PAR-CLIP - PAR-CLIP

PAR-CLIP [1] (сшивание и иммунопреципитация, усиленные фотоактивируемыми рибонуклеозидами) это биохимический метод определения сайтов связывания клеточного РНК-связывающие белки (ОДП) и микроРНК -содержащие рибонуклеопротеидные комплексы (miRNP). Метод основан на включении рибонуклеозид аналоги, которые фотореактивный, такие как 4-тиуридин (4-SU) и 6-тиогуанозин (6-SG), в возникающие транскрипты РНК живыми клетками. Облучение клеток ультрафиолетовый свет 365 нм длина волны побуждает эффективные сшивание фотореактивного нуклеозида -маркированный клеточные РНК к взаимодействующим RBP. Иммунопреципитация интересующего RBP следует за выделением сшитой и коиммунопреципитированной РНК. Изолированная РНК превращается в кДНК библиотека и глубоко упорядоченный с помощью секвенирование следующего поколения технологии.[1][2]

Недавно, PAR-CLIP были применены для определения сайтов связывания транскриптома нескольких известных RBP и микроРНК-содержащих рибонуклеопротеидных комплексов с высоким разрешением.[1][3][4][5]

Подобные методы

  • CLIP-Seq, аналогичный метод определения сайтов связывания клеточных РНК-связывающих белков (RBP) [6] или сайты модификации РНК [7] использование УФ-света для сшивания РНК с RBP без включения фотоактивируемых групп в РНК.

Рекомендации

  1. ^ а б c Хафнер М., Ландталер М., Бургер Л., Хоршид М., Хауссер Дж., Бернингер П., Ротбаллер А., Аскано М. мл., Юнгкамп А.С., Мюншауэр М., Ульрих А., Уордл Г.С., Дьюэлл С., Заволан М., Тушл Т. (2010). «Идентификация по всему транскриптому РНК-связывающего белка и сайтов-мишеней микроРНК с помощью PAR-CLIP». Клетка. 141 (1): 129–141. Дои:10.1016 / j.cell.2010.03.009. ЧВК  2861495. PMID  20371350.
  2. ^ Hafner, M .; Landthaler, M .; Burger, L .; Хоршид, М .; Hausser, J .; Berninger, P .; Rothballer, A .; Аскано, М .; Jungkamp, ​​A.C .; Munschauer, M .; Ульрих, А .; Wardle, G. S .; Dewell, S .; Заволан, М .; Тушл, Т. (2010). "PAR-CliP - метод определения участков связывания РНК-связывающих белков в масштабе транскриптома". Журнал визуализированных экспериментов (41). Дои:10.3791/2034. ЧВК  3156069. PMID  20644507.
  3. ^ Ян Дж.Х., Ли Дж.Х., Шао П, Чжоу Х., Чен YQ, Цюй Л.Х. (2011). «starBase: база данных для изучения карт взаимодействия микроРНК-мРНК из данных Argonaute CLIP-Seq и Degradome-Seq». Нуклеиновые кислоты Res. 39 (Проблема с базой данных): D202 – D209. Дои:10.1093 / nar / gkq1056. ЧВК  3013664. PMID  21037263.
  4. ^ Скальски Р.Л., Коркоран Д.Л., Готвейн Э., Франк К.Л., Канг Д., Хафнер М., Нусбаум Д.Д., Фидерл Р., Делеклюз Г.Дж., Люфтиг М.А., Тушл Т., Олер Ю., Каллен Б.Р. (2012). «Таргетом вирусной и клеточной микроРНК в линиях лимфобластоидных клеток». PLoS Патогены. 8 (1): e1002484. Дои:10.1371 / journal.ppat.1002484. ЧВК  3266933. PMID  22291592.
  5. ^ Готтвейн Э., Коркоран Д.Л., Мукерджи Н., Скальски Р.Л., Хафнер М., Нусбаум Д.Д., Шамулайлатпам П., Лав С.Л., Дэйв С.С., Тушл Т., Олер Ю., Каллен Б.Р. (2011). «Таргетом вирусной микроРНК в линиях клеток первичной эффузионной лимфомы, инфицированных KSHV». Клеточный хозяин и микроб. 10 (5): 515–526. Дои:10.1016 / j.chom.2011.09.012. ЧВК  3222872. PMID  22100165.
  6. ^ Licatalosi DD, Mele A, Fak JJ, Ule J, Kayikci M, Chi SW, Clark TA, Schweitzer AC, Blume JE, Wang X, Darnell JC, Darnell RB (ноябрь 2008 г.). «HITS-CLIP позволяет глубже понять процессинг альтернативной РНК мозга». Природа. 456 (7221): 464–9. Дои:10.1038 / природа07488. ЧВК  2597294. PMID  18978773.
  7. ^ Ke, S; Alemu, EA; Мертенс, К; Гантман, ЕС; Fak, JJ; Мел, А; Харипал, Б; Цукер-Шарфф, я; Мур, MJ; Парк, CY; Vågbø, CB; Kusnierczyk, A; Клунгланд, А; Дарнелл, Дж. Э .; Дарнелл, РБ (24 сентября 2015 г.). «Большинство остатков m6A находятся в последних экзонах, что делает возможной регуляцию 3'-UTR». Гены и развитие. 29 (19): 2037–53. Дои:10.1101 / gad.269415.115. ЧВК  4604345. PMID  26404942.

внешняя ссылка

  • база данных starBase: расшифровка miRNA-mRNA, miRNA-днРНК, miRNA-sncRNA, miRNA-circRNA, miRNA-псевдоген, белок-днРНК, белок-нкРНК взаимодействия и цРНК сети из PAR-CLIP(CLIP-Seq, ХИТС-КЛИП,iCLIP) данные и TargetScan[1], PicTar, RNA22, miRanda и PITA сайты-мишени микроРНК.
  • База данных BIMSB doRiNA: база данных для изучения взаимодействий белок-РНК, микроРНК-мишень от PAR-CLIP,CLIP-Seq, ХИТС-КЛИП,iCLIP данные и предсказания целевого сайта микроРНК PICTAR.
  • miRTarCLIP: Вычислительный подход к идентификации взаимодействия микроРНК с мишенью с использованием высокой пропускной способности ЗАЖИМ и PAR-CLIP последовательность действий.
  • dCLIP: dCLIP - это программа на Perl для обнаружения областей дифференциального связывания в двух сравнительных экспериментах с CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP или iCLIP).
  • PARalyzer: PARalyzer - это алгоритм, который создает карту с высоким разрешением сайтов взаимодействия между РНК-связывающими белками и их мишенями. Алгоритм использует чтение глубокого секвенирования, полученное в экспериментах PAR-CLIP.
  1. ^ Агарвал, Викрам; Белл, Джордж В .; Нам, Джин-Ву; Бартель, Дэвид П. (2015-08-12). «Предсказание эффективных сайтов-мишеней микроРНК в мРНК млекопитающих». eLife. 4: e05005. Дои:10.7554 / eLife.05005. ISSN  2050-084X. ЧВК  4532895. PMID  26267216.