NIAID ChemDB - Википедия - NIAID ChemDB

База данных ChemDB по лечению ВИЧ, оппортунистических инфекций и туберкулеза
Содержание
ОписаниеНебольшие молекулы, протестированные против ВИЧ и / или сопутствующих оппортунистических инфекций.
Контакт
Исследовательский центрНациональный институт аллергии и инфекционных заболеваний (НИАИД)
Дата выхода1989
Доступ
Интернет сайтhttp://chemdb.niaid.nih.gov/

В База данных ChemDB по лечению ВИЧ, оппортунистических инфекций и туберкулеза общедоступный инструмент, разработанный Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний собрать доклинические данные о малых молекулах с потенциальным терапевтическим действием против ВИЧ / СПИД и сопутствующие оппортунистические инфекции.[1]

Характеристики и содержание

С 1989 года ChemDB обновляется информацией, взятой из рецензируемой опубликованной литературы, материалов конференций и патентов.[2] Собираются данные о структуре соединения, химических свойствах, биологической активности (например, целевой белок, IC50, EC50, Цитотоксичность, TI, Ki, и или MIC ) и справочные данные (например, Автор, Журнал).[3]

Веб-интерфейс ChemDB поддерживает поиск биологических, текстовых и химических данных с использованием Oracle Text, химическая поисковая система Accelrys Direct и инструменты Marvin ChemAxon.[1] Эти инструменты позволяют пользователям Интернета выполнять поиск в базе данных, сравнивая степень сходства или гибкости соответствия с химическими структурами, которые были загружены или нарисованы. Дополнительный логический поиск можно комбинировать со структурным поиском, чтобы включить другие интересующие поля, включая целевой организм или Счет Липинского. Помимо общедоступного веб-интерфейса, научно-исследовательское сообщество может загрузить целую базу данных.[2] База данных часто используется в рецензируемых научных исследованиях.[4][5][6][7][8][9][10][11][12][13]

Оппортунистические патогены

В эту базу данных включены следующие оппортунистические патогены:[1]

SIV
FIV
Цитомегаловирус человека (HCMV)
Вирус Эпштейна-Барра
Вирус простого герпеса 1
Вирус простого герпеса 2
Саркома Капоши вирус
Вирус гепатита А
Вирус гепатита В
Вирус гепатита с
Mycobacterium spp.
Pneumocystis carinni
Cryptococcus spp.
Candida spp.
Aspergillus spp.
Микроспоридии
Toxoplasma gondii
Криптоспоридиум парвум
Leishmania spp.
Plasmodium spp.

Рекомендации

  1. ^ а б c «Отдел базы данных по лечению СПИДа по борьбе с ВИЧ / ОИ / ТБ». Национальные институты здравоохранения, Министерство здравоохранения и социальных служб США. Архивировано из оригинал на 2012-01-17. Получено 2012-01-24.
  2. ^ а б Раш М., Хаффман Д., Нобл Дж., Уайтинг М., Наср М. (25–26 августа 2011 г.). «Встреча 2011 г. по вопросам химии. Базы данных и открытая химия». База данных NIAID ChemDB по ВИЧ / СПИДу.
  3. ^ «Отдел базы данных по лечению СПИДа по борьбе с ВИЧ / ОИ / ТБ». Гид пользователя. Национальные институты здравоохранения, Министерство здравоохранения и социальных служб США. Получено 2012-01-24.
  4. ^ Хохштейн С, Гошорн Дж, Чанг Ф (2009). "Портал информации о лекарствах Национальной медицинской библиотеки США". Med Ref Serv Q. 28 (2): 154–163. Дои:10.1080/02763860902816784. ЧВК  2760770. PMID  19384716.
  5. ^ Чеа Э.Л., Хенг П.В., Чан Л.В. (2010). «Оптимизация сверхкритической жидкостной экстракции и жидкостной экстракции под давлением активных ингредиентов из Magnolis officinalis с использованием дизайна Тагучи». Сен Purif Technol. 71 (3): 293–301. Дои:10.1016 / j.seppur.2009.12.009.
  6. ^ Португалия J (2009). «Оценка молекулярных дескрипторов противоопухолевых препаратов в отношении нековалентного связывания с ДНК и антипролиферативной активности». BMC Pharmacol. 9: 11. Дои:10.1186/1471-2210-9-11. ЧВК  2758867. PMID  19758437.
  7. ^ Сюн С., Фан Дж, Китадзато К. (2010). «Противовирусный белок циановирин-N: современное состояние его производства и применения» (PDF). Appl Microbiol Biotechnol. 86 (3): 805–12. Дои:10.1007 / s00253-010-2470-1. HDL:10069/25148. PMID  20162270.
  8. ^ Кремб С., Хелфер М., Хеллер В., Хоффманн Д., Вольф Х., Кляйншмидт А., Сепок С., Хеммер Б., Дурнер Дж., Брак-Вернер Р. (2010). «EASY-HIT: технология полной репликации ВИЧ для широкого открытия множества классов ингибиторов ВИЧ». Противомикробные агенты Chemother. 54 (12): 5257–68. Дои:10.1128 / AAC.00515-10. ЧВК  2981278. PMID  20876377.
  9. ^ Серафин К., Мазур П., Бак А., Лайне Э, Чертанов Л., Мускадет Дж. Ф., Полански Дж. (2011). «Этилмалонат амиды: дочерний фрагмент дикетокислоты для ингибирования интегразы ВИЧ». Биоорг Мед Хим. 19 (16): 5000–5. Дои:10.1016 / j.bmc.2011.06.054. PMID  21767953.
  10. ^ Дурдаги С., Мавромустакос Т., Папдопулос М.Г. (2008). «3D QSAR CoMFA / CoMSIA, молекулярный докинг и молекулярно-динамические исследования ингибиторов PR ВИЧ-1 на основе фуллерена». Биоорг Мед Хем Летт. 18 (23): 6283–9. Дои:10.1016 / j.bmcl.2008.09.107. PMID  18951793.
  11. ^ Прасанна, доктор медицины, Вондрасек Дж, Влодавер А., Бха Т.Н. (2005). «Применение InChI для управления, индексации и запроса трехмерной структуры». Белки. 60 (1): 001–004. Дои:10.1002 / prot.20469. PMID  15861385.
  12. ^ Санчес Р., Моргадо Э., Грау Р. (2005). «Логическая структура генетического кода. I. Смысл булевой дедукции». Вестник математической биологии. 67 (1): 001–014. Дои:10.1016 / j.bulm.2004.05.005. PMID  15691536.
  13. ^ Чжан XW (2005). «Создание прогностической фармакофорной модели для основной протеиназы SARS-коронавируса». Eur J Med Chem. 40 (1): 57–62. Дои:10.1016 / j.ejmech.2004.09.013. PMID  15642409.

внешняя ссылка

  • NIAID ChemDB [1]