СЕНТЯБРЬ4 - SEPTIN4

C17orf47
Идентификаторы
ПсевдонимыC17orf47, хромосома 17 открытая рамка считывания 47
Внешние идентификаторыГомолоГен: 134614 Генные карты: C17orf47
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_001038704

н / д

RefSeq (белок)

NP_001033793

н / д

Расположение (UCSC)н / дн / д
PubMed поиск[1]н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Септин 4 представляет собой белок, который у человека кодируется геном SEPTIN4.[2] Ген имеет длину 2698 пар оснований, содержит один интрон gt-ag и ориентирован на минус-цепь ДНК. Пре-мессенджер имеет 2 экзона, а предполагаемый белок имеет длину 570 аминокислот. В настоящее время нет экспериментальных структур для продукта гена SEPTIN4 с идентичностью последовательностей> 90%.

Свойства белка

Хотя предполагается, что SEPTIN4 является внутриклеточным белком, его точное местоположение неизвестно. Есть некоторая уверенность в том, что субклеточные местоположения SEPTIN4 включают цитозоль, ядро ​​и митохондрию.[3] C17orf47 содержит домен неизвестной функции DUF4655, который имеет длину, характерную для этого семейства DUF [4] В SEPTIN4 есть три предсказанных области низкой сложности. Эти области низкой сложности могут содержать термины, связанные с реакцией на стресс, которые включают гибкое связывание для определенных функций.[5] В SEPTIN4 есть три известных полиморфных SNP. Есть 6 сайтов посттрансляционная модификация подтверждается несколькими записями, согласно Phosphosite.

Ген имеет длину 2698 пар оснований, содержит один интрон gt-ag и ориентирован на минус-цепь ДНК. Пре-мессенджер имеет 2 экзона, а предполагаемый белок имеет длину 570 аминокислот. В настоящее время нет экспериментальных структур для продукта гена SEPTIN4 с идентичностью последовательностей> 90%.

Гомология

Шестьдесят восемь других организмов, в основном млекопитающие, имеют ортологи со SPETIN4.

Выражение

Существует положительная дифференциальная экспрессия мРНК и белка SEPTIN4 в нормальной ткани яичка.[6] В частности, ядрышковая экспрессия продукта гена происходит в семенных протоках семенников.[7] Хотя SEPTIN4 в настоящее время не связан с какими-либо заболеваниями, в нескольких случаях карциноидов проявлялась сильная экспрессия SEPTIN4 посредством окрашивания антителом HPA028424, предоставленным Sigma-Aldrich.[8] Полифен предсказывает, что варианты C17orf47 будут доброкачественными.[9]

Во время исследования эндоцитарной системы была обнаружена слабая, но специфическая связь с SEPTIN4 в регуляции эндоцитоза. Нокдаун SEPTIN4 вызывал снижение эндоцитоза эпидермального фактора роста, а также снижение эндоцитоза трансферрина. В другом эксперименте нокдаун SEPTIN4 приводил к снижению инфицирования клеток вирусом осповакцины.[10]

Прогнозируемая структура

C17orf47 Прогнозируемая третичная структура.jpg

Рекомендации

  1. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  2. ^ «Открытая рамка считывания 47 хромосомы 17 C17orf47 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov.
  3. ^ "Pfam: Семейство: DUF4655 (PF15548)". pfam.xfam.org. Получено 2016-02-29.
  4. ^ "KEGG T01001: 284083". www.genome.jp. Получено 2016-02-29.
  5. ^ «Расшифровка: C17orf47-001 (ENST00000321691) - Домены и функции - Homo sapiens - Браузер генома ансамбля 83». useast.ensembl.org. Получено 2016-02-29.
  6. ^ «Ген C17orf47 (кодирование белка) - хромосома 17, открытая рамка считывания 47». www.genecards.org. Получено 2016-02-29.
  7. ^ «Тканевая экспрессия C17orf47 - Резюме - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2016-02-29.
  8. ^ «Экспрессия C17orf47 при раке - Резюме - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2016-02-29.
  9. ^ Dusi S, Valletta L, Haack TB, Tsuchiya Y, Venco P, Pasqualato S, Goffrini P, Tigano M, Demchenko N, Wieland T, Schwarzmayr T, Strom TM, Invernizzi F, Garavaglia B, Gregory A, Sanford L, Hamada J , Bettencourt C, Houlden H, Chiapparini L, Zorzi G, Kurian MA, Nardocci N, Prokisch H, Hayflick S, Gout I, Tiranti V (январь 2014 г.). «Последовательность экзома выявляет мутации в КоА-синтазе как причину нейродегенерации с накоплением железа в мозге». Американский журнал генетики человека. 94 (1): 11–22. Дои:10.1016 / j.ajhg.2013.11.008. ЧВК  3882905. PMID  24360804.
  10. ^ «GenomeRNAi - база данных фенотипов и реагентов РНКи». www.genomernai.org. Получено 2016-02-29.