Минимальная необходимая информация о гликомическом эксперименте (MIRAGE) - Minimum Information Required About a Glycomics Experiment (MIRAGE)

В Минимум информации о гликомическом эксперименте, требуемой (МИРАЖ) инициатива является частью Минимальные информационные стандарты и, в частности, относится к руководящим принципам отчетности (с описанием метаданные ) на гликомика эксперимент. Инициатива поддержана Институт развития химических наук им. Байльштейна.[1]. Проект MIRAGE фокусируется на разработке руководящих принципов публикации взаимодействующих и структурных гликомических данных, а также на разработке форматов обмена данными. Проект стартовал в 2011 году в Сиэтле и начался с описания целей проекта MIRAGE.[2]

Организация

Комиссия MIRAGE состоит из трех тесно взаимодействующих друг с другом групп. консультативный совет состоит из ведущих ученых в области гликобиологии, которые, например, критически оценивают результаты рабочей группы и продвигают рекомендации по отчетности в сообществе. рабочая группа ищет внешних консультаций и напрямую взаимодействует с сообществом гликомиков. Члены группы выполняют определенные подпроекты (например, разработку и пересмотр руководств), уделяя особое внимание конкретным областям исследований для достижения общих целей проекта MIRAGE. координационная группа связывает подпроекты из рабочей группы вместе и передает результаты на рассмотрение консультативному совету.

Правила отчетности

Были разработаны и опубликованы следующие инструкции по отчетности:

  • Руководство MIRAGE MS по отчетности гликановый анализ на основе масс-спектрометрии.[2] Эти рекомендации основаны на MIAPE шаблон руководства, то есть MIAPE-MS версии 2.24 [3]
  • MIRAGE Руководство по подготовке проб [4] которые считаются общей основой для любых дальнейших руководств MIRAGE по отчетности, чтобы требования к анализу данных были краткими и последовательными.
  • Руководство по микрочипам MIRAGE Glycan для исчерпывающего описания Гликановый массив были разработаны руководящие принципы отчетности для анализа микрочипов гликанов [5]. Чтобы помочь авторам составлять отчеты в соответствии с этими руководящими принципами, предоставляются образцы публикаций и шаблон с примером данных.[6].
  • MIRAGE Руководство по жидкостной хроматографии для представления гликановых данных жидкостной хроматографии (ЖХ) [7].

Производные

Руководства по отчетности MIRAGE обеспечивают необходимую основу для последующих проектов, связанных с разработкой как программных инструментов для анализа экспериментальных данных гликанов, так и баз данных для размещения данных анализа взаимодействия (например, из экспериментов с гликановыми микрочипами) и данных структурного анализа (например, из масс-спектрометрии). и жидкостной хроматографии). Поскольку руководство включает определения минимальной информации, необходимой для исчерпывающего отчета об экспериментах с гликомикой, эта информация включается в структуры баз данных, формы сбора данных и форматы обмена данными.

Следующие базы данных соответствуют требованиям MIRAGE:

  • UniCarb-DB который хранит тщательно отобранные данные и информацию о структурах гликанов и связанных данных фрагментов, характеризуемых LC-Тандемно-масс-спектрометрия стратегии.
  • GlycoStore кураторский Хроматография, Электрофорез и Масс-спектрометрии производная база данных составов N-, O-, гликосфинголипидов (GSL) гликанов и свободных олигосахаридов, связанных с рядом гликопротеинов, гликолипидов и биотерапевтических средств.
  • UniCarb-DR[8] MSп репозиторий данных для гликановых структур
  • GlycoPOST хранилище масс-спектров для гликомики и гликопротеомики

Следующие проекты относятся к стандартам MIRAGE:

  • GlyTouCan репозиторий гликановых структур, в котором уникальные идентификаторы присваиваются индивидуально сообщаемым гликановым структурам
  • UniCarbKB база данных гликанов и гликопротеинов
  • GlyGen, проект интеграции и распространения данных, связанных с углеводами и гликоконъюгатами
  • GlyConnect, интегрированная платформа для гликомики и гликопротеомики

Рекомендации

  1. ^ "МИРАЖ в Институте Байльштейна".
  2. ^ а б Коларич, Даниил; Рапп, Эрдманн; Struwe, Weston B .; Haslam, Стюарт М .; Зайя, Джозеф; Макбрайд, Райан; Аграват, Санджай; Кэмпбелл, Мэтью П .; Като, Масаки; Ранцингер, Рене; Кеттнер, Карстен; Йорк, Уильям С. (1 апреля 2013 г.). «Минимальная информация, необходимая для проекта« Эксперимент с гликомиксом »(MIRAGE): улучшение стандартов для представления гликоаналитических данных на основе масс-спектрометрии». Молекулярная и клеточная протеомика. 12 (4): 991–995. Дои:10.1074 / mcp.O112.026492. ISSN  1535-9476. ЧВК  3617344. PMID  23378518.
  3. ^ Тейлор, Крис Ф; Бинц, Пьер-Ален; Эберсольд, Руеди; Аффольтер, Мишель; Баркович, Роберт; Дойч, Эрик В; Хорн, Дэвид М; Хюмер, Андреас; Куссманн, Мартин; Лилли, Кэтрин; Махт, Маркус; Манн, Матиас; Мюллер, Дитер; Neubert, Thomas A; Никсон, Дженис; Паттерсон, Скотт Д.; Расо, Роберто; Ресинг, Кэтрин; Сеймур, Шон Л; Цугита, Акира; Ксенариос, Иоаннис; Цзэн, Ронг; Джулиан, Рэндалл К. (1 августа 2008 г.). «Руководство по отчетности об использовании масс-спектрометрии в протеомике». Природа Биотехнологии. 26 (8): 860–861. Дои:10.1038 / nbt0808-860. PMID  18688232. S2CID  205270031.
  4. ^ Струве и др. (Сентябрь 2016 г.). «Минимум информации, необходимой для проекта эксперимента с гликомикой (MIRAGE): руководство по подготовке образцов для надежного представления наборов данных гликомики». Гликобиология. 26 (9): 907–910. Дои:10.1093 / glycob / cww082. ЧВК  5045532. PMID  27654115.
  5. ^ Лю и др. (Апр 2017). «Минимальная информация, необходимая для проекта эксперимента по гликомике (MIRAGE): улучшение стандартов для представления данных на основе микрочипов гликанов». Гликобиология. 27 (4): 280–284. Дои:10.1093 / glycob / cww118. ЧВК  5444268. PMID  27993942.
  6. ^ Примеры - MIRAGE - Проекты - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften
  7. ^ Кэмпбелл, Мэтью П.; Абрахамс, Джоди Л.; Рапп, Эрдманн; Струве, Уэстон Б; Костелло, Екатерина Е; Новотный, Милош; Ранцингер, Рене; Йорк, Уильям S; Коларич, Даниил; Радд, Полина М; Кеттнер, Карстен (19 февраля 2019 г.). «Минимальная информация, необходимая для проекта Glycomics Experiment (MIRAGE): Руководство LC». Гликобиология. 29 (5): 349–354. Дои:10.1093 / glycob / cwz009. PMID  30778580.
  8. ^ Карлссон, Никлас; Лизачек, Фредерик; Аоки-Киношита, Киёко Ф .; Packer, Nicolle H .; Кеттнер, Карстен; Вюрер, Манфред; Радд, Полин М .; Коларич, Даниил; Левандер, Фредрик; Struwe, Weston B .; Хорлахер, Оливер; Миллер, Ребекка Л .; Чжан, Дао; Мадунич, Катарина; Эшвуд, Кристофер; Шинмачи, Дайсуке; Aoki, Nobuyuki P .; Венкатакришнан, Виньеш; Джин, Чуншэн; Андерссон, Питер; Мариетоз, Жюльен; Рохас-Масиас, Мигель А. (27 августа 2018 г.). «Электронный рабочий процесс для записи гликомических масс-спектрометрических данных в соответствии с руководящими принципами отчетности». bioRxiv: 401141. Дои:10.1101/401141.

внешняя ссылка