Мельбурн Биоинформатикс - Melbourne Bioinformatics
 | |
Бывшие имена | Викторианская инициатива в области наук о жизни (VLSCI) |
|---|---|
| Учредил | 2008 |
| Место расположения | , , |
| Принадлежности | Мельбурнский университет |
| Интернет сайт | МельбурнBioinformatics.org.au |
Мельбурн Биоинформатикс (бывшая Victorian Life Sciences Computing Initiative, VLSCI) - центр вычислительной науки о жизни. Он обеспечивает поддержку в области биоинформатики для всех исследователей и студентов в широком спектре проектов и услуг местного и национального значения. Исследователи могут взаимодействовать с Мельбурнской биоинформатикой через обучение и консультации с экспертами, что может привести к сотрудничеству в проектах с академическим персоналом Мельбурнского университета.
История
VLSCI был создан в рамках планов правительства Виктории по поддержке биотехнология, и был указан в качестве ключевого инфраструктурного проекта в Плане действий в области биотехнологии Виктории на 2011 год.[1] Это была инициатива в размере 100 млн долларов США. Правительство Виктории в сотрудничестве с Мельбурнский университет и IBM Сотрудничество по исследованиям наук о жизни, Мельбурн.[2] В число других основных заинтересованных сторон входили ключевые медицинские и исследовательские учреждения Виктории, крупные университеты и государственные исследовательские организации.[1]
В 2015 году VLSCI перешла на новую модель управления после получения дополнительных 6,65 млн долларов от правительства штата Виктория. Первый исследовательский центр IBM Research Collaboratory for Life Sciences находился в VLSCI в течение 5 лет. После переезда в близлежащие офисы IBM Research Australia сотрудники Collaboratory продолжили работу над рядом проектов в рамках более широкого партнерства Мельбурнского университета и IBM под новым названием Melbourne Bioinformatics.[3][4]
Средство высокопроизводительных вычислений Melbourne Bioinformatics было доступно исследователям в Виктория работая в различных университетах и исследовательских институтах Мельбурна. Кластеры вошли в топ-500 в мире в 2017 году.[5] Технические эксперты были в штате, чтобы максимально повысить удобство работы пользователей, восполнить пробелы в навыках в исследовательских группах, наладить необходимое междисциплинарное исследовательское сотрудничество и предоставить навыки для масштабирования проектов для эффективного использования предоставляемой вычислительной мощности. Постоянное развитие навыков и обучение проводились в области вычислительной биологии, молекулярного моделирования и биоинформатики.
Компьютеры
Пиковая вычислительная мощность VLSCI работала на скорости 855 терафлопс. В число систем входили Barcoo, IBM iDataplex x86, Merri, IBM iDataplex x86 и Avoca, состоящий из 4 стоек IBM Blue Gene / Q.
Пиковая вычислительная мощность
VLSCI Peak Computing Facility (PCF) предоставил высокопроизводительную вычислительную инфраструктуру и вычислительный опыт исследователям наук о жизни по всей Виктории. У PCF были тесно связанные кластеры с очень быстрыми дисковыми подсистемами, которые в настоящее время работают с максимальной производительностью 855 терафлопс. Чтобы помочь исследователям максимально использовать время вычислений и максимально эффективно использовать выделенные ресурсы, у PCF была команда системных администраторов, программистов и специалистов по приложениям, доступная через систему запросов на помощь.
Вычислительный центр наук о жизни
Вычислительный центр науки о жизни VLSCI (LSCC) физически размещался в Университете Мельбурна и Университете Ла Троб, и многие сотрудники работали в различных исследовательских институтах, включая Институт Питера Доэрти, в течение некоторой части своей недели. LSCC представлял собой распределенный пул экспертных знаний и инфраструктуры для вычислительных исследований в области наук о жизни, обслуживающий научно-исследовательские учреждения в области биологических наук по всей Виктории. Он был направлен на развитие сотрудничества в исследованиях и поддержку относительно небольшого числа конкретных внешних проектов; выступать в качестве источника общих ресурсов, программных платформ и опыта для поддержки исследователей наук о жизни; предлагать исследовательскую подготовку, образование и карьерный рост биоинформатикам и вычислительным биологам, чтобы поддержать продвижение викторианского сообщества исследователей компьютерных наук о жизни; и поддержать продвижение вычислений в области биологических наук в Виктории в целом.
Галактика Австралия
Melbourne Bioinformatics вместе с QFAB Биоинформатика, QCIF и Университет Квинсленда С Исследовательский вычислительный центр совместно построили и управляли Galaxy Australia, которая является важной особенностью Виртуальной лаборатории геномики.
Смотрите также
Рекомендации
- ^ а б «Викторианский план действий в области биотехнологии на 2011 год». Trove. Виктория. Департамент инноваций, промышленности и регионального развития. 2011 г.. Получено 2018-08-02.
- ^ Лим, Джейсон. «Правительство Австралии викторианской эпохи - образец инноваций». Forbes. Получено 2018-08-03.
- ^ «VLSCI повторно запускается как Melbourne Bioinformatics». emblaustralia.org. EMBL Австралия. Получено 2018-08-03.
- ^ Лони, Эндрю (2017-02-20). «VLSCI становится Melbourne Bioinformatics: письмо директора» (PDF). emblaustralia.org. EMBL Австралия. Получено 2018-08-03.
- ^ «Австралийские облака стремительно входят в топ-500 вычислительных кластеров». iTnews. Получено 2018-08-03.