Сеть онкологических генов - Network of Cancer Genes
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | Интернет-ресурс о системных свойствах генов рака |
| Организмы | Homo sapiens |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Королевский колледж Лондона |
| Дата выхода | Август 2018 г. |
| Доступ | |
| Интернет сайт | http://ncg.kcl.ac.uk |
| Разное | |
| Версия | 6.0 |
Гены рака в NCG
В Сеть онкологических генов (NCG) - это свободно доступный веб-ресурс рак гены и связанные с ними свойства[1]. Проект стартовал в 2010 году и в августе 2018 года достиг своего 6-го уровня.th выпуск: NCG6.0. NCG6.0 сообщает информацию о 2372 белок -кодирующие гены рака, в том числе 711 известных генов рака из списка Cancer Gene Census и Vogelstein, Science 2013[2]. Остальные 1661 ген рака - это гены-кандидаты на рак, аннотированные из 273 оригинальных публикаций вручную. Для каждого ракового гена NCG6.0 сообщает о его свойствах на системном уровне, в публикациях сообщается о нем как о известном или потенциальном злокачественном гене, а также об информации о дизайне их скринингового секвенирования рака. Кроме того, в базе данных представлены аннотации 250 возможных ложноположительных генов, определяемых как гены-кандидаты рака, связь которых с раком может быть ложной.[3][4].
Экраны определения последовательности рака
273 публикации в NCG6.0 с ручными аннотациями описывают в общей сложности 278 весь геном или же весь экзом скрининг секвенирования рака. Эти обследования включали в общей сложности 34 905 пациентов из 119 различных типы рака. К ним относятся скрининг секвенирования на рак образцов из 31 анатомического участка, а также 4 скрининга для взрослых и 2 скрининга для детского секвенирования рака. NCG6.0 позволяет выполнять расширенный поиск и извлекать информацию о генах рака по: первичному анатомическому месту, типу рака, а также путем секвенирования или публикации.
| Первичный сайт | Типы рака |
|---|---|
| Кровь | Диффузная большая B-клеточная лимфома, острый лимфоцитарный лейкоз, хронический миелоидный лейкоз, множественная миелома, хронический лимфоцитарный лейкоз, кожная Т-клеточная лимфома, Т-клеточный лейкоз / лимфома, неходжкинская лимфома, периферическая Т-клеточная лимфома, лимфома беркитобактерия -клеточная лимфома, острый миелоидный лейкоз, кожный DLBCL, острый моноцитарный лейкоз, фолликулярная лимфома, хронический миеломоноцитарный лейкоз, острый лимфобластный лейкоз, миелопролиферативное новообразование, острый промиелоцитарный лейкоз, ювенильный миеломоноцитарный лейкоз, миеломоноцитарный миеломоноцитарный лейкоз, ювенильный миеломоноцитарный лейкоз , средостенная B-клеточная лимфома |
| Мочевой пузырь | Рак мочевого пузыря |
| Грудь | Рак молочной железы, тройной негативный рак молочной железы, фиброэпителиальные опухоли молочной железы, рак молочной железы у мужчин, фиброаденома молочной железы |
| Мозг | Диффузная внутренняя глиома моста, астроцитома, детская глиома высокой степени злокачественности, глиобластома, панглиома, менингиома, нейробластома, глиома низкой степени злокачественности, глиома низкой степени злокачественности у детей, глиома, краниофарингиома, внутричерепные зародышевые клетки, медулодендроглиома, олигодендроглиома |
| Поджелудочная железа | Рак поджелудочной железы (все гистологические исследования), протоковая аденокарцинома поджелудочной железы, нейроэндокринные опухоли поджелудочной железы, неопластические кисты поджелудочной железы |
| Толстой кишки и прямой кишки | колоректальная аденокарцинома |
| Тонкая кишка | Ампулярная аденокарцинома, аденокарцинома двенадцатиперстной кишки, нейроэндокринная опухоль |
| Гепатобилиарный | Пан-печень, гепатоцеллюлярная карцинома, холангиокарцинома, рак желчных путей, карцинома желчного пузыря |
| Желудок | Аденокарцинома желудка, диффузная аденокарцинома желудка, муцинозный рак желудка |
| Легкое | Мелкоклеточный рак легкого, рак легкого (все гистологии), аденокарцинома легкого, плоскоклеточный рак легкого, немелкоклеточный рак легкого |
| Голова и шея | Плоскоклеточный рак головы и шеи, карцинома носоглотки, амелобластома, плоскоклеточный рак полости рта, аденокарцинома слюнных желез |
| Предстательная железа | Рак простаты |
| Мягких тканей | Ангиосаркома, саркома мягких тканей, рабдомиосаркома |
| Матка | Рак эндометрия, карциносаркома матки, серозный рак эндометрия, лейомиома, светлоклеточный рак эндометрия |
| Периферическая нервная система | Нейробластома, злокачественная опухоль оболочки периферических нервов |
| Тимус | Карцинома тимуса |
| Кожа | Меланома, меланома слизистой оболочки, десмопластическая меланома, базальноклеточный рак кожи |
| Почка | Светлоклеточный рак почек, рак почек (все гистологии), непрозрачный рак почек, папиллярная почечно-клеточная карцинома, рабдоидная опухоль, хромофобная почечно-клеточная карцинома, почечная ангиомиолипома |
| Надпочечник | Адренокортикальная аденома, адренокортикальная карцинома, феохромоцитома, параганглиома |
| Пищевод | Плоскоклеточная карцинома пищевода, аденокарцинома пищевода, пищевода (плоскоклеточная и аденокарцинома) |
| Кость | Остеосаркома, саркома Юинга, хондросаркома, хондромиксоидная фиброма, хондробластома, гигантоклеточная опухоль кости |
| Паращитовидная железа | Карцинома паращитовидной железы |
| Яичник | Рак яичников, серозная карцинома яичников, светлоклеточная карцинома яичников, мелкоклеточная карцинома яичников |
| Пенис | Плоскоклеточный рак полового члена |
| Щитовидная железа | Папиллярный рак щитовидной железы, анапластическая карцинома щитовидной железы |
| Шейка матки | Рак шейки матки (все гистологии) |
| Яички | Рак половых клеток яичка |
| Сетчатка | Ретинобластома |
| Плевры | Злокачественная мезотелиома плевры |
| Увеа | Меланома |
| Сосудистая система | Сосудистый рак |
Свойства системного уровня
Свойства системного уровня - это свойства генов, не зависящие от функции гена человека.[5]. Некоторые из этих свойств можно использовать, чтобы отличить гены рака от остальных генов человека.[1][6]. NCG сообщает о следующих свойствах системного уровня:
- Дублируемость: то есть наличие дополнительных геномных последовательностей, соответствующих как минимум 60% последовательности гена[7].
- Эволюционный облик: наличие или отсутствие ортолог гены в семи ветвях древа жизни (Прокариоты, Эукариоты, Опистоконц, Metazoans, Позвоночные, Млекопитающие, Приматы )
- Белковые взаимодействия: список всех белков человека, взаимодействующих с основным белком, кодируемым представляющим интерес геном, и количество комплексы это часть.
- взаимодействия микроРНК-ген: список экспериментально подтвержденных взаимодействий между интересующим геном и микроРНК человека.
- Функциональные свойства: список функциональных классов интересующего гена.
- Экспрессия генов и экспрессия белков: Список нормальных тканей и линий раковых клеток, в которых экспрессируется интересующий ген.
- Сущность: список линии клеток человека в котором ген оказался важным.
Предыдущие версии
Рекомендации
- ^ а б Репана, Димитра; Нульсен, Джоэл; Дресслер, Лиза; Бортоломеацци, Микеле; Венката, Сантилата Куппили; Турма, Айкатерини; Яколева, Анна; Пальмиери, Томмазо; Чиккарелли, Франческа Д. (01.12.2018). «Сеть онкологических генов (NCG): исчерпывающий каталог известных генов рака и генов-кандидатов по результатам скринингового секвенирования рака». bioRxiv: 389858. Дои:10.1101/389858.
- ^ Kinzler, Kenneth W .; Диас, Луис А .; Чжоу, Шибин; Велкулеску, Виктор Э .; Пападопулос, Николас; Фогельштейн, Берт (29 марта 2013 г.). "Пейзажи генома рака". Наука. 339 (6127): 1546–1558. Bibcode:2013Научный ... 339.1546V. Дои:10.1126 / наука.1235122. ISSN 1095-9203. ЧВК 3749880. PMID 23539594.
- ^ Лоуренс, Майкл С. (11 июля 2013 г.). «Мутационная гетерогенность рака и поиск новых генов, связанных с раком». Природа. 499 (7457): 214–218. Bibcode:2013Натура.499..214л. Дои:10.1038 / природа12213. ЧВК 3919509. PMID 23770567.
- ^ Бейли, Мэтью Н .; Токхейм, Коллин; Порта-Пардо, Эдуард; Сенгупта, Сохини; Бертран, Дени; Вирасингхе, Амила; Колаприко, Антонио; Wendl, Michael C .; Ким, Джэгил (2018). «Комплексная характеристика генов-драйверов рака и мутаций». Клетка. 174 (4): 1034–1035. Дои:10.1016 / j.cell.2018.07.034. ISSN 0092-8674. PMID 30096302.
- ^ Чиккарелли, Франческа Д. (11.06.2010). «Эволюция генетики рака». BMC Биология. 8 (1): 74. Дои:10.1186/1741-7007-8-74. ISSN 1741-7007. ЧВК 2883958. PMID 20594288.
- ^ Д'Антонио, Маттео; Чиккарелли, Франческа Д. (29 мая 2013 г.). «Комплексный анализ повторяющихся свойств генов рака для выявления новых драйверов». Геномная биология. 14 (5): R52. Дои:10.1186 / gb-2013-14-5-r52. ISSN 1474-760X. ЧВК 4054099. PMID 23718799.
- ^ Рамбальди, Давиде; Giorgi, Federico M .; Капуани, Фабрицио; Чилиберто, Андреа; Чиккарелли, Франческа Д. (2008). «Низкая дублируемость и хрупкость сети раковых генов». Тенденции в генетике. 24 (9): 427–430. Дои:10.1016 / j.tig.2008.06.003. ISSN 0168-9525. PMID 18675489.
- ^ Ан, Омер; Dall'Olio, Giovanni M .; Mourikis, Thanos P .; Чиккарелли, Франческа Д. (04.01.2016). «NCG 5.0: обновления вручную созданного хранилища генов рака и связанных свойств по результатам мутационного скрининга рака». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D992 – D999. Дои:10.1093 / нар / gkv1123. ISSN 0305-1048. ЧВК 4702816. PMID 26516186.
- ^ Ан, Омер; Пендино, Вера; Д'Антонио, Маттео; Ратти, Эмануэле; Джентилини, Марко; Чиккарелли, Франческа Д. (01.01.2014). «NCG 4.0: сеть раковых генов в эпоху массовых мутационных исследований раковых геномов». База данных. 2014: bau015. Дои:10.1093 / база данных / bau015. ЧВК 3948431. PMID 24608173.
- ^ Д'Антонио, Маттео; Пендино, Вера; Синха, Шрути; Чиккарелли, Франческа Д. (2012). «Сеть раковых генов (NCG 3.0): интеграция и анализ генетических и сетевых свойств раковых генов». Нуклеиновые кислоты Res. 40 (Выпуск базы данных): D978–83. Дои:10.1093 / нар / gkr952. ЧВК 3245144. PMID 22080562.
- ^ Сайед, Аднан С .; Д'Антонио, Маттео; Чиккарелли, Франческа Д. (2010). «Network of Cancer Genes: веб-ресурс для анализа дублируемости, ортологии и сетевых свойств генов рака». Нуклеиновые кислоты Res. 38 (Выпуск базы данных): D670–5. Дои:10.1093 / нар / gkp957. ЧВК 2808873. PMID 19906700.
внешняя ссылка
- NCG6.0: http://ncg.kcl.ac.uk
- NCG5.0: http://ncg.kcl.ac.uk/ncg5/
- NCG4.0: http://ncg.kcl.ac.uk/ncg4/