Разрешение по доверенности - Resolution by Proxy
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Вычисляет разрешение конструкции только с использованием координатных данных |
| Связаться с нами | |
| Исследовательский центр | Университет Альберты |
| Лаборатория | Д-р Дэвид Вишарт |
| Основное цитирование | [1] |
| Доступ | |
| Формат данных | Ввод данных: Координаты рентгеновского излучения или ЯМР (формат PDB); Вывод данных: Расчетное разрешение в Ангстремах |
| Интернет сайт | http://www.resprox.ca; http://www.resprox.ca/download.html |
| Разное | |
| Выпуск данных частота | Каждые 1-2 года с периодическими исправлениями и обновлениями |
| Политика курирования | Курируется вручную |
Разрешение по доверенности (ResProx) - это метод оценки эквивалента Рентгеновский разрешение ЯМР -производные белковые структуры. ResProx рассчитывает разрешение от координировать данные, а не из электронной плотности или других экспериментальных входов. Это позволяет рассчитать разрешающую способность конструкции независимо от того, как она была решена (Рентгеновский, ЯМР, ЭМ, моделирование, ab initio предсказание ). ResProx был первоначально разработан, чтобы служить простой оценкой с использованием одного числа, которая позволяет напрямую сравнивать качество / разрешение Рентгеновский структуры и качество данного ЯМР структура. Однако его также можно использовать для оценки надежности экспериментально сообщенных данных. Рентгеновский разрешение структуры, чтобы оценить белковые структуры решается нетрадиционными или гибридными средствами и для выявления мошеннических структур, хранящихся в PDB.[1] ResProx включает в себя более 25 различных структурных особенностей для определения единого значения разрешения. Значения ResProx указываются в Ангстремах. Тесты на тысячах Рентгеновский структуры показывают, что значения ResProx очень близко соответствуют значениям разрешения, сообщаемым Рентгеновский кристаллографы.[1] Значения разрешения по доверенности могут быть рассчитаны для вновь определенных белковые структуры используя свободно доступный веб-сервер ResProx.[1] Этот сервер принимает белок координировать данные (в PDB формат) и генерирует оценку разрешения (в Ангстремах) для этой входной структуры.
Предпосылки и обоснование
В Рентгеновская кристаллография, разрешение - это мера разрешимости или точности карты электронной плотности молекулы. Разрешение обычно указывается в Ангстремах (10–10 метров) для Рентгеновский кристаллические структуры. Чем меньше число, тем лучше степень атомарного разрешения. В белке Рентгеновская кристаллография наилучшее обычно достижимое разрешение составляет около 1 ангстрем. Этот уровень разрешения позволяет индивидуально атомы водорода визуализироваться и тяжелые атомы (C, О, N ) для очень точного отображения. Наиболее белковые структуры решаемые сегодня имеют разрешение от 1,5 до 2,5 Ангстрем, что означает атомы водорода не видны, и есть некоторая неопределенность в точном местонахождении тяжелых атомов. Белковые структуры с разрешением> 2,5 Ангстрем обычно имеют ряд координировать неточности, а также другие структурные проблемы. Когда разрешение превышает 3,5 ангстрем, часто возникает значительная неопределенность как в расположении атомов, так и даже в идентичности отдельных аминокислотных остатков. Другими словами, разрешение обратно коррелирует с качеством структуры (т.е. более высокие числа означают более плохие структуры). Эта тенденция в структура белка качество для Рентгеновский разрешение очень близко к наблюдаемой тенденции качество ЯМР -определенный белковые структуры. Немного ЯМР структуры имеют большое количество ограничений (NOE, водородные связи, J-связи, диполярные связи), отличную геометрию, высокое качество структуры и очень плотные ансамбли с превосходной атомарной точностью (RMSD <1 Ангстрема). Другой ЯМР конструкции имеют очень мало ограничений, плохую геометрию или низкое качество конструкции и очень рыхлые ансамбли (RMSD > 3 Ангстремов). Однако нет простого сопоставления между ЯМР RMSD ценности и Рентгеновский значения разрешения. То есть ЯМР ансамбль с 1 Ангстрем RMSD не соответствует по качеству или точности Рентгеновский структура с разрешением 1 Ангстрем. Это потому, что RMSD мера - это функция как количества структур, используемых в ансамбле, так и предвзятости выбора спектроскопа, который вносит структурный ансамбль. Точно так же в ЯМР можно производить качественные, точно определенные белковые структуры с использованием относительно небольшого количества хорошо подобранных ограничений. Также возможно создание очень низкого качества ЯМР структуры из большого количества небрежно оцененных, ошибочных или неправильно назначенных ограничений.
За последние 20 лет было предложено несколько методов расчета «эквивалентного разрешения» с использованием только Рентгеновский координировать данные (а не Рентгеновский дифракционные данные). Некоторые были разработаны специально для оценки ЯМР структуры, такие как Procheck-NMR [2] в то время как другие были предназначены больше для оценки качества структуры и проверки Рентгеновский такие конструкции, как MolProbity,[3] и RosettaHoles2.[4] Однако эти методы основаны на относительно небольшом количестве структура белка показатели качества для прогнозирования разрешения (4, 3 и 1 показатель соответственно) и, следовательно, корреляция между наблюдаемым (рентгеновским) разрешением и прогнозируемым разрешением не очень хорошая. За счет расширения числа структурных особенностей, включая распределение торсионных углов, наличие столкновений атомов, нормальность водородных связей, количество нарушений длин связей и валентных углов, наличие полостей, объемы упаковки, характерные для остатков, упаковку КПД и потребляемую энергию можно значительно улучшить это соотношение.
Алгоритм ResProx
ResProx использует коллекцию из 25 различных структура белка функции (такие как распределение углов кручения, водородные связи, объем упаковки, полости, показатели Molprobity), которые использовались в методе регрессии опорных векторов, чтобы максимизировать корреляцию между прогнозируемым разрешением и наблюдаемым Рентгеновский разрешение на набор 2400 белковые структуры с известными Рентгеновский разрешающая способность. Точные детали алгоритма представлены в статье, опубликованной доктором Вишартом и его коллегами.[1] После обучения и соответствующей проверки на независимых наборах тестов эта модель SVR способна оценить разрешающую способность решаемых Рентгеновский конструкции с коэффициентом корреляции 0,92, средняя абсолютная ошибка 0,28 Ангстрема. Это примерно на 15-30% лучше существующих методов. Это показано на рисунке 1. Поскольку производительность метода ResProx очень высока и ему требуется только координировать данные для получения оценки эквивалентного Рентгеновский разрешение, он идеально подходит для ЯМР конструкции. Когда ЯМР структуры анализируются ResProx, среднее ЯМР структура имеет эквивалент Рентгеновский разрешение 2,8 Angstroms, что является относительно низким (рис. 2). Это согласуется с качественными наблюдениями относительно общего качества и точности ЯМР конструкции. Как видно на рисунке 2, очень небольшое число ЯМР структуры демонстрируют разрешение, эквивалентное <1,0 Ангстрем, но это редкость.
Рисунок 1. Производительность ResProx в сравнении с данными обучения и тестирования.
Рис. 2. Гистограмма эквивалентного разрешения ResProx для моделей ЯМР и экспериментального разрешения для рентгеновских структур. Из PDB случайным образом были выбраны 500 ансамблей ЯМР и 500 рентгеновских структур. Белки были сгруппированы в ячейки с разрешением 0,25 Å. Значения разрешения по оси X указывают верхний предел каждого интервала разрешения. Значения для структур ЯМР и рентгеновских структур представляют количество структур в каждом интервале разрешения.
Сервер ResProx
Веб-сервер ResProx - это свободно доступный сервер, который принимает ЯМР белок координировать данные (в PDB формат) и генерирует оценку разрешения (в ангстремах) для этого ЯМР структура. Также доступна загружаемая версия ResProx. ResProx также предоставляет список из 50834 белковых структур с PDB идентификаторы вместе с их наблюдаемым разрешением и соответствующими значениями ResProx.
использованная литература
- ^ а б c d е Берянский, М; Чжоу Дж; Liang Y; Li G; Уишарт Д.С. (июль 2012 г.). «Разрешение по доверенности: простая мера для оценки и сравнения общего качества структур белка ЯМР». J Biomol ЯМР. 53 (3): 167–80. Дои:10.1007 / s10858-012-9637-2. PMID 22678091.
- ^ Laskowski, RA; Rullmannn JA; MacArthur MW; Kaptein R; Торнтон Дж. М. (1996). «AQUA и PROCHECK-NMR: программы для проверки качества белковых структур, решенные методом ЯМР». J Biomol ЯМР. 8 (4): 477–486. Дои:10.1007 / bf00228148. PMID 9008363.
- ^ Чен В.Б., Арендалл В.Б. 3-й, Хедд Дж. Дж., Киди Д. А., Иммормино Р. М., Капрал Дж. Дж., Мюррей Л. В., Ричардсон Дж. С., Ричардсон округ Колумбия (2010). «MolProbity: проверка структуры всех атомов для кристаллографии макромолекул». Acta Crystallogr D. 66 (Пт 1): 12–21. Дои:10.1107 / S0907444909042073. ЧВК 2803126. PMID 20057044.
- ^ Шеффлер, Вт; Бейкер Д. (2010). «RosettaHoles2: мера объемной упаковки для уточнения и проверки структуры белка». Белковая наука. 19 (10): 1991–1995. Дои:10.1002 / pro.458. ЧВК 2998733. PMID 20665689.