МЕТЛИН - METLIN

База данных МЕТЛИН
Содержание
Описаниехранилище информации о химических объектах, а также тандемная масс-спектрометрия данные
Контакт
Исследовательский центрНаучно-исследовательский институт Скриппса
ЛабораторияСюздакская лаборатория Научно-исследовательский институт Скриппса
Дата выхода2005
Доступ
Интернет сайтМетлин.scripps.edu

В База данных метаболитов и химических веществ МЕТЛИН[1][2][3] крупнейшее хранилище экспериментальных тандемная масс-спектрометрия данные получены из стандартов. Данные тандемной масс-спектрометрии более 850000 молекулярных стандартов (по состоянию на 24 августа 2020 г.)[4] предназначен для облегчения идентификации химических образований в тандемных масс-спектрометрических экспериментах. Помимо идентификации известных молекул, это также полезно для идентификации неизвестных.[3] используя свою технологию поиска подобия.[5] Все данные тандемной масс-спектрометрии получены в результате экспериментального анализа стандартов при множественных энергиях столкновения и в режимах положительной и отрицательной ионизации.

МЕТЛИН[6] служит системой управления данными, помогающей идентифицировать метаболиты и химические соединения, обеспечивая открытый доступ к своему хранилищу полных данных о метаболитах МС / МС.[4][3] Аннотированный список молекулярных стандартов METLIN включает метаболиты и другие химические соединения, поиск в METLIN может выполняться на основе данных тандемной масс-спектрометрии молекулы, массы, химической формулы и структуры на веб-сайте METLIN. Каждая молекула связана с внешними ресурсами, такими как Киотская энциклопедия генов и геномов (КЕГГ ) для дальнейших справок и запросов. База данных МЕТЛИН была разработана и поддерживается исключительно лабораторией Сюздак в г. Научно-исследовательский институт Скриппса.

Постоянно развивается

С момента его первоначальной реализации в начале 2000-х гг.[2] На свободно доступном веб-сайте METLIN собраны комментарии и предложения по улучшениям от пользователей из биотехнологических, фармацевтических и академических сообществ, что в конечном итоге привело к появлению функционально полезной технологии для метаболомики, а также сотен тысяч других молекулярных объектов.[4] Интерфейс METLIN позволяет исследователям легко искать в базе данных и характеризовать метаболиты и другие соединения с помощью таких функций, как точная масса, поиск по одному или нескольким фрагментам, потеря нейтрали и возможности поиска по всему спектру. Функция поиска по сходству, представленная в 2008 г.[5] был разработан для ускорения процесса идентификации неизвестных молекул.

METLIN также использовался для создания новой библиотеки мониторинга множественных реакций (MRM) предшественников переходов ионных фрагментов.[7] Репозиторий переходов METLIN-MRM для количественной тандемной масс-спектрометрии малых молекул был разработан для облегчения обмена данными между различными приборами и лабораториями.[7]

База данных METLIN реализована в облаке, что позволяет пользователям во всем мире.[4][6] Помимо расширения базы данных тандемной масс-спектрометрии, METLIN предназначен для поиска данных тандемной масс-спектрометрии, массы прекурсоров, химических формул, названий соединений и других возможностей поиска. Данные тандемной МС с высоким разрешением ESI-QTOF MS / MS для более чем 850 000 различных химических объектов включают масс-спектральные данные диссоциации, вызванной столкновениями, при четырех различных энергиях столкновения, как в режиме положительной, так и в отрицательной ионизации.[4]

Рекомендации

  1. ^ Сюэ, Цзинчуань; Гихас, Карлос; Бентон, Х. Пол; Варт, Бенедикт; Сюздак, Гэри (октябрь 2020 г.). «База данных молекулярных стандартов METLIN MS 2: обширный химический и биологический ресурс». Природные методы. 17 (10): 953–954. Дои:10.1038 / s41592-020-0942-5. ISSN  1548-7105.
  2. ^ а б Smith CA, O'Maille G, Want EJ, Qin C, Trauger SA, Brandon TR и др. (Декабрь 2005 г.). «МЕТЛИН: база данных масс-спектров метаболитов». Терапевтический мониторинг лекарственных средств. 27 (6): 747–51. Дои:10.1097 / 01.ftd.0000179845.53213.39. PMID  16404815. S2CID  14774455.
  3. ^ а б c Guijas C, Montenegro-Burke JR, Domingo-Almenara X, Palermo A, Warth B, Hermann G, et al. (Март 2018 г.). «МЕТЛИН: технологическая платформа для выявления известных и неизвестных». Аналитическая химия. 90 (5): 3156–3164. Дои:10.1021 / acs.analchem.7b04424. ЧВК  5933435. PMID  29381867.
  4. ^ а б c d е Xue J, Guijas C, Benton HP, Warth B, Siuzdak G (август 2020 г.). «2 базы данных молекулярных стандартов: обширный химический и биологический ресурс». Природные методы: 1–2. Дои:10.1038 / s41592-020-0942-5. PMID  32839599.
  5. ^ а б Benton HP, Wong DM, Trauger SA, Siuzdak G (август 2008 г.). «XCMS2: обработка данных тандемной масс-спектрометрии для идентификации метаболитов и структурных характеристик». Аналитическая химия. 80 (16): 6382–9. Дои:10.1021 / ac800795f. ЧВК  2728033. PMID  18627180.
  6. ^ а б Таутенхан Р., Чо К., Уритбунтай В., Чжу З., Патти Г.Дж., Сюздак Г (Сентябрь 2012 г.). «Ускоренный рабочий процесс для нецелевой метаболомики с использованием базы данных METLIN». Природа Биотехнологии. 30 (9): 826–8. Дои:10.1038 / nbt.2348. ЧВК  3666346. PMID  22965049.
  7. ^ а б Доминго-Альменара, Ксавьер; Монтенегро-Бурке, Х. Рафаэль; Иванишевич, Юлияна; Томас, Орелиен; Сидибе, Джонатан; Тив, Тони; Гихас, Карлос; Aisporna, Aries E .; Райнхарт, Дуэйн; Хоанг, Линь; Нордстрем, Андерс (сентябрь 2018 г.). «XCMS-MRM и METLIN-MRM: облачная библиотека и общедоступный ресурс для целевого анализа малых молекул». Природные методы. 15 (9): 681–684. Дои:10.1038 / s41592-018-0110-3. ISSN  1548-7105.

внешняя ссылка