Буфер TAE - TAE buffer

Буфер TAE это буферный раствор содержащий смесь База Трис, уксусная кислота и EDTA.

В молекулярной биологии используется в агарозе. электрофорез обычно для разделения нуклеиновых кислот такие как ДНК и РНК.[1] Он состоит из Трис-ацетат буфер, обычно с pH 8,3, и EDTA, который секвестрирует двухвалентные катионы. TAE имеет меньшую буферную емкость, чем TBE и может легко истощиться, но линейная двухцепочечная ДНК работает быстрее в TAE.

Ранее Brody & Kern упростили электрофоретические буферы, заменив буферы TBE и TAE на более эффективные и недорогие проводящие среды в гелевых системах.[2]

Использует

Буфер ТАЕ (трис-ацетат-ЭДТА) используется как рабочий буфер, так и в агарозном геле.[3] Его использование в денатурирующем градиенте гель-электрофорез также были описаны методы анализа широкого диапазона мутаций.[4] TAE использовался в различных концентрациях для изучения подвижности ДНК в растворе с и без хлорид натрия.[5] Однако высокие концентрации хлорида натрия (и многих других солей) в образце ДНК замедляют его подвижность. Это может привести к неправильной интерпретации результирующего рисунка полос ДНК.

Подготовка

Буфер ТАЕ обычно готовят в виде 50-кратного исходного раствора для лабораторного использования. 50-кратный исходный раствор можно приготовить путем растворения 242 г трис-основания в воде, добавления 57,1 мл ледяной уксусной кислоты и 100 мл раствора 500 мМ ЭДТА (pH 8,0) и доведения конечного объема до 1 литра. Этот основной раствор можно разбавить водой в соотношении 49: 1, чтобы получить рабочий раствор в 1 раз. Этот однократный раствор будет содержать 40 мМ Трис, 20 мМ уксусную кислоту и 1 мМ ЭДТА.

Нет.имяНа 1 мольОсновное решение50×1 × раствор1X
1База Трис121,1 г / л2 млн242,2 г / л40 мМ4,844 г / л
2уксусная кислота57,1 мл / л1 млн57,1 мл / л20 мМ1,21 мл / л
3EDTA дигидрат динатриевой соли372,24 г / л50 мМ18,612 г / л1 мМ0,372 г / л

2 M = 2000 мМ, поэтому 2000 мМ / 50 = 40 мМ для 1 ×.
1M = 1000 мМ, поэтому 1000 мМ / 50 = 20 мМ для 1 ×.
50 мМ / 50 = 1 мМ для 1 ×.

Сначала эти ингредиенты нужно растворить в 500 мл, затем довести до 1000 мл.
Примечание: для растворения EDTA потребуется больше времени, поэтому при растворении EDTA используйте магнитную мешалку (небольшое количество EDTA в 3 или 4 раза).

Пошаговый рецепт метода приготовления 50-кратного буфера TAE доступен на protocol.io.[6]

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ Огден Р.С. и Адамс Д.А. (1987) Электрофорез в агарозном и акриламидном гелях. Методы Энзимол., 152:, 61-87.
  2. ^ Броуди, Дж. Р., Керн, С. Э. (2004) История и принципы проводящих сред для стандартного электрофореза ДНК. Анальная биохимия. 333(1):1-13. Дои:10.1016 / j.ab.2004.05.054 PMID  15351274 PDF
  3. ^ Самбрук, Фрич и Маниатис (1989) Молекулярное клонирование: лабораторное руководство, 2-е изд., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, volume 3, apendices B.11 and B.23 ISBN  0-87969-309-6
  4. ^ Хейс, В. et al., (1999) Улучшения в составе геля и электрофоретических условиях для анализа широкого диапазона мутаций с помощью денатурирующего градиентного гель-электрофореза. Нуклеиновые кислоты Res., 27(20): e29. PMID  10497279
  5. ^ Stellwagen, E., и Stellwagen, N.C. (2002). Подвижность ДНК в свободном растворе в буферах трис-ацетат-ЭДТА различных концентраций, с добавлением NaCl и без него. Электрофорез, 23(12): 1935-1941. PMID  12116139
  6. ^ Бехле, Анна; Павловский, Алиса. «Рецепт 50-кратного буфера TAE». Дои:10.17504 / protocol.io.gtvbwn6. Цитировать журнал требует | журнал = (Помогите)