Orac (программа MD) - Orac (MD program)

Эта статья о молекулярная динамика программа. Для получения дополнительных значений слова Орак, видеть ORAC.
Орак
Оригинальный автор (ы)Массимо Марчи, Пьеро Прокаччи
Разработчики)CEA, Сакле, Париж, Франция; Флорентийский университет, IT
изначальный выпуск1990; 30 лет назад (1990)
Стабильный выпуск
5.4.1 / 2010; 10 лет назад (2010)
Предварительный выпуск
6.0 / 2016; 4 года назад (2016)
Написано вФортран
Операционная системаUnix, Linux
ПлатформаIA-32, x86-64, NUMA
Доступно ванглийский
ТипМолекулярная динамика
ЛицензияGPL
Интернет сайтwww.chim.unifi.Это/ orac

В компьютере программного обеспечения, Орак это классический молекулярная динамика программа для моделирования сложных молекулярных систем на атомистическом уровне. В 1989-1990 годах код был написан Массимо Марчи во время его пребывания в International Business Machines (IBM ), Кингстон (США). В 1995 году код был доработан в Европейский центр расчета атомной энергии и молекул (CECAM). Написан на языке программирования Фортран. В 1997 году он был выпущен под Стандартная общественная лицензия GNU (GPL).[1] Последний выпуск [2] Orac можно запускать параллельно, используя стандартный Интерфейс передачи сообщений (MPI) библиотеки, позволяющие обмен репликами симуляторы, пешеходы метадинамика[3] моделирование и многоуправляемая молекулярная динамика[4] неравновесные траектории.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Procacci, P .; Darden, T.A .; Paci, E .; Марчи, М. (1997). «ORAC: программа молекулярной динамики для моделирования сложных молекулярных систем с реалистичными электростатическими взаимодействиями». Журнал вычислительной химии. 18 (15): 1848–1862. CiteSeerX  10.1.1.554.895. Дои:10.1002 / (SICI) 1096-987X (19971130) 18:15 <1848 :: AID-JCC2> 3.0.CO; 2-O.
  2. ^ Марсили, С .; Синьорини, Г.Ф .; Chelli, R .; Марчи, М .; Прокаччи, П. (2010). «ORAC: программа моделирования молекулярной динамики для исследования поверхностей свободной энергии в биомолекулярных системах на атомистическом уровне». Журнал вычислительной химии. 31 (5): 1106–1116. Дои:10.1002 / jcc.21388. PMID  19824035.
  3. ^ Laio, A .; Гервасио, Ф. Л. (2008). «Метадинамика: метод моделирования редких событий и восстановления свободной энергии в биофизике, химии и материаловедении». Отчеты о достижениях физики. 71 (12): 126601. Bibcode:2008RPPh ... 71l6601L. Дои:10.1088/0034-4885/71/12/126601.
  4. ^ Isralewitz, B .; Gao, M .; Шультен, К. (2001). «Управляемая молекулярная динамика и механические функции белков». Текущее мнение в структурной биологии. 11 (2): 224–230. Дои:10.1016 / S0959-440X (00) 00194-9. PMID  11297932.

внешняя ссылка