Посттрансляционная модификация - Post-translational modification
Посттрансляционная модификация (PTM) относится к ковалентный и вообще ферментативный модификация белки следующий биосинтез белка. Белки синтезируются рибосомы Идет перевод мРНК в полипептидные цепи, которые затем могут подвергаться ПТМ с образованием зрелого белкового продукта. ПТМ - важные компоненты в клетке сигнализация, например, когда прогормоны превращаются в гормоны.
Посттрансляционные модификации могут происходить на аминокислота боковые цепи или в протеине C- или N- Термини.[1] Они могут расширить химический репертуар стандарта 20. аминокислоты путем изменения существующего функциональная группа или представить новый, например фосфат. Фосфорилирование является очень распространенным механизмом регуляции активности ферментов и наиболее распространенной посттрансляционной модификацией.[2] Много эукариотический и прокариотические белки также имеют углевод молекулы присоединяются к ним в процессе, называемом гликозилирование, который может продвигать сворачивание белка и повысить стабильность, а также выполнять регулирующие функции. Прикрепление липид молекулы, известные как липидизация, часто нацелены на белок или часть белка, прикрепленного к клеточная мембрана.
Другие формы посттрансляционной модификации включают расщепление пептидные связи, как при обработке пропептид до зрелой формы или удаление инициатора метионин остаток. Формирование дисульфидные связи от цистеин остатки также можно назвать посттрансляционной модификацией.[3] Например, пептид гормон инсулин разрезается дважды после образования дисульфидных связей, а пропептид снимается с середины цепочки; Полученный белок состоит из двух полипептидных цепей, соединенных дисульфидными связями.
Некоторые типы посттрансляционной модификации являются следствием окислительный стресс. Карбонилирование является одним из примеров, который нацеливает модифицированный белок на деградацию и может привести к образованию агрегатов белка.[4][5] Конкретные модификации аминокислот могут использоваться в качестве биомаркеры указывает на окислительное повреждение.[6]
Сайты, которые часто подвергаются посттрансляционной модификации, - это те сайты, на которых есть функциональная группа, которая может служить нуклеофил в реакции: гидроксил группы серин, треонин, и тирозин; то амин формы лизин, аргинин, и гистидин; то тиолат анион из цистеин; то карбоксилаты из аспартат и глутамат; и N- и C-концы. Кроме того, хотя амид из аспарагин является слабым нуклеофилом, он может служить точкой присоединения для гликаны. Более редкие модификации могут происходить при окисленных метионины и в некоторых метилены в боковых цепях.[7]
Посттрансляционная модификация белков может быть экспериментально обнаружена различными методами, включая масс-спектрометрии, Восточный блоттинг, и Вестерн-блоттинг. Дополнительные методы представлены в разделах внешних ссылок.
ПТМ с добавлением функциональных групп
Добавление ферментом in vivo
Гидрофобные группы для локализации мембраны
- миристоилирование (тип ацилирование ), прикрепление миристат, а C14 насыщенная кислота
- пальмитоилирование (тип ацилирования), присоединение пальмитат, а C16 насыщенная кислота
- изопренилирование или пренилирование, добавление изопреноид группа (например, фарнезол и геранилгераниол )
- глипиация, гликозилфосфатидилинозитол (GPI) якорь образование через амидную связь с C-концевым хвостом
Кофакторы для повышения ферментативной активности
- липоилирование (тип ацилирования), присоединение липоат (C8) функциональная группа
- флавин часть (FMN или FAD ) может быть ковалентно присоединен
- гем C прикрепление через тиоэфир связи с цистеины
- фосфопантетеинилирование, добавление 4'-фосфопантетеинильного фрагмента из кофермент А, как в жирных кислотах, поликетидах, нерибосомальных пептидах и биосинтезе лейцина
- ретинилиден База Шиффа формирование
Модификации коэффициентов перевода
- дифтамид образование (на гистидине, обнаруженном в eEF2 )
- этаноламин фосфоглицерин привязанность (на глутамат, обнаруженный в eEF1α )[8]
- гипузин образование (на консервативном лизине eIF5A (эукариотический) и aIF5A (архей))
- бета-лизин добавление консервированного лизина коэффициент удлинения P (EFP) у большинства бактерий.[9] EFP является гомологом eIF5A (эукариотический) и aIF5A (архей) (см. выше).
Меньшие химические группы
- ацилирование, например О-ацилирование (сложные эфиры ), N-ацилирование (амиды ), S-ацилирование (тиоэфиры )
- ацетилирование, добавление ацетил группа, либо в N-конец [10] белка или лизин остатки.[11] Смотрите также гистон ацетилирование.[12][13] Обратное называется деацетилирование.
- формилирование
- алкилирование, добавление алкил группа, например метил, этил
- метилирование добавление метил группа, обычно в лизин или аргинин остатки. Обратное называется деметилирование.
- посредничество на C-конце. Образуется путем окислительной диссоциации C-концевого остатка Gly.[14]
- амид образование облигаций
- аминокислота дополнение
- аргинилирование, а тРНК -медиация дополнение
- полиглутамилирование, ковалентная связь глютаминовая кислота остатки на N-конце тубулина и некоторых других белков.[15] (Видеть тубулин полиглутамилаза )
- полиглицилирование, ковалентная связь от одного до более 40 глицин остатки тубулин С-концевой хвост
- аминокислота дополнение
- бутирилирование
- гамма-карбоксилирование зависит от Витамин К[16]
- гликозилирование, добавление гликозил группа либо аргинин, аспарагин, цистеин, гидроксилизин, серин, треонин, тирозин, или триптофан в результате гликопротеин. В отличие от гликирование, который рассматривается как неферментативное прикрепление сахаров.
- О-GlcNAc, добавление N-ацетилглюкозамин к остаткам серина или треонина в β-гликозидной связи
- полисиалирование, добавление полисиаловая кислота, PSA, в NCAM
- малонилирование
- гидроксилирование: добавление атома кислорода к боковой цепи остатка Pro или Lys
- йодирование: добавление атома йода к ароматическому кольцу остатка тирозина (например, в тиреоглобулин )
- добавление нуклеотидов такие как АДФ-рибозилирование
- фосфорный эфир (О-ссылка) или фосфорамидат (N-связанный) образование
- фосфорилирование, добавление фосфат группа, обычно серин, треонин, и тирозин (О-linked), или гистидин (N-ссылка)
- аденилилирование, добавление аденилил часть, обычно тирозин (О-linked), или гистидин и лизин (N-ссылка)
- уридилилирование, добавление уридилильной группы (т.е. уридинмонофосфат, UMP), обычно в тирозин
- пропионилирование
- пироглутамат формирование
- S-глутатионилирование
- S-нитрозилирование
- S-сульфенилирование (он же S-сульфенилирование), обратимое ковалентное присоединение одного атома кислорода к тиол группа цистеин остаток[17]
- S-сульфинилирование, обычно необратимое ковалентное присоединение двух атомов кислорода к тиол группа цистеин остаток[17]
- S-сульфонилирование, обычно необратимое ковалентное присоединение трех атомов кислорода к тиол группа цистеин остаток, в результате чего образуется цистеиновая кислота остаток[17]
- сукцинилирование добавление сукцинил группа в лизин
- сульфатирование, присоединение сульфатной группы к тирозин.
Неферментативные добавки in vivo
- гликирование, добавление молекулы сахара к белку без контролирующего действия фермента.
- карбамилирование Добавление Изоциановая кислота к N-концу белка или боковой цепи Lys.[18]
- карбонилирование добавление окиси углерода к другим органическим / неорганическим соединениям.
- спонтанный изопептидная связь образование, как обнаружено во многих поверхностных белках Грамположительные бактерии.[19]
Неферментативные добавки in vitro
- биотинилирование: ковалентное присоединение части биотина с использованием реагента биотинилирования, обычно с целью мечения белка.
- карбамилирование: добавление изоциановой кислоты к N-концу белка или боковой цепи остатков Lys или Cys, как правило, в результате воздействия растворов мочевины.[20]
- окисление: добавление одного или нескольких атомов кислорода к чувствительной боковой цепи, в основном из остатков Met, Trp, His или Cys. Формирование дисульфид связи между остатками Cys.
- пегилирование: ковалентное присоединение полиэтиленгликоль (PEG) с использованием пегилированного реагента, обычно к N-концу или боковым цепям остатков Lys. Пегилирование используется для повышения эффективности белковых фармацевтических препаратов.
Другие белки или пептиды
- ISGylation, ковалентный связь с ISG15 белок (ген 15, стимулированный интерфероном)[21]
- СУМОилирование, то ковалентный связь с SUMO белок (Малый модификатор, связанный с убиквитином)[22]
- убиквитинирование, то ковалентный связь с белком убиквитином.
- неддилирование, ковалентная связь с Nedd
- пупилирование, то ковалентный связь с прокариотический убиквитиноподобный белок
Химическая модификация аминокислот
- цитруллинирование, или устранение, преобразование аргинин к цитруллин [23]
- дезамидирование, преобразование глутамин к глютаминовая кислота или аспарагин к аспарагиновая кислота
- устранение, преобразование в алкен от бета-устранение из фосфотреонин и фосфосерин, или обезвоживание из треонин и серин [24]
Структурные изменения
- дисульфидные мостики, ковалентная связь двух цистеин аминокислоты
- протеолитическое расщепление, расщепление белка по пептидной связи
- изоаспартат образование за счет циклизации аминокислотных остатков аспарагина или аспарагиновой кислоты
- рацемизация
- из серин от протеин-сериновая эпимераза
- из аланин в дерморфин, лягушка опиоидный пептид
- из метионин в дельторфин, а также опиоидный пептид лягушки
- сплайсинг белков, самокаталитическое удаление интеины аналогично обработке мРНК
Статистика
Общие PTM по частоте
В 2011 году статистические данные каждой посттрансляционной модификации, обнаруженной экспериментально и предположительно, были собраны с использованием протеомной информации из базы данных Swiss-Prot.[25] 10 наиболее распространенных модификаций, обнаруженных экспериментально, были следующими:[26]
Частота | Модификация |
---|---|
58383 | Фосфорилирование |
6751 | Ацетилирование |
5526 | N-связанное гликозилирование |
2844 | Амидация |
1619 | Гидроксилирование |
1523 | Метилирование |
1133 | О-связанное гликозилирование |
878 | Убиквитилирование |
826 | Пирролидонкарбоновая кислота |
504 | Сульфатирование |
Общие ПТМ по остатку
Некоторые общие посттрансляционные модификации конкретных аминокислотных остатков показаны ниже. Если не указано иное, модификации происходят в боковой цепи.
Базы данных и инструменты
Последовательности белков содержат мотивы последовательностей, которые распознаются модифицирующими ферментами и которые могут быть задокументированы или предсказаны в базах данных PTM. Поскольку обнаруживается большое количество различных модификаций, существует необходимость документировать такую информацию в базах данных. Информацию PTM можно собрать экспериментальным путем или спрогнозировать на основе высококачественных данных, собранных вручную. Были созданы многочисленные базы данных, часто с акцентом на определенные таксономические группы (например, человеческие белки) или другие особенности.
Список ресурсов
- PhosphoSitePlus[28] - База данных исчерпывающей информации и инструментов для изучения посттрансляционной модификации белков млекопитающих.
- ProteomeScout[29] - База данных белков и посттрансляционных модификаций экспериментально
- Справочная база данных белков человека[29] - База данных для различных модификаций и понимания различных белков, их классов и функций / процессов, связанных с белками, вызывающими заболевания
- PROSITE[30] - База данных шаблонов консенсуса для многих типов PTM, включая сайты
- Информационный ресурс о белках (PIR)[31] - База данных для получения набора аннотаций и структур для PTM.
- dbPTM[27] - База данных, которая показывает различные PTM и информацию об их химических компонентах / структурах и частоте изменения сайта аминокислот.
- Uniprot содержит информацию PTM, хотя она может быть менее полной, чем в более специализированных базах данных.
инструменты
Список программ для визуализации белков и их ПТМ
- PyMOL[33] - ввести набор общих PTM в модели белков
- КЛАССНО[34] - Интерактивный инструмент, позволяющий увидеть роль однонуклеотидных полиморфизмов в PTM
- Химера [35] - Интерактивная база данных для визуализации молекул
Примеры кейсов
- Расщепление и образование дисульфидные мостики во время производства инсулин
- ПТМ гистоны как регулирование транскрипция: Контроль РНК-полимеразы структурой хроматина
- ПТМ РНК-полимераза II как регуляция транскрипции
- Расщепление полипептидных цепей имеет решающее значение для специфичности лектина[36]
Зависимость
Основная черта зависимости - ее стойкость. Аддиктивный фенотип может сохраняться на протяжении всей жизни, при этом тяга к наркотикам и рецидивы возникают даже после десятилетий воздержания.[37] Посттрансляционные модификации, состоящие из эпигенетический изменения гистон белковые хвосты в определенных областях мозга, по-видимому, имеют решающее значение для молекулярной основы пристрастия.[37][38][39] Как только происходят определенные посттрансляционные эпигенетические модификации, они, по-видимому, представляют собой длительные «молекулярные шрамы», которые могут объяснять сохранение зависимостей.[37][40]
Сигарета курильщики (около 21% населения США в 2013 г.)[41]) обычно увлекаются никотин.[42] После 7 дней никотиновой обработки мышей посттрансляционные модификации, состоящие из ацетилирование обоих гистон H3 и гистон H4 был увеличен на FosB промоутер в прилежащее ядро мозга, вызывая увеличение экспрессии FosB на 61%.[43] Это также увеличивает выражение вариант сращивания Delta FosB. в прилежащее ядро мозга, Delta FosB функционирует как «устойчивый молекулярный переключатель» и «главный управляющий белок» в развитии зависимость.[44][45] Аналогичным образом, после 15 дней никотиновой обработки крыс посттрансляционная модификация, состоящая из 3-кратного увеличения ацетилирования гистона H4, происходит на промоторе рецептор дофамина D1 (DRD1) в гене префронтальная кора (PFC) крыс. Это вызвало повышенный выброс дофамина в ПФУ. связанный с вознаграждением области мозга, и такое повышенное высвобождение дофамина признано важным фактором зависимости.[46][47]
Около 7% населения США зависимы от алкоголь. У крыс, подвергавшихся воздействию алкоголя в течение 5 дней, наблюдалось усиление посттрансляционной модификации ацетилирования гистона 3, лизина 9, H3K9ac, в пронцицептин промотор в мозгу миндалина сложный. Эта ацетилирование является меткой, активирующей проноцицептин. Ноцицептин / ноцицептин опиоидный рецептор Система участвует в усиливающих или кондиционирующих эффектах алкоголя.[48]
Кокаиновая зависимость встречается примерно у 0,5% населения США. Повторяется кокаин введение мышам вызывает посттрансляционные модификации, включая гиперацетилирование гистон 3 (H3) или гистон 4 (H4) 1696 генов в одной области вознаграждения мозга [ прилежащее ядро ] и деацетилирование по 206 генам.[49][50] По крайней мере 45 генов, как было показано в предыдущих исследованиях, усиленный в прилежащее ядро мышей после хронического воздействия кокаина, как было обнаружено, связаны с посттрансляционным гиперацетилированием гистона H3 или гистона H4. Многие из этих отдельных генов напрямую связаны с аспектами зависимости, связанной с воздействием кокаина.[50][51]
В 2013 году 22,7 миллиона человек в возрасте от 12 лет и старше в США нуждались в лечении от проблемы употребления запрещенных наркотиков или алкоголя (8,6 процента лиц в возрасте от 12 лет).[41]
Смотрите также
использованная литература
- ^ Пратт, Дональд Воет; Джудит Г. Воет; Шарлотта В. (2006). Основы биохимии: жизнь на молекулярном уровне (2-е изд.). Хобокен, Нью-Джерси: Уайли. ISBN 978-0-471-21495-3.
- ^ Хури Г.А., Балибан РК, Floudas CA (Сентябрь 2011 г.). «Статистика посттрансляционных модификаций в масштабе протеома: частотный анализ и курирование базы данных swiss-prot». Научные отчеты. 1: 90. Bibcode:2011НатСР ... 1E..90K. Дои:10.1038 / srep00090. ЧВК 3201773. PMID 22034591.
- ^ Лодиш Х., Берк А., Зипурский С.Л. и др. (2000). «17.6, Посттрансляционные модификации и контроль качества в грубой ER». Молекулярная клеточная биология (4-е изд.). Нью-Йорк: У. Х. Фриман. ISBN 978-0-7167-3136-8.
- ^ Далле-Донн I, Альдини Дж., Карини М., Коломбо Р., Росси Р., Милзани А. (2006). «Карбонилирование белков, клеточная дисфункция и прогрессирование заболевания». Журнал клеточной и молекулярной медицины. 10 (2): 389–406. Дои:10.1111 / j.1582-4934.2006.tb00407.x. ЧВК 3933129. PMID 16796807.
- ^ Гримсруд П.А., Се Х., Гриффин Т.Дж., Бернлор Д.А. (август 2008 г.). «Окислительный стресс и ковалентная модификация белка биоактивными альдегидами». Журнал биологической химии. 283 (32): 21837–41. Дои:10.1074 / jbc.R700019200. ЧВК 2494933. PMID 18445586.
- ^ Джанацца Э, Кроуфорд Дж, Миллер И. (июль 2007 г.). «Обнаружение окислительных посттрансляционных модификаций в белках». Аминокислоты. 33 (1): 51–6. Дои:10.1007 / s00726-006-0410-2. PMID 17021655.
- ^ Уолш, Кристофер Т. (2006). Посттрансляционная модификация белков: расширение запасов природы. Энглвуд: Робертс и Ко. Publ. ISBN 9780974707730. :12–14
- ^ Whiteheart SW, Shenbagamurthi P, Chen L., Cotter RJ, Hart GW и др. (Август 1989 г.). «Мышиный фактор элонгации 1 альфа (EF-1 альфа) посттрансляционно модифицирован новыми амидно-связанными этаноламин-фосфоглицериновыми фрагментами. Добавление этаноламин-фосфоглицерина к специфическим остаткам глутаминовой кислоты на EF-1 альфа». Журнал биологической химии. 264 (24): 14334–41. PMID 2569467.
- ^ Рой Х., Зу С.Б., Буллвинкл Т.Дж., Вулф Б.С., Гилрит М.С., Форсайт С.Дж., Наварра, WW, Ибба М. (август 2011 г.). «Паралог тРНК-синтетазы PoxA модифицирует фактор элонгации-P с помощью (R) -β-лизина». Природа Химическая Биология. 7 (10): 667–9. Дои:10.1038 / nchembio.632. ЧВК 3177975. PMID 21841797.
- ^ Полевода Б, Шерман Ф (январь 2003 г.). «N-концевые ацетилтрансферазы и требования к последовательности для N-концевого ацетилирования эукариотических белков». Журнал молекулярной биологии. 325 (4): 595–622. Дои:10.1016 / S0022-2836 (02) 01269-X. PMID 12507466.
- ^ Ян XJ, Сето Э. (август 2008 г.). «Ацетилирование лизина: кодифицированное перекрестное взаимодействие с другими посттрансляционными модификациями». Молекулярная клетка. 31 (4): 449–61. Дои:10.1016 / j.molcel.2008.07.002. ЧВК 2551738. PMID 18722172.
- ^ Бартова Э., Крейчи Дж., Харникарова А., Галиова Г., Козубек С. (август 2008 г.). «Модификации гистонов и ядерная архитектура: обзор». Журнал гистохимии и цитохимии. 56 (8): 711–21. Дои:10.1369 / jhc.2008.951251. ЧВК 2443610. PMID 18474937.
- ^ Глозак М.А., Сенгупта Н., Чжан Х, Сето Э. (декабрь 2005 г.). «Ацетилирование и деацетилирование негистоновых белков». Ген. 363: 15–23. Дои:10.1016 / j.gene.2005.09.010. PMID 16289629.
- ^ Брэдбери А.Ф., Смит Д.Г. (март 1991 г.). «Амидирование пептидов». Тенденции в биохимических науках. 16 (3): 112–5. Дои:10.1016 / 0968-0004 (91) 90044-в. PMID 2057999.
- ^ Эдде Б., Россье Дж., Ле Каер Дж. П., Десбрюйер Э, Гро Ф, Денуле П. (январь 1990 г.). «Посттрансляционное глутамилирование альфа-тубулина». Наука. 247 (4938): 83–5. Bibcode:1990 Наука ... 247 ... 83E. Дои:10.1126 / наука.1967194. PMID 1967194.
- ^ Уокер С.С., Шетти Р.П., Кларк К., Казуко С.Г., Летсо А., Оливер Б.М., Бандйопадхьяй П.К. и др. (Март 2001 г.). «О потенциальной глобальной роли витамин К-зависимого гамма-карбоксилирования в системах животных. Доказательства гамма-глутамилкарбоксилазы у Drosophila». Журнал биологической химии. 276 (11): 7769–74. Дои:10.1074 / jbc.M009576200. PMID 11110799.
- ^ а б c Chung HS, et al. (Январь 2013). «Окислительные посттрансляционные модификации цистеина: новая регуляция сердечно-сосудистой системы». Циркуляционные исследования. 112 (2): 382–92. Дои:10.1161 / CIRCRESAHA.112.268680. ЧВК 4340704. PMID 23329793.
- ^ Jaisson S, Pietrement C, Gillery P (ноябрь 2011 г.). «Продукты на основе карбамилирования: биоактивные соединения и потенциальные биомаркеры хронической почечной недостаточности и атеросклероза». Клиническая химия. 57 (11): 1499–505. Дои:10.1373 / Clinchem.2011.163188. PMID 21768218.
- ^ Канг Х. Дж., Бейкер EN (апрель 2011 г.). «Внутримолекулярные изопептидные связи: сшивки белков, созданные для стресса?». Тенденции в биохимических науках. 36 (4): 229–37. Дои:10.1016 / j.tibs.2010.09.007. PMID 21055949.
- ^ Старк Г.Р., Штейн WH, Мур X (1960). «Реакции цианата, присутствующего в водной мочевине, с аминокислотами и белками». J Biol Chem. 235 (11): 3177–3181.
- ^ Малахова О.А., Ян М., Малахов М.П., Юань Ю., Ричи К.Дж., Ким К.И., Петерсон Л.Ф., Шуай К., Чжан Д.Э. (февраль 2003 г.). «ISGylation белка модулирует путь передачи сигнала JAK-STAT». Гены и развитие. 17 (4): 455–60. Дои:10.1101 / gad.1056303. ЧВК 195994. PMID 12600939.
- ^ Ван Г. Уилсон (ред.) (2004). Сумоилирование: молекулярная биология и биохимия В архиве 2005-02-09 в Wayback Machine. Horizon Bioscience. ISBN 0-9545232-8-8.
- ^ Клареског Л., Рённелид Дж., Лундберг К., Падюков Л., Альфредссон Л. (2008). «Иммунитет к цитруллинированным белкам при ревматоидном артрите». Ежегодный обзор иммунологии. 26: 651–75. Дои:10.1146 / annurev.immunol.26.021607.090244. PMID 18173373.
- ^ Бреннан Д.Ф., Барфорд Д. (март 2009 г.). «Элиминилирование: посттрансляционная модификация, катализируемая фосфотреонинлиазами». Тенденции в биохимических науках. 34 (3): 108–14. Дои:10.1016 / j.tibs.2008.11.005. PMID 19233656.
- ^ Хури Г.А., Балибан Р.С., Флоудас Калифорния (сентябрь 2011 г.). «Статистика посттрансляционных модификаций в масштабе протеома: частотный анализ и курирование базы данных swiss-prot». Научные отчеты. 1 (90): 90. Bibcode:2011НатСР ... 1E..90K. Дои:10.1038 / srep00090. ЧВК 3201773. PMID 22034591.
- ^ «Статистика посттрансляционной модификации протеома». selene.princeton.edu. Архивировано из оригинал на 2012-08-30. Получено 2011-07-22.
- ^ а б Ли Т.Ю., Хуан HD, Хунг Дж.Х., Хуанг Х.Й., Ян Ю.С., Ван Т.Х. (январь 2006 г.). «dbPTM: хранилище информации о посттрансляционной модификации белков». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с базой данных): D622-7. Дои:10.1093 / nar / gkj083. ЧВК 1347446. PMID 16381945.
- ^ Хорнбек П.В., Чжан Б., Мюррей Б., Корнхаузер Дж. М., Латам В., Скржипек Э. (январь 2015 г.). «PhosphoSitePlus, 2014: мутации, ПТМ и перекалибровки». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Проблема с базой данных): D512-20. Дои:10.1093 / нар / gku1267. ЧВК 4383998. PMID 25514926.
- ^ а б Гоэль Р., Харша ХК, Панди А, Прасад Т.С. (февраль 2012 г.). "Справочная база данных по белкам человека и Human Proteinpedia как ресурсы для анализа фосфопротеома". Молекулярные биосистемы. 8 (2): 453–63. Дои:10.1039 / c1mb05340j. ЧВК 3804167. PMID 22159132.
- ^ Сигрист CJ, Cerutti L, de Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Bulliard V, Bairoch A, Hulo N (январь 2010 г.). "PROSITE, база данных белковых доменов для функциональной характеристики и аннотации". Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с базой данных): D161-6. Дои:10.1093 / нар / gkp885. ЧВК 2808866. PMID 19858104.
- ^ Garavelli JS (январь 2003 г.). "База данных о модификациях белков RESID: разработки 2003 г.". Исследования нуклеиновых кислот. 31 (1): 499–501. Дои:10.1093 / нар / gkg038. ЧВК 165485. PMID 12520062.
- ^ Audagnotto M, Dal Peraro M (31 марта 2017 г.). «Инструменты прогнозирования in silico и молекулярное моделирование». Журнал вычислительной и структурной биотехнологии. 15: 307–319. Дои:10.1016 / j.csbj.2017.03.004. ЧВК 5397102. PMID 28458782.
- ^ Варнеке А., Сандалова Т., Ачур А., Харрис Р.А. (ноябрь 2014 г.). «PyTMs: полезный плагин PyMOL для моделирования распространенных посттрансляционных модификаций». BMC Bioinformatics. 15 (1): 370. Дои:10.1186 / s12859-014-0370-6. ЧВК 4256751. PMID 25431162.
- ^ Ян И, Пэн X, Ин П, Тянь Дж, Ли Дж, Кэ Дж, Чжу Й, Гонг Y, Цзоу Д, Ян Н, Ван X, Мэй С, Чжун Р, Гонг Дж, Чанг Дж, Мяо X (январь 2019 г. ). «УДИВИТЕЛЬНО: база данных SNP, влияющих на посттрансляционные модификации белков». Исследования нуклеиновых кислот. 47 (D1): D874 – D880. Дои:10.1093 / нар / gky821. ЧВК 6324025. PMID 30215764.
- ^ Моррис Дж. Х., Хуанг С. С., Бэббит ПК, Феррин Т. Е. (сентябрь 2007 г.). "structureViz: соединение Cytoscape и UCSF Chimera". Биоинформатика. 23 (17): 2345–7. Дои:10.1093 / биоинформатика / btm329. PMID 17623706.
- ^ «1tp8 - Протеопедия, жизнь в 3D». www.proteopedia.org.
- ^ а б c Робисон А.Дж., Нестлер Э.Дж. (октябрь 2011 г.). «Транскрипционные и эпигенетические механизмы зависимости». Обзоры природы. Неврология. 12 (11): 623–37. Дои:10.1038 / nrn3111. ЧВК 3272277. PMID 21989194.
- ^ Хичкок Л.Н., Латтал К.М. (2014). «Гистон-опосредованная эпигенетика в зависимости». Прогресс в молекулярной биологии и трансляционной науке. 128: 51–87. Дои:10.1016 / B978-0-12-800977-2.00003-6. ISBN 9780128009772. ЧВК 5914502. PMID 25410541. Цитировать журнал требует
| журнал =
(Помогите) - ^ McQuown SC, Wood MA (апрель 2010 г.). «Эпигенетическая регуляция при расстройствах, связанных с употреблением психоактивных веществ». Текущие отчеты психиатрии. 12 (2): 145–53. Дои:10.1007 / s11920-010-0099-5. ЧВК 2847696. PMID 20425300.
- ^ Дабин Дж, Фортуни А, Polo SE (июнь 2016 г.). «Поддержание эпигенома в ответ на повреждение ДНК». Молекулярная клетка. 62 (5): 712–27. Дои:10.1016 / j.molcel.2016.04.006. ЧВК 5476208. PMID 27259203.
- ^ а б Управление служб по борьбе со злоупотреблением психоактивными веществами и психическим здоровьем, результаты национального исследования употребления наркотиков и здоровья 2013 года: сводка национальных результатов, серия NSDUH H-48, публикация HHS № (SMA) 14-4863. Роквилл, Мэриленд: Управление служб охраны психического здоровья и токсикомании, 2014 г.
- ^ Злоупотребление, Национальный институт наркотиков. "Вызывает ли никотиновая зависимость?".
- ^ Левин А., Хуанг Ю., Дрисальди Б., Гриффин Е.А., Поллак Д.Д., Сюй С., Инь Д., Шаффран С., Кандел Д. Б., Кандел ER (ноябрь 2011 г.). «Молекулярный механизм действия лекарственного средства: эпигенетические изменения, инициированные кокаином в результате экспрессии основного гена никотина». Научная трансляционная медицина. 3 (107): 107ra109. Дои:10.1126 / scitranslmed.3003062. ЧВК 4042673. PMID 22049069.
- ^ Ruffle JK (ноябрь 2014 г.). «Молекулярная нейробиология зависимости: о чем вообще (Δ) FosB?». Американский журнал злоупотребления наркотиками и алкоголем. 40 (6): 428–37. Дои:10.3109/00952990.2014.933840. PMID 25083822.
- ^ Nestler EJ, Barrot M, Self DW (сентябрь 2001 г.). «DeltaFosB: устойчивый молекулярный переключатель от зависимости». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 98 (20): 11042–6. Bibcode:2001ПНАС ... 9811042Н. Дои:10.1073 / пнас.191352698. ЧВК 58680. PMID 11572966.
- ^ Gozen O, Balkan B, Yildirim E, Koylu EO, Pogun S (сентябрь 2013 г.). «Эпигенетический эффект никотина на экспрессию дофаминового рецептора D1 в префронтальной коре головного мозга крыс». Синапс. 67 (9): 545–52. Дои:10.1002 / syn.21659. PMID 23447334.
- ^ Издательство, Harvard Health. «Как зависимость захватывает мозг - Harvard Health».
- ^ D'Addario C, Caputi FF, Ekström TJ, Di Benedetto M, Maccarrone M, Romualdi P, Candeletti S (февраль 2013 г.). «Этанол вызывает эпигенетическую модуляцию экспрессии генов продинорфина и проноцицептина в комплексе миндалины крысы». Журнал молекулярной неврологии. 49 (2): 312–9. Дои:10.1007 / s12031-012-9829-y. PMID 22684622.
- ^ Уокер Д.М., Нестлер Э.Дж. (2018). «Нейроэпигенетика и наркозависимость». Справочник по клинической неврологии. 148: 747–765. Дои:10.1016 / B978-0-444-64076-5.00048-X. ISBN 9780444640765. ЧВК 5868351. PMID 29478612. Цитировать журнал требует
| журнал =
(Помогите) - ^ а б Рентал В., Кумар А., Сяо Дж., Уилкинсон М., Ковингтон Х. Э., Лабиринт I, Сикдер Д., Робисон А. Дж., ЛаПлант К., Дитц Д. М., Руссо С. Дж., Виалоу В., Чакраварти С., Кодадек Т. Дж., Стек A, Каббадж М., Нестлер Э. (Май 2009 г.). «Полногеномный анализ регуляции хроматина с помощью кокаина показывает роль сиртуинов». Нейрон. 62 (3): 335–48. Дои:10.1016 / j.neuron.2009.03.026. ЧВК 2779727. PMID 19447090.
- ^ https://www.drugsandalcohol.ie/12728/1/NIDA_Cocaine.pdf
внешние ссылки
(Wayback Machine копия)
- Список посттрансляционных модификаций в ExPASy
- Обзор доменов SCOP по PTM - от dcGO база данных
- Статистика каждой посттрансляционной модификации из базы данных Swiss-Prot
(Машина обратного пути)
- Сервер AutoMotif - Вычислительный протокол для идентификации посттрансляционных модификаций в белковых последовательностях
- Функциональные анализы сайт-специфического фосфорилирования целевого белка в клетках
- Обнаружение посттрансляционных модификаций после высокоточного MSMS
- Обзор и описание часто используемых методов обнаружения посттрансляционных модификаций