База данных и ресурсы для анализа вирусных патогенов - Virus Pathogen Database and Analysis Resource

VIPR BRC
VIPR logo.png
Логотип VIPR
Интернет сайтwww.viprbrc.org

В База данных и анализ вирусных патогенов (ViPR) [1][2][3] представляет собой комплексную и всеобъемлющую общедоступную базу данных и аналитический ресурс для поиска, анализа, визуализации, сохранения и обмена данными о вирусных патогенах в США. Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID) Перечень приоритетных патогенов категории A-C для исследований в области биозащиты, а также других вирусных патогенов, вызывающих новые / возобновляющиеся инфекционные заболевания. ViPR - одна из пяти Ресурсные центры по биоинформатике (BRC) финансируется НИАИД, компонент Национальные институты здоровья (NIH), который является агентством Министерство здравоохранения и социальных служб США.

Семейства вирусов, охватываемые ViPR

База данных ViPR включает геномы из следующих вирусных семейств: Arenaviridae, Bunyaviridae, Caliciviridae, Coronaviridae, Filoviridae, Flaviviridae, Hepeviridae, Herpesviridae, Paramyxoviridae, Picornaviridae, Поксвириды, Reoviridae, Rhabdoviridae, и Togaviridae.

Типы данных в ViPR

Инструменты анализа и визуализации в ViPR

  • BLAST: предоставляет множество настраиваемых баз данных ViPR для определения наиболее связанных последовательностей.
  • Короткий поиск пептидов: позволяет пользователям находить любую пептидную последовательность, используя точное, нечеткое или сопоставление с образцом.
  • Анализ вариации последовательности ([Однонуклеотидный полиморфизм] SNP): вычисляет вариацию последовательности, существующую в указанных последовательностях.
  • Инструмент сравнительного анализа последовательностей на основе метаданных (Meta-CATS): автоматический сравнительный статистический анализ для определения позиций в множественное выравнивание последовательностей которые существенно различаются между группами последовательностей, обладающих определенными фенотипическими характеристиками
  • Выравнивание множественных последовательностей: выравнивает небольшие геномы, последовательности генов / белков или большие последовательности вирусных геномов, используя один из нескольких алгоритмов, наиболее подходящих для выполнения конкретной работы.
  • Визуализация выравнивания последовательностей: использует JalView для визуализации выравнивания последовательностей
  • Генерация филогенетического дерева: вычисляет дерево с использованием одного из нескольких доступных алгоритмов и эволюционных моделей.
  • Визуализация филогенетического дерева: позволяет отображать метаданные штаммов на дереве с цветовой кодировкой с помощью программы просмотра Archeopteryx.
  • GBrowse: обеспечивает возможность просмотра генома для больших ДНК вирусных геномов (Herpesviridae и Poxviridae) с интеграцией функций последовательности ViPR для вируса осповакцины
  • Тип варианта элемента последовательности (SFVT) анализ:[4] обеспечивает централизованное хранилище функциональных областей и автоматически вычисляет все наблюдаемые вариации последовательностей в каждой определенной области
  • 3D визуализация структуры белка: интегрирует файлы структуры белка PDB с функциями ViPR Sequence, когда это применимо, и предоставляет интерактивную программу просмотра структуры белка в 3D с помощью Jmol
  • Аннотатор генома (GATU): позволяет пользователям аннотировать новые последовательности генома, предоставленные пользователем.
  • Определение генотипа и обнаружение рекомбинации: прогнозирует генотип для предоставленных пользователем последовательностей и идентифицирует возможные сайты рекомбинации для вирусов в семействе Flaviviridae
  • Дизайн праймеров для ПЦР: позволяет пользователю автоматически прогнозировать идеальные праймеры на основе последовательности и заданных параметров
  • ReadSeq: преобразование между различными форматами последовательностей
  • Инструмент отправки функции последовательности: позволяет пользователям определять функцию последовательности, заполняя веб-форму
  • Инструменты внешнего анализа: отображает список и описание сторонних инструментов для более специализированного анализа.
  • Personal Workbench для сохранения и обмена данными и анализа

Рекомендации

  1. ^ База данных и анализ вирусных патогенов (ViPR)
  2. ^ Пикетт Б.Е., Садат Э.Л., Чжан Ю. и др. ViPR: также называется bacterioghoages открытой биоинформатической базой данных и аналитическим ресурсом для вирусологических исследований. Исследование нуклеиновых кислот 2011 DOI: 10.1093 / nar / gkr859
  3. ^ Пикетт Б.Е., Грир Д.С., Чжан Ю. и др. Ресурс базы данных и анализа вирусных патогенов (ViPR): комплексная база данных по биоинформатике и ресурс для анализа для сообщества исследователей коронавируса. Вирусы. 2012; 4 (11): 3209-3226 DOI: 10.3390 / v4113209
  4. ^ а б Noronha, J.M., Liu, M., Squires, R.B., et al. Анализ типа варианта признака последовательности гриппа (Flu-SFVT): доказательства роли NS1 в ограничении круга хозяев гриппа. J Virol. (2012) 86 (10): 5857-5866. DOI: 10.1128 / JVI.06901-11

внешняя ссылка