UBE1C - UBE1C

Доступные белковые структуры:
Pfam	структуры / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	резюме структуры

Связывающий домен E2
	appbp1-uba3-nedd8, e1-убиквитин-подобный белковый комплекс с atp
Идентификаторы
Символ	E2_bind
Pfam	PF08825
ИнтерПро	IPR014929
Доступные белковые структуры:
Pfam	структуры / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	резюме структуры

UBA3
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	1R4M, 1R4N, 1TT5, 1Y8X, 1ЙОВ, 2LQ7, 2НВУ, 3DBH, 3DBL, 3ДБР, 3FN1, 3GZN
Идентификаторы
Псевдонимы	UBA3, NAE2, UBE1C, гипиквитиноподобный модификатор, активирующий фермент 3
Внешние идентификаторы	OMIM: 603172 MGI: 1341217 ГомолоГен: 2951 Генные карты: UBA3
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 3 (человек)
Конец	69,080,408 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 6 (мышь)
Конец	97,205,647 бп
Экспрессия РНК шаблон
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• связывание нуклеотидов; • активность лигазы; • GO: 0001948 связывание с белками; • активность гетеродимеризации белков; • кислотно-аминокислотная лигазная активность; • NEDD8, активирующий активность фермента; • убиквитин-подобный модификатор, активирующий ферментативную активность; • Связывание АТФ; • идентичное связывание с белками; • Активность трансферазы NEDD8; • лиганд-зависимое связывание с ядерным рецептором;
Сотовый компонент	• ядро клетки; • цитозоль; • цитоплазма; • макромолекулярный комплекс;
Биологический процесс	• протеолиз; • регуляция клеточного цикла; • процесс модификации клеточного белка; • GO: 0007067 митотический клеточный цикл; • эндомитотический клеточный цикл; • клеточный цикл; • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • посттрансляционная модификация; • неддилирование белков; • модификация белка путем конъюгации малых белков;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	9039
	22200
	ENSG00000144744
	ENSMUSG00000030061
	Q8TBC4
	Q8C878
	NM_003968; NM_198195; NM_198197; NM_001363861
	NM_001111106; NM_001301857; NM_001301858; NM_001301859; NM_011666
	NP_003959; NP_937838; NP_001350790
	NP_001104576; NP_001288786; NP_001288787; NP_001288788; NP_035796
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

NEDD8-активирующий фермент каталитическая субъединица E1 это белок что у людей кодируется UBA3 ген.^[5]^[6]

Модификация белков убиквитином является важным клеточным механизмом нацеливания на аномальные или короткоживущие белки для деградации. Убиквитинирование включает по крайней мере три класса ферментов: ферменты, активирующие убиквитин, или E1, ферменты, конъюгирующие с убиквитином, или E2, и лигазы убиквитин-протеин, или E3. Этот ген кодирует член семейства ферментов, активирующих убиквитин E1. Кодируемый фермент связывается с AppBp1, белком, связывающим белок-предшественник бета-амилоида, с образованием гетеродимера, а затем ферментный комплекс активирует NEDD8, a убиквитиноподобный белок, который регулирует деление клеток, передачу сигналов и эмбриогенез. Для этого гена было обнаружено множество альтернативно сплайсированных вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы.^[6]

Этот фермент содержит связывающий E2 домен, что напоминает убиквитин, и нанимает каталитический ядро фермента E2 UBE2M (Ubc12) аналогично тому, как убиквитин взаимодействует со связыванием убиквитина домены.^[7]

Взаимодействия

UBE1C был показан взаимодействовать с участием NEDD8,^[8] APPBP1^[9] и UBE2M.^[7]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000144744 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030061 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Осака Ф., Кавасаки Х., Аида Н., Саеки М., Чиба Т., Кавасима С., Танака К., Като С. (август 1998 г.). «Новая система лигирования NEDD8 для cullin-4A». Genes Dev. 12 (15): 2263–8. Дои:10.1101 / gad.12.15.2263. ЧВК 317039. PMID 9694792.
^ ^а ^б «Ген Entrez: UBE1C убиквитин-активирующий фермент E1C (гомолог UBA3, дрожжи)».
^ ^а ^б Хуанг Д.Т., Пайдар А., Чжуан М., Уодделл М.Б., Холтон Дж. М., Шульман Б. А. (февраль 2005 г.). «Структурная основа для набора Ubc12 с помощью связывающего домена E2 в E1 NEDD8». Мол. Ячейка. 17 (3): 341–50. Дои:10.1016 / j.molcel.2004.12.020. PMID 15694336.
^ Гонг, L; Yeh E T (апрель 1999 г.). «Идентификация активирующих и конъюгирующих ферментов пути конъюгации NEDD8». J. Biol. Chem. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ. 274 (17): 12036–42. Дои:10.1074 / jbc.274.17.12036. ISSN 0021-9258. PMID 10207026.
^ Чен, Y; McPhie D L; Hirschberg J; Неве Р. Л. (март 2000 г.). «Белок-предшественник амилоида, связывающий белок APP-BP1, управляет клеточным циклом через контрольную точку S-M и вызывает апоптоз в нейронах». J. Biol. Chem. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ. 275 (12): 8929–35. Дои:10.1074 / jbc.275.12.8929. ISSN 0021-9258. PMID 10722740.

дальнейшее чтение

Гонг Л., Йе ET (1999). «Идентификация активирующих и конъюгирующих ферментов пути конъюгации NEDD8». J. Biol. Chem. 274 (17): 12036–42. Дои:10.1074 / jbc.274.17.12036. PMID 10207026.
Губин А.Н., Ньороге Дж. М., Буффар Г. Г., Миллер Дж. Л. (1999). «Экспрессия генов в пролиферирующих эритроидных клетках человека». Геномика. 59 (2): 168–77. Дои:10.1006 / geno.1999.5855. PMID 10409428.
Чен Й, Макфи Д.Л., Хиршберг Дж., Неве Р.Л. (2000). «Белок-предшественник амилоида, связывающий белок APP-BP1, управляет клеточным циклом через контрольную точку S-M и вызывает апоптоз в нейронах». J. Biol. Chem. 275 (12): 8929–35. Дои:10.1074 / jbc.275.12.8929. PMID 10722740.
Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (2001). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Genome Res. 10 (11): 1788–95. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК 310948. PMID 11076863.
Виманн С., Вейль Б., Велленройтер Р. и др. (2001). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Genome Res. 11 (3): 422–35. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК 311072. PMID 11230166.
Симпсон Дж. К., Велленройтер Р., Поустка А. и др. (2001). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, идентифицированных с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК». EMBO Rep. 1 (3): 287–92. Дои:10.1093 / embo-reports / kvd058. ЧВК 1083732. PMID 11256614.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
Вальден Х., Подгорский М.С., Шульман Б.А. (2003). «Понимание каскада переноса убиквитина из структуры активирующего фермента для NEDD8». Природа. 422 (6929): 330–4. Bibcode:2003 Натур. 422..330Вт. Дои:10.1038 / природа01456. PMID 12646924. S2CID 4370095.
Бонсак Р.Н., Хаас А.Л. (2003). «Сохранение механизма активации Nedd8 гетеродимером AppBp1-Uba3 человека». J. Biol. Chem. 278 (29): 26823–30. Дои:10.1074 / jbc.M303177200. PMID 12740388.
Уолден Х., Подгорски М.С., Хуанг Д.Т. и др. (2004). «Структура комплекса APPBP1-UBA3-NEDD8-ATP раскрывает основу для избирательной активации убиквитиноподобного белка с помощью E1». Мол. Ячейка. 12 (6): 1427–37. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00452-0. PMID 14690597.
Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID 14702039.
Хуанг Д.Т., Миллер Д.В., Мэтью Р. и др. (2004). «Уникальное взаимодействие E1-E2, необходимое для оптимальной конъюгации убиквитиноподобного белка NEDD8». Nat. Struct. Мол. Биол. 11 (10): 927–35. Дои:10.1038 / nsmb826. ЧВК 2862556. PMID 15361859.
Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК 528928. PMID 15489334.
Виманн С., Арльт Д., Хубер В. и др. (2004). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Genome Res. 14 (10B): 2136–44. Дои:10.1101 / гр.2576704. ЧВК 528930. PMID 15489336.
Хуанг Д.Т., Пайдар А., Чжуан М. и др. (2005). «Структурная основа для набора Ubc12 с помощью связывающего домена E2 в E1 NEDD8». Мол. Ячейка. 17 (3): 341–50. Дои:10.1016 / j.molcel.2004.12.020. PMID 15694336.
Мехрле А., Розенфельдер Х., Шупп И. и др. (2006). «База данных LIFEdb в 2006 году». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск базы данных): D415–8. Дои:10.1093 / nar / gkj139. ЧВК 1347501. PMID 16381901.
Хиллер М., Хусе К., Шафрански К. и др. (2007). «Однонуклеотидные полиморфизмы в акцепторах NAGNAG очень предсказуемы для вариантов альтернативного сплайсинга». Am. J. Hum. Genet. 78 (2): 291–302. Дои:10.1086/500151. ЧВК 1380236. PMID 16400609.
Норман Дж. А., Шихаттар Р. (2006). «Анализ полипептидов, связанных с Nedd8: модель для расшифровки пути убиквитин-подобных модификаций». Биохимия. 45 (9): 3014–9. Дои:10.1021 / bi052435a. PMID 16503656.
Ли Т., Сантокайт Р., Шен Р.Ф. и др. (2006). «Общий подход к исследованию ферментативных путей и субстратов для убиквитиноподобных модификаторов». Arch. Biochem. Биофизы. 453 (1): 70–4. Дои:10.1016 / j.abb.2006.03.002. PMID 16620772.

внешние ссылки

PDBe-KB предоставляет обзор всей структурной информации, доступной в PDB для каталитической субъединицы E1, активирующего NEDD8 фермента человека (UBE1C)