UBE2D1 - UBE2D1

UBE2D1
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	2C4P, 2YHO, 3OJ4, 3ПТФ, 4AP4, 4QPL, 5FER
Идентификаторы
Псевдонимы	UBE2D1, E2 (17) KB1, SFT, UBC4 / 5, UBCH5, UBCH5A, убиквитин-конъюгированный фермент E2 D1
Внешние идентификаторы	OMIM: 602961 MGI: 2384911 ГомолоГен: 20714 Генные карты: UBE2D1
Номер ЕС	2.3.2.24
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 10 (человек)
Конец	58,370,751 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 10 (мышь)
Конец	71,285,262 бп
Экспрессия РНК шаблон
	; ;
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• связывание нуклеотидов; • трансферазная активность; • активность фермента, конъюгированного с убиквитином; • Связывание АТФ; • GO: 0001948 связывание с белками; • активность убиквитин-протеинтрансферазы; • связывание убиквитин-протеин-лигазы;
Сотовый компонент	• цитоплазма; • нуклеоплазма; • цитозоль; • убиквитинлигазный комплекс; • макромолекулярный комплекс;
Биологический процесс	• убиквитинирование, связанное с белком K48; • BMP сигнальный путь; • полиубиквитинирование белков; • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • комплексно-зависимый катаболический процесс, стимулирующий анафазу; • положительная регуляция убиквитинирования белков; • убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс; • убиквитинирование белков; • деубиквитинирование белков; • положительная регуляция полиубиквитинирования белков; • белок нацелен на пероксисому; • регуляция фазового перехода митотического клеточного цикла; • MyD88-независимый сигнальный путь толл-подобных рецепторов; • TRIF-зависимый сигнальный путь толл-подобных рецепторов;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	7321
	216080
	ENSG00000072401
	ENSMUSG00000019927
	P51668
	P61080
	NM_003338; NM_001204880
	NM_145420
	NP_001191809; NP_003329
	NP_663395
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Убиквитин-конъюгированный фермент E2 D1 это белок что у людей кодируется UBE2D1 ген.^[5]^[6]^[7]

Функция

Модификация белков убиквитином является важным клеточным механизмом нацеливания на аномальные или короткоживущие белки для деградации. Убиквитинирование включает по крайней мере три класса ферментов: ферменты, активирующие убиквитин, или E1, ферменты, конъюгирующие с убиквитином, или E2, и лигазы убиквитин-протеин, или E3. Этот ген кодирует член семейства E2-убиквитин-конъюгированных ферментов. Этот фермент тесно связан со стимулятором транспорта железа (SFT) и активируется при наследственном гемохроматозе. Он также участвует в убиквитинировании белка-супрессора опухолей р53 и индуцируемого гипоксией фактора транскрипции HIF1alpha путем взаимодействия с ферментом, активирующим убиквитин E1, и лигазами убиквитин-протеина E3.^[7]

Взаимодействия

UBE2D1 был показан взаимодействовать с участием:

BARD1,^[8]^[9]^[10]^[11]^[12]^[13]^[14]^[15]
BRCA1,^[8]^[9]^[10]^[11]^[12]^[13]^[14]^[15]^[16]^[17] и
UBE3A.^[18]^[19]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000072401 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000019927 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Робинсон П.А., Лик Дж. П., Ардли ХК, Томпсон Дж., Роуз С.А., Маркхэм А.Ф. (март 1999 г.). «Отнесение UBE2D1 к полосам хромосомы человека 10q11.2 → q21 путем гибридизации in situ». Cytogenet Cell Genet. 83 (3–4): 247–8. Дои:10.1159/000015195. PMID 10072594. S2CID 3059748.
^ Дженсен Дж. П., Бейтс П. В., Ян М., Виерстра Р. Д., Вайсман А. М. (январь 1996 г.). «Идентификация семейства тесно связанных ферментов, конъюгирующих убиквитин человека». J Biol Chem. 270 (51): 30408–14. Дои:10.1074 / jbc.270.51.30408. PMID 8530467.
^ ^а ^б «Ген Entrez: UBE2D1 убиквитин-конъюгированный фермент E2D 1 (гомолог UBC4 / 5, дрожжи)».
^ ^а ^б Маллери Д.Л., Ванденберг С.Дж., Хиом К. (декабрь 2002 г.). «Активация функции лигазы E3 комплекса BRCA1 / BARD1 полиубиквитиновыми цепями». EMBO J. 21 (24): 6755–62. Дои:10.1093 / emboj / cdf691. ЧВК 139111. PMID 12485996.
^ ^а ^б Кенцис А., Гордон Р. Э., Борден К. Л. (ноябрь 2002 г.). «Контроль биохимических реакций через самосборку супрамолекулярного домена RING». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (24): 15404–9. Дои:10.1073 / pnas.202608799. ЧВК 137729. PMID 12438698.
^ ^а ^б Чен А., Клейман Ф. Е., Мэнли Дж. Л., Оучи Т., Пан З. К. (июнь 2002 г.). «Аутоубиквитинирование убиквитинлигазы BRCA1 * BARD1 RING». J. Biol. Chem. 277 (24): 22085–92. Дои:10.1074 / jbc.M201252200. PMID 11927591.
^ ^а ^б Донг Й., Хакими М.А., Чен Х, Кумарасвами Э., Куч Н.С., Годвин А.К., Шихаттар Р. (ноябрь 2003 г.). «Регулирование BRCC, холоферментного комплекса, содержащего BRCA1 и BRCA2, с помощью субъединицы, подобной сигнаносоме, и ее роль в репарации ДНК». Мол. Ячейка. 12 (5): 1087–99. Дои:10.1016 / с1097-2765 (03) 00424-6. PMID 14636569.
^ ^а ^б Сато К., Хаями Р., Ву В., Нисикава Т., Нисикава Х., Окуда Й., Огата Х., Фукуда М., Охта Т. (июль 2004 г.). «Нуклеофозмин / B23 является кандидатом в субстрат для убиквитинлигазы BRCA1-BARD1». J. Biol. Chem. 279 (30): 30919–22. Дои:10.1074 / jbc.C400169200. PMID 15184379.
^ ^а ^б Wu-Baer F, Lagrazon K, Yuan W, Baer R (сентябрь 2003 г.). «Гетеродимер BRCA1 / BARD1 собирает полиубиквитиновые цепи через нетрадиционную связь с участием остатка лизина K6 убиквитина». J. Biol. Chem. 278 (37): 34743–6. Дои:10.1074 / jbc.C300249200. PMID 12890688.
^ ^а ^б Ванденберг С.Дж., Гергей Ф., Онг С.Й., Пейс П., Маллери Д.Л., Хиом К., Патель К.Дж. (июль 2003 г.). «BRCA1-независимое убиквитинирование FANCD2». Мол. Ячейка. 12 (1): 247–54. Дои:10.1016 / с1097-2765 (03) 00281-8. PMID 12887909.
^ ^а ^б Хашизуме Р., Фукуда М., Маэда И., Нисикава Х., Ояке Д., Ябуки Й., Огата Х., Охта Т. (май 2001 г.). «Гетеродимер RING BRCA1-BARD1 представляет собой убиквитинлигазу, инактивированную мутацией, вызванной раком груди». J. Biol. Chem. 276 (18): 14537–40. Дои:10.1074 / jbc.C000881200. PMID 11278247.
^ Брзович П.С., Киф Дж. Р., Нишикава Х., Миямото К., Фокс Д., Фукуда М., Охта Т., Клевит Р. (май 2003 г.). «Связывание и распознавание в сборке активного комплекса убиквитин-лигаза BRCA1 / BARD1». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 100 (10): 5646–51. Дои:10.1073 / pnas.0836054100. ЧВК 156255. PMID 12732733.
^ Нисикава Х., Оока С., Сато К., Арима К., Окамото Дж., Клевит Р.Э., Фукуда М., Охта Т. (февраль 2004 г.). «Масс-спектрометрический и мутационный анализы выявили полиубиквитиновые цепи, связанные с Lys-6, катализируемые убиквитинлигазой BRCA1-BARD1». J. Biol. Chem. 279 (6): 3916–24. Дои:10.1074 / jbc.M308540200. PMID 14638690.
^ Nuber U, Schwarz S, Kaiser P, Schneider R, Scheffner M (февраль 1996 г.). «Клонирование человеческих убиквитин-конъюгированных ферментов UbcH6 и UbcH7 (E2-F1) и характеристика их взаимодействия с E6-AP и RSP5». J. Biol. Chem. 271 (5): 2795–800. Дои:10.1074 / jbc.271.5.2795. PMID 8576257.
^ Nuber U, Scheffner M (март 1999 г.). «Идентификация детерминант убиквитин-конъюгированных ферментов E2, необходимых для взаимодействия убиквитин-протеинлигазы E3 hect». J. Biol. Chem. 274 (11): 7576–82. Дои:10.1074 / jbc.274.11.7576. PMID 10066826.

дальнейшее чтение

Шеффнер М., Хьюбрегтсе Дж. М., Хоули П. М. (1994). «Идентификация человеческого фермента, конъюгированного с убиквитином, который опосредует E6-AP-зависимое убиквитинирование p53». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 91 (19): 8797–801. Дои:10.1073 / пнас.91.19.8797. ЧВК 44693. PMID 8090726.
Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID 8889548.
Хатакеяма С., Дженсен Дж. П., Вайсман А. М. (1997). «Субклеточная локализация и взаимодействия убиквитин-конъюгированного фермента (E2) убиквитин-протеинлигаз семейства HECT млекопитающих». J. Biol. Chem. 272 (24): 15085–92. Дои:10.1074 / jbc.272.24.15085. PMID 9182527.
Gutierrez JA, Yu J, Rivera S, Wessling-Resnick M (1997). «Клонирование функциональной экспрессии и характеристика SFT, стимулятора транспорта Fe». J. Cell Biol. 139 (4): 895–905. Дои:10.1083 / jcb.139.4.895. ЧВК 2139974. PMID 9362508.
Gutierrez JA, Yu J, Wessling-Resnick M (1999). «Характеристика и хромосомное картирование человеческого гена SFT, стимулятора транспорта Fe». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 253 (3): 739–42. Дои:10.1006 / bbrc.1998.9836. PMID 9918797.
Нубер У, Шеффнер М (1999). «Идентификация детерминант убиквитин-конъюгированных ферментов E2, необходимых для взаимодействия убиквитин-протеинлигаза E3 hect». J. Biol. Chem. 274 (11): 7576–82. Дои:10.1074 / jbc.274.11.7576. PMID 10066826.
Камура Т., Сато С., Иваи К., Чзык-Кшеска М., Конавей Р.К., Конавей Д.В. (2000). «Активация убиквитинирования HIF1α восстановленным комплексом супрессора опухоли фон Хиппеля-Линдау (VHL)». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 97 (19): 10430–5. Дои:10.1073 / пнас.190332597. ЧВК 27041. PMID 10973499.
Принга Э., Мартинес-Ноэль Г., Мюллер У., Харберс К. (2001). «Взаимодействие связанного с безымянным пальцем U-бокса мотива ядерного точечного белка с убиквитин-конъюгированными ферментами». J. Biol. Chem. 276 (22): 19617–23. Дои:10.1074 / jbc.M100192200. PMID 11274149.
Хашизумэ Р., Фукуда М., Маэда И., Нисикава Х., Ояке Д., Ябуки Й., Огата Х., Охта Т. (2001). «Гетеродимер RING BRCA1-BARD1 представляет собой убиквитинлигазу, инактивированную мутацией, вызванной раком груди». J. Biol. Chem. 276 (18): 14537–40. Дои:10.1074 / jbc.C000881200. PMID 11278247.
Мацузава С.И., Рид Дж.С. (2001). «Siah-1, SIP и Ebi совместно работают над новым путем деградации бета-катенина, связанной с ответами p53». Мол. Ячейка. 7 (5): 915–26. Дои:10.1016 / S1097-2765 (01) 00242-8. PMID 11389839.
Цзян Дж., Баллинджер CA, Ву И, Дай Кью, Сир Д.М., Хёфельд Дж., Паттерсон С. (2001). «CHIP представляет собой U-бокс-зависимую убиквитинлигазу E3: идентификация Hsc70 как мишени для убиквитилирования». J. Biol. Chem. 276 (46): 42938–44. Дои:10.1074 / jbc.M101968200. PMID 11557750.
Чен А., Клейман Ф. Е., Мэнли Дж. Л., Оучи Т., Пан З. К. (2002). «Аутоубиквитинирование убиквитинлигазы BRCA1 * BARD1 RING». J. Biol. Chem. 277 (24): 22085–92. Дои:10.1074 / jbc.M201252200. PMID 11927591.
Бадчионг Дж. К., Хаас А. Л. (2003). «MdmX - это убиквитинлигаза RING finger, способная синергетически усиливать убиквитинирование Mdm2». J. Biol. Chem. 277 (51): 49668–75. Дои:10.1074 / jbc.M208593200. PMID 12393902.
Кенцис А., Гордон Р. Э., Борден К. Л. (2003). «Контроль биохимических реакций через самосборку супрамолекулярного домена RING». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (24): 15404–9. Дои:10.1073 / pnas.202608799. ЧВК 137729. PMID 12438698.
Герке С.Г., Ридель Х.Д., Херрманн Т., Хадащик Б., Бентс К., Вельткамп С., Стреммель В. (2003). «UbcH5A, член человеческих ферментов, конъюгирующих с убиквитином E2, тесно связан с SFT, стимулятором транспорта железа, и его активность повышается при наследственном гемохроматозе». Кровь. 101 (8): 3288–93. Дои:10.1182 / кровь-2002-07-2192. PMID 12480712.
Маллери Д.Л., Ванденберг С.Дж., Хиом К. (2004). «Активация функции лигазы E3 комплекса BRCA1 / BARD1 полиубиквитиновыми цепями». EMBO J. 21 (24): 6755–62. Дои:10.1093 / emboj / cdf691. ЧВК 139111. PMID 12485996.
Takeyama K, Aguiar RC, Gu L, He C, Freeman GJ, Kutok JL, Aster JC, Shipp MA (2003). «БАЛ-связывающий белок BBAP и родственные члены семейства Deltex проявляют активность убиквитин-протеин-изопептид-лигазы». J. Biol. Chem. 278 (24): 21930–7. Дои:10.1074 / jbc.M301157200. PMID 12670957.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000072401 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000019927 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid10072594-5] Робинсон П.А., Лик Дж. П., Ардли ХК, Томпсон Дж., Роуз С.А., Маркхэм А.Ф. (март 1999 г.). «Отнесение UBE2D1 к полосам хромосомы человека 10q11.2 → q21 путем гибридизации in situ». Cytogenet Cell Genet. 83 (3–4): 247–8. Дои:10.1159/000015195. PMID 10072594. S2CID 3059748.

[pmid8530467-6] Дженсен Дж. П., Бейтс П. В., Ян М., Виерстра Р. Д., Вайсман А. М. (январь 1996 г.). «Идентификация семейства тесно связанных ферментов, конъюгирующих убиквитин человека». J Biol Chem. 270 (51): 30408–14. Дои:10.1074 / jbc.270.51.30408. PMID 8530467.

[entrez-7] а ^б «Ген Entrez: UBE2D1 убиквитин-конъюгированный фермент E2D 1 (гомолог UBC4 / 5, дрожжи)».

[pmid12485996-8] а ^б Маллери Д.Л., Ванденберг С.Дж., Хиом К. (декабрь 2002 г.). «Активация функции лигазы E3 комплекса BRCA1 / BARD1 полиубиквитиновыми цепями». EMBO J. 21 (24): 6755–62. Дои:10.1093 / emboj / cdf691. ЧВК 139111. PMID 12485996.

[pmid12438698-9] а ^б Кенцис А., Гордон Р. Э., Борден К. Л. (ноябрь 2002 г.). «Контроль биохимических реакций через самосборку супрамолекулярного домена RING». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (24): 15404–9. Дои:10.1073 / pnas.202608799. ЧВК 137729. PMID 12438698.

[pmid11927591-10] а ^б Чен А., Клейман Ф. Е., Мэнли Дж. Л., Оучи Т., Пан З. К. (июнь 2002 г.). «Аутоубиквитинирование убиквитинлигазы BRCA1 * BARD1 RING». J. Biol. Chem. 277 (24): 22085–92. Дои:10.1074 / jbc.M201252200. PMID 11927591.

[pmid14636569-11] а ^б Донг Й., Хакими М.А., Чен Х, Кумарасвами Э., Куч Н.С., Годвин А.К., Шихаттар Р. (ноябрь 2003 г.). «Регулирование BRCC, холоферментного комплекса, содержащего BRCA1 и BRCA2, с помощью субъединицы, подобной сигнаносоме, и ее роль в репарации ДНК». Мол. Ячейка. 12 (5): 1087–99. Дои:10.1016 / с1097-2765 (03) 00424-6. PMID 14636569.

[pmid15184379-12] а ^б Сато К., Хаями Р., Ву В., Нисикава Т., Нисикава Х., Окуда Й., Огата Х., Фукуда М., Охта Т. (июль 2004 г.). «Нуклеофозмин / B23 является кандидатом в субстрат для убиквитинлигазы BRCA1-BARD1». J. Biol. Chem. 279 (30): 30919–22. Дои:10.1074 / jbc.C400169200. PMID 15184379.

[pmid12890688-13] а ^б Wu-Baer F, Lagrazon K, Yuan W, Baer R (сентябрь 2003 г.). «Гетеродимер BRCA1 / BARD1 собирает полиубиквитиновые цепи через нетрадиционную связь с участием остатка лизина K6 убиквитина». J. Biol. Chem. 278 (37): 34743–6. Дои:10.1074 / jbc.C300249200. PMID 12890688.

[pmid12887909-14] а ^б Ванденберг С.Дж., Гергей Ф., Онг С.Й., Пейс П., Маллери Д.Л., Хиом К., Патель К.Дж. (июль 2003 г.). «BRCA1-независимое убиквитинирование FANCD2». Мол. Ячейка. 12 (1): 247–54. Дои:10.1016 / с1097-2765 (03) 00281-8. PMID 12887909.

[pmid11278247-15] а ^б Хашизуме Р., Фукуда М., Маэда И., Нисикава Х., Ояке Д., Ябуки Й., Огата Х., Охта Т. (май 2001 г.). «Гетеродимер RING BRCA1-BARD1 представляет собой убиквитинлигазу, инактивированную мутацией, вызванной раком груди». J. Biol. Chem. 276 (18): 14537–40. Дои:10.1074 / jbc.C000881200. PMID 11278247.

[pmid12732733-16] Брзович П.С., Киф Дж. Р., Нишикава Х., Миямото К., Фокс Д., Фукуда М., Охта Т., Клевит Р. (май 2003 г.). «Связывание и распознавание в сборке активного комплекса убиквитин-лигаза BRCA1 / BARD1». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 100 (10): 5646–51. Дои:10.1073 / pnas.0836054100. ЧВК 156255. PMID 12732733.

[pmid14638690-17] Нисикава Х., Оока С., Сато К., Арима К., Окамото Дж., Клевит Р.Э., Фукуда М., Охта Т. (февраль 2004 г.). «Масс-спектрометрический и мутационный анализы выявили полиубиквитиновые цепи, связанные с Lys-6, катализируемые убиквитинлигазой BRCA1-BARD1». J. Biol. Chem. 279 (6): 3916–24. Дои:10.1074 / jbc.M308540200. PMID 14638690.

[pmid8576257-18] Nuber U, Schwarz S, Kaiser P, Schneider R, Scheffner M (февраль 1996 г.). «Клонирование человеческих убиквитин-конъюгированных ферментов UbcH6 и UbcH7 (E2-F1) и характеристика их взаимодействия с E6-AP и RSP5». J. Biol. Chem. 271 (5): 2795–800. Дои:10.1074 / jbc.271.5.2795. PMID 8576257.

[pmid10066826-19] Nuber U, Scheffner M (март 1999 г.). «Идентификация детерминант убиквитин-конъюгированных ферментов E2, необходимых для взаимодействия убиквитин-протеинлигазы E3 hect». J. Biol. Chem. 274 (11): 7576–82. Дои:10.1074 / jbc.274.11.7576. PMID 10066826.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]