База данных MANET - Википедия - MANET database

В Сеть молекулярных предков (MANET) база данных - это биоинформатика база данных который отображает эволюционные отношения белковых архитектур непосредственно на биологические сети.[1] Первоначально он был разработан Хи Шин Ким, Джеем Э. Миттенталом и Густаво Каэтано-Аноллес в отделе растениеводства Иллинойсский университет в Урбана-Шампейн.[1]

MANET отслеживает, например, происхождение отдельных метаболических ферментов в метаболизм биоинформатическими, филогенетическими и статистическими методами. В настоящее время MANET связывает информацию со Структурной классификацией белков (SCOP ), база данных метаболических путей Киотской энциклопедии генов и геномов (КЕГГ ), и филогенетические реконструкции, описывающие эволюцию архитектуры белковой складки на универсальном уровне.[2] База данных была обновлена, чтобы отразить эволюцию метаболизма на уровне семей белковых складок. [3] MANET буквально «рисует» предки ферментов, происходящих из укоренившихся филогенетических деревьев, непосредственно на более чем ста представлениях метаболических путей, отдавая дань уважения одному из отцов импрессионизм. Он также предоставляет множество функций, которые позволяют искать определенные складки белка с определенными значениями происхождения, отображать распределение окрашенных ферментов и изучать количественные данные, описывающие отдельные складки белка. Это позволяет изучать глобальные и локальные архитектуры метаболических сетей и извлекать эволюционные паттерны на глобальном и локальном уровнях.

Статистический анализ данных в MANET показал, например, неоднородное распределение значений происхождения, присваиваемых складкам белков в каждой подсети, что указывает на то, что эволюция метаболизма происходила во всем мире за счет широкого набора ферментов.[1] Недавно MANET был использован для определения процессов рекрутирования ферментов в метаболических сетях и предположил, что современный метаболизм возник в пурин нуклеотидная метаболическая подсеть.[4] База данных полезна для изучения метаболических эволюция.

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ а б Kim HS, Mittenthal JE, Caetano-Anolles G (2006). «MANET: отслеживание эволюции белковой архитектуры в метаболических сетях». BMC Bioinformatics. 7: 351. Дои:10.1186/1471-2105-7-351. ЧВК  1559654. PMID  16854231.
  2. ^ Caetano-Anolles G, Caetano-Anolles D (2003). «Эволюционно структурированная вселенная белковой архитектуры». Genome Res. 13 (7): 1563–71. Дои:10.1101 / гр.1161903. ЧВК  403752. PMID  12840035.
  3. ^ Могол Ф, Каэтано-Аноллес Дж (2019). «MANET 3.0: Иерархия и модульность в развивающихся метаболических сетях». PLOS ONE. 14 (10): e0224201. Дои:10.1371 / journal.pone.0224201. ЧВК  6812854. PMID  31648227.
  4. ^ Каэтано-Аноллес Дж., Ким Х.С., Миттенталь Дж. Э. (2007). «Происхождение современных метаболических сетей, выведенное из филогеномного анализа белковой архитектуры». Proc Natl Acad Sci USA. 104 (22): 9358–63. Bibcode:2007PNAS..104.9358C. Дои:10.1073 / pnas.0701214104. ЧВК  1890499. PMID  17517598.