Секвенирование бисульфита всего генома - Википедия - Whole genome bisulfite sequencing

Бисульфитное секвенирование всего генома (WGBS), является секвенирование следующего поколения технология, используемая для определения Метилирование ДНК статус холостого цитозины обработав ДНК бисульфит натрия перед последовательность действий. Бисульфит натрия - это химическое соединение, которое превращает неметилированные цитозины в урацил.[1][2] Цитозины, не превратившиеся в урацил, метилированы. После секвенирования неметилированные цитозины выглядят как тимин.

Этот метод измеряет уровни метилирования одного цитозина в масштабе всего генома и непосредственно оценивает соотношение метилированных молекул, а не уровни обогащения. Однако этот метод требует, по сути, повторного секвенирования всего генома несколько раз для каждого эксперимента.[3]

Рекомендации

  1. ^ Frommer, M .; McDonald, L.E .; Миллар, Д. С .; Collis, C.M .; Watt, F .; Grigg, G.W .; Molloy, P.L .; Пол, К. Л. (1992-03-01). «Протокол геномного секвенирования, который дает положительное отображение остатков 5-метилцитозина в отдельных цепях ДНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 89 (5): 1827–1831. Дои:10.1073 / pnas.89.5.1827. ISSN  0027-8424. ЧВК  48546. PMID  1542678.
  2. ^ Кларк, С. Дж .; Харрисон, Дж; Пол, К. Л.; Фроммер, М. (1994-08-11). «Высокочувствительное картирование метилированных цитозинов». Исследования нуклеиновых кислот. 22 (15): 2990–2997. Дои:10.1093 / nar / 22.15.2990. ISSN  0305-1048. ЧВК  310266. PMID  8065911.
  3. ^ Стивенс, Майкл; Ченг, Джеффри Б.; Ли, Даофэн; Се, Минчао; Хонг, Чибо; Maire, Cécile L .; Ligon, Keith L .; Херст, Мартин; Марра, Марко А. (01.09.2013). «Оценка абсолютных уровней метилирования при разрешении одиночного CpG на основе методов секвенирования обогащения метилированием и рестрикционных ферментов». Геномные исследования. 23 (9): 1541–1553. Дои:10.1101 / гр.152231.112. ISSN  1088-9051. ЧВК  3759729. PMID  23804401.