База данных взаимодействия NCI-Nature Pathway - NCI-Nature Pathway Interaction Database

PID
Содержание
Описание	База данных Pathway Interaction.
Контакт
Лаборатория	Национальный институт рака; Национальные институты здравоохранения США; Издательская группа Nature
Основное цитирование	Шефер и др. (2009)
Дата выхода	2005
Доступ
Стандарты	BioPAX
Формат данных	XML
Интернет сайт	http://www.ndexbio.org

В База данных Pathway Interaction (PID) - это бесплатная биомедицинская база данных сигнальных путей клеток человека.^[1] База данных содержит информацию о молекулярных взаимодействиях и реакциях, происходящих в клетках, с особым акцентом на процессы, которые могут иметь отношение к исследованиям и лечению рака. База данных была создана в результате сотрудничества США. Национальный институт рака, Национальные институты здравоохранения США и Издательская группа Nature в 2005 году и был запущен в ноябре 2006 года. В сентябре 2012 года активное курирование было остановлено, и теперь данные PID доступны в Сетевой обмен данными, NDEx.

Содержание базы данных

По состоянию на ноябрь 2007 года база данных содержала 59 путей (включая 3309 молекулярных взаимодействий), курируемых редакционной группой NCI-Nature. Новые пути добавляются каждый месяц. База данных также содержит 254 пути (включая 3003 взаимодействия), импортированных из июньского выпуска 2004 г. BioCarta база данных путей.

Кураторские данные NCI-Nature собираются из опубликованной исследовательской литературы и проверяются учеными-экспертами перед публикацией. Коды свидетельств присваиваются каждому молекулярному взаимодействию, что позволяет пользователям оценивать надежность взаимодействий или искать взаимодействия, идентифицированные с помощью определенных экспериментальных методов.

Вывод и загрузка данных

Содержимое базы данных можно просматривать автономными заранее определенными путями. База данных также может динамически генерировать сети взаимодействия для визуализации результатов поиска в базе данных. Пути и динамически генерируемые сети отображаются в изображениях GIF и SVG и могут быть загружены как XML (включая стандартный формат обмена маршрутами, BioPAX ). Вся база данных также доступна для скачивания.

Смотрите также

Другие ссылки

внешняя ссылка

[pmid18832364-1] а ^б Шефер, Карл Ф; Энтони Кира; Крупа Шива; Бакофф Джеффри; Дэй Мэтью; Ханней Тимо; Buetow Kenneth H (январь 2009 г.). «PID: база данных взаимодействия путей». Нуклеиновые кислоты Res. Англия. 37 (Проблема с базой данных): D674-9. Дои:10.1093 / nar / gkn653. ЧВК 2686461. PMID 18832364.

[1]