Малайзия соревновались в Азиатские юношеские игры 2009 г. проведенный в Сингапур с 29 июня по 7 июля 2009 года. Из-за ограничений на поездки, вызванных Вспышка H1N1 Малайзия ограничивала участие только двумя видами спорта; футбол и парусный спорт. Однако футбольная команда не прошла во второй раунд и вернулась в Малайзию до начала игр. Два моряка, Мухамад Амирул Шафиг Джайс и Хайруннита Мохд Афенди, остались в Сингапуре, чтобы принять участие в Byte CII для мальчиков и девочек до 14 лет. Мухамад Амирул Шафиг Джайс завоевал бронзовую медаль в турнире Boys 'Byte CII, а Хайруннета Мохд Афенди занял четвертое место в турнире Girls' Byte CII. Главой миссии Игр была Марина Чин, директор Секола Сукан Букит Джалил. Однако на игры она не приехала из-за вывода малазийского контингента.