Соседство - Neighbor-net
 | Эта статья может быть слишком техническим для большинства читателей, чтобы понять. Пожалуйста помогите улучшить это к сделать понятным для неспециалистов, не снимая технических деталей. (Декабрь 2019 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
NeighborNet[1] алгоритм построения филогенетические сети который слабо основан на присоединение соседа алгоритм. Подобно объединению соседей, метод требует матрица расстояний в качестве входа и работает путем агломерации кластеров. Тем не менее, алгоритм NeighborNet может привести к коллекциям кластеров, которые перекрываются и не образуют иерархия, и представлены с использованием типа филогенетической сети, называемой разбивает график. Если матрица расстояний удовлетворяет Комбинаторные условия Калмансона тогда Neighbor-net вернет соответствующий круговой порядок.[2][3] Метод реализован в SplitsTree и р / Фангорн[4][5] пакеты.
Примеры применения Neighbor-net можно найти в вирусологии,[6] садоводство,[7] генетика динозавров,[8] сравнительное языкознание, и археология.[9]
Рекомендации
- ^ Брайант Д., Моултон В. (февраль 2004 г.). «Соседство: агломеративный метод построения филогенетических сетей». Молекулярная биология и эволюция. 21 (2): 255–65. Дои:10.1093 / молбев / мш018. PMID 14660700.
- ^ Брайант Д., Моултон В., Спилнер А. (июнь 2007 г.). «Согласованность алгоритма соседней сети». Алгоритмы молекулярной биологии. 2: 8. Дои:10.1186/1748-7188-2-8. ЧВК 1948893. PMID 17597551.
- ^ Леви Д., Пахтер Л. (август 2011 г.). "Соседний алгоритм". Успехи в прикладной математике. 47 (2): 240–58. Дои:10.1016 / j.aam.2010.09.002.
- ^ Шлип КП (февраль 2011 г.). "phangorn: филогенетический анализ в R". Биоинформатика. 27 (4): 592–3. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq706. ЧВК 3035803. PMID 21169378.
- ^ Шлип К., Поттс А.А., Моррисон Д.А., Гримм Г.В. (2017). «Переплетение филогенетических деревьев и сетей». Методы в экологии и эволюции. 8 (10): 1212–1220. Дои:10.1111 / 2041-210X.12760.
- ^ Schmidt-Chanasit J, Bialonski A, Heinemann P, Ulrich RG, Günther S, Rabenau HF, Doerr HW (март 2009 г.). «10-летнее молекулярное исследование вируса простого герпеса типа 1 в Германии демонстрирует стабильную и высокую распространенность генотипов A и B». Журнал клинической вирусологии. 44 (3): 235–7. Дои:10.1016 / j.jcv.2008.12.016. PMID 19186100.
- ^ Килиан Б., Озкан Х., Деуш О., Эффген С., Брандолини А., Коль Дж. И др. (Январь 2007 г.). «Независимое происхождение генома пшеницы B и G в ауткроссинге гаплотипов-предков Aegilops». Молекулярная биология и эволюция. 24 (1): 217–27. Дои:10.1093 / molbev / msl151. PMID 17053048.
- ^ Бакли М., Уокер А., Хо С.Ю., Ян Й., Смит С., Эштон П. и др. (Январь 2008 г.). "Комментарий" Последовательности белков мастодонта и тираннозавра рекс, обнаруженные с помощью масс-спектрометрии"". Наука. 319 (5859): 33, ответ автора 33. Bibcode:2008 Наука ... 319 ... 33Б. Дои:10.1126 / science.1147046. ЧВК 2694913. PMID 18174420.
- ^ Шеннан С (200). Образец и процесс культурной эволюции. Калифорнийский университет Press.
  | Эта статья по биоинформатике заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |