последовательность[85]Короткие чтения20182019
Упрощенный Drop-seq[86]Короткие чтения20182019
scChIC-seq[87]Короткие чтения20182019
Dip-C[88]Короткие чтения20182019
CoBATCH[89]Короткие чтения20182019
Convert-seq[90]Короткие чтения20182019
ScATAC-seq на основе капель[91]Короткие чтения20182019
ECCITE-seq[92]Короткие чтения20182019
dsciATAC-seq[91]Короткие чтения20182019
CLEVER-seq[93]Короткие чтения20182019
scISOr-Seq[94]Короткие чтения20182019
MARS-seq2.0[95]Короткие чтения20182019
нано-НОМе[96]Длинные чтения20182019
MeSMLR-seq[97]Длинные чтения20182019
SMAC-seq[98]Длинные чтения20182019
MoonTag / SunTag[99]Короткие чтения20182019
SCoPE2[100]Короткие чтения20182019
научная судьба[101]Короткие чтения20182019
µDamID[102]Короткие чтения20182019
Метил-HiC[103]Короткие чтения20182019
RAGE-seq[104]Длинные чтения20182019
Парный-Seq[105]Короткие чтения20182019
Tn5Prime[106]Короткие чтения20182019
NanoPARE[107]Короткие чтения20182019
BART-Seq[108]Короткие чтения20182019
scDam и T-seq[109]Короткие чтения20182019
itChIP-seq[110]Короткие чтения20182019
SNARE-seq[111]Короткие чтения20182019
ASTAR-seq[112]Короткие чтения20182019
sci-Plex[113]Короткие чтения20182019
MIX-Seq[114]Короткие чтения20182019
microSPLiT[115]Короткие чтения20182019
PAIso-seq[116]Короткие чтения20182019
FIN-Seq[117]Короткие чтения20182019
LIBRA-seq[118]Короткие чтения20182019
scifi-RNA-seq[119]Короткие чтения20182019

Рекомендации

  1. ^ "Single-Cell-Omics.v2.3.13 @albertvilella". Гугл документы. Получено 2020-01-01.
  2. ^ Тан Ф., Барбачору С., Ван И, Нордман Э, Ли С., Сюй Н. и др. (Май 2009 г.). «Анализ целого транскриптома мРНК-Seq отдельной клетки». Методы природы. 6 (5): 377–82. Дои:10.1038 / nmeth.1315. PMID  19349980. S2CID  16570747.
  3. ^ "Fluidigm | Одноклеточные достижения". www.fluidigm.com.
  4. ^ Хашимшони Т., Вагнер Ф, Шер Н., Янаи И. (сентябрь 2012 г.). «CEL-Seq: одноклеточная РНК-Seq путем мультиплексной линейной амплификации». Отчеты по ячейкам. 2 (3): 666–73. Дои:10.1016 / j.celrep.2012.08.003. PMID  22939981.
  5. ^ Islam S, Zeisel A, Joost S, La Manno G, Zajac P, Kasper M, et al. (Февраль 2014). «Количественный анализ одноклеточной РНК-последовательности с уникальными молекулярными идентификаторами». Методы природы. 11 (2): 163–6. Дои:10.1038 / nmeth.2772. PMID  24363023. S2CID  6765530.
  6. ^ Джайтин Д.А., Кенигсберг Э., Керен-Шауль Х., Элефант Н., Пауль Ф., Зарецкий И. и др. (Февраль 2014). «Массивно-параллельная одноклеточная последовательность РНК для безмаркерного разложения тканей на типы клеток». Наука. 343 (6172): 776–9. Bibcode:2014Наука ... 343..776J. Дои:10.1126 / science.1247651. ЧВК  4412462. PMID  24531970.
  7. ^ Сасагава Ю., Никайдо И., Хаяси Т., Данно Х., Уно К.Д., Имаи Т., Уэда Х.Р. (апрель 2013 г.). «Quartz-Seq: высоко воспроизводимый и чувствительный метод секвенирования одноклеточной РНК, выявляющий негенетическую гетерогенность экспрессии генов». Геномная биология. 14 (4): R31. Дои:10.1186 / gb-2013-14-4-r31. ЧВК  4054835. PMID  23594475.
  8. ^ Пан Х, Дурретт Р. Э., Чжу Х., Танака Й, Ли Й, Зи Х и др. (Январь 2013). «Два метода секвенирования полноразмерной РНК для небольшого количества клеток и отдельных клеток». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 110 (2): 594–9. Bibcode:2013ПНАС..110..594П. Дои:10.1073 / pnas.1217322109. ЧВК  3545756. PMID  23267071.
  9. ^ Смоллвуд С.А., Ли Х.Дж., Ангермюллер С., Крюгер Ф., Сааде Х., Пит Дж. И др. (Август 2014 г.). «Секвенирование бисульфита на уровне всего генома для оценки эпигенетической гетерогенности». Методы природы. 11 (8): 817–820. Дои:10.1038 / nmeth.3035. ЧВК  4117646. PMID  25042786.
  10. ^ Briggs AW, Goldfless SJ, Timberlake S, Belmont BJ, Clouser CR, Koppstein D, et al. (5 мая 2017 г.). «Проникающие в опухоль иммунные репертуары, захваченные одноклеточным штрих-кодированием в эмульсии». bioRxiv: 134841. Дои:10.1101/134841.
  11. ^ Пичелли С., Бьерклунд ÅK, Фаридани О.Р., Сагассер С., Винберг Г., Сандберг Р. (ноябрь 2013 г.). «Smart-seq2 для чувствительного профилирования полноразмерных транскриптомов в отдельных клетках». Методы природы. 10 (11): 1096–8. Дои:10.1038 / nmeth.2639. PMID  24056875. S2CID  6356570.
  12. ^ Дей С.С., Кестер Л., Спаньяард Б., Биенко М., ван Ауденаарден А. (март 2015 г.). «Комплексное секвенирование генома и транскриптома одной и той же клетки». Природа Биотехнологии. 33 (3): 285–289. Дои:10.1038 / nbt.3129. ЧВК  4374170. PMID  25599178.
  13. ^ Маколей И.К., Хэрти В., Кумар П., Ли Ю.И., Ху Т.Х., Дэн М.Дж. и др. (Июнь 2015 г.). «G & T-seq: параллельное секвенирование одноклеточных геномов и транскриптомов». Методы природы. 12 (6): 519–22. Дои:10.1038 / nmeth.3370. PMID  25915121. S2CID  969246.
  14. ^ Ли В., Колдер РБ, Мар Дж. К., Виджг Дж. (Февраль 2015 г.). «Одноклеточная транскриптогеномика выявляет транскрипционное исключение ENU-мутированных аллелей». Мутационные исследования. 772: 55–62. Дои:10.1016 / j.mrfmmm.2015.01.002. ЧВК  4342853. PMID  25733965.
  15. ^ Han KY, Kim KT, Joung JG, Son DS, Kim YJ, Jo A и др. (Январь 2018). «SIDR: одновременное выделение и параллельное секвенирование геномной ДНК и общей РНК из отдельных клеток». Геномные исследования. 28 (1): 75–87. Дои:10.1101 / гр.223263.117. ЧВК  5749184. PMID  29208629.
  16. ^ Кусанович Д.А., Даза Р., Адей А., Плинер Х.А., Кристиансен Л., Гундерсон К.Л. и др. (Май 2015 г.). «Мультиплексное профилирование отдельных клеток доступности хроматина с помощью комбинаторной клеточной индексации». Наука. 348 (6237): 910–4. Bibcode:2015Научный ... 348..910C. Дои:10.1126 / science.aab1601. ЧВК  4836442. PMID  25953818.
  17. ^ Ротем А., Рам О, Шореш Н., Сперлинг Р.А., Шналл-Левин М., Чжан Х. и др. (1 января 2015 г.). «Высокопроизводительное мечение одиночных клеток (Hi-SCL) для RNA-Seq с использованием капельной микрофлюидики». PLOS ONE. 10 (5): e0116328. Bibcode:2015PLoSO..1016328R. Дои:10.1371 / journal.pone.0116328. ЧВК  4441486. PMID  26000628.
  18. ^ Fan X, Zhang X, Wu X, Guo H, Hu Y, Tang F, Huang Y (июль 2015 г.). "Одноклеточный анализ транскриптома РНК-seq линейных и кольцевых РНК в мышиных доимплантационных эмбрионах". Геномная биология. 16 (1): 148. Дои:10.1186 / s13059-015-0706-1. ЧВК  4511241. PMID  26201400.
  19. ^ "Капля-Чип". pubs.broadinstitute.org.
  20. ^ Fan HC, Fu GK, Fodor SP (февраль 2015 г.). «Профилирование экспрессии. Комбинаторное маркирование отдельных клеток для цитометрии экспрессии генов». Наука. 347 (6222): 1258367. Дои:10.1126 / science.1258367. PMID  25657253. S2CID  5493175.
  21. ^ Кляйн А.М., Мазутис Л., Акартуна I, Таллапрагада Н., Верес А., Ли В. и др. (Май 2015 г.). «Штрих-кодирование капель для транскриптомики одиночных клеток, применяемое к эмбриональным стволовым клеткам». Клетка. 161 (5): 1187–1201. Дои:10.1016 / j.cell.2015.04.044. ЧВК  4441768. PMID  26000487.
  22. ^ Cheow LF, Courtois ET, Tan Y, Viswanathan R, Xing Q, Tan RZ и др. (Октябрь 2016 г.). «Одноклеточное мультимодальное профилирование выявляет клеточную эпигенетическую гетерогенность». Методы природы. 13 (10): 833–6. Дои:10.1038 / nmeth.3961. PMID  27525975. S2CID  3531201.
  23. ^ Hou Y, Guo H, Cao C, Li X, Hu B, Zhu P и др. (Март 2016 г.). «Трехкомпонентное секвенирование одной клетки показывает генетическую, эпигенетическую и транскриптомную гетерогенность гепатоцеллюлярных карцином». Клеточные исследования. 26 (3): 304–19. Дои:10.1038 / cr.2016.23. ЧВК  4783472. PMID  26902283.
  24. ^ Ангермюллер С., Кларк С.Дж., Ли Х.Дж., Маколей И.К., Тенг М.Дж., Ху ТХ и др. (Март 2016 г.). «Параллельное одноклеточное секвенирование связывает транскрипционную и эпигенетическую гетерогенность». Методы природы. 13 (3): 229–232. Дои:10.1038 / nmeth.3728. ЧВК  4770512. PMID  26752769.
  25. ^ Фрей А.П., Бава Ф.А., Зундер Э.Р., Се Э.В., Чен С.Ю., Нолан Г.П., Герардини П.Ф. (март 2016 г.). «Высоко мультиплексное одновременное обнаружение РНК и белков в отдельных клетках». Методы природы. 13 (3): 269–75. Дои:10.1038 / nmeth.3742. ЧВК  4767631. PMID  26808670.
  26. ^ Геншафт А.С., Ли С., Галлант С.Дж., Дарманис С., Пракадан С.М., Зиглер К.Г. и др. (Сентябрь 2016 г.). «Мультиплексное целевое профилирование одноклеточных протеомов и транскриптомов в одной реакции». Геномная биология. 17 (1): 188. Дои:10.1186 / s13059-016-1045-6. ЧВК  5027636. PMID  27640647.
  27. ^ Дарманис С., Слоан С.А., Кроот Д., Миньярди М., Черникова С., Самгабаби П. и др. (Октябрь 2017 г.). «Анализ одноклеточной РНК-Seq инфильтрирующих неопластических клеток на мигрирующем фронте глиобластомы человека». Отчеты по ячейкам. 21 (5): 1399–1410. Дои:10.1016 / j.celrep.2017.10.030. ЧВК  5810554. PMID  29091775.
  28. ^ Джайтин Д.А., Вайнер А., Йофе И., Лара-Астиасо Д., Керен-Шауль Н., Дэвид Е. и др. (Декабрь 2016 г.). «Рассечение иммунных цепей путем связывания CRISPR-Pooled Screens с одноклеточной RNA-Seq». Клетка. 167 (7): 1883–1896.e15. Дои:10.1016 / j.cell.2016.11.039. PMID  27984734.
  29. ^ Радж Б., Вагнер Д.Е., Маккенна А., Пандей С., Кляйн А.М., Шендур Дж. И др. (Июнь 2018). «Одновременное одноклеточное профилирование клонов и типов клеток в головном мозге позвоночных». Природа Биотехнологии. 36 (5): 442–450. Дои:10.1038 / nbt.4103. ЧВК  5938111. PMID  29608178.
  30. ^ Хашимшони Т., Сендерович Н., Авиталь Г., Клохендлер А., де Лиу Й., Анави Л. и др. (Апрель 2016 г.). «CEL-Seq2: высокочувствительная одноклеточная РНК-Seq с высокой степенью мультиплексирования». Геномная биология. 17 (1): 77. Дои:10.1186 / s13059-016-0938-8. ЧВК  4848782. PMID  27121950.
  31. ^ Hochgerner H, Lönnerberg P, Hodge R, Mikes J, Heskol A, Hubschle H и др. (Ноябрь 2017 г.). «STRT-seq-2i: двойной индекс 5 'одиночной клеточной и ядерной РНК-seq на адресном массиве микролунок». Научные отчеты. 7 (1): 16327. Bibcode:2017НатСР ... 716327H. Дои:10.1038 / s41598-017-16546-4. ЧВК  5703850. PMID  29180631.
  32. ^ "Single Cell RNA-Seq". 10x геномный.
  33. ^ «Технология nCounter®». Технологии NanoString.
  34. ^ "Fluidigm | Расходные материалы | Экспрессия гена, нацеленного на одну клетку". www.fluidigm.com.
  35. ^ Inc, WaferGen Bio-systems. «WaferGen представляет результаты секвенирования одноклеточного Т-клеточного рецептора с использованием одноклеточной системы ICELL8 ™ на конференции по геномике единичных клеток в 2016 г.». www.prnewswire.com.
  36. ^ Датлингер П., Рендейро А.Ф., Шмидл С., Краусгрубер Т., Тракслер П., Клугаммер Дж. И др. (Март 2017 г.). «Объединенный CRISPR-скрининг со считыванием одноклеточного транскриптома». Методы природы. 14 (3): 297–301. Дои:10.1038 / nmeth.4177. ЧВК  5334791. PMID  28099430.
  37. ^ Лан Ф., Демари Б., Ахмед Н., Абате А. Р. (июль 2017 г.). «Секвенирование одноклеточного генома со сверхвысокой производительностью с микрофлюидным штрих-кодированием капель». Природа Биотехнологии. 35 (7): 640–646. Дои:10.1038 / nbt.3880. ЧВК  5531050. PMID  28553940.
  38. ^ Bagnoli JW, Ziegenhain C, Janjic A, Wange LE, Vieth B, Parekh S и др. (18 октября 2017 г.). «mcSCRB-seq: чувствительное и эффективное секвенирование одноклеточной РНК». bioRxiv: 188367. Дои:10.1101/188367.
  39. ^ Cadwell CR, Sandberg R, Jiang X, Tolias AS (июль 2017 г.). «Вопросы и ответы: использование Patch-seq для профилирования отдельных ячеек». BMC Биология. 15 (1): 58. Дои:10.1186 / s12915-017-0396-0. ЧВК  5499043. PMID  28679385.
  40. ^ Чен Дж., Суо С., Там П. П., Хань Дж. Дж., Пэн Дж., Цзин Н. (март 2017 г.). «Пространственный транскриптомный анализ криосрезов образцов ткани с помощью Geo-seq». Протоколы природы. 12 (3): 566–580. Дои:10.1038 / nprot.2017.003. PMID  28207000.
  41. ^ Pott S (июнь 2017 г.). Рен Б. (ред.). «Одновременное измерение доступности хроматина, метилирования ДНК и фазирования нуклеосом в отдельных клетках». eLife. 6: e23203. Дои:10.7554 / eLife.23203. ЧВК  5487215. PMID  28653622.
  42. ^ Guo F, Li L, Li J, Wu X, Hu B, Zhu P и др. (Август 2017 г.). «Одноклеточное мультиомное секвенирование ранних эмбрионов мыши и эмбриональных стволовых клеток». Клеточные исследования. 27 (8): 967–988. Дои:10.1038 / cr.2017.82. ЧВК  5539349. PMID  28621329.
  43. ^ Скене П.Дж., Хеникофф С. (январь 2017 г.). Рейнберг Д. (ред.). «Эффективная направленная нуклеазная стратегия для картирования участков связывания ДНК с высоким разрешением». eLife. 6: e21856. Дои:10.7554 / eLife.21856. ЧВК  5310842. PMID  28079019.
  44. ^ Шэн К., Цао В., Ню И, Дэн Кью, Цзун С. (март 2017 г.). «Эффективное обнаружение вариаций в одноклеточных транскриптомах с использованием MATQ-seq». Методы природы. 14 (3): 267–270. Дои:10.1038 / nmeth.4145. PMID  28092691. S2CID  582788.
  45. ^ Сасагава Ю., Данно Х., Такада Х., Эбисава М., Танака К., Хаяси Т. и др. (Март 2018 г.). «Quartz-Seq2: высокопроизводительный метод секвенирования РНК одной клетки, который эффективно использует считывание ограниченной последовательности». Геномная биология. 19 (1): 29. Дои:10.1186 / s13059-018-1407-3. ЧВК  5845169. PMID  29523163.
  46. ^ Gierahn TM, Wadsworth MH, Hughes TK, Bryson BD, Butler A, Satija R и др. (Апрель 2017 г.). «Seq-Well: портативное недорогое секвенирование РНК отдельных клеток с высокой производительностью». Методы природы. 14 (4): 395–398. Дои:10.1038 / nmeth.4179. HDL:1721.1/113430. ЧВК  5376227. PMID  28192419.
  47. ^ Хабиб Н., Авраам-Давиди И., Басу А., Буркс Т., Шекхар К., Хофри М. и др. (Октябрь 2017 г.). «Массивно-параллельная одноядерная последовательность РНК с DroNc-seq». Методы природы. 14 (10): 955–958. Дои:10.1038 / nmeth.4407. ЧВК  5623139. PMID  28846088.
  48. ^ Цао Дж., Пакер Дж. С., Рамани В., Кусанович Д. А., Хьюн С., Даза Р. и др. (Август 2017 г.). «Комплексное одноклеточное транскрипционное профилирование многоклеточного организма». Наука. 357 (6352): 661–667. Bibcode:2017Научный ... 357..661C. Дои:10.1126 / science.aam8940. ЧВК  5894354. PMID  28818938.
  49. ^ https://www.10xgenomics.com/solutions/single-cell-atac/
  50. ^ https://www.10xgenomics.com/solutions/vdj/
  51. ^ Аргелагет Р., Мохаммед Х., Кларк С.Дж., Stapel LC, Крюгер С., Капурани С. и др. (13 января 2019 г.). «Многокомпонентное профилирование отдельных клеток выявляет иерархический эпигенетический ландшафт во время спецификации зародышевого листка млекопитающих». bioRxiv: 519207. Дои:10.1101/519207.
  52. ^ Розенберг А.Б., Роко С.М., Маскат Р.А., Кучина А., Образец П, Яо З. и др. (Апрель 2018). «Одноклеточное профилирование развивающегося головного и спинного мозга мыши с помощью штрих-кодирования разделенного пула». Наука. 360 (6385): 176–182. Bibcode:2018Научный ... 360..176R. Дои:10.1126 / science.aam8999. PMID  29545511.
  53. ^ Stoeckius M, Hafemeister C, Stephenson W, Houck-Loomis B, Chattopadhyay PK, Swerdlow H, et al. (Сентябрь 2017 г.). «Одновременное измерение эпитопа и транскриптома в отдельных клетках». Методы природы. 14 (9): 865–868. Дои:10.1038 / nmeth.4380. ЧВК  5669064. PMID  28759029.
  54. ^ Лай Б., Гао В., Цуй К., Се В., Тан К., Джин В. и др. (Октябрь 2018 г.). «Принципы организации нуклеосом, выявленные с помощью секвенирования одноклеточной микрококковой нуклеазы». Природа. 562 (7726): 281–285. Bibcode:2018Натура.562..281л. Дои:10.1038 / s41586-018-0567-3. PMID  30258225. S2CID  52841785.
  55. ^ Нам А.С., Ким К., Шалин Р., Иззо Ф., Анг С., Абу-Зейна Г. и др. (16 октября 2018 г.). «Высокопроизводительное капельное генотипирование транскриптомов (GoT) выявляет зависимость идентичности клеток от воздействия соматических мутаций». bioRxiv: 444687. Дои:10.1101/444687.
  56. ^ Спанджаард Б., Ху Б., Митич Н., Оливарес-Шове П., Джанджуха С., Нинов Н., Юнкер Дж. П. (июнь 2018 г.). «Одновременное отслеживание клонов и идентификация клеточного типа с использованием генетических шрамов, индуцированных CRISPR-Cas9». Природа Биотехнологии. 36 (5): 469–473. Дои:10.1038 / nbt.4124. ЧВК  5942543. PMID  29644996.
  57. ^ Wagner DE, Weinreb C, Collins ZM, Briggs JA, Megason SG, Klein AM (июнь 2018 г.). «Одноклеточное картирование ландшафтов экспрессии генов и клонов в эмбрионе рыбок данио». Наука. 360 (6392): 981–987. Bibcode:2018Sci ... 360..981W. Дои:10.1126 / science.aar4362. ЧВК  6083445. PMID  29700229.
  58. ^ Guo C, Kong W, Kamimoto K, Rivera-Gonzalez GC, Yang X, Kirita Y, Morris SA (май 2019 г.). «Индексирование CellTag: мультиплексирование образцов на основе генетических штрих-кодов для геномики единичных клеток». Геномная биология. 20 (1): 90. Дои:10.1186 / s13059-019-1699-у. ЧВК  6509836. PMID  31072405.
  59. ^ Алемани А., Флореску М., Барон С.С., Петерсон-Мадуро Дж., Ван Ауденаарден А. (апрель 2018 г.). «Отслеживание клонов всего организма с использованием секвенирования одной клетки». Природа. 556 (7699): 108–112. Bibcode:2018Натура.556..108A. Дои:10.1038 / природа25969. PMID  29590089. S2CID  4633026.
  60. ^ а б "Надя Инструмент". Доломит Био.
  61. ^ Лай Б., Тан Ц., Джин В., Ху Г, Ванса Д., Цуй К. и др. (Сентябрь 2018 г.). «Trac-looping измеряет структуру генома и доступность хроматина». Методы природы. 15 (9): 741–747. Дои:10.1038 / с41592-018-0107-у. ЧВК  7212307. PMID  30150754.
  62. ^ Рубин AJ, Паркер KR, Satpathy AT, Qi Y, Wu B, Ong AJ и др. (Январь 2019). «Объединенный CRISPR-скрининг одиночных клеток и эпигеномное профилирование выявляют регуляторные сети причинных генов». Клетка. 176 (1–2): 361–376.e17. Дои:10.1016 / j.cell.2018.11.022. ЧВК  6329648. PMID  30580963.
  63. ^ Karemaker ID, Vermeulen M (сентябрь 2018 г.). «Профилирование метилирования одноклеточной ДНК: технологии и биологические применения». Тенденции в биотехнологии. 36 (9): 952–965. Дои:10.1016 / j.tibtech.2018.04.002. PMID  29724495.
  64. ^ de Wit E (май 2017 г.). «Захват гетерогенности: одноклеточные структуры трехмерного генома». Структурная и молекулярная биология природы. 24 (5): 437–438. Дои:10.1038 / nsmb.3404. PMID  28471429. S2CID  5132000.
  65. ^ Канг Х.М., Субраманиам М., Тарг С., Нгуен М., Малискова Л., Маккарти Э. и др. (Январь 2018). «Мультиплексное капельное секвенирование РНК одной клетки с использованием естественных генетических вариаций». Природа Биотехнологии. 36 (1): 89–94. Дои:10.1038 / nbt.4042. ЧВК  5784859. PMID  29227470.
  66. ^ Цао Дж., Кусанович Д.А., Рамани В., Агамирзайе Д., Плинер Х.А., Хилл А.Дж. и др. (Сентябрь 2018 г.). «Совместное профилирование доступности хроматина и экспрессии генов в тысячах отдельных клеток». Наука. 361 (6409): 1380–1385. Bibcode:2018Научный ... 361.1380C. Дои:10.1126 / science.aau0730. ЧВК  6571013. PMID  30166440.
  67. ^ Куно Т., Муди Дж., Квон А.Т., Шибаяма Ю., Като С., Хуанг И. и др. (Январь 2019). «C1 CAGE определяет сайты начала транскрипции и активность энхансера при разрешении одной клетки». Nature Communications. 10 (1): 360. Bibcode:2019НатКо..10..360K. Дои:10.1038 / s41467-018-08126-5. ЧВК  6341120. PMID  30664627.
  68. ^ Ван Н, Чжэн Дж, Чен З, Лю И, Дура Б., Квак М. и др. (Январь 2019). «Совместное секвенирование микроРНК-мРНК одной клетки выявляет негенетическую гетерогенность и механизмы регуляции микроРНК». Nature Communications. 10 (1): 95. Bibcode:2019НатКо..10 ... 95Вт. Дои:10.1038 / s41467-018-07981-6. ЧВК  6327095. PMID  30626865.
  69. ^ Лю Л., Лю Ц., Кинтеро А., Ву Л., Юань И, Ван М. и др. (Январь 2019). «Деконволюция одноклеточных мультикомных слоев выявляет регуляторную неоднородность». Nature Communications. 10 (1): 470. Bibcode:2019NatCo..10..470L. Дои:10.1038 / s41467-018-08205-7. ЧВК  6349937. PMID  30692544.
  70. ^ Corporation, Fluidigm (31 января 2019 г.). «Fluidigm представляет REAP-Seq для многоклеточного анализа одиночных клеток на C1». Комната новостей GlobeNewswire.
  71. ^ Moudgil A, Wilkinson MN, Chen X, He J, Cammack AJ, Vasek MJ и др. (1 февраля 2019 г.). «Транспозоны с самооценкой позволяют одновременно считывать экспрессию генов и связывание факторов транскрипции в отдельных клетках». bioRxiv: 538553. Дои:10.1101/538553. PMID  32710817.
  72. ^ Надаль-Рибеллес М., Ислам С., Вей В., Латорре П., Нгуен М., де Надаль Е. и др. (Апрель 2019 г.). «Чувствительная высокопроизводительная одноклеточная последовательность РНК выявляет внутриклональные корреляции транскриптов в популяциях дрожжей». Природная микробиология. 4 (4): 683–692. Дои:10.1038 / s41564-018-0346-9. ЧВК  6433287. PMID  30718850.
  73. ^ Родригес-Мейра А., Бак Дж., Кларк С.А., Повинелли Б.Дж., Алколея В., Лука Е. и др. (Март 2019 г.). «Выявление внутриопухолевой неоднородности с помощью высокочувствительного мутационного анализа отдельных клеток и параллельного секвенирования РНК». Молекулярная клетка. 73 (6): 1292–1305.e8. Дои:10.1016 / j.molcel.2019.01.009. ЧВК  6436961. PMID  30765193.
  74. ^ Макгиннис К.С., Паттерсон Д.М., Винклер Дж., Конрад Д.Н., Хейн М.Ю., Шривастава В. и др. (Июль 2019). «MULTI-seq: мультиплексирование образцов для секвенирования одноклеточной РНК с использованием индексов с липидной меткой». Методы природы. 16 (7): 619–626. Дои:10.1038 / s41592-019-0433-8. ЧВК  6837808. PMID  31209384.
  75. ^ Gaublomme JT, Li B, McCabe C, Knecht A, Yang Y, Drokhlyansky E, et al. (Июль 2019). «Мультиплексирование ядер с антителами со штрих-кодом для одноядерной геномики». Nature Communications. 10 (1): 2907. Bibcode:2019НатКо..10.2907G. Дои:10.1038 / s41467-019-10756-2. ЧВК  6606589. PMID  31266958.
  76. ^ «Атлас мышиной РНК». oncoscape.v3.sttrcancer.org.
  77. ^ Ли Х, Чен Л., Чжан Кью, Сунь И, Ли Кью, Ян Дж (март 2019 г.). «BRIF-Seq: секвенирование случайно интегрированных фрагментов с преобразованием бисульфита на уровне одной клетки». Молекулярный завод. 12 (3): 438–446. Дои:10.1016 / j.molp.2019.01.004. PMID  30639749.
  78. ^ Родрикес С.Г., Стиклс Р.Р., Гоева А., Мартин К.А., Мюррей Э., Вандербург С.Р. и др. (Март 2019 г.). «Slide-seq: масштабируемая технология для измерения экспрессии всего генома с высоким пространственным разрешением». Наука. 363 (6434): 1463–1467. Bibcode:2019Научный ... 363.1463R. Дои:10.1126 / science.aaw1219. ЧВК  6927209. PMID  30923225.
  79. ^ Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, Pledger ES, Bryson TD, Henikoff JG и др. (Апрель 2019 г.). «CUT & Tag для эффективного эпигеномного профилирования малых образцов и отдельных клеток». Nature Communications. 10 (1): 1930. Bibcode:2019НатКо..10.1930K. Дои:10.1038 / s41467-019-09982-5. ЧВК  6488672. PMID  31036827.
  80. ^ Бидди, Брент А. (7 марта 2019 г.). «Одно-клеточное картирование происхождения и идентичности с помощью CellTagging». Протоколы.io. Дои:10.17504 / протоколы.io.yxifxke.
  81. ^ Сайкия М., Бернхэм П., Кешавджи С.Х., Ван М.Ф., Хеян М., Морал-Лопес П. и др. (Январь 2019). «Одновременное мультиплексное секвенирование ампликона и профилирование транскриптома в отдельных клетках». Методы природы. 16 (1): 59–62. Дои:10.1038 / s41592-018-0259-9. ЧВК  6378878. PMID  30559431.
  82. ^ Rooijers K, Markodimitraki CM, Rang FJ, de Vries SS, Chialastri A, de Luca KL и др. (Июль 2019). «Одновременная количественная оценка контактов белок-ДНК и транскриптомов в отдельных клетках». Природа Биотехнологии. 37 (7): 766–772. Дои:10.1038 / с41587-019-0150-у. ЧВК  6609448. PMID  31209373.
  83. ^ Картер Б., Ку В.Л., Кан Дж.Й., Ху Дж., Перри Дж., Тан Кью, Чжао К. (август 2019 г.). «Картирование модификаций гистонов в клетках с низким числом и одиночных клетках с использованием антител-ориентированной маркировки хроматина (ACT-seq)». Nature Communications. 10 (1): 3747. Bibcode:2019НатКо..10.3747С. Дои:10.1038 / s41467-019-11559-1. ЧВК  6702168. PMID  31431618.
  84. ^ Рамани В., Дэн Х, Цю Р., Ли С., Disteche CM, Noble WS и др. (Сентябрь 2019 г.). «Sci-Hi-C: одноклеточный Hi-C-метод для картирования трехмерной организации генома в большом количестве отдельных клеток». Методы. 170: 61–68. Дои:10.1016 / j.ymeth.2019.09.012. ЧВК  6949367. PMID  31536770.
  85. ^ Родрикес С.Г., Стиклс Р.Р., Гоева А., Мартин К.А., Мюррей Э., Вандербург С.Р. и др. (Март 2019 г.). «Slide-seq: масштабируемая технология для измерения экспрессии в масштабе всего генома с высоким пространственным разрешением». Наука. 363 (6434): 1463–1467. Bibcode:2019Научный ... 363.1463R. Дои:10.1126 / science.aaw1219. ЧВК  6927209. PMID  30923225.
  86. ^ Биочанин М., Буэс Дж., Дайнес Р., Амстад Э, Депланке Б. (апрель 2019 г.). «Упрощенный рабочий процесс Drop-seq с минимальной потерей шариков с использованием микрожидкостного чипа для захвата и обработки шариков». Лаборатория на чипе. 19 (9): 1610–1620. Дои:10.1039 / C9LC00014C. PMID  30920557.
  87. ^ Ку В.Л., Накамура К., Гао В., Цуй К., Ху Г., Тан К. и др. (Апрель 2019 г.). «Последовательность иммунного расщепления одноклеточного хроматина (scChIC-seq) для профилирования модификации гистонов». Методы природы. 16 (4): 323–325. Дои:10.1038 / s41592-019-0361-7. ЧВК  7187538. PMID  30923384.
  88. ^ Тан Л., Син Д., Дейли Н., Се XS (апрель 2019 г.). «Трехмерные структуры генома отдельных сенсорных нейронов в зрительной и обонятельной системах мышей». Структурная и молекулярная биология природы. 26 (4): 297–307. Дои:10.1038 / с41594-019-0205-2. PMID  30936528. S2CID  89616808.
  89. ^ Ван Цзюнь, Сюн Х, Ай С, Ю Икс, Лю И, Чжан Дж, Хэ А (октябрь 2019 г.). «CoBATCH для высокопроизводительного эпигеномного профилирования одной клетки». Молекулярная клетка. 76 (1): 206–216.e7. Дои:10.1016 / j.molcel.2019.07.015. PMID  31471188.
  90. ^ Luginbühl J, Kouno T., Nakano R, Chater TE, Sivaraman DM, Kishima M, et al. (5 апреля 2019 г.). «Расшифровка разнообразия нейронов с помощью одноклеточного Convert-seq». bioRxiv: 600239. Дои:10.1101/600239.
  91. ^ а б Lareau CA, Duarte FM, Chew JG, Kartha VK, Burkett ZD, Kohlway AS и др. (Август 2019 г.). «Комбинаторное индексирование на основе капель для массового доступа к одноклеточному хроматину». Природа Биотехнологии. 37 (8): 916–924. Дои:10.1038 / s41587-019-0147-6. PMID  31235917. S2CID  195329871.
  92. ^ Мимиту Е.П., Ченг А., Монтальбано А., Хао С., Стоцкиус М., Легут М. и др. (Май 2019). «Мультиплексное обнаружение белков, транскриптомов, клонотипов и нарушений CRISPR в отдельных клетках». Методы природы. 16 (5): 409–412. Дои:10.1038 / s41592-019-0392-0. ЧВК  6557128. PMID  31011186.
  93. ^ Чжу Ц., Гао И, Пэн Дж, Тан Ф, И Ц (1 января 2019 г.). «Одноклеточное секвенирование 5fC». Одноклеточные методы. Методы молекулярной биологии. 1979. Клифтон, Нью-Джерси, стр. 251–267. Дои:10.1007/978-1-4939-9240-9_16. ISBN  978-1-4939-9239-3. PMID  31028643.
  94. ^ Рассел А.Б., Эльшина Э., Ковальский Дж. Р., Те Велтуис А. Дж., Блум Дж. Д. (июль 2019 г.). "Последовательность одноклеточных вирусов гриппа, вызывающих врожденный иммунитет". Журнал вирусологии. 93 (14). Дои:10.1128 / JVI.00500-19. ЧВК  6600203. PMID  31068418.
  95. ^ Керен-Шауль Х., Кенигсберг Э., Джайтин Д.А., Дэвид Э., Пол Ф., Танай А., Амит I. (июнь 2019 г.). «MARS-seq2.0: экспериментальный и аналитический конвейер для индексированной сортировки в сочетании с секвенированием одноклеточной РНК». Протоколы природы. 14 (6): 1841–1862. Дои:10.1038 / с41596-019-0164-4. PMID  31101904. S2CID  156055842.
  96. ^ Ли И., Разаги Р., Гилпатрик Т., Мольнар М., Садовски Н., Симпсон Дж. Т. и др. (2 февраля 2019 г.). «Одновременное профилирование доступности хроматина и метилирования на линиях клеток человека с секвенированием нанопор». bioRxiv: 504993. Дои:10.1101/504993.
  97. ^ Ван И, Ван А., Лю З., Турман А.Л., Пауэрс Л.С., Цзоу М. и др. (Август 2019 г.). «Долгосрочное секвенирование одной молекулы раскрывает хроматиновую основу экспрессии генов». Геномные исследования. 29 (8): 1329–1342. Дои:10.1101 / гр.251116.119. ЧВК  6673713. PMID  31201211.
  98. ^ Шипони З., Маринов Г.К., Сваффер М.П., ​​Синотт-Армстронг Н.А., Скотейм Дж.М., Кундаже А. и др. (22 декабря 2018 г.). "Пространственное молекулярное картирование доступности хроматина у эукариот". bioRxiv. 17 (3): 319–327. Дои:10.1101/504662. PMID  32042188.
  99. ^ Boersma S, Khuperkar D, Verhagen BM, Sonneveld S, Grimm JB, Lavis LD, Tanenbaum ME (июль 2019 г.). «Многоцветная визуализация одной молекулы раскрывает значительную неоднородность в декодировании мРНК». Клетка. 178 (2): 458–472.e19. Дои:10.1016 / j.cell.2019.05.001. ЧВК  6630898. PMID  31178119.
  100. ^ Specht H, Emmott E, Koller T, Slavov N ​​(9 июня 2019 г.). «Высокопроизводительная одноклеточная протеомика количественно определяет возникновение неоднородности макрофагов». bioRxiv: 665307. Дои:10.1101/665307.
  101. ^ Цао Дж., Чжоу В., Стимерс Ф, Трапнелл С., Шендур Дж. (11 июня 2019 г.). «Характеристика временной динамики экспрессии генов в отдельных клетках с научной судьбой». bioRxiv: 666081. Дои:10.1101/666081.
  102. ^ Альтемос Н, Маслан А., Лай А., Белый Д. А., Улицы AM (18 июля 2019 г.). «μDamID: микрофлюидный подход к визуализации и секвенированию взаимодействий белок-ДНК в отдельных клетках». bioRxiv: 706903. Дои:10.1101/706903.
  103. ^ Ли Г, Лю И, Чжан И, Кубо Н, Ю М, Фанг Р. и др. (Октябрь 2019 г.). «Совместное профилирование метилирования ДНК и архитектуры хроматина в отдельных клетках». Методы природы. 16 (10): 991–993. Дои:10.1038 / s41592-019-0502-z. ЧВК  6765429. PMID  31384045.
  104. ^ Сингх М., Аль-Эриани Дж., Карсуэлл С., Фергюсон Дж. М., Блэкберн Дж., Бартон К. и др. (Июль 2019). «Высокопроизводительное целевое долгосрочное секвенирование отдельных клеток выявляет клональный и транскрипционный ландшафт лимфоцитов». Nature Communications. 10 (1): 3120. Bibcode:2019НатКо..10.3120С. Дои:10.1038 / s41467-019-11049-4. ЧВК  6635368. PMID  31311926.
  105. ^ Чжу Ц., Ю М., Хуанг Х, Юрич И., Абнуси А., Ху Р. и др. (Ноябрь 2019 г.). "Сверхвысокопроизводительный метод совместного анализа открытого хроматина и транскриптома на одной клетке". Структурная и молекулярная биология природы. 26 (11): 1063–1070. Дои:10.1038 / с41594-019-0323-х. ЧВК  7231560. PMID  31695190.
  106. ^ Коул С., Бирн А., Боден А. Е., Форсберг Е. К., Фоллмерс С. (июнь 2018 г.). "Tn5Prime, метод 5 'захвата на основе Tn5 для одиночной клеточной РНК-seq". Исследования нуклеиновых кислот. 46 (10): e62. Дои:10.1093 / нар / gky182. ЧВК  6007450. PMID  29548006.
  107. ^ Шон М.А., Келлнер М.Дж., Плотникова А., Хофманн Ф., Нодин М.Д. (декабрь 2018 г.). «NanoPARE: параллельный анализ 5 'концов РНК от РНК с низким входом». Геномные исследования. 28 (12): 1931–1942. Дои:10.1101 / гр 239202.118. ЧВК  6280765. PMID  30355603.
  108. ^ Узбас Ф., Опперер Ф., Сёнмезер С., Шапошников Д., Сасс С., Крендл С. и др. (Август 2019 г.). «BART-Seq: экономичное целевое секвенирование с массовым распараллеливанием для геномики, транскриптомики и анализа отдельных клеток». Геномная биология. 20 (1): 155. Дои:10.1186 / s13059-019-1748-6. ЧВК  6683345. PMID  31387612.
  109. ^ Rooijers K, Markodimitraki CM, Rang FJ, de Vries SS, Chialastri A, de Luca KL и др. (Июль 2019). «Одновременная количественная оценка контактов белок-ДНК и транскриптомов в отдельных клетках». Природа Биотехнологии. 37 (7): 766–772. Дои:10.1038 / с41587-019-0150-у. ЧВК  6609448. PMID  31209373.
  110. ^ Ai S, Xiong H, Li CC, Luo Y, Shi Q, Liu Y и др. (Сентябрь 2019 г.). «Профилирование состояний хроматина с использованием одноклеточной itChIP-seq». Природа клеточной биологии. 21 (9): 1164–1172. Дои:10.1038 / с41556-019-0383-5. PMID  31481796. S2CID  201815293.
  111. ^ Чен С., Озеро ВВ, Чжан К. (декабрь 2019 г.). «Высокопроизводительное секвенирование транскриптома и доступности хроматина в одной и той же клетке». Природа Биотехнологии. 37 (12): 1452–1457. Дои:10.1038 / s41587-019-0290-0. ЧВК  6893138. PMID  31611697.
  112. ^ Xing QR, Farran CE, Yi Y, Warrier T., Gautam P, Collins JJ и др. (4 ноября 2019 г.). «Параллельное бимодальное одноклеточное секвенирование транскриптома и доступности хроматина». bioRxiv: 829960. Дои:10.1101/829960. PMID  32699019.
  113. ^ Srivatsan SR, McFaline-Figueroa JL, Ramani V, Saunders L, Cao J, Packer J, et al. (Декабрь 2019 г.). «Массивная мультиплексная химическая транскриптомика при разрешении одной клетки». Наука. 367 (6473): 45–51. Дои:10.1126 / science.aax6234. ЧВК  7289078. PMID  31806696.
  114. ^ МакФарланд Дж. М., Паолелла Б. Р., Уоррен А., Гейгер-Шуллер К., Шибуэ Т., Ротберг М. и др. (8 декабря 2019 г.). «Мультиплексное одноклеточное профилирование транскрипционных ответов после пертурбации для определения уязвимости рака и терапевтического механизма действия». bioRxiv: 868752. Дои:10.1101/868752.
  115. ^ Кучина А., Бреттнер Л.М., Палеологу Л., Роко С.М., Розенберг А.Б., Кариньяно А. и др. (11 декабря 2019 г.). «Секвенирование микробной одноклеточной РНК с помощью штрих-кодирования разделенного пула». bioRxiv: 869248. Дои:10.1101/869248.
  116. ^ Лю И, Не Х, Лю Х, Лу Ф (ноябрь 2019 г.). «Секвенирование поли (A) изоформ РНК (PAIso-seq) выявляет широко распространенные неаденозиновые остатки в поли (A) хвостах РНК». Nature Communications. 10 (1): 5292. Bibcode:2019НатКо..10.5292L. Дои:10.1038 / s41467-019-13228-9. ЧВК  6876564. PMID  31757970.
  117. ^ Амамото Р., Зуккаро Э., Карри Н. С., Хурана С., Чен Х. Х., Чепко С. Л., Арлотта П. (ноябрь 2019 г.). «FIN-Seq: профилирование транскрипции определенных типов клеток из замороженных архивных тканей центральной нервной системы человека». Исследования нуклеиновых кислот. 48 (1): e4. Дои:10.1093 / нар / gkz968. ЧВК  7145626. PMID  31728515.
  118. ^ Сетлифф И., Шиаколас А.Р., Пилевски К.А., Мурджи А.А., Мапенго Р.Э., Яновска К. и др. (Декабрь 2019 г.). «Высокопроизводительное сопоставление последовательностей рецепторов В-клеток по антигенной специфичности». Клетка. 179 (7): 1636–1646.e15. Дои:10.1016 / j.cell.2019.11.003. ЧВК  7158953. PMID  31787378.
  119. ^ Датлингер П., Рендейро А.Ф., Боэнке Т., Краусгрубер Т., Баррека Д., Бок С. (18 декабря 2019 г.). «Сверхвысокопроизводительное секвенирование одноклеточной РНК с помощью комбинаторной жидкостной индексации». bioRxiv: 2019.12.17.879304. Дои:10.1101/2019.12.17.879304.