Akkermansia glycaniphila - Википедия - Akkermansia glycaniphila

Аккермансия гликанифила
Научная классификация
Королевство:
Бактерии
Тип:
Веррукомикробия
Учебный класс:
Веррукомикробии
Заказ:
Verrucomicrobiales
Семья:
Verrucomicrobiaceae
Род:
Аккермансия
Разновидность:
A. glycaniphila
Биномиальное имя
Аккермансия гликанифила
Ouwerkerk и другие. 2016

Akkermansia glycanphila это разновидность кишечных муцин -разлагающая бактерия. Впервые он был изолирован от сетчатого питона (Малайопифон ретикулатус ) кал в 2016 году.[1]

Этимология

Род был назван в честь Антуна Д. Л. Аккерманса (1940–2006), голландского микробиолога, известного своим вкладом в микробную экологию, и эпитетом из новолатинского и греческого языков, означающим «любящий гликаны».[2]

Биология и биохимия

A. glycaniphila, подобно, A. muciniphila является Грамотрицательный, строго анаэробный, не-подвижный, не-спора -образующая, овальная бактерия. Типичный стиль - PytТ (= DSM100705Т= CIP 110913Т). A. glycaniphila умеет использовать муцин как единственный источник углерода и азота. Его можно культивировать в тех же условиях, что и A. muciniphilia, (анаэробные условия на среде, содержащей муцин желудка). При выращивании на мягкой агаровой среде с муцином колонии выглядят белыми, диаметром 0,7 мм. Длинная ось одиночных клеток 0,6–1,0 мкм. Клетки покрыты нитями, встречаются поодиночке, парами, короткими цепочками и агрегатами.[1]

В бактериальный геном из A. glucaniphila PytТ кодируется на одной хромосоме длиной 3 074 121 п.н. Содержание G + C составляет 57,6% и содержит 2532 кодирующие области, все 21 тРНК гены и три полных рРНК опероны. Для 72% (1811) кодирующих последовательностей функция могла быть предсказана. Геномный анализ выявил присутствие многих ферментов, разлагающих муцин, ряд из которых, как предполагается, секретируются: 54 гликозидгидролазы, один гликозилгидролаза, Семь сиалидазы, и три сульфатазы. ПытьТ предсказано, что геном кодирует цитохром bd убихинолоксидаза, что указывает на потенциал аэробного дыхания.[3]

Экология

Эта бактерия, вероятно, обитает ядовитый -аноксический интерфейс муцинового слоя кишечника.[3] Это было продемонстрировано для A. muciniphila MucТ.[4]Секвенирование ампликона гена 16s рРНК показывает, что род Аккермансия были обнаружены у животных с широким спектром анатомии желудочно-кишечного тракта (передняя, ​​задняя или простая) и в рационе (от травоядных до всеядных и плотоядных). Он был обнаружен у диких и домашних млекопитающих, а также у немлекопитающих, таких как птицы, рыбы и рептилии, такие как бирманский питон.[5] Типы муцина и экспрессируемые типы гликанов у этих организмов различаются, но слизь является постоянной особенностью их кишечных трактов /[6] Возможно, колонизирующие слизь микробы играют роль в защите хозяина от кишечных патогенов и способствуют восстановлению микробиоты. [7]Полный геном A. glycaniphilia был упорядочен.[3]

Рекомендации

  1. ^ а б Ouwerkerk, Janneke P .; Алвинк, Стивен; Белзер, Клара; де Вос, Виллем М. (1 ноября 2016 г.). "Аккермансия гликанифила sp. nov., анаэробная бактерия, разлагающая муцин, выделенная из сетчатых фекалий питона ". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 66 (11): 4614–4620. Дои:10.1099 / ijsem.0.001399. PMID  27499019.
  2. ^ Euzéby, JP (апрель 1997 г.). «Список названий бактерий с позиции в номенклатуре: папка, доступная в Интернете». Международный журнал систематической бактериологии. 47 (2): 590–2. Дои:10.1099/00207713-47-2-590. PMID  9103655.
  3. ^ а б c Ouwerkerk, Janneke P .; Koehorst, Jasper J .; Шаап, Питер Дж .; Ритари, Ярмо; Паулин, Ларс; Белзер, Клара; де Вос, Виллем М. (5 января 2017 г.). «Полная последовательность генома штамма Pyt, специалиста по деградации муцина сетчатого кишечника питона». Анонсы генома. 5 (1). Дои:10.1128 / genomeA.01098-16. ЧВК  5255907. PMID  28057747.
  4. ^ Ouwerkerk, Janneke P .; van der Ark, Kees C.H .; Дэвидс, Марк; Claassens, Nico J .; Финестра, Тереза ​​Роберт; де Вос, Виллем М .; Белзер, Клара; Шлосс, П. Д. (1 декабря 2016 г.). «Адаптация Akkermansia muciniphila к кислородно-аноксической границе слоя слизи». Прикладная и экологическая микробиология. 82 (23): 6983–6993. Дои:10.1128 / AEM.01641-16. ЧВК  5103097. PMID  27663027.
  5. ^ Костелло, Элизабет К; Гордон, Джеффри I; Секор, Стивен М; Найт, Роб (3 июня 2010 г.). «Постпрандиальное ремоделирование кишечной микробиоты у бирманских питонов». Журнал ISME. 4 (11): 1375–1385. Дои:10.1038 / ismej.2010.71. ЧВК  3923499. PMID  20520652.
  6. ^ Johansson, Malin E. V .; Амборт, Даниэль; Пеласейед, Тахер; Шютте, Андре; Gustafsson, Jenny K .; Эрмунд, Анна; Subramani, Durai B .; Холмен-Ларссон, Джессика М .; Томссон, Кристина А .; Bergström, Joakim H .; ван дер Пост, Шёрд; Rodriguez-Piñeiro, Ana M .; Шевалл, Хенрик; Бэкстрём, Малин; Ханссон, Гуннар К. (25 сентября 2011 г.). «Состав и функциональная роль слоев слизи в кишечнике». Клеточные и молекулярные науки о жизни. 68 (22): 3635–3641. Дои:10.1007 / s00018-011-0822-3. PMID  21947475.
  7. ^ Reid, G; Юнес, JA; Ван дер Мей, ХК; Gloor, GB; Рыцарь, R; Бюшер, HJ (январь 2011 г.). «Восстановление микробиоты: естественное и дополненное восстановление микробных сообществ человека». Обзоры природы. Микробиология. 9 (1): 27–38. Дои:10.1038 / nrmicro2473. PMID  21113182.

внешняя ссылка