Прокариотический убиквитиноподобный белок - Prokaryotic ubiquitin-like protein

Семейство белков, подобных щенкам
Щенок-прокариотический убиквитин-подобный белок.png
Три прокариотических убиквитин-подобных белка (синий), связанные с протеасомной АТФазой Mpa (красный
Идентификаторы
СимволЩенок / МПа
PfamPF05639
ИнтерПроIPR008515

Прокариотический убиквитиноподобный белок (Щенок) - функциональный аналог убиквитин найдено в прокариот Микобактерии туберкулеза.[1] Как и убиквитин, он служит для белки к протеасома за деградация. Однако энзимология убиквитилирование и пупилирование отличается из-за их различного эволюционного происхождения. В отличие от трехступенчатой ​​реакции убиквитилирования, пупилирование требует только двух этапов, а значит, только двух. ферменты участвуют в пупилировании. Ферменты, участвующие в пупилирование происходят от глютамин синтетаза.[нужна цитата ]

Подобно убиквитину, щенок прикрепляется к определенным лизин остатки субстратных белков изопептидные связи; это называется пупилирование. Затем он распознается протеасомной протеасомной АТФазой Mycobacterium (Mpa) в механизме, который индуцирует сворачивание Pup.[2] Mpa доставляет субстратный белок к протеасома за деградация путем сопряжения гидролиза АТФ.

Открытие Pup указывает на то, что подобное эукариоты, бактерии могут использовать модификатор малых белков для контроля стабильности белка.

Ген Pup кодирует 64-аминокислотную белок с размером молекулы 6,944 кДа: MAQEQTKRGGGGGDDDDIAGSTAAGQERREKLTEETDDLLDEIDDVLEENAEDFVRAYVQKGGQ[3]

Щенок - это внутренне неупорядоченный белок.[4] В 2010 году ученые из Брукхейвенская национальная лаборатория определил рентгеновскую кристаллическую структуру комплекса между Pup и его доставляющим ферментом Mpa 3М9ДИ обнаружили, что связывание Pup с Mpa вызывает сворачивание уникальной альфа-спирали.[2]

В 2017 г. наличие гомологов Pup у видов бактерий вне группы грамположительный бактерий не поступало.[5] Гомологи Pup были названы UBact (для Ubiquitin Bacterial), хотя не было доказано, что это различие филогенетически подтверждается отдельным эволюционным происхождением и не имеет экспериментальных доказательств[5]. UBact является гомологом Pup и встречается в нескольких типах грамотрицательный бактерии (Щенок встречается преимущественно в грамположительный бактериальный тип Актинобактерии ). Ниже представлена ​​последовательность UBact в бактерии. Метилацидифилум инфернорум:MPTTEQGQKNKQMIPSPGPGGGSGPGPQAPKVEKPNTEEILKRMRKVDPDQARRYRQRTGE[6]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Пирс, М. Дж .; Mintseris, J .; Ferreyra, J .; Gygi, S.P .; Дарвин, К. Х. (2008). «Убиквитиноподобный белок, участвующий в протеасомном пути Mycobacterium tuberculosis». Наука. 322 (5904): 1104–1107. Дои:10.1126 / science.1163885. ЧВК  2698935. PMID  18832610.
  2. ^ а б Ван Т., Дарвин К.Х., Ли Х. (ноябрь 2010 г.). «Индуцированное связыванием сворачивание прокариотического убиквитин-подобного белка на протеасомной АТФазе Mycobacterium нацелено на субстраты для разложения». Структурная и молекулярная биология природы. 17 (11): 1352–7. Дои:10.1038 / нсмб.1918. ЧВК  2988878. PMID  20953180.
  3. ^ Регистрационный номер универсального белкового ресурса P9WHN4 для «Прокариотический убиквитин-подобный протеин Pup» на UniProt.
  4. ^ Ляо С., Шан Q, Чжан X, Чжан Дж, Сюй Ц, Ту Х (2009). «Щенок, прокариотический убиквитин-подобный белок, является внутренне неупорядоченным белком». 422 (2). Биохимический журнал: 207–215. Дои:10.1042 / BJ20090738. PMID  19580545. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  5. ^ а б Леманн Г., Удасин Р.Г., Ливне И., Цехановер А. (февраль 2017 г.). «Идентификация UBact, убиквитиноподобного белка, а также других гомологичных компонентов системы конъюгации и протеасомы у различных грамотрицательных бактерий». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 483 (3): 946–950. Дои:10.1016 / j.bbrc.2017.01.037. PMID  28087277.
  6. ^ «Убиквитиноподобный белок UBact [Methylacidiphilum infernorum]». NCBI белок.

внешняя ссылка

  • PupDB, база данных пупилированных белков и сайтов пупилирования.