MAFFT - MAFFT

MAFFT
Разработчики)Казутака Като
Стабильный выпуск
7.427 / 29 марта 2019; 19 месяцев назад (2019-03-29)
Репозиторий
Отредактируйте это в Викиданных
Написано вC
Операционная системаUNIX, Linux, Mac, MS-Windows
ТипИнструмент биоинформатики
ЛицензияBSD [1]
Интернет сайтинтернет сайт

В биоинформатика, MAFFT (за мокончательный авыравнивание с использованием жаст Fкурьер тransform) - программа, используемая для создания множественное выравнивание последовательностей из аминокислота или же нуклеотид последовательности. Опубликованная в 2002 году первая версия MAFFT использовала алгоритм, основанный на прогрессивное выравнивание, в котором последовательности были сгруппированы с помощью Быстрое преобразование Фурье.[2] В последующих версиях MAFFT были добавлены другие алгоритмы и режимы работы,[3] включая возможности для более быстрого выравнивания большого количества последовательностей,[4] более высокая точность центровки,[5] выравнивание некодирующая РНК последовательности,[6] и добавление новых последовательностей к существующим сопоставлениям.[7]

Пошаговые инструкции по использованию MAFFT с другими программами для просмотра MSA

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Базовое программное обеспечение MAFFT распространяется под Лицензия BSD, а версии для Microsoft Windows лицензируются под Стандартная общественная лицензия GNU. Некоторые дистрибутивы MAFFT содержат программное обеспечение под другими лицензиями. https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
  2. ^ Като, Казутака; Мисава, Кадзухару; Кума, Кей-ичи; Мията, Такаши (2002). «MAFFT: новый метод быстрого совмещения множественных последовательностей на основе быстрого преобразования Фурье». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (14): 3059–66. Дои:10.1093 / нар / gkf436. ЧВК  135756. PMID  12136088.
  3. ^ https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/algorithms/algorithms.html[требуется полная цитата ]
  4. ^ Като, К; То, Х (2006). «PartTree: алгоритм для построения приблизительного дерева из большого количества невыровненных последовательностей». Биоинформатика. 23 (3): 372–4. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl592. PMID  17118958.
  5. ^ Като, К; Кума, К; Мията, Т; То, Х (2005). «Повышение точности программы множественного выравнивания последовательностей MAFFT». Геномная информатика. Международная конференция по геномной информатике. 16 (1): 22–33. PMID  16362903.
  6. ^ Като, Казутака; Тох, Хироюки (2008). «Повышение точности множественного выравнивания нкРНК за счет включения структурной информации в структуру на основе MAFFT». BMC Bioinformatics. 9: 212. Дои:10.1186/1471-2105-9-212. ЧВК  2387179. PMID  18439255.
  7. ^ Като, Казутака; Фрит, Мартин С (2012). «Добавление невыровненных последовательностей в существующее выравнивание с использованием MAFFT и LAST». Биоинформатика. 28 (23): 3144–6. Дои:10.1093 / биоинформатика / bts578. ЧВК  3516148. PMID  23023983.

внешняя ссылка