TMEM241 - TMEM241

Трансмембранный белок 241 (он же C18orf45, hVVT) представляет собой повсеместно распространенный белок-переносчик сахара, который у людей кодируется геном TMEM241.[1]

Ген

У человека TMEM241 представляет собой ген размером 142 188 п.н., расположенный в 18q11.2 и содержащий 24 экзона.[2]

Gene Neighborhood

TMEM241 расположен рядом с CABLES1, RIOK3 и NPC1 на 18 хромосоме.[3]

мРНК

TMEM241 Isoform 1 5 'UTR (нетранслируемая область) шпилька

Первичная мРНК TMEM241 человека, изоформа 1,[3] содержит 5 'UTR заколка для волос петля консервативна у приматов. Первичная мРНК изоформы 1 TMEM241 человека содержит сайты связывания в ее 3 'UTR для miРНК 520f-5p, 378a-5p и 6866-5p.[4]

Протеин

Общие свойства

Существует более 10 вариантов транскрипта, предсказанных для гена TMEM241 человека, обнаруженного на BLAST. TMEM241 Изоформа 1 составляет приблизительно 31 кДа в массе. Белок имеет изоэлектрическую точку 8,7. и особенно богат аминокислотой фенилаланином, которая в два раза превышает нормальную долю этой аминокислоты.[5]

Сохраненные домены

Структурные детали изоформы 1 TMEM241
Диаграмма колеса альфа-спирали изоформы 1 TMEM241, показывающая взаимодействия гидрофобных и гидрофильных областей с липидной мембраной.

TMEM241 состоит из 9 трансмембранных доменов, образующих гидрофобный интегральный компонент мембраны.[2] состоит в основном из альфа спирали.[6][7][8] TMEM241 содержит VRG4 (гликозилирование устойчивости к вандату).[9]) домен с гомологией с доменом переносчика сахара VRG4 из Saccharomyces cerevisiae (дрожжи).[10]

Посттрансляционная модификация

TMEM241 Isoform 1 Пост-трансляционные сайты модификации

Предполагается, что TMEM241 подвергнется различным фосфорилирование,[11] гликирование,[11] пальмитоилирование.[12] Например, изоформа 1 TMEM241[13] имеет сайты фосфорилирования на S6, 64, 170, 177, 291, 295 и 296;[11] сайты гликирования на K125, 169 и 172;[11] Сайты пальмитоилирования на C13, 15, 221.[12]

Взаимодействующие белки

Есть некоторые свидетельства того, что этот белок может взаимодействовать с кератин нить на основе два гибридных экрана с кератиновым белком KRT40.[14]

Выражение

TMEM241, вероятно, будет экспрессироваться во всех тканях на различных уровнях, от базального до умеренного.[15] Некоторые исследования обнаружили изменения в экспрессии TMEM241. Например, в случаях острый мегакариобластный лейкоз TMEM241 оказался одним из генов с наибольшей активностью.[16] В другом случае было обнаружено, что TMEM241 активируется во время реакции развернутого белка после сверхэкспрессии Ero1α (Эндоплазматический ретикулум оксидоредуклин 1α).[10]

Гомология

TMEM241 консервативен у всех эукариот.

Ортологи

Скорость дивергенции TMEM241

TMEM241 является консервативным у всех животных, а гомологи обнаруживаются у всех эукариот. TMEM241 имеет 19% глобальной идентичности и 60% идентичности транспортеру GDP-маннозы из С. cerevisiae, который содержит домен VRG4. Вероятно, что TMEM241 является переносчиком GDP-маннозы из-за этого сходства. График справа показывает относительный уровень сохранения TMEM241 у многих видов организмов с использованием принципа Молекулярные часы.

Научное названиеРаспространенное имяРасхождение с Х. сапиенс (м.г.а)[17]Длина белка (аминокислоты)% Идентичности Х. сапиенс[18][19]Регистрационный номер
Homo sapiensЧеловек0296100NP_116322
Mus musculusМышь90.129784NP_001276595
Calidris pugnaxЕрш (птица)320.529680XP_003219697
Питон бивиттатусPython320.529674XP_014793906
Xenopus laevisЛягушка354.429369NP_001091222
Salmo salarЛосось436.829663XP_014036453
Осьминог бимакулоидныйОсьминог90329135XP_014776992
Halyomorpha halysВонь ошибка90325732XP_014284006
Saccharomyces cerevisiaeДрожжи1335.521625AJS02580
Coccomyxa subellipsoideaЗеленые водоросли1570.529628XP_005651133

Паралоги

TMEM241 имеет два паралога у людей, которые имеют гомологов у всех эукариот, UGTREL8[20] и UGTREL7.[21] TMEM241, UGTREL8 и UGTREL7 представляют собой семейство белков-транспортеров сахара, которые очень похожи на транспортер GDP-маннозы, идентифицированный в С. cerevisiae.

% Личность[18][19]TMEM241

(H.sapiens)

UGTREL7

(H.sapiens)

UGTREL8

(H.sapiens)

Транспортер маннозы GDP

(S. cerevisiae)

TMEM241 (H. sapiens)100%19.9%23.9%19.0%
UGTREL7 (H. sapiens)19.9%100%52.2%18.8%
UGTREL8 (H. sapiens)23.9%52.2%100%19.9%
Транспортер маннозы GDP

(S. cerivisiae)

19.0%18.8%19.9%100%

Рекомендации

  1. ^ «Ген Entrez: трансмембранный белок 241». Получено 2013-05-09.
  2. ^ а б «Трансмембранный белок 241 TMEM241 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-02-28.
  3. ^ а б «NCBI NM_032933.5». Получено 6 февраля 2016.
  4. ^ "miRDB - База данных прогнозирования и функционального исследования мишеней микроРНК". mirdb.org. Получено 2016-04-30.
  5. ^ Brendel, V; Bucher, P; Нурбахш И.Р .; Blaisdell, B.E; Карлин, S (1992). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Proc. Natl. Акад. Наука. 89 (6): 2002–2006. Дои:10.1073 / пнас.89.6.2002. ЧВК  48584. PMID  1549558.
  6. ^ «SOSUI: Результат». harrier.nagahama-i-bio.ac.jp. Получено 2016-04-24.
  7. ^ «Фобий». phobius.sbc.su.se. Получено 2016-04-24.
  8. ^ «Сервер DAS-TMfilter». mendel.imp.ac.at. Получено 2016-04-24.
  9. ^ "VRG4 | SGD". www.yeastgenome.org. Получено 2016-04-30.
  10. ^ а б Hansen, H.G .; Schmidt, J.D .; Soltoft, C.L .; Ramming, T .; Geertz-Hansen, H.M .; Christensen, B .; Соренсен, Э. С .; Юнкер, А. С .; Appenzeller-Herzog, C .; Элльгаард, Л. (1 октября 2012 г.). «Гиперактивность оксидазы Ero1 вызывает стресс эндоплазматического ретикулума, но не вызывает широкого антиоксидантного ответа». Журнал биологической химии. 287 (47): 39513–39523. Дои:10.1074 / jbc.M112.405050. ЧВК  3501080. PMID  23027870.
  11. ^ а б c d "Добро пожаловать в CBS". www.cbs.dtu.dk. Получено 2016-04-24.
  12. ^ а б «CSS-Palm - Прогнозирование сайта пальмитоилирования». csspalm.biocuckoo.org. Получено 2016-04-24.
  13. ^ "трансмембранный белок 241 изоформа 1 [Homo sapiens] - белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-04-30.
  14. ^ "mentha: интерактивный браузер". mentha.uniroma2.it. Получено 2016-05-04.
  15. ^ "GDS3834 / 12797 / TMEM241". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-04-24.
  16. ^ Пеллери, Мария; Пиовезан, Эллисон; Каракаузи, Мария; Берарди, Анна; Витале, Лоренца; Стрипполи, Пьерлуиджи (2014). «Интегрированные дифференциальные карты транскриптома острого мегакариобластного лейкоза (AMKL) у детей с синдромом Дауна (DS) или без него». BMC Medical Genomics. 7 (1): 63. Дои:10.1186 / s12920-014-0063-z. ЧВК  4304173. PMID  25476127.
  17. ^ Hedges, SB; Марин, Дж; Сулески, М; Кумар, С. «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2016-04-27.
  18. ^ а б Пирсон, W.R. (1990). «Быстрое и точное сравнение последовательностей с FASTP и FASTA». Методы в энзимологии. 183: 63–98. Дои:10.1016 / 0076-6879 (90) 83007-в. ISBN  9780121820848. PMID  2156132.
  19. ^ а б "ВЫРОВНЯТЬ". Архивировано из оригинал 11 августа 2003 г.
  20. ^ «Переносчик UDP-глюкуроновой кислоты / UDP-N-ацетилгалактозамина [Homo sapien - Protein - NCBI]». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-02-28.
  21. ^ "Член D1 семейства 35 носителей растворенного вещества SLC35D1 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-04-26.

дальнейшее чтение