Бактерии - Bacteria

Эта статья о микроорганизмах. Для рода см. Бактерия (род). Для использования в других целях см. Бактерии (значения).

Бактерии
EscherichiaColi NIAID.jpg
Сканирующая электронная микрофотография из кишечная палочка стержни
Научная классификация е
Домен:Бактерии
Woese, Кандлер & Wheelis, 1990[1]
Phyla
Синонимы
Эубактерии Woese & Fox, 1977 год.[3]

Бактерии (/бækˈтɪərяə/ (Об этом звукеСлушать); имя нарицательное бактерии, единственное число бактерия) являются разновидностью биологическая клетка. Они составляют большой домен из прокариотический микроорганизмы. Обычно несколько микрометры по длине бактерии имеют количество форм, начиная с сферы к стержни и спирали. Бактерии были одними из первых форм жизни, появившихся на земной шар, и присутствуют в большинстве его среда обитания. Бактерии населяют почву, воду, кислые горячие источники, радиоактивные отходы,[4] и глубокая биосфера из земной коры. Бактерии также живут в симбиотический и паразитический отношения с растениями и животными. Большинство бактерий не охарактеризовано, и только около 27 процентов бактериальный тип есть виды, которые могут быть вырос в лаборатории.[5] Изучение бактерий известно как бактериология, филиал микробиология.

Почти все животная жизнь зависит от бактерий для выживания, так как только бактерии и некоторые археи обладают генами и ферментами, необходимыми для синтеза витамин B12, также известный как кобаламин, и обеспечить его через пищевую цепочку. Витамин B12 водорастворимый витамин который участвует в метаболизм каждого клетка человеческого тела. Это кофактор в Синтез ДНК, и в обоих жирная кислота и метаболизм аминокислот. Это особенно важно для нормального функционирования нервная система через свою роль в синтез миелина.[6][7][8][9] Обычно насчитывается 40 миллионов бактериальных клетки в грамме почвы и миллион бактериальных клеток в миллилитре пресная вода. Примерно 5 × 1030 бактерии на Земле,[10] формирование биомасса который превосходит только растения.[11] Бактерии жизненно важны на многих этапах цикл питательных веществ путем повторного использования питательных веществ, таких как фиксация азота от атмосфера. Питательный цикл включает разложение из мертвые тела; бактерии несут ответственность за гниение этап в этом процессе.[12] В биологических сообществах, окружающих гидротермальные источники и холодные просачивания, экстремофил бактерии обеспечивают питательные вещества, необходимые для поддержания жизни, путем преобразования растворенных соединений, таких как сероводород и метан, к энергии.

У людей и большинства животных наибольшее количество бактерий существует в кишка, и большое количество на кожа.[13] Подавляющее большинство бактерий в организме обезвреживаются благодаря защитным эффектам иммунная система, хотя многие выгодный, особенно в кишечной флоре. Однако есть несколько видов бактерий. патогенный и причина инфекционные заболевания, включая холера, сифилис, сибирская язва, проказа, и бубонная чума. Наиболее распространенные бактериальные заболевания со смертельным исходом: респираторные инфекции. Туберкулез одна только убивает около 2 миллионов человек в год, в основном в К югу от Сахары.[14] Антибиотики используются для лечения бактериальные инфекции а также используются в сельском хозяйстве, делая устойчивость к антибиотикам растущая проблема. В промышленности бактерии важны для очистка сточных вод и распад разливы нефти, производство сыр и йогурт через ферментация, извлечение золота, палладия, меди и других металлов в горнодобывающем секторе,[15] а также в биотехнология, а также производство антибиотиков и других химикатов.[16]

Когда-то считался растения составляющий класс Шизомицеты («грибы деления»), бактерии теперь классифицируются как прокариоты. В отличие от клеток животных и других эукариоты, бактериальные клетки не содержат ядро и редко укрывают мембраносвязанный органеллы. Хотя термин бактерии традиционно включали все прокариоты, научная классификация изменилось после открытия в 1990-х годах, что прокариоты состоят из двух очень разных групп организмов, которые развился из древний общий предок. Эти эволюционные области называются Бактерии и Археи.[1]

Этимология

Слово бактерии это множественное число от Новая латынь бактерия, какой латинизация из Греческий βακτήριον (Бактерион),[17] уменьшительное из βακτηρία (бактерии), что означает "посох, трость",[18] потому что первыми были обнаружены стержневидный.[19][20]

Происхождение и ранняя эволюция

Основная статья: Эволюция бактерий
Дальнейшая информация: Самые ранние известные формы жизни, Эволюционная история жизни, и Хронология эволюции

Предками современных бактерий были одноклеточные микроорганизмы, которые были первые формы жизни появиться на Земле около 4 миллиардов лет назад. Около 3 миллиардов лет большинство организмов были микроскопическими, а бактерии и археи были доминирующими формами жизни.[21][22] Хотя бактериальный окаменелости существуют, такие как строматолиты, отсутствие отличительных морфология предотвращает их использование для изучения истории эволюции бактерий или датирования времени происхождения определенного вида бактерий. Однако последовательности генов можно использовать для реконструкции бактериального филогения, и эти исследования показывают, что бактерии первыми отошли от архей / эукариот.[23] В самый последний общий предок бактерий и архей, вероятно, был гипертермофил жившие около 2,5–3,2 миллиарда лет назад.[24][25] В ранняя жизнь на суше могли быть бактерии около 3,22 миллиарда лет назад.[26]

Бактерии также участвовали во втором великом эволюционном расхождении архей и эукариот. Здесь эукариоты возникли в результате проникновения древних бактерий в эндосимбиотический ассоциации с предками эукариотических клеток, которые, возможно, сами были связаны с Археи.[27][28] Это включало поглощение протоэукариотическими клетками альфопротеобактериальный симбионты сформировать либо митохондрии или же гидрогеносомы, которые до сих пор встречаются у всех известных эукарий (иногда в очень уменьшенная форма, например у древних «амитохондриальных» простейших). Позже некоторые эукариоты, которые уже содержали митохондрии, также поглотили цианобактерии -подобные организмы, приводящие к образованию хлоропласты в водорослях и растениях. Это известно как первичный эндосимбиоз.[29][30]

Морфология

Дальнейшая информация: Структура бактериальной клетки § Морфология клетки
диаграмма, показывающая морфологию бактерий
Бактерии отображают много клеток морфологии и договоренности

Бактерии имеют большое разнообразие форм и размеров, называемых морфологии. Бактериальные клетки составляют примерно одну десятую размера эукариотических клеток и обычно имеют размер 0,5–5,0.микрометры в длину. Однако некоторые виды видны невооруженным глазом, например, Thiomargarita namibiensis до полумиллиметра в длину[31] и Epulopiscium fishelsoni достигает 0,7 мм.[32] Среди самых мелких бактерий - представители рода Микоплазма, которые имеют размер всего 0,3 микрометра, от самого большого вирусы.[33] Некоторые бактерии могут быть даже меньше, но эти ультрамикробактерии недостаточно изучены.[34]

Большинство видов бактерий имеют сферическую форму, называемую кокки (особый кокк, с греческого коккос, зерно, семя), или стержневидные, называемые бациллы (петь. бацилла, из латинский бакулус, палка).[35] Некоторые бактерии, называемые вибрион, имеют форму слегка изогнутых стержней или запятую; другие могут иметь форму спирали, называемые спирилла, или плотно свернутый, называемый спирохеты. Было описано небольшое количество других необычных форм, таких как звездообразные бактерии.[36] Такое разнообразие форм определяется бактериальным клеточная стенка и цитоскелет, и это важно, поскольку оно может влиять на способность бактерий усваивать питательные вещества, прикрепляться к поверхностям, плавать в жидкостях и убегать. хищники.[37][38]

Диапазон размеров показан прокариоты, по сравнению с другими организмами и биомолекулы.

Многие виды бактерий существуют просто как отдельные клетки, другие связаны характерными узорами: Neisseria образуют диплоиды (пары), Стрептококк образовывать цепочки, и Стафилококк сгруппируйте их в гроздья «гроздь винограда». Бактерии также могут группироваться, образуя более крупные многоклеточные структуры, такие как удлиненные нити из Актинобактерии, совокупность Миксобактерии, и сложные гифы Streptomyces.[39] Эти многоклеточные структуры часто можно увидеть только в определенных условиях. Например, при недостатке аминокислот Миксобактерии обнаруживать окружающие клетки в процессе, известном как проверка кворума, мигрируют навстречу друг другу и собираются, образуя плодовые тела длиной до 500 микрометров, содержащие примерно 100000 бактериальных клеток.[40] В этих плодовых телах бактерии выполняют отдельные задачи; например, примерно одна из десяти клеток мигрирует к верхушке плодового тела и дифференцируется в специальное состояние покоя, называемое миксоспорой, которое более устойчиво к высыханию и другим неблагоприятным условиям окружающей среды.[41]

Бактерии часто прикрепляются к поверхностям и образуют плотные скопления, называемые биопленки, и более крупные образования, известные как микробные маты. Эти биопленки и маты могут иметь толщину от нескольких микрометров до полуметра в глубину и могут содержать несколько видов бактерий, протисты и археи. Бактерии, живущие в биопленках, демонстрируют сложное расположение клеток и внеклеточных компонентов, образуя вторичные структуры, такие как микроколонии, через которые существуют сети каналов, обеспечивающие лучшую диффузию питательных веществ.[42][43] В естественных средах, таких как почва или поверхности растений, большинство бактерий связано с поверхностями в биопленках.[44] Биопленки также важны в медицине, поскольку эти структуры часто присутствуют при хронических бактериальных инфекциях или инфекциях имплантированный медицинское оборудование, а бактерии, защищенные биопленками, гораздо труднее убить, чем отдельные изолированные бактерии.[45]

Ячеистая структура

Дальнейшая информация: Структура бактериальной клетки
Прокариотическая клетка со структурой и частями
Структура и содержание типового Грамположительный бактериальная клетка (видно по тому, что только один клеточная мембрана присутствует).

Внутриклеточные структуры

Бактериальная клетка окружена клеточная мембрана, который состоит в основном из фосфолипиды. Эта мембрана окружает содержимое клетки и действует как барьер для удержания питательных веществ, белки и другие важные компоненты цитоплазма внутри клетки.[46] В отличие от эукариотические клетки, бактерии обычно не имеют крупных мембраносвязанных структур в цитоплазме, таких как ядро, митохондрии, хлоропласты и другие органеллы, присутствующие в эукариотических клетках.[47] Однако у некоторых бактерий есть связанные с белками органеллы в цитоплазме, которые разделяют аспекты бактериального метаболизма,[48][49] такой как карбоксисомный.[50] Кроме того, бактерии обладают многокомпонентностью. цитоскелет контролировать локализацию белков и нуклеиновых кислот в клетке, а также управлять процессом деление клеток.[51][52][53]

Многие важные биохимический реакции, такие как выработка энергии, происходят из-за градиенты концентрации через мембраны, создавая потенциал разница аналогична аккумулятору. Общее отсутствие внутренних мембран у бактерий означает такие реакции, как электронный транспорт, происходят через клеточную мембрану между цитоплазмой и внешней стороной клетки или периплазма.[54] Однако у многих фотосинтезирующих бактерий плазматическая мембрана сильно сложена и заполняет большую часть клетки слоями собирающей свет мембраны.[55] Эти светособирающие комплексы могут даже образовывать связанные с липидами структуры, называемые хлоросомы в зеленые серные бактерии.[56]

An электронная микрофотография из Halothiobacillus neapolitanus клетки с карбоксисомами внутри, стрелками отмечены видимые карбоксисомы. Шкала показывает 100 нм.

Бактерии не имеют мембраносвязанного ядра, и их генетический материал, как правило, один круговая бактериальная хромосома из ДНК расположен в цитоплазме в теле неправильной формы, называемом нуклеоид.[57] Нуклеоид содержит хромосома с ассоциированными белками и РНК. Как и все остальные организмы, бактерии содержат рибосомы для производства белков, но структура бактериальной рибосомы отличается от структуры эукариоты и Археи.[58]

Некоторые бактерии производят внутриклеточные гранулы для хранения питательных веществ, такие как гликоген,[59] полифосфат,[60] сера[61] или же полигидроксиалканоаты.[62] Бактерии, такие как фотосинтетический цианобактерии, производить внутренние газовые вакуоли, которые они используют для регулирования своей плавучести, позволяя им перемещаться вверх или вниз в слои воды с различной интенсивностью света и уровнями питательных веществ.[63]

Внеклеточные структуры

Дальнейшая информация: Конверт клетки

Вокруг клеточной мембраны находится клеточная стенка. Стенки бактериальных клеток состоят из пептидогликан (также называемый мурейн), который сделан из полисахарид цепи, сшитые пептиды содержащий D-аминокислоты.[64] Стенки бактериальных клеток отличаются от клеточных стенок растения и грибы, которые сделаны из целлюлоза и хитин, соответственно.[65] Клеточная стенка бактерий также отличается от таковой у архей, которые не содержат пептидогликан. Клеточная стенка необходима для выживания многих бактерий, а антибиотик пенициллин (производится грибком, называемым Пенициллий) способен убивать бактерии, ингибируя стадию синтеза пептидогликана.[65]

Вообще говоря, у бактерий есть два разных типа клеточной стенки, которые классифицируют бактерии на Грамположительные бактерии и Грамотрицательные бактерии. Названия происходят от реакции клеток на Окраска по Граму, давний тест для классификации видов бактерий.[66]

Грамположительные бактерии обладают толстой клеточной стенкой, содержащей множество слоев пептидогликана и тейхоевые кислоты. Напротив, грамотрицательные бактерии имеют относительно тонкую клеточную стенку, состоящую из нескольких слоев пептидогликана, окруженных вторым слоем. липидная мембрана содержащий липополисахариды и липопротеины. У большинства бактерий есть грамотрицательная клеточная стенка, и только Фирмикуты и Актинобактерии (ранее известные как грамположительные бактерии с низким G + C и высоким G + C, соответственно) имеют альтернативную грамположительную структуру.[67] Эти различия в структуре могут вызывать различия в чувствительности к антибиотикам; например, ванкомицин убивает только грамположительные бактерии и неэффективен против грамотрицательных бактерий. патогены, Такие как Haemophilus influenzae или же Синегнойная палочка.[68] Некоторые бактерии имеют структуры клеточной стенки, которые не являются ни классически грамположительными, ни грамотрицательными. Сюда входят клинически важные бактерии, такие как Микобактерии которые имеют толстую клеточную стенку пептидогликана, как у грамположительных бактерий, но также имеют второй внешний слой липидов.[69]

У многих бактерий S-слой жестко расположенных белковых молекул покрывает внешнюю часть клетки.[70] Этот слой обеспечивает химическую и физическую защиту поверхности клетки и может действовать как макромолекулярный диффузионный барьер. S-слои выполняют разнообразные, но в основном плохо изученные функции, но, как известно, действуют как факторы вирулентности в Campylobacter и содержать поверхность ферменты в Bacillus stearothermophilus.[71]

Электронная микрофотография Helicobacter pylori, на которой видны множественные жгутики на поверхности клетки
Helicobacter pylori электронная микрофотография, показывающая множественные жгутики на поверхности клетки

Жгутики представляют собой жесткие белковые структуры диаметром около 20 нанометров и длиной до 20 микрометров, которые используются для подвижность. Жгутики двигаются за счет энергии, выделяемой при передаче ионы вниз электрохимический градиент через клеточную мембрану.[72]

Фимбрии (иногда называется "насадки пили ") представляют собой тонкие нити белка, обычно диаметром 2–10 нанометров и длиной до нескольких микрометров. Они распределены по поверхности клетки и напоминают тонкие волоски, если смотреть под ними. электронный микроскоп. Считается, что фимбрии участвуют в прикреплении к твердым поверхностям или другим клеткам и необходимы для вирулентности некоторых бактериальных патогенов.[73] Пили (петь. pilus) представляют собой клеточные придатки, немного больше, чем фимбрии, которые могут передавать генетический материал между бактериальными клетками в процессе, называемом спряжение где они называются спряжение пили или половые пили (см. генетику бактерий ниже).[74] Они также могут генерировать движение там, где их называют пили IV типа.[75]

Гликокаликс продуцируется многими бактериями, чтобы окружать свои клетки, и различается по структурной сложности: от неорганизованного слизистый слой из внеклеточные полимерные вещества в хорошо структурированный капсула. Эти структуры могут защищать клетки от поглощения эукариотическими клетками, такими как макрофаги (часть человеческого иммунная система ).[76] Они также могут действовать как антигены и участвовать в распознавании клеток, а также помогать прикреплению к поверхностям и формированию биопленок.[77]

Сборка этих внеклеточных структур зависит от системы бактериальной секреции. Они переносят белки из цитоплазмы в периплазму или в окружающую среду вокруг клетки. Известно много типов систем секреции, и эти структуры часто необходимы для вирулентность патогенов, поэтому интенсивно изучаются.[78]

Эндоспоры

Дальнейшая информация: Эндоспора
Сибирская язва, окрашенная в фиолетовый цвет
бацилла сибирской язвы (окрашенный в фиолетовый цвет) растет в спинномозговая жидкость

Определенный роды грамположительных бактерий, таких как Бациллы, Clostridium, Спорохалобактер, Анаэробактер, и Heliobacterium, могут образовывать очень устойчивые спящие структуры, называемые эндоспоры.[79] Эндоспоры развиваются в цитоплазме клетки; обычно в каждой клетке развивается одна эндоспора.[80] Каждая эндоспора содержит ядро ДНК и рибосомы окружен корковым слоем и защищен многослойной жесткой оболочкой, состоящей из пептидогликана и различных белков.[80]

Эндоспоры не обнаруживаются метаболизм и может выдерживать экстремальные физические и химические нагрузки, такие как высокий уровень УФ-излучение, гамма-излучение, моющие средства, дезинфицирующие средства, тепло, замораживание, давление и высыхание.[81] В этом состоянии покоя эти организмы могут оставаться жизнеспособными в течение миллионов лет.[82][83][84] и эндоспоры даже позволяют бактериям выжить при воздействии вакуум и радиация в космосе, возможно, бактерии могут быть распространены по всему Вселенная к космическая пыль, метеороиды, астероиды, кометы, планетоиды или через направленная панспермия.[85][86] Эндоспорообразующие бактерии также могут вызывать заболевание: например, сибирская язва можно заразиться при вдыхании бацилла сибирской язвы эндоспоры и контаминация глубоких колотых ран Clostridium tetani эндоспоры причины столбняк.[87]

Метаболизм

Дальнейшая информация: Микробный метаболизм

Бактерии демонстрируют чрезвычайно широкий спектр метаболический типы.[88] Распределение метаболических признаков внутри группы бактерий традиционно использовалось для определения их таксономия, но эти признаки часто не соответствуют современным генетическим классификациям.[89] Бактериальный метаболизм подразделяется на группы питания на основе трех основных критериев: источник энергия, то доноры электронов использованный, и источник углерод используется для роста.[90]

Бактерии получают энергию от света, используя фотосинтез (называется фототрофия ), или расщепляя химические соединения с помощью окисление (называется хемотрофия ).[91] Хемотрофы используют химические соединения в качестве источника энергии, передавая электроны от данного донора электронов к терминальный акцептор электронов в окислительно-восстановительная реакция. Эта реакция высвобождает энергию, которая может быть использована для метаболизма. Хемотрофы далее делятся по типам соединений, которые они используют для переноса электронов. Бактерии, которые используют неорганические соединения, такие как водород, монооксид углерода, или же аммиак в качестве источники электронов называются литотрофы, а те, которые используют органические соединения, называются органотрофы.[91] Соединения, используемые для получения электронов, также используются для классификации бактерий: аэробные организмы использовать кислород в качестве концевого акцептора электронов, а анаэробные организмы использовать другие соединения, такие как нитрат, сульфат, или диоксид углерода.[91]

Многие бактерии получают углерод от других органический углерод, называется гетеротрофия. Другие, такие как цианобактерии и немного пурпурные бактерии находятся автотрофный, что означает, что они получают клеточный углерод путем фиксация углекислый газ.[92] В необычных обстоятельствах газ метан может использоваться метанотрофный бактерии как источник электроны и подложка для углерода анаболизм.[93]

Типы питания в метаболизме бактерий
Тип питанияИсточник энергииИсточник углеродаПримеры
 Фототрофы  Солнечный свет Органические соединения (фотогетеротрофы) или фиксация углерода (фотоавтотрофы) Цианобактерии, Зеленые серные бактерии, Хлорофлекси, или же Фиолетовые бактерии  
 ЛитотрофыНеорганические соединения Органические соединения (литоагетеротрофы) или фиксация углерода (литоавтотрофы) Термодесульфобактерии, Hydrogenophilaceae, или же Нитроспиры  
 ОрганотрофыОрганические соединения Органические соединения (хемогетеротрофы) или фиксация углерода (хемоавтотрофы) Бациллы, Clostridium или же Энтеробактерии  

Во многих отношениях метаболизм бактерий обеспечивает свойства, полезные для экологической стабильности и для человеческого общества. Одним из примеров является то, что некоторые бактерии обладают способностью исправить азот газ с использованием фермента нитрогеназа. Это экологически важное свойство можно найти у бактерий большинства метаболических типов, перечисленных выше.[94] Это приводит к экологически важным процессам денитрификация, сульфатредукция и ацетогенез, соответственно.[95][96] Бактериальные метаболические процессы также важны для биологических реакций на загрязнение; Например, сульфатредуцирующие бактерии в значительной степени ответственны за производство высокотоксичных форм Меркурий (метил- и диметилртуть ) в окружающей среде.[97] Использование недыхательных анаэробов ферментация для выработки энергии и снижения мощности, выделяя побочные продукты метаболизма (такие как этиловый спирт в пивоварении) как отходы. Факультативные анаэробы может переключаться между ферментацией и другим терминальные акцепторы электронов в зависимости от условий окружающей среды, в которых они находятся.[98]

Рост и размножение

рисунок, показывающий процессы бинарного деления, митоза и мейоза
Многие бактерии размножаются двойное деление, который сравнивается с митоз и мейоз на этом изображении.
Дальнейшая информация: Бактериальный рост

В отличие от многоклеточных организмов, увеличивается размер клеток (рост клеток ) и воспроизведение деление клеток тесно связаны у одноклеточных организмов. Бактерии вырастают до фиксированного размера, а затем размножаются двойное деление, форма бесполое размножение.[99] В оптимальных условиях бактерии могут расти и делиться чрезвычайно быстро, а популяции бактерий могут удваиваться каждые 9,8 минут.[100] При делении клеток два одинаковых клон производятся дочерние клетки. Некоторые бактерии, все еще размножаясь бесполым путем, образуют более сложные репродуктивные структуры, которые помогают рассеивать вновь образованные дочерние клетки. Примеры включают формирование плодового тела путем Миксобактерии и воздушный гифы формирование Streptomyces, или начинающий. При почковании клетка образует выступ, который отрывается и производит дочернюю клетку.[101]

Колония E. coli
Колония кишечная палочка[102]

В лаборатории бактерии обычно выращивают на твердых или жидких средах. Твердый ростовые среды, Такие как чашки с агаром, привыкли изолировать чистые культуры бактериального штамма. Однако жидкие питательные среды используются, когда требуется измерение роста или больших объемов клеток. Рост в перемешиваемых жидких средах происходит в виде однородной клеточной суспензии, благодаря чему культуры легко разделяются и переносятся, хотя выделение отдельных бактерий из жидких сред затруднено. Использование селективных сред (среды с добавлением или недостатком определенных питательных веществ или с добавлением антибиотиков) может помочь идентифицировать определенные организмы.[103]

Большинство лабораторных методов выращивания бактерий используют высокие уровни питательных веществ для быстрого и дешевого производства большого количества клеток. Однако в естественной среде количество питательных веществ ограничено, а это означает, что бактерии не могут продолжать размножаться бесконечно. Это ограничение питательных веществ привело к развитию различных стратегий роста (см. теория выбора р / к ). Некоторые организмы могут расти очень быстро, когда становятся доступными питательные вещества, такие как образование водоросль (и цианобактерии) цветение, которое часто бывает в озерах летом.[104] У других организмов есть приспособления к суровым условиям, например, к производству нескольких антибиотики к Streptomyces которые подавляют рост конкурирующих микроорганизмов.[105] В природе многие организмы живут сообществами (например, биопленки ), что может позволить увеличить поступление питательных веществ и защитить от стрессов окружающей среды.[44] Эти отношения могут иметь важное значение для роста конкретного организма или группы организмов (синтрофия ).[106]

Бактериальный рост следует четыре фазы. Когда популяция бактерий впервые попадает в среду с высоким содержанием питательных веществ, которая позволяет расти, клеткам необходимо адаптироваться к новой среде. Первая фаза роста - это фаза задержки, период медленного роста, когда клетки адаптируются к среде с высоким содержанием питательных веществ и готовятся к быстрому росту. В лаг-фазе скорость биосинтеза высока, поскольку вырабатываются белки, необходимые для быстрого роста.[107][108] Вторая фаза роста - это логарифмическая фаза, также известная как экспоненциальная фаза. Фаза регистрации отмечена быстрым экспоненциальный рост. Скорость, с которой клетки растут во время этой фазы, известна как скорость роста (k), а время, необходимое для удвоения ячеек, известно как время поколения (грамм). Во время фазы журнала питательные вещества метаболизируются с максимальной скоростью, пока одно из питательных веществ не истощится и не начнет ограничивать рост. Третья фаза роста - это стационарная фаза и вызвано истощением питательных веществ. Клетки снижают свою метаболическую активность и потребляют несущественные клеточные белки. Стационарная фаза - это переход от быстрого роста к состоянию стрессовой реакции, при этом увеличивается экспрессия генов участвует в Ремонт ДНК, антиоксидантный метаболизм и перенос питательных веществ.[109] Заключительный этап - это фаза смерти где у бактерий заканчиваются питательные вещества и они умирают.[110]

Генетика

Основная статья: Бактериальная генетика

Большинство бактерий имеют один круговой хромосома размер которых может варьироваться от 160 000 пар оснований в эндосимбиотический бактерии Карсонелла руддии,[111] до 12 200 000 пар оснований (12,2 Мбит / с) в почвенных бактериях Сорангиум целлюлозум.[112] Из этого есть много исключений, например, некоторые Streptomyces и Borrelia виды содержат одну линейную хромосому,[113][114] в то время как некоторые Вибрион виды содержат более одной хромосомы.[115] Бактерии также могут содержать плазмиды, небольшие внехромосомные молекулы ДНК, которые могут содержать гены для различных полезных функций, таких как устойчивость к антибиотикам, метаболические возможности или различные факторы вирулентности.[116]

Геномы бактерий обычно кодируют от нескольких сотен до нескольких тысяч генов. Гены в бактериальных геномах обычно представляют собой один непрерывный участок ДНК, и хотя несколько разных типов интроны действительно существуют у бактерий, они гораздо реже, чем у эукариот.[117]

Бактерии, как бесполые организмы, наследуют идентичную копию генома родителей и являются клональный. Однако все бактерии могут развиваться путем отбора изменений в их генетическом материале. ДНК вызванный генетическая рекомбинация или же мутации. Мутации происходят из-за ошибок, сделанных во время репликации ДНК или из-за воздействия мутагены. Скорость мутаций широко варьируется среди разных видов бактерий и даже среди разных клонов одного вида бактерий.[118] Генетические изменения в бактериальных геномах происходят либо из-за случайной мутации во время репликации, либо из-за «стресс-направленной мутации», когда гены, участвующие в конкретном ограничивающем рост процессе, имеют повышенную скорость мутаций.[119]

Некоторые бактерии также переносят генетический материал между клетками. Это может происходить тремя основными способами. Во-первых, бактерии могут поглощать экзогенную ДНК из окружающей среды в процессе, называемом трансформация.[120] Многие бактерии могут естественно захватывают ДНК из окружающей среды, в то время как другие должны быть химически изменены, чтобы побудить их принять ДНК.[121] Развитие компетентности в природе обычно связано со стрессовыми условиями окружающей среды и, по-видимому, является адаптацией для облегчения восстановления повреждений ДНК в реципиентных клетках.[122] Второй способ передачи генетического материала бактериями: трансдукция, когда интегрирование бактериофаг вводит чужеродную ДНК в хромосому. Существует множество типов бактериофагов, некоторые просто заражают и лизировать их хозяин бактерии, а другие вставляются в бактериальную хромосому.[123] Бактерии противостоят фаговой инфекции через системы модификации ограничений которые разрушают чужеродную ДНК,[124] и система, которая использует CRISPR последовательности для сохранения фрагментов геномов фага, с которыми бактерии контактировали в прошлом, что позволяет им блокировать репликацию вируса с помощью формы РНК-интерференция.[125][126] Третий метод переноса генов - это спряжение, посредством чего ДНК передается через прямой контакт с клеткой. В обычных обстоятельствах трансдукция, конъюгация и трансформация включают перенос ДНК между отдельными бактериями одного и того же вида, но иногда перенос может происходить между особями разных видов бактерий, и это может иметь значительные последствия, такие как перенос устойчивости к антибиотикам.[127][128] В таких случаях получение гена от других бактерий или окружающей среды называется горизонтальный перенос генов и может быть обычным явлением в естественных условиях.[129]

Поведение

Движение

Дальнейшая информация: Хемотаксис, Жгутик, и Pilus
Просвечивающая электронная микрофотография Desulfovibrio vulgaris показывает единственный жгутик на одном конце клетки. Шкала имеет длину 0,5 микрометра.

Многие бактерии подвижный (могут двигаться сами) и делают это с помощью различных механизмов. Наиболее изученными из них являются жгутики, длинные нити, которые вращаются двигателем у основания для создания движения, напоминающего пропеллер.[130] Жгутик бактерий состоит примерно из 20 белков, и еще примерно 30 белков необходимы для его регуляции и сборки.[130] Жгутик - это вращающаяся структура, приводимая в движение реверсивным двигателем в основании, который использует электрохимический градиент через мембрану для питания.[131]

Различное расположение жгутиков бактерий: A-однообразный; B-лофотрихозный; C-амфитриховый; D-перитрихий

Бактерии могут использовать жгутики по-разному для создания различных движений. Многие бактерии (например, Кишечная палочка ) имеют два различных режима движения: движение вперед (плавание) и акробатическое движение. Кувырок позволяет им переориентироваться и делает их движение трехмерным. случайная прогулка.[132] Виды бактерий различаются по количеству и расположению жгутиков на поверхности; у некоторых есть один жгутик (однообразный ), жгутик на каждом конце (амфитричный ), скопления жгутиков на полюсах клетки (лофотрих ), у других жгутики распределены по всей поверхности клетки (перитрихозный ). Жгутики уникальной группы бактерий, спирохеты, находятся между двумя мембранами в периплазматическом пространстве. У них есть отличительный спиральный тело, которое изгибается при движении.[130]

Два других типа движения бактерий называются подергивание моторики который опирается на структуру, называемую пилус IV типа,[133] и скользящая подвижность, использующий другие механизмы. При подергивании подвижности палочковидный пилус выходит из клетки, связывает некоторый субстрат, а затем втягивается, вытягивая клетку вперед.[134]

Подвижные бактерии привлекаются или отталкиваются определенными стимулы в поведении называется налоги: к ним относятся хемотаксис, фототаксис, энергетические такси, и магнитотаксис.[135][136][137] В одной своеобразной группе миксобактерии отдельные бактерии перемещаются вместе, образуя волны клеток, которые затем дифференцируются с образованием плодовых тел, содержащих споры.[41] В миксобактерии двигаться только по твердым поверхностям, в отличие от Кишечная палочка, который подвижен в жидких или твердых средах.[138]

Несколько Листерия и Шигелла виды перемещаются внутри клеток-хозяев, узурпируя цитоскелет, который обычно используется для перемещения органеллы внутри клетки. Продвигая актин полимеризация на одном полюсе своих клеток они могут образовывать своего рода хвост, который проталкивает их через цитоплазму клетки-хозяина.[139]

Коммуникация

Смотрите также: Прокариот § Социальность

У некоторых бактерий есть химические системы, излучающие свет. Этот биолюминесценция часто встречается у бактерий, которые живут вместе с рыбами, и свет, вероятно, служит для привлечения рыб или других крупных животных.[140]

Бактерии часто функционируют как многоклеточные агрегаты, известные как биопленки, обмениваясь различными молекулярными сигналами для межсотовая связь, и участие в скоординированном многоклеточном поведении.[141][142]

Общие преимущества многоклеточного сотрудничества включают клеточное разделение труда, доступ к ресурсам, которые не могут эффективно использоваться отдельными клетками, коллективную защиту от антагонистов и оптимизацию выживания популяции за счет дифференциации на отдельные типы клеток.[141] Например, бактерии в биопленках могут иметь более чем в 500 раз повышенную устойчивость к антибактериальный агентов, чем отдельные «планктонные» бактерии того же вида.[142]

Один из типов межклеточной коммуникации посредством молекулярного сигнала называется проверка кворума, который служит для определения того, существует ли плотность местного населения, которая достаточно высока, чтобы продуктивно инвестировать в процессы, которые будут успешными только в том случае, если большое количество схожих организмов ведет себя одинаково, например, при выделении пищеварительных ферментов или излучении света.[143][144]

Определение кворума позволяет бактериям координировать свои действия экспрессия гена, и позволяет им производить, выпускать и обнаруживать автоиндукторы или же феромоны которые накапливаются с ростом популяции клеток.[145]

Классификация и идентификация

Основная статья: Бактериальная систематика
Дальнейшая информация: Научная классификация, Систематика, Бактериальный тип, и Клиническая патология
синяя окраска Streptococcus mutans
Streptococcus mutans визуализируется окрашиванием по Граму.
Филогенетическое дерево показывая разнообразие бактерий по сравнению с другими организмами. Здесь бактерии представлены тремя основными супергруппами: CPR ультрамикробактерии, Террабактерии и Gracilicutes согласно недавнему геномному анализу (2019).[146]

Классификация стремится описать разнообразие видов бактерий, называя и группируя организмы на основе сходства. Бактерии можно классифицировать по строению клетки, клеточный метаболизм или о различиях в клеточных компонентах, таких как ДНК, жирные кислоты, пигменты, антигены и хиноны.[103] Хотя эти схемы позволяли идентифицировать и классифицировать бактериальные штаммы, было неясно, представляют ли эти различия различия между разными видами или между штаммами одного и того же вида. Эта неопределенность была связана с отсутствием отличительных структур у большинства бактерий, а также боковой перенос гена между неродственными видами.[147] Из-за латерального переноса генов некоторые близкородственные бактерии могут иметь очень разную морфологию и метаболизм. Чтобы преодолеть эту неопределенность, современная классификация бактерий подчеркивает: молекулярная систематика, используя генетические методы, такие как гуанин цитозин соотношение определение, гибридизация геном-геном, а также последовательность действий гены, которые не претерпели обширного латерального переноса генов, такие как ген рРНК.[148] Классификация бактерий определяется публикацией в International Journal of Systematic Bacteriology,[149] и Руководство Берджи по систематической бактериологии.[150] В Международный комитет по систематической бактериологии (ICSB) поддерживает международные правила для наименования бактерий и таксономических категорий, а также для их ранжирования в Международный кодекс номенклатуры бактерий.[151]

Термин «бактерии» традиционно применялся ко всем микроскопическим одноклеточным прокариотам. Однако молекулярная систематика показала, что жизнь прокариот состоит из двух отдельных домены, первоначально назывался Эубактерии и Архебактерии, но теперь называется Бактерии и Археи которые развились независимо от древнего общего предка.[1] Археи и эукариоты более тесно связаны друг с другом, чем с бактериями. Эти два домена вместе с Эукарией составляют основу трехдоменная система, которая в настоящее время является наиболее широко используемой системой классификации в микробиологии.[152] Однако из-за относительно недавнего внедрения молекулярной систематики и быстрого увеличения числа доступных последовательностей генома классификация бактерий остается постоянно меняющейся и расширяющейся областью.[153][154] Например, Кавалер-Смит утверждал, что археи и эукариоты произошли от грамположительных бактерий.[155]

Идентификация бактерий в лаборатории особенно актуальна в лекарство, где правильное лечение определяется видом бактерий, вызывающих инфекцию. Следовательно, необходимость выявления патогенных микроорганизмов человека была основным стимулом для разработки методов идентификации бактерий.[156]

В Окраска по Граму, разработанный в 1884 г. Ганс Кристиан Грам, характеризует бактерии на основе структурных характеристик их клеточных стенок.[66] Толстые слои пептидогликана в «грамположительной» клеточной стенке окрашиваются в фиолетовый цвет, в то время как тонкая «грамотрицательная» клеточная стенка выглядит розовой. Комбинируя морфологию и окрашивание по Граму, большинство бактерий можно классифицировать как принадлежащие к одной из четырех групп (грамположительные кокки, грамположительные палочки, грамотрицательные кокки и грамотрицательные палочки). Некоторые организмы лучше всего идентифицируются с помощью красителей, отличных от окраски по Граму, особенно микобактерии или Нокардия, которые показывают кислотостойкость на Циль – Нильсен или похожие пятна.[157] Другие организмы, возможно, потребуется идентифицировать по их росту в специальных средах или другими методами, такими как серология.[158]

Культура методы предназначены для стимулирования роста и идентификации определенных бактерий, ограничивая рост других бактерий в образце. Часто эти методы предназначены для конкретных образцов; например, мокрота образец будет обработан для выявления организмов, вызывающих пневмония, пока табурет образцы культивируются на селективные СМИ для выявления организмов, вызывающих понос, предотвращая рост непатогенных бактерий. Обычно стерильные образцы, такие как кровь, моча или же спинномозговая жидкость, выращиваются в условиях, предназначенных для выращивания всех возможных организмов.[103][159] После выделения патогенного организма его можно дополнительно охарактеризовать по его морфологии, моделям роста (например, аэробный или же анаэробный рост), паттерны гемолиза, и окрашивание.[160]

Как и в случае классификации бактерий, для идентификации бактерий все чаще используются молекулярные методы. Диагностика с использованием инструментов на основе ДНК, таких как полимеразной цепной реакции, становятся все более популярными из-за их специфичности и скорости по сравнению с методами, основанными на культуре.[161] Эти методы также позволяют обнаруживать и идентифицировать "жизнеспособный, но некультивируемый «метаболически активные, но неделящиеся клетки.[162] Однако даже при использовании этих улучшенных методов общее количество видов бактерий неизвестно и даже не может быть определено с какой-либо точностью. Согласно настоящей классификации, известно немногим менее 9300 видов прокариот, включая бактерии и археи;[163] но попытки оценить истинное количество бактерий варьировались от 107 до 109 всего видов - и даже эти разнообразные оценки могут отличаться на много порядков.[164][165]

Взаимодействие с другими организмами

диаграмма, показывающая бактериальные инфекции на различных частях тела человека
Обзор бактериальных инфекций и основных затронутых видов.[166]
Дальнейшая информация: Микробы в человеческой культуре

Несмотря на кажущуюся простоту, бактерии могут образовывать сложные ассоциации с другими организмами. Эти симбиотический ассоциации можно разделить на паразитизм, мутуализм и комменсализм. Из-за своего небольшого размера комменсальные бактерии распространены повсеместно и растут на животных и растениях точно так же, как они будут расти на любой другой поверхности. Однако их рост можно увеличить за счет тепла и пот, и большие популяции этих организмов в организме человека являются причиной запах тела.[167]

Хищники

Некоторые виды бактерий убивают, а затем потребляют другие микроорганизмы, эти виды называются хищные бактерии.[168] К ним относятся такие организмы, как Myxococcus xanthus, который образует скопления клеток, которые убивают и переваривают любые бактерии, с которыми они сталкиваются.[169] Другие бактериальные хищники либо прикрепляются к своей добыче, чтобы переваривать ее и поглощать питательные вещества, такие как Вампировибрион хлореллавор,[170] или вторгаются в другую клетку и размножаются внутри цитозоля, например Daptobacter.[171] Считается, что эти хищные бактерии произошли от сапрофаги которые поглотили мертвые микроорганизмы с помощью адаптаций, которые позволили им захватить и убить другие организмы.[172]

Мутуалисты

Некоторые бактерии образуют тесные пространственные ассоциации, которые необходимы для их выживания. Одна такая мутуалистическая ассоциация, называемая межвидовым переносом водорода, происходит между кластерами анаэробные бактерии которые потребляют органические кислоты, Такие как Масляная кислота или же пропионовая кислота, и произвести водород, и метаногенный Археи, потребляющие водород.[173] Бактерии в этой ассоциации не могут потреблять органические кислоты, поскольку в результате этой реакции образуется водород, который накапливается в их окружении. Только тесная связь с потребляющими водород археями поддерживает концентрацию водорода на достаточно низком уровне, чтобы бактерии могли расти.[174]

В почве микроорганизмы, обитающие в ризосфера (зона, включающая корень поверхность и почва, которая прилипает к корню после легкого встряхивания) азотфиксация, превращая газообразный азот в азотистые соединения.[175] Это служит для обеспечения легко усваиваемой формы азота для многих растений, которые сами не могут усваивать азот. Многие другие бактерии встречаются как симбионты в людях и другие организмы. Например, наличие более 1000 видов бактерий у нормального человека Кишечная флора из кишечник может способствовать повышению иммунитета кишечника, синтезировать витамины, Такие как фолиевая кислота, витамин К и биотин, конвертировать сахара к молочная кислота (видеть Лактобациллы ), а также комплекс неперевариваемых заквасок углеводы.[176][177][178] Присутствие этой кишечной флоры также подавляет рост потенциально патогенных бактерий (обычно через конкурентное исключение ), и эти полезные бактерии, следовательно, продаются как пробиотик пищевые добавки.[179]

Патогены

Основная статья: Патогенные бактерии
Микрофотография красной сальмонеллы тифимуриум в желтых клетках человека в цветном сканирующем электронном микроскопе
Микрофотография с улучшенным цветным сканированием, показывающая Сальмонелла тифимуриум (красный) вторжение в культивируемые клетки человека

Если бактерии образуют паразитарную ассоциацию с другими организмами, они классифицируются как патогены. Патогенные бактерии являются основной причиной смерти и болезней человека и вызывают такие инфекции, как столбняк (Вызванный Clostridium tetani), брюшной тиф, дифтерия, сифилис, холера, болезни пищевого происхождения, проказа (вызванный Micobacterium leprae) и туберкулез (Вызванный Микобактерии туберкулеза). Патогенная причина известного медицинского заболевания может быть обнаружена только через много лет, как это было в случае с Helicobacter pylori и язвенная болезнь. Бактериальные заболевания также важны в сельское хозяйство, с бактериями, вызывающими пятнистость листьев, бактериальный ожог и вянет в растениях, а также Болезнь Джона, мастит, сальмонелла и сибирская язва у сельскохозяйственных животных.[180]

Каждый вид патогена имеет характерный спектр взаимодействий со своим человеческим организмом. хозяева. Некоторые организмы, такие как Стафилококк или же Стрептококк, может вызвать кожные инфекции, пневмония, менингит и даже подавляющее сепсис, системный воспалительная реакция производство шок, массивный расширение сосудов и смерть.[181] Тем не менее, эти организмы также являются частью нормальной человеческой флоры и обычно существуют на коже или в нос вообще не вызывая болезни. Другие организмы неизменно вызывают заболевания у людей, например, Риккетсия, которые облигатные внутриклеточные паразиты способен расти и воспроизводиться только в клетках других организмов. Один из видов риккетсий вызывает тиф, а другой вызывает американская пятнистая лихорадка. Хламидиоз, другой тип облигатных внутриклеточных паразитов, содержит виды, которые могут вызывать пневмонию или инфекция мочевыводящих путей и может быть вовлечен в ишемическая болезнь сердца.[182] Наконец, некоторые виды, такие как Синегнойная палочка, Burkholderia cenocepacia, и Mycobacterium avium, находятся условно-патогенные микроорганизмы и вызывают заболевание в основном у людей, страдающих иммуносупрессия или же кистозный фиброз.[183][184]

Бактериальные инфекции можно лечить с помощью антибиотики, которые классифицируются как бактерицидный если они убивают бактерии, или бактериостатический если они просто предотвращают рост бактерий. Есть много типов антибиотиков, и каждый класс подавляет процесс, который отличается от патогена у хозяина. Пример того, как антибиотики вызывают избирательную токсичность: хлорамфеникол и пуромицин, которые подавляют бактериальный рибосома, но не структурно другой эукариотической рибосомы.[185] Антибиотики используются как при лечении болезней человека, так и при интенсивное земледелие для стимулирования роста животных, где они могут способствовать быстрому развитию устойчивость к антибиотикам в бактериальных популяциях.[186] Инфекции можно предотвратить с помощью антисептик такие меры, как стерилизация кожи перед прокалыванием ее иглой шприца и надлежащий уход за постоянными катетерами. Хирургические и стоматологические инструменты также стерилизованный для предотвращения заражения бактериями. Дезинфицирующие средства Такие как отбеливать используются для уничтожения бактерий или других патогенов на поверхностях, чтобы предотвратить загрязнение и еще больше снизить риск заражения.[187]

Значение в технологиях и промышленности

Дальнейшая информация: Экономическое значение бактерий

Бактерии, часто молочнокислые бактерии, Такие как Лактобациллы и Лактококк, в комбинации с дрожжи и формы, тысячелетиями использовались при приготовлении ферментированный продукты, такие как сыр, соленья, соевый соус, квашеная капуста, уксус, вино и йогурт.[188][189]

Способность бактерий разлагать различные органические соединения примечательна и использовалась при переработке отходов и биоремедиация. Бактерии, способные переваривать углеводороды в нефть часто используются для очистки разливы нефти.[190] На некоторые пляжи в Принц Уильям Саунд в попытке способствовать росту этих естественных бактерий после 1989 г. Exxon Valdez разлив нефти. Эти усилия были эффективны на пляжах, которые не были слишком сильно залиты маслом. Бактерии также используются для биоремедиация промышленных токсичные отходы.[191] в химическая индустрия, бактерии играют важнейшую роль в производстве энантиомерно чистые химические вещества для использования в качестве фармацевтические препараты или же агрохимия.[192]

Бактерии также могут использоваться вместо пестициды в биологическая борьба с вредителями. Обычно это включает Bacillus thuringiensis (также называемый BT), грамположительная почвенная бактерия. Подвиды этой бактерии используются как Чешуекрылые -специфический инсектициды под торговыми марками, такими как Дипель и Турицид.[193] Из-за своей специфичности эти пестициды считаются экологически чистый, практически не влияя на людей, дикая природа, опылители и большинство других полезные насекомые.[194][195]

Благодаря своей способности быстро расти и относительной легкости, с которой ими можно манипулировать, бактерии являются рабочими лошадками для полей молекулярная биология, генетика и биохимия. Внося мутации в бактериальную ДНК и исследуя полученные фенотипы, ученые могут определить функцию генов, ферменты и метаболические пути в бактериях, затем примените эти знания к более сложным организмам.[196] Эта цель понимания биохимии клетки достигает своего наиболее сложного выражения в синтезе огромных количеств ферментный кинетический и экспрессия гена данные в математические модели целых организмов. Это достижимо на некоторых хорошо изученных бактериях с моделями кишечная палочка метаболизм в настоящее время производится и проверяется.[197][198] Такое понимание бактериального метаболизма и генетики позволяет использовать биотехнологию для биоинженер бактерии для производства терапевтических белков, таких как инсулин, факторы роста, или же антитела.[199][200]

Ввиду их важности для исследований в целом образцы бактериальных штаммов выделяются и сохраняются в Центры биологических ресурсов. Это обеспечивает доступность штамма для ученых всего мира.[201]

История бактериологии

По истории микробиологии см. Микробиология. Историю классификации бактерий см. Бактериальная систематика. Для естественной истории бактерий см. Последний универсальный общий предок.
Картина Антони ван Левенгук, в халате и рубашке с оборками, тушью и бумагой
Антони ван Левенгук, первый микробиолог и первый человек, который наблюдал бактерии с помощью микроскоп.

Бактерии были впервые обнаружены голландским микроскопистом. Антони ван Левенгук в 1676 г., используя однообъективную микроскоп собственного дизайна.[202] Затем он опубликовал свои наблюдения в серии писем в Лондонское королевское общество.[203][204][205] Бактерии были самым замечательным открытием Левенгука в микроскопе. Они были на пределе того, что могли разглядеть его простые линзы, и в один из самых поразительных перерывов в истории науки никто больше не видел их больше столетия.[206] Его наблюдения также включали простейших, которых он назвал животные, и его выводы были снова рассмотрены в свете более недавних открытий Клеточная теория.[207]

Кристиан Готфрид Эренберг ввел слово «бактерия» в 1828 году.[208] Фактически, его Бактерия был род, который содержал неспорообразующие палочковидные бактерии,[209] в отличие от Бациллы, род спорообразующих палочковидных бактерий, определенный Эренбергом в 1835 году.[210]

Луи Пастер продемонстрировал в 1859 г., что рост микроорганизмов вызывает ферментация процесс, и что этот рост не из-за самозарождение (дрожжи и формы, обычно связанные с брожением, не бактерии, а скорее грибы ). Вместе со своим современником Роберт Кох, Пастер был одним из первых сторонников микробная теория болезни.[211]

Роберт Кох, пионер медицинской микробиологии, работал над холера, сибирская язва и туберкулез. В своем исследовании туберкулеза Кох окончательно доказал микробную теорию, за что получил Нобелевская премия в 1905 г.[212] В Постулаты Коха, он изложил критерии, чтобы проверить, является ли организм причиной болезнь, и эти постулаты используются до сих пор.[213]

Фердинанд Кон считается основоположником бактериологии, изучая бактерии с 1870 года. Кон был первым, кто классифицировал бактерии на основе их морфологии.[214][215]

Хотя в девятнадцатом веке было известно, что бактерии являются причиной многих заболеваний, эффективных антибактериальный лечения были доступны.[216] В 1910 г. Пол Эрлих разработали первый антибиотик, заменив красители, которые избирательно окрашивали Бледная трепонема - спирохета что вызывает сифилис —В соединениях, избирательно убивающих патоген.[217] Эрлих был удостоен Нобелевской премии 1908 года за свою работу по иммунология, и впервые применил пятна для обнаружения и идентификации бактерий, и его работа стала основой Окраска по Граму и Пятно Циля – Нильсена.[218]

Большой шаг вперед в изучении бактерий был сделан в 1977 году, когда Карл Вёзе признал, что археи имеют отдельную линию эволюционного происхождения от бактерий.[3] Этот новый филогенетический таксономия зависел от последовательность действий из 16S рибосомная РНК, и разделили прокариот на два эволюционных домена, как часть трехдоменная система.[1]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (июнь 1990 г.). «На пути к естественной системе организмов: предложение по доменам архей, бактерий и эукариев». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 87 (12): 4576–79. Bibcode:1990PNAS ... 87,4576 Вт. Дои:10.1073 / pnas.87.12.4576. ЧВК  54159. PMID  2112744.
  2. ^ Паван М.Э. и др. (Май 2018). "Предложение по новой классификации глубоко разветвленной бактериальной филогенетической линии: перенос Coprothermobacter proteolyticus и Coprothermobacter platensis к семейству Coprothermobacteraceae nov., В пределах Coprothermobacterales ord. Nov., Coprothermobacteria classis nov. И Coprothermobacterota the phyl. семья Thermodesulfobiaceae ". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 68 (5): 1627–32. Дои:10.1099 / ijsem.0.002720. PMID  29595416. S2CID  4470260.
  3. ^ а б Woese CR, Fox GE (ноябрь 1977 г.). «Филогенетическая структура прокариотического домена: первичные царства». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 74 (11): 5088–90. Bibcode:1977PNAS ... 74.5088W. Дои:10.1073 / пнас.74.11.5088. ЧВК  432104. PMID  270744.
  4. ^ Fredrickson JK, Zachara JM, Balkwill DL, Kennedy D, Li SM, Kostandarithes HM, Daly MJ, Romine MF, Brockman FJ (июль 2004 г.). «Геомикробиология высокоактивных отложений вадозы, загрязненных ядерными отходами, на участке Хэнфорд, штат Вашингтон». Прикладная и экологическая микробиология. 70 (7): 4230–41. Дои:10.1128 / AEM.70.7.4230-4241.2004. ЧВК  444790. PMID  15240306.
  5. ^ Дудек Н.К., Сан С.Л., Бурштейн Д. (2017). «Новое микробное разнообразие и функциональный потенциал в оральном микробиоме морских млекопитающих» (PDF). Текущая биология. 27 (24): 3752–3762. Дои:10.1016 / j.cub.2017.10.040. PMID  29153320. S2CID  43864355.
  6. ^ Фанг Х, Кан Дж, Чжан Д. (январь 2017 г.). «12: обзор и перспективы на будущее». Фабрики микробных клеток. 16 (1): 15. Дои:10.1186 / s12934-017-0631-у. ЧВК  5282855. PMID  28137297.
  7. ^ Мур SJ, Уоррен MJ (июнь 2012 г.). «Анаэробный биосинтез витамина B12». Сделки Биохимического Общества. 40 (3): 581–6. Дои:10.1042 / BST20120066. PMID  22616870.
  8. ^ Грэм Р.М., Дири Э., Уоррен М.Дж. (2009). "18: витамин B12: Биосинтез кольца Коррина ». В Warren MJ, Smith AG (ред.). Рождение, жизнь и смерть тетрапирролов. Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Springer-Verlag. п. 286. Дои:10.1007/978-0-387-78518-9_18. ISBN  978-0-387-78518-9.
  9. ^ Миллер А., Корем М., Альмог Р., Гальбоиз Ю. (июнь 2005 г.). «Витамин B12, демиелинизация, ремиелинизация и восстановление при рассеянном склерозе». Журнал неврологических наук. 233 (1–2): 93–7. Дои:10.1016 / j.jns.2005.03.009. PMID  15896807. S2CID  6269094.
  10. ^ Whitman WB, Coleman DC, Wiebe WJ (июнь 1998 г.). «Прокариоты: невидимое большинство». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 95 (12): 6578–83. Bibcode:1998PNAS ... 95,6578 Вт. Дои:10.1073 / пнас.95.12.6578. ЧВК  33863. PMID  9618454.
  11. ^ Бар-Он Ю.М., Филлипс Р., Майло Р. (июнь 2018 г.). «Распределение биомассы на Земле» (PDF). Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 115 (25): 6506–6511. Дои:10.1073 / pnas.1711842115. ЧВК  6016768. PMID  29784790.
  12. ^ Forbes SL (2008 г.). «Химия разложения в погребальной среде». В Tibbett M, Carter DO (ред.). Анализ почвы в судебной тафономии. CRC Press. С. 203–223. ISBN  978-1-4200-6991-4.
  13. ^ Sears CL (октябрь 2005 г.). «Динамичное партнерство: чествуем нашу кишечную флору». Анаэроб. 11 (5): 247–51. Дои:10.1016 / j.anaerobe.2005.05.001. PMID  16701579.
  14. ^ «Данные ВОЗ о смертности за 2002 год». В архиве из оригинала 23 октября 2013 г.. Получено 20 января 2007.
  15. ^ "Бактерии, добывающие металлы, - зеленые химики". Science Daily. 2 сентября 2010 г. В архиве с оригинала 31 августа 2017 года.
  16. ^ Ишиге Т., Хонда К, Симидзу С. (апрель 2005 г.). «Биокатализ всего организма». Современное мнение в области химической биологии. 9 (2): 174–80. Дои:10.1016 / j.cbpa.2005.02.001. PMID  15811802.
  17. ^ βακτήριον. Лидделл, Генри Джордж; Скотт, Роберт; Греко-английский лексикон на Проект Персей.
  18. ^ βακτηρία в Liddell и Скотт.
  19. ^ бактерия В архиве 27 января 2011 г. Wayback Machine, на Оксфордские словари.
  20. ^ Харпер, Дуглас. "бактерии". Интернет-словарь этимологии.
  21. ^ Шопф Дж. В. (июль 1994 г.). «Несопоставимые скорости, разные судьбы: темп и способ эволюции изменились от докембрия до фанерозоя». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 91 (15): 6735–42. Bibcode:1994PNAS ... 91.6735S. Дои:10.1073 / пнас.91.15.6735. ЧВК  44277. PMID  8041691.
  22. ^ Делонг Е.Ф., Пейс Н.Р. (август 2001 г.). «Экологическое разнообразие бактерий и архей». Систематическая биология. 50 (4): 470–78. CiteSeerX  10.1.1.321.8828. Дои:10.1080/106351501750435040. PMID  12116647.
  23. ^ Браун Дж. Р., Дулитл В. Ф. (декабрь 1997 г.). «Археи и переход от прокариот к эукариотам». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 61 (4): 456–502. Дои:10.1128/.61.4.456-502.1997. ЧВК  232621. PMID  9409149.
  24. ^ Ди Джулио М (декабрь 2003 г.). «Универсальный предок и предок бактерий были гипертермофилами». Журнал молекулярной эволюции. 57 (6): 721–30. Bibcode:2003JMolE..57..721D. Дои:10.1007 / s00239-003-2522-6. PMID  14745541. S2CID  7041325.
  25. ^ Battistuzzi FU, Feijao A, Hedges SB (ноябрь 2004 г.). «Геномная шкала времени эволюции прокариот: понимание происхождения метаногенеза, фототрофии и колонизации земли». BMC Эволюционная биология. 4: 44. Дои:10.1186/1471-2148-4-44. ЧВК  533871. PMID  15535883.
  26. ^ Хоманн, Мартин; и другие. (23 июля 2018 г.). «Микробная жизнь и биогеохимический круговорот на суше 3 220 миллионов лет назад». Природа Геонауки. 11 (9): 665–671. Bibcode:2018НатГе..11..665Ч. Дои:10.1038 / s41561-018-0190-9. S2CID  134935568.
  27. ^ Пул А.М., Пенни Д. (январь 2007 г.). «Оценка гипотез происхождения эукариот». BioEssays. 29 (1): 74–84. Дои:10.1002 / bies.20516. PMID  17187354.
  28. ^ Дьялл С.Д., Браун М.Т., Джонсон П.Дж. (апрель 2004 г.). «Древние нашествия: от эндосимбионтов до органелл». Наука. 304 (5668): 253–7. Bibcode:2004Наука ... 304..253D. Дои:10.1126 / science.1094884. PMID  15073369. S2CID  19424594.
  29. ^ Ланг Б.Ф., Грей М.В., Бургер Г. (1999). «Эволюция митохондриального генома и происхождение эукариот». Ежегодный обзор генетики. 33: 351–97. Дои:10.1146 / annurev.genet.33.1.351. PMID  10690412.
  30. ^ Макфадден Г.И. (декабрь 1999 г.). «Эндосимбиоз и эволюция растительной клетки». Текущее мнение в области биологии растений. 2 (6): 513–19. Дои:10.1016 / S1369-5266 (99) 00025-4. PMID  10607659.
  31. ^ Шульц HN, Йоргенсен BB (2001). «Большие бактерии». Ежегодный обзор микробиологии. 55: 105–37. Дои:10.1146 / annurev.micro.55.1.105. PMID  11544351. S2CID  18168018.
  32. ^ Уильямс C (2011). «Кого вы простыми называете?». Новый ученый. 211 (2821): 38–41. Дои:10.1016 / S0262-4079 (11) 61709-0.
  33. ^ Робертсон Дж, Гомерсалл М., Гилл П. (ноябрь 1975 г.). «Mycoplasma hominis: рост, размножение и выделение мелких жизнеспособных клеток». Журнал бактериологии. 124 (2): 1007–18. Дои:10.1128 / JB.124.2.1007-1018.1975. ЧВК  235991. PMID  1102522.
  34. ^ Велимиров Б (2001). "Нанобактерии, ультрамикробактерии и формы голода: поиск мельчайших метаболизирующих бактерий". Микробы и окружающая среда. 16 (2): 67–77. Дои:10.1264 / jsme2.2001.67.
  35. ^ Дузенбери, Дэвид Б. (2009). Жизнь в микромасштабеС. 20–25. Издательство Гарвардского университета, Кембридж, Массачусетс ISBN  978-0-674-03116-6.
  36. ^ Ян Д.К., Блэр К.М., Салама Н.Р. (март 2016 г.). «Сохранение формы: влияние формы клеток на выживание бактерий в различных средах». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 80 (1): 187–203. Дои:10.1128 / MMBR.00031-15. ЧВК  4771367. PMID  26864431.
  37. ^ Cabeen MT, Якобс-Вагнер C (август 2005 г.). «Форма бактериальной клетки». Обзоры природы. Микробиология. 3 (8): 601–10. Дои:10.1038 / nrmicro1205. PMID  16012516. S2CID  23938989.
  38. ^ Молодой К.Д. (сентябрь 2006 г.). «Селективное значение бактериальной формы». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 70 (3): 660–703. Дои:10.1128 / MMBR.00001-06. ЧВК  1594593. PMID  16959965.
  39. ^ Клаессен Д., Розен Д.Е., Койперс О.П., Согаард-Андерсен Л., ван Везель Г.П. (февраль 2014 г.). «Бактериальные решения для многоклеточности: рассказ о биопленках, нитях и плодовых телах». Обзоры природы. Микробиология. 12 (2): 115–24. Дои:10.1038 / nrmicro3178. PMID  24384602. S2CID  20154495.
  40. ^ Шимкетс ЖЖ (1999). «Межклеточная передача сигналов во время развития плодовых тел Myxococcus xanthus». Ежегодный обзор микробиологии. 53: 525–49. Дои:10.1146 / annurev.micro.53.1.525. PMID  10547700.
  41. ^ а б Кайзер Д. (2004). «Сигнализация у миксобактерий». Ежегодный обзор микробиологии. 58: 75–98. Дои:10.1146 / annurev.micro.58.030603.123620. PMID  15487930.
  42. ^ Донлан Р.М. (сентябрь 2002 г.). «Биопленки: микробная жизнь на поверхности». Возникающие инфекционные заболевания. 8 (9): 881–90. Дои:10.3201 / eid0809.020063. ЧВК  2732559. PMID  12194761.
  43. ^ Бранда С.С., Вик С., Фридман Л., Колтер Р. (январь 2005 г.). «Биопленки: новый взгляд на матрицу». Тенденции в микробиологии. 13 (1): 20–26. Дои:10.1016 / j.tim.2004.11.006. PMID  15639628.
  44. ^ а б Дэйви М.Э., О'тул Г.А. (декабрь 2000 г.). «Микробные биопленки: от экологии к молекулярной генетике». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 64 (4): 847–67. Дои:10.1128 / MMBR.64.4.847-867.2000. ЧВК  99016. PMID  11104821.
  45. ^ Донлан Р.М., Костертон Дж. В. (апрель 2002 г.). «Биопленки: механизмы выживания клинически значимых микроорганизмов». Обзоры клинической микробиологии. 15 (2): 167–93. Дои:10.1128 / CMR.15.2.167-193.2002. ЧВК  118068. PMID  11932229.
  46. ^ Слончевский JL, Фостер JW (2013). Микробиология: развивающаяся наука (Третье изд.). Нью-Йорк: В. В. Нортон. п. 82. ISBN  978-0393123678.
  47. ^ Лодиш Х, Берк А, Кайзер Калифорния, Кригер М, Бретчер А, Плоег Х, Амон А, Скотт МП (2013). Молекулярная клеточная биология (7-е изд.). WH Freeman. п. 13. ISBN  978-1429234139.
  48. ^ Бобик Т.А. (май 2006 г.). «Полиэдрические органеллы, разделяющие бактериальные метаболические процессы». Прикладная микробиология и биотехнология. 70 (5): 517–25. Дои:10.1007 / s00253-005-0295-0. PMID  16525780. S2CID  8202321.
  49. ^ Йейтс Т.О., Керфельд Калифорния, Хайнхорст С., Кэннон Г.С., Шивели Дж. М. (сентябрь 2008 г.). «Белковые органеллы в бактериях: карбоксисомы и родственные микрокомпартменты». Обзоры природы. Микробиология. 6 (9): 681–91. Дои:10.1038 / nrmicro1913. PMID  18679172. S2CID  22666203.
  50. ^ Kerfeld CA, Sawaya MR, Tanaka S, Nguyen CV, Phillips M, Beeby M, Yeates TO (август 2005 г.). «Белковые структуры, образующие оболочку примитивных бактериальных органелл». Наука. 309 (5736): 936–38. Bibcode:2005Наука ... 309..936K. CiteSeerX  10.1.1.1026.896. Дои:10.1126 / science.1113397. PMID  16081736. S2CID  24561197.
  51. ^ Gitai Z (март 2005 г.). «Новая биология бактериальных клеток: движущиеся части и субклеточная архитектура». Клетка. 120 (5): 577–86. Дои:10.1016 / j.cell.2005.02.026. PMID  15766522. S2CID  8894304.
  52. ^ Ши Ю.Л., Ротфилд Л. (сентябрь 2006 г.). «Бактериальный цитоскелет». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 70 (3): 729–54. Дои:10.1128 / MMBR.00017-06. ЧВК  1594594. PMID  16959967.
  53. ^ Norris V, den Blaauwen T, Cabin-Flaman A, Doi RH, Harshey R, Janniere L, Jimenez-Sanchez A, Jin DJ, Levin PA, Mileykovskaya E, Minsky A, Saier M, Skarstad K (март 2007). «Функциональная систематика бактериальных гиперструктур». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 71 (1): 230–53. Дои:10.1128 / MMBR.00035-06. ЧВК  1847379. PMID  17347523.
  54. ^ Гарольд FM (июнь 1972 г.). «Сохранение и преобразование энергии бактериальными мембранами». Бактериологические обзоры. 36 (2): 172–230. Дои:10.1128 / MMBR.36.2.172-230.1972. ЧВК  408323. PMID  4261111.
  55. ^ Bryant DA, Frigaard NU (ноябрь 2006 г.). «Прокариотический фотосинтез и фототрофия в свете». Тенденции в микробиологии. 14 (11): 488–96. Дои:10.1016 / j.tim.2006.09.001. PMID  16997562.
  56. ^ Псенчик Дж., Иконен Т.П., Лауринмяки П., Меркель М.С., Бутчер С.Дж., Серимаа Р.Э., Тума Р. (август 2004 г.). «Пластинчатая организация пигментов в хлоросомах, светособирающие комплексы зеленых фотосинтетических бактерий». Биофизический журнал. 87 (2): 1165–72. Bibcode:2004BpJ .... 87.1165P. Дои:10.1529 / biophysj.104.040956. ЧВК  1304455. PMID  15298919.
  57. ^ Танбихлер М., Ван С.К., Шапиро Л. (октябрь 2005 г.). «Бактериальный нуклеоид: высокоорганизованная и динамичная структура». Журнал клеточной биохимии. 96 (3): 506–21. Дои:10.1002 / jcb.20519. PMID  15988757. S2CID  25355087.
  58. ^ Poehlsgaard J, Douthwaite S (ноябрь 2005 г.). «Бактериальная рибосома как мишень для антибиотиков». Обзоры природы. Микробиология. 3 (11): 870–81. Дои:10.1038 / nrmicro1265. PMID  16261170. S2CID  7521924.
  59. ^ Йео М., Чейтер К. (март 2005 г.). «Взаимодействие метаболизма и дифференцировки гликогена дает представление о биологии развития Streptomyces coelicolor». Микробиология. 151 (Pt 3): 855–61. Дои:10.1099 / мик.0.27428-0. PMID  15758231. В архиве из оригинала от 29 сентября 2007 г.
  60. ^ Шиба Т., Цуцуми К., Ишиге К., Ногучи Т. (март 2000 г.). «Неорганические полифосфат и полифосфаткиназа: их новые биологические функции и применения». Биохимия. Биохимия. 65 (3): 315–23. PMID  10739474. В архиве из оригинала 25 сентября 2006 г.
  61. ^ Брюн, округ Колумбия (июнь 1995 г.). «Выделение и характеристика белков глобул серы из Chromatium vinosum и Thiocapsa roseopersicina». Архив микробиологии. 163 (6): 391–99. Дои:10.1007 / BF00272127. PMID  7575095. S2CID  22279133.
  62. ^ Кадури Д., Юркевич Э, Окон Ю., Кастро-Совински С. (2005). «Экологическое и сельскохозяйственное значение бактериальных полигидроксиалканоатов». Критические обзоры в микробиологии. 31 (2): 55–67. Дои:10.1080/10408410590899228. PMID  15986831. S2CID  4098268.
  63. ^ Уолсби А.Е. (март 1994 г.). «Газовые пузырьки». Микробиологические обзоры. 58 (1): 94–144. Дои:10.1128 / MMBR.58.1.94-144.1994. ЧВК  372955. PMID  8177173.
  64. ^ ван Хейенорт Дж (март 2001 г.). «Формирование гликановых цепей при синтезе бактериального пептидогликана». Гликобиология. 11 (3): 25R – 36R. Дои:10.1093 / гликоб / 11.3.25R. PMID  11320055. S2CID  46066256.
  65. ^ а б Кох А.Л. (октябрь 2003 г.). «Бактериальная стена как цель для атаки: прошлые, настоящие и будущие исследования». Обзоры клинической микробиологии. 16 (4): 673–87. Дои:10.1128 / CMR.16.4.673-687.2003. ЧВК  207114. PMID  14557293.
  66. ^ а б Грамм, HC (1884). "Über die isolierte Färbung der Schizomyceten in Schnitt- und Trockenpräparaten". Fortschr. Med. 2: 185–89.
  67. ^ Гугенгольц П. (2002). «Изучение прокариотического разнообразия в эпоху генома». Геномная биология. 3 (2): ОБЗОРЫ0003. Дои:10.1186 / gb-2002-3-2-reviews0003. ЧВК  139013. PMID  11864374.
  68. ^ Уолш FM, Эмис С.Г. (октябрь 2004 г.). «Микробиология и механизмы лекарственной устойчивости полностью резистентных патогенов». Текущее мнение в микробиологии. 7 (5): 439–44. Дои:10.1016 / j.mib.2004.08.007. PMID  15451497.
  69. ^ Олдервик Л.Дж., Харрисон Дж., Ллойд Г.С., Берч Х.Л. (март 2015 г.). «Клеточная стенка микобактерий - пептидогликан и арабиногалактан». Перспективы Колд-Спринг-Харбор в медицине. 5 (8): a021113. Дои:10.1101 / cshperspect.a021113. ЧВК  4526729. PMID  25818664.
  70. ^ Энгельгардт Х., Петерс Дж. (Декабрь 1998 г.). «Структурные исследования поверхностных слоев: основное внимание уделяется стабильности, доменам гомологии поверхностного слоя и взаимодействиям поверхностного слоя и клеточной стенки». Журнал структурной биологии. 124 (2–3): 276–302. Дои:10.1006 / jsbi.1998.4070. PMID  10049812.
  71. ^ Beveridge TJ, Pouwels PH, Sára M, Kotiranta A, Lounatmaa K, Kari K, Kerosuo E, Haapasalo M, Egelseer EM, Schocher I, Sleytr UB, Morelli L, Callegari ML, Nomellini JF, Bingle WH, Smit J, Leibovitz , Лемэр М., Мирас И., Саламитоу С., Беген П., Охайон Х., Гунон П., Матушек М., Коваль С.Ф. (июнь 1997 г.). «Функции S-слоев». Обзор микробиологии FEMS. 20 (1–2): 99–149. Дои:10.1016 / S0168-6445 (97) 00043-0. PMID  9276929.
  72. ^ Кодзима С., Блэр Д.Ф. (2004). Жгутиковый мотор бактерий: структура и функция сложной молекулярной машины. Международный обзор цитологии. 233. С. 93–134. Дои:10.1016 / S0074-7696 (04) 33003-2. ISBN  978-0-12-364637-8. PMID  15037363.
  73. ^ Бичи EH (март 1981 г.). «Бактериальная адгезия: адгезин-рецепторные взаимодействия, опосредующие прикрепление бактерий к поверхности слизистой оболочки». Журнал инфекционных болезней. 143 (3): 325–45. Дои:10.1093 / infdis / 143.3.325. PMID  7014727.
  74. ^ Сильверман PM (февраль 1997 г.). «К структурной биологии бактериальной конъюгации». Молекулярная микробиология. 23 (3): 423–29. Дои:10.1046 / j.1365-2958.1997.2411604.x. PMID  9044277. S2CID  24126399.
  75. ^ Коста Т.Р., Фелисберто-Родригес С., Меир А., Превост М.С., Редзей А., Троктер М., Ваксман Г. (июнь 2015 г.). «Системы секреции грамотрицательных бактерий: структурные и механистические взгляды». Обзоры природы. Микробиология. 13 (6): 343–59. Дои:10.1038 / nrmicro3456. PMID  25978706. S2CID  8664247.
  76. ^ Стоукс Р.В., Норрис-Джонс Р., Брукс Д.Е., Беверидж Т.Дж., Докси Д., Торсон Л.М. (октябрь 2004 г.). «Богатый гликаном внешний слой клеточной стенки Mycobacterium tuberculosis действует как антифагоцитарная капсула, ограничивающая ассоциацию бактерии с макрофагами». Инфекция и иммунитет. 72 (10): 5676–86. Дои:10.1128 / IAI.72.10.5676-5686.2004. ЧВК  517526. PMID  15385466.
  77. ^ Даффе М., Этьен Г. (1999). «Капсула Mycobacterium tuberculosis и ее значение для патогенности». Бугорок и болезнь легких. 79 (3): 153–69. Дои:10.1054 / tuld.1998.0200. PMID  10656114.
  78. ^ Finlay BB, Falkow S (июнь 1997 г.). «Возвращение к общим темам микробной патогенности». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 61 (2): 136–69. Дои:10.1128/.61.2.136-169.1997. ЧВК  232605. PMID  9184008.
  79. ^ Николсон В.Л., Мунаката Н., Хорнек Г., Мелош Г.Дж., Сетлоу П. (сентябрь 2000 г.). «Устойчивость эндоспор Bacillus к экстремальным земным и внеземным условиям». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 64 (3): 548–72. Дои:10.1128 / MMBR.64.3.548-572.2000. ЧВК  99004. PMID  10974126.
  80. ^ а б McKenney PT, Driks A, Eichenberger P (январь 2013 г.). «Эндоспора Bacillus subtilis: сборка и функции многослойной оболочки». Обзоры природы. Микробиология. 11 (1): 33–44. Дои:10.1038 / nrmicro2921. PMID  23202530. S2CID  205498395.
  81. ^ Николсон В.Л., Фахардо-Кавасос П., Ребейл Р., Слиман Т.А., Ризенман П.Дж., Ло Дж.Ф., Сюэ Y (август 2002 г.). «Бактериальные эндоспоры и их значение в стрессоустойчивости». Антони ван Левенгук. 81 (1–4): 27–32. Дои:10.1023 / А: 1020561122764. PMID  12448702. S2CID  30639022.
  82. ^ Вриланд Р.Х., Розенцвейг В.Д., Пауэрс Д.В. (октябрь 2000 г.). «Выделение галотолерантной бактерии возрастом 250 миллионов лет из первичного кристалла соли». Природа. 407 (6806): 897–900. Bibcode:2000Натура407..897В. Дои:10.1038/35038060. PMID  11057666. S2CID  9879073.
  83. ^ Кано Р.Дж., Боруки МК (май 1995 г.). «Возрождение и идентификация бактериальных спор в доминиканском янтаре возрастом 25-40 миллионов лет». Наука. 268 (5213): 1060–64. Bibcode:1995Научный ... 268.1060C. Дои:10.1126 / science.7538699. PMID  7538699.
  84. ^ «Пропустите древние бактерии». Новости BBC. 7 июня 2001 г.. Получено 26 апреля 2020.
  85. ^ Николсон WL, Schuerger AC, Setlow P (апрель 2005 г.). «Солнечная УФ-среда и устойчивость к УФ-излучению спор бактерий: соображения по переносу с Земли на Марс в результате естественных процессов и полета человека в космос». Мутационные исследования. 571 (1–2): 249–64. Дои:10.1016 / j.mrfmmm.2004.10.012. PMID  15748651.
  86. ^ «Колонизировать галактику сложно. Почему бы вместо этого не послать бактерии?». Экономист. 12 апреля 2018. ISSN  0013-0613. Получено 26 апреля 2020.
  87. ^ Hatheway CL (январь 1990 г.). «Токсигенные клостридии». Обзоры клинической микробиологии. 3 (1): 66–98. Дои:10.1128 / CMR.3.1.66. ЧВК  358141. PMID  2404569.
  88. ^ Нилсон К.Х. (январь 1999 г.). «Поствикингская микробиология: новые подходы, новые данные, новые идеи». Истоки жизни и эволюция биосферы. 29 (1): 73–93. Bibcode:1999 ОЛЕБ ... 29 ... 73Н. Дои:10.1023 / А: 1006515817767. PMID  11536899. S2CID  12289639.
  89. ^ Сюй Дж (июнь 2006 г.). «Микробная экология в эпоху геномики и метагеномики: концепции, инструменты и последние достижения». Молекулярная экология. 15 (7): 1713–31. Дои:10.1111 / j.1365-294X.2006.02882.x. PMID  16689892. S2CID  16374800.
  90. ^ Zillig W (декабрь 1991 г.). «Сравнительная биохимия архей и бактерий». Текущее мнение в области генетики и развития. 1 (4): 544–51. Дои:10.1016 / S0959-437X (05) 80206-0. PMID  1822288.
  91. ^ а б c Slonczewski JL, Foster JW. Микробиология: развивающаяся наука (3-е изд.). WW Norton & Company. С. 491–44.
  92. ^ Хеллингверф KJ, Crielaard W, Hoff WD, Matthijs HC, Mur LR, van Rotterdam BJ (1994). «Фотобиология бактерий». Антони ван Левенгук (Представлена ​​рукопись). 65 (4): 331–47. Дои:10.1007 / BF00872217. PMID  7832590. S2CID  23438926.
  93. ^ Далтон Х (июнь 2005 г.). «Лекция Левенгука 2000 года о естественной и неестественной истории метанокисляющих бактерий». Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки. 360 (1458): 1207–22. Дои:10.1098 / rstb.2005.1657. ЧВК  1569495. PMID  16147517.
  94. ^ Zehr JP, Jenkins BD, Short SM, Steward GF (июль 2003 г.). «Разнообразие генов нитрогеназы и структура микробного сообщества: кросс-системное сравнение». Экологическая микробиология. 5 (7): 539–54. Дои:10.1046 / j.1462-2920.2003.00451.x. PMID  12823187.
  95. ^ Zumft WG (декабрь 1997 г.). «Клеточная биология и молекулярные основы денитрификации». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 61 (4): 533–616. Дои:10.1128/.61.4.533-616.1997. ЧВК  232623. PMID  9409151.
  96. ^ Дрейк Х.Л., Даниэль С.Л., Кюзель К., Маттис С., Кунер С., Браус-Стромейер С. (1997). «Ацетогенные бактерии: каковы последствия их разнообразия метаболизма in situ?». БиоФакторы. 6 (1): 13–24. Дои:10.1002 / biof.5520060103. PMID  9233536. S2CID  25886552.
  97. ^ Морель FM, Kraepiel AM, Amyot M (1998). «Химический цикл и биоаккумуляция ртути». Ежегодный обзор экологии и систематики. 29: 543–66. Дои:10.1146 / annurev.ecolsys.29.1.543. S2CID  86336987.
  98. ^ Lesak I, Kula M, lesak H, Miszalski Z, Strzałka K (август 2019). «Как определить обязательный анаэробиоз? Эволюционный взгляд на систему антиоксидантного ответа и ранние стадии эволюции жизни на Земле». Свободная радикальная биология и медицина. 140: 61–73. Дои:10.1016 / j.freeradbiomed.2019.03.004. PMID  30862543.
  99. ^ Кох А.Л. (2002). «Контроль клеточного цикла бактерий путем роста цитоплазмы». Критические обзоры в микробиологии. 28 (1): 61–77. Дои:10.1080/1040-840291046696. PMID  12003041. S2CID  11624182.
  100. ^ Игон РГ (апрель 1962 г.). «Pseudomonas natriegens, морская бактерия с временем генерации менее 10 минут». Журнал бактериологии. 83 (4): 736–37. Дои:10.1128 / jb.83.4.736-737.1962. ЧВК  279347. PMID  13888946.
  101. ^ Pommerville p. 557
  102. ^ Стюарт EJ, Madden R, Paul G, Taddei F (февраль 2005 г.). «Старение и смерть в организме, размножающемся морфологически симметричным делением». PLOS Биология. 3 (2): e45. Дои:10.1371 / journal.pbio.0030045. ЧВК  546039. PMID  15685293.
  103. ^ а б c Томсон РБ, Бертрам Х (декабрь 2001 г.). «Лабораторная диагностика инфекций центральной нервной системы». Клиники инфекционных болезней Северной Америки. 15 (4): 1047–71. Дои:10.1016 / S0891-5520 (05) 70186-0. PMID  11780267.
  104. ^ Паерл Х.В., Фултон Р.С., Мойсандер Ф.Х., Дайбл Дж. (Апрель 2001 г.). «Вредное цветение пресноводных водорослей с акцентом на цианобактерии». Журнал ScienceWorld. 1: 76–113. Дои:10.1100 / tsw.2001.16. ЧВК  6083932. PMID  12805693.
  105. ^ Чаллис Г.Л., Хопвуд Д.А. (ноябрь 2003 г.). «Синергия и непредвиденные обстоятельства как движущие силы для эволюции производства множественных вторичных метаболитов видами Streptomyces». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 100 Приложение 2 (90002): 14555–61. Bibcode:2003PNAS..10014555C. Дои:10.1073 / pnas.1934677100. ЧВК  304118. PMID  12970466.
  106. ^ Коойман С.А., Аугер П., Поджиале Дж.С., Коой Б.В. (август 2003 г.). «Количественные этапы симбиогенеза и эволюции гомеостаза». Биологические обзоры Кембриджского философского общества. 78 (3): 435–63. Дои:10.1017 / S1464793102006127. PMID  14558592. S2CID  41072709.
  107. ^ Бертран Р.Л. (2019). «Фаза запаздывания - это динамичный, организованный, адаптивный и развивающийся период, который подготавливает бактерии к делению клеток». Журнал бактериологии. 201 (7): e00697-18. Дои:10.1128 / JB.00697-18. ЧВК  6416914. PMID  30642990.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
  108. ^ Пратс К., Лопес Д., Хиро А., Феррер Дж., Валлс Дж. (Август 2006 г.). «Индивидуальное моделирование бактериальных культур для изучения микроскопических причин лаг-фазы». Журнал теоретической биологии. 241 (4): 939–53. Дои:10.1016 / j.jtbi.2006.01.029. PMID  16524598.
  109. ^ Hecker M, Völker U (2001). Общая стрессовая реакция Bacillus subtilis и других бактерий. Успехи микробной физиологии. 44. С. 35–91. Дои:10.1016 / S0065-2911 (01) 44011-2. ISBN  978-0-12-027744-5. PMID  11407115.
  110. ^ Slonczewski JL, Foster JW. Микробиология: развивающаяся наука (3-е изд.). WW Norton & Company. п. 143.
  111. ^ Накабачи А., Ямасита А., Тох Х., Исикава Х., Данбар Х. Э., Моран Н. А., Хаттори М. (октябрь 2006 г.). "160-килобазный геном бактериального эндосимбионта Carsonella". Наука. 314 (5797): 267. Дои:10.1126 / science.1134196. PMID  17038615. S2CID  44570539.
  112. ^ Pradella S, Hans A, Spröer C, Reichenbach H, Gerth K, Beyer S (декабрь 2002 г.). «Характеристика, размер генома и генетические манипуляции миксобактерии Sorangium cellulosum So ce56». Архив микробиологии. 178 (6): 484–92. Дои:10.1007 / s00203-002-0479-2. PMID  12420170. S2CID  21023021.
  113. ^ Хиннебуш Дж., Тилли К. (декабрь 1993 г.). «Линейные плазмиды и хромосомы у бактерий». Молекулярная микробиология. 10 (5): 917–22. Дои:10.1111 / j.1365-2958.1993.tb00963.x. PMID  7934868. S2CID  23852021.
  114. ^ Лин Ю.С., Кизер Х.М., Хопвуд Д.А., Чен К.В. (декабрь 1993 г.). «Хромосомная ДНК Streptomyces lividans 66 линейна». Молекулярная микробиология. 10 (5): 923–33. Дои:10.1111 / j.1365-2958.1993.tb00964.x. PMID  7934869. S2CID  8536066.
  115. ^ Val ME, Soler-Bistué A, Bland MJ, Mazel D (декабрь 2014 г.). «Управление множественными геномами: модель Vibrio cholerae». Текущее мнение в микробиологии. 22: 120–26. Дои:10.1016 / j.mib.2014.10.003. PMID  25460805.
  116. ^ Кадо К.И. (октябрь 2014 г.). Исторические события, породившие область биологии плазмид. Микробиологический спектр. 2. п. 3. Дои:10.1128 / microbiolspec.PLAS-0019-2013. ISBN  9781555818975. PMID  26104369.
  117. ^ Белфорт М., Реабан М.Э., Кутзи Т., Далгаард Дж. З. (июль 1995 г.). «Прокариотические интроны и интеины: совокупность форм и функций». Журнал бактериологии. 177 (14): 3897–903. Дои:10.1128 / jb.177.14.3897-3903.1995. ЧВК  177115. PMID  7608058.
  118. ^ Denamur E, Matic I (май 2006 г.). «Эволюция скорости мутаций у бактерий». Молекулярная микробиология. 60 (4): 820–27. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2006.05150.x. PMID  16677295. S2CID  20713095.
  119. ^ Райт БЭ (май 2004 г.). «Стресс-ориентированные адаптивные мутации и эволюция». Молекулярная микробиология. 52 (3): 643–50. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2004.04012.x. PMID  15101972. S2CID  1071308.
  120. ^ Чен И., Дубнау Д. (март 2004 г.). «Поглощение ДНК во время бактериальной трансформации». Обзоры природы. Микробиология. 2 (3): 241–49. Дои:10.1038 / nrmicro844. PMID  15083159. S2CID  205499369.
  121. ^ Johnsborg O, Eldholm V, Håvarstein LS (декабрь 2007 г.). «Естественная генетическая трансформация: распространенность, механизмы и функции». Исследования в области микробиологии. 158 (10): 767–78. Дои:10.1016 / j.resmic.2007.09.004. PMID  17997281.
  122. ^ Бернштейн Х, Бернштейн С, Мишод Р. Э. (2012). «Ремонт ДНК как основная адаптивная функция пола у бактерий и эукариот». Глава 1: стр. 1–49 в: Ремонт ДНК: новое исследование, Сакура Кимура и Сора Симидзу (ред.). Nova Sci. Publ., Hauppauge, NY ISBN  978-1-62100-808-8.
  123. ^ Брюссоу Х., Канчайя С., Хардт В.Д. (сентябрь 2004 г.). «Фаги и эволюция бактериальных патогенов: от геномных перестроек до лизогенной конверсии». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 68 (3): 560–602, содержание. Дои:10.1128 / MMBR.68.3.560-602.2004. ЧВК  515249. PMID  15353570.
  124. ^ Бикл Т.А., Крюгер Д.Х. (июнь 1993 г.). «Биология рестрикции ДНК». Микробиологические обзоры. 57 (2): 434–50. Дои:10.1128 / MMBR.57.2.434-450.1993. ЧВК  372918. PMID  8336674.
  125. ^ Баррангу Р., Фремо С., Дево Х., Ричардс М., Боявал П., Муано С., Ромеро Д. А., Хорват П. (март 2007 г.). «CRISPR обеспечивает приобретенную устойчивость к вирусам у прокариот». Наука. 315 (5819): 1709–12. Bibcode:2007Научный ... 315.1709B. Дои:10.1126 / science.1138140. HDL:20.500.11794/38902. PMID  17379808. S2CID  3888761.
  126. ^ Браунс С.Дж., Джор М.М., Лундгрен М., Вестра Э.Р., Слайкхейс Р.Дж., Снидерс А.П., Дикман М.Дж., Макарова К.С., Кунин Е.В., ван дер Ост Дж. (Август 2008 г.) «Малые РНК CRISPR направляют противовирусную защиту прокариот». Наука. 321 (5891): 960–64. Bibcode:2008Sci ... 321..960B. Дои:10.1126 / science.1159689. ЧВК  5898235. PMID  18703739.
  127. ^ Мичод Р.Э., Бернштейн Х., Недельку А.М. (май 2008 г.). «Адаптивное значение секса у микробных возбудителей» (PDF). Инфекция, генетика и эволюция. 8 (3): 267–85. Дои:10.1016 / j.meegid.2008.01.002. PMID  18295550. В архиве (PDF) с оригинала от 30 декабря 2016 г.
  128. ^ Гастингс П.Дж., Розенберг С.М., Slack A (сентябрь 2004 г.). «Антибиотик-индуцированный боковой перенос устойчивости к антибиотикам». Тенденции в микробиологии. 12 (9): 401–14. Дои:10.1016 / j.tim.2004.07.003. PMID  15337159.
  129. ^ Дэвисон Дж (сентябрь 1999 г.). «Генетический обмен между бактериями в окружающей среде». Плазмида. 42 (2): 73–91. Дои:10.1006 / Plas.1999.1421. PMID  10489325.
  130. ^ а б c Барди С.Л., Нью-Йорк С.Ю., Джаррелл К.Ф. (февраль 2003 г.). «Прокариотические двигательные структуры». Микробиология. 149 (Чт 2): 295–304. Дои:10.1099 / мик.0.25948-0. PMID  12624192.
  131. ^ Macnab RM (декабрь 1999 г.). «Жгутик бактерий: обратимый роторный пропеллер и экспортный аппарат типа III». Журнал бактериологии. 181 (23): 7149–53. Дои:10.1128 / JB.181.23.7149-7153.1999. ЧВК  103673. PMID  10572114.
  132. ^ Ву М., Робертс Дж. У., Ким С., Кох Д. Л., Делиса МП (июль 2006 г.). «Коллективная бактериальная динамика обнаружена с помощью метода отслеживания расфокусированных частиц в трехмерном масштабе популяции». Прикладная и экологическая микробиология. 72 (7): 4987–94. Дои:10.1128 / AEM.00158-06. ЧВК  1489374. PMID  16820497.
  133. ^ Мэттик, Джон S (2002). «Пили типа IV и подергивание моторики». Ежегодный обзор микробиологии. 56: 289–314. Дои:10.1146 / annurev.micro.56.012302.160938. PMID  12142488.
  134. ^ Merz AJ, So M, Sheetz MP (сентябрь 2000 г.). «Втягивание пилуса усиливает моторику подергивания бактерий». Природа. 407 (6800): 98–102. Bibcode:2000Натура 407 ... 98М. Дои:10.1038/35024105. PMID  10993081. S2CID  4425775.
  135. ^ Люкс Р., Ши В. (июль 2004 г.). «Движения бактерий, управляемые хемотаксисом». Критические обзоры по оральной биологии и медицине. 15 (4): 207–20. Дои:10.1177/154411130401500404. PMID  15284186.
  136. ^ Schweinitzer T, Josenhans C (июль 2010 г.). «Бактериальное энергетическое такси: глобальная стратегия?». Архив микробиологии. 192 (7): 507–20. Дои:10.1007 / s00203-010-0575-7. ЧВК  2886117. PMID  20411245.
  137. ^ Франкель РБ, Базилински Д.А., Джонсон М.С., Тейлор Б.Л. (август 1997 г.). «Магнитоаэротаксис у морских кокковидных бактерий». Биофизический журнал. 73 (2): 994–1000. Bibcode:1997BpJ .... 73..994F. Дои:10.1016 / S0006-3495 (97) 78132-3. ЧВК  1180996. PMID  9251816.
  138. ^ Нан Б., Зусман Д.Р. (2011). «Раскрытие тайны скользящей подвижности миксобактерий». Ежегодный обзор генетики. 45: 21–39. Дои:10.1146 / annurev-genet-110410-132547. ЧВК  3397683. PMID  21910630.
  139. ^ Гольдберг МБ (декабрь 2001 г.). «Актиновая подвижность внутриклеточных микробных патогенов». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 65 (4): 595–626, содержание. Дои:10.1128 / MMBR.65.4.595-626.2001. ЧВК  99042. PMID  11729265.
  140. ^ Дузенбери, Дэвид Б. (1996). Жизнь в малом масштабе. Научная американская библиотека. ISBN  0-7167-5060-0.
  141. ^ а б Шапиро Я.А. (1998). «Думая о бактериальных популяциях как о многоклеточных организмах» (PDF). Ежегодный обзор микробиологии. 52: 81–104. Дои:10.1146 / annurev.micro.52.1.81. PMID  9891794. Архивировано из оригинал (PDF) 17 июля 2011 г.
  142. ^ а б Костертон Дж. В., Левандовски З., Колдуэлл Д. Е., Корбер Д. Р., Лаппин-Скотт Н. М. (1995). «Микробные биопленки». Ежегодный обзор микробиологии. 49: 711–45. Дои:10.1146 / annurev.mi.49.100195.003431. PMID  8561477.
  143. ^ Миллер Д.П., Ламонт Р.Дж. (2019). «Сигнальные системы в оральных бактериях». Достижения экспериментальной медицины и биологии. 1197: 27–43. Дои:10.1007/978-3-030-28524-1_3. ISBN  978-3-030-28523-4. PMID  31732932.
  144. ^ Абисадо Р., Беномар С., Клаус Дж. Р., Дандекар А. А., Чандлер Дж. Р. (май 2018 г.). «Зондирование бактериального кворума и взаимодействие микробного сообщества». мБио. 9 (3). Дои:10,1128 / мБио.02331-17. ЧВК  5964356. PMID  29789364.
  145. ^ Миллер МБ, Басслер Б.Л. (2001). «Чувство кворума в бактериях». Ежегодный обзор микробиологии. 55: 165–99. Дои:10.1146 / annurev.micro.55.1.165. PMID  11544353. S2CID  1099089.
  146. ^ Чжу, Циюнь; Май, Уйен; Пфайффер, Уэйн; Янссен, Стефан; Асникар, Франческо; Сандерс, Джон Дж .; Бельда-Ферре, Педро; Аль-Галит, Габриэль А .; Копылова Евгения; Макдональд, Дэниел; Kosciolek, Tomasz; Инь, Джон Б .; Хуанг, Ши; Салам, Нимайчанд; Цзяо, Цзянь-Ю; У, Цзыцзюнь; Xu, Zhenjiang Z .; Кантрелл, Кален; Ян, Имен; Сайяри, Эрфан; Раби, Марьям; Мортон, Джеймс Т .; Поделл, Шейла; Рыцари, Дэн; Ли, Вэнь-Цзюнь; Хаттенхауэр, Кертис; Сегата, Никола; Смарр, Ларри; Мирараб, Сиаваш; Рыцарь, Роб (2019). «Филогеномика 10 575 геномов показывает эволюционную близость между доменами Бактерии и Археи». Nature Communications. 10 (1): 5477. Bibcode:2019НатКо..10.5477Z. Дои:10.1038 / s41467-019-13443-4. ЧВК  6889312. PMID  31792218.
  147. ^ Баучер Ю., Дуади С.Дж., Папке Р.Т., Уолш Д.А., Будро М.Э., Несбо К.Л., Дело Р.Дж., Дулиттл В.Ф. (2003). «Боковой перенос генов и происхождение прокариотических групп». Ежегодный обзор генетики. 37: 283–328. Дои:10.1146 / annurev.genet.37.050503.084247. PMID  14616063.
  148. ^ Olsen GJ, Woese CR, Overbeek R (январь 1994 г.). «Ветры (эволюционных) изменений: вдохновение новой жизни в микробиологию». Журнал бактериологии. 176 (1): 1–6. Дои:10.2172/205047. ЧВК  205007. PMID  8282683.
  149. ^ «ИЖСЭМ Хоум». Ijs.sgmjournals.org. 28 октября 2011 г. В архиве из оригинала 19 октября 2011 г.. Получено 4 ноября 2011.
  150. ^ "Ручное управление Берджи". Bergeys.org. В архиве из оригинала 7 ноября 2011 г.. Получено 4 ноября 2011.
  151. ^ Хедлунд Б.П., Додсворт Дж. А., Стейли Дж. Т. (июнь 2015 г.). «Меняющийся ландшафт исследования микробного биоразнообразия и его значение для систематики». Систематическая и прикладная микробиология. 38 (4): 231–6. Дои:10.1016 / j.syapm.2015.03.003. PMID  25921438.
  152. ^ Гупта Р.С. (2000). «Естественные эволюционные отношения между прокариотами». Критические обзоры в микробиологии. 26 (2): 111–31. CiteSeerX  10.1.1.496.1356. Дои:10.1080/10408410091154219. PMID  10890353. S2CID  30541897.
  153. ^ Раппе MS, Джованнони SJ (2003). «Культурное микробное большинство». Ежегодный обзор микробиологии. 57: 369–94. Дои:10.1146 / annurev.micro.57.030502.090759. PMID  14527284. S2CID  10781051.
  154. ^ Дулиттл РФ (июнь 2005 г.). «Эволюционные аспекты полногеномной биологии». Текущее мнение в структурной биологии. 15 (3): 248–53. Дои:10.1016 / j.sbi.2005.04.001. PMID  15963888.
  155. ^ Кавалер-Смит Т. (январь 2002 г.). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 52 (Чт 1): 7–76. Дои:10.1099/00207713-52-1-7. PMID  11837318.
  156. ^ Поммервиль, с. 15−31
  157. ^ Woods GL, Walker DH (июль 1996 г.). «Обнаружение инфекции или инфекционных агентов с использованием цитологических и гистологических красителей». Обзоры клинической микробиологии. 9 (3): 382–404. Дои:10.1128 / CMR.9.3.382. ЧВК  172900. PMID  8809467.
  158. ^ Тан С., Орси Р., Ло Х, Ге С., Чжан Г., Бейкер Р. К., Стивенсон А., Видманн М. (2019). «Оценка и сравнение методов молекулярного субтипирования и характеристики сальмонелл». Границы микробиологии. 10: 1591. Дои:10.3389 / fmicb.2019.01591. ЧВК  6639432. PMID  31354679.
  159. ^ Вайнштейн депутат (март 1994 г.). «Клиническое значение посевов крови». Клиники лабораторной медицины. 14 (1): 9–16. Дои:10.1016 / S0272-2712 (18) 30390-1. PMID  8181237.
  160. ^ Райли Л.В. (ноябрь 2018 г.). «Лабораторные методы молекулярной эпидемиологии: бактериальные инфекции». Микробиологический спектр. 6 (6). Дои:10.1128 / microbiolspec.AME-0004-2018. PMID  30387415.
  161. ^ Луи М., Луи Л., Симор А.Е. (август 2000 г.). «Роль технологии амплификации ДНК в диагностике инфекционных заболеваний». CMAJ. 163 (3): 301–09. Дои:10.1016 / с 1381-1169 (00) 00220-х. ЧВК  80298. PMID  10951731. В архиве из оригинала 14 июня 2006 г.
  162. ^ Оливер Дж. Д. (февраль 2005 г.). «Жизнеспособное, но некультивируемое состояние бактерий». Журнал микробиологии. 43 Спецификация №: 93–100. PMID  15765062. Архивировано из оригинал 28 сентября 2007 г.
  163. ^ Euzéby JP (8 декабря 2011 г.). «Количество опубликованных имен». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре. Архивировано из оригинал 19 января 2012 г.. Получено 10 декабря 2011.
  164. ^ Кертис Т.П., Слоан В.Т., Сканнелл Дж. В. (август 2002 г.). «Оценка прокариотического разнообразия и его ограничений». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 99 (16): 10494–99. Bibcode:2002PNAS ... 9910494C. Дои:10.1073 / pnas.142680199. ЧВК  124953. PMID  12097644.
  165. ^ Schloss PD, Handelsman J (декабрь 2004 г.). «Статус микробной переписи». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 68 (4): 686–91. Дои:10.1128 / MMBR.68.4.686-691.2004. ЧВК  539005. PMID  15590780.
  166. ^ Фишер Б., Харви Р.П., Champe PC (2007). «Глава 33». Иллюстрированные обзоры Липпинкотта: микробиология (серия иллюстрированных обзоров Липпинкотта). Хагерствон, доктор медицины: Липпинкотт Уильямс и Уилкинс. С. 367–92. ISBN  978-0-7817-8215-9.
  167. ^ Callewaert C, Lambert J, Van de Wiele T (май 2017 г.). «На пути к бактериальному лечению неприятного запаха под мышками». Экспериментальная дерматология. 26 (5): 388–391. Дои:10.1111 / exd.13259. PMID  27892611.
  168. ^ Мартин МО (сентябрь 2002 г.). «Хищные прокариоты: новые возможности для исследования». Журнал молекулярной микробиологии и биотехнологии. 4 (5): 467–77. PMID  12432957.
  169. ^ Велисер Г.Дж., Стредвик К.Л. (август 2002 г.). «Экспериментальная социальная эволюция с Myxococcus xanthus». Антони ван Левенгук. 81 (1–4): 155–64. Дои:10.1023 / А: 1020546130033. PMID  12448714. S2CID  20018104.
  170. ^ Громов Б.В. (1972). "Исследование паразитизма бактерий Bdellovibrio Chorellavorus с помощью электронного микроскопа на клетках зеленой водоросли Chorella Vulgaris". Цитология. 14 (2): 256–60.
  171. ^ Герреро Р., Педрос-Алио С., Эстев И., Мас Дж., Чейз Д., Маргулис Л. (апрель 1986 г.). «Хищные прокариоты: хищничество и первичное потребление развились в бактериях». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 83 (7): 2138–42. Bibcode:1986PNAS ... 83.2138G. Дои:10.1073 / pnas.83.7.2138. ЧВК  323246. PMID  11542073.
  172. ^ Velicer GJ, Mendes-Soares H (январь 2009 г.). «Бактериальные хищники». Текущая биология. 19 (2): R55–56. Дои:10.1016 / j.cub.2008.10.043. PMID  19174136. S2CID  5432036.
  173. ^ Stams AJ, de Bok FA, Plugge CM, van Eekert MH, Dolfing J, Schraa G (март 2006 г.). «Экзоклеточный перенос электронов в анаэробных микробных сообществах». Экологическая микробиология. 8 (3): 371–82. Дои:10.1111 / j.1462-2920.2006.00989.x. PMID  16478444.
  174. ^ Zinser ER (август 2018). «Перекрестная защита от перекиси водорода с помощью микробов-помощников: воздействие на цианобактерии Prochlorococcus и других бенефициаров в морских сообществах». Отчеты по микробиологии окружающей среды. 10 (4): 399–411. Дои:10.1111/1758-2229.12625. PMID  29411546.
  175. ^ Бареа Дж. М., Посо М. Дж., Азкон Р., Азкон-Агилар К. (июль 2005 г.). «Сотрудничество микробов в ризосфере». Журнал экспериментальной ботаники. 56 (417): 1761–78. Дои:10.1093 / jxb / eri197. PMID  15911555.
  176. ^ О'Хара AM, Шанахан Ф (июль 2006 г.). «Кишечная флора как забытый орган». EMBO отчеты. 7 (7): 688–93. Дои:10.1038 / sj.embor.7400731. ЧВК  1500832. PMID  16819463.
  177. ^ Zoetendal EG, Vaughan EE, de Vos WM (март 2006 г.). «Микробный мир внутри нас». Молекулярная микробиология. 59 (6): 1639–50. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2006.05056.x. PMID  16553872. S2CID  37602619.
  178. ^ Горбач С.Л. (Февраль 1990 г.). «Молочнокислые бактерии и здоровье человека». Анналы медицины. 22 (1): 37–41. Дои:10.3109/07853899009147239. PMID  2109988.
  179. ^ Salminen SJ, Gueimonde M, Isolauri E (май 2005 г.). «Пробиотики, снижающие риск заболевания». Журнал питания. 135 (5): 1294–98. Дои:10.1093 / jn / 135.5.1294. PMID  15867327.
  180. ^ Шварц С., Энне В.И., ван Дуйкерен Э. (октябрь 2016 г.). «40 лет ветеринарных документов в JAC - что мы узнали?». Журнал антимикробной химиотерапии. 71 (10): 2681–90. Дои:10.1093 / jac / dkw363. PMID  27660260.
  181. ^ Fish DN (февраль 2002 г.). «Оптимальная антимикробная терапия сепсиса». Американский журнал фармации системы здравоохранения. 59 Дополнение 1: S13–19. Дои:10.1093 / ajhp / 59.suppl_1.S13. PMID  11885408.
  182. ^ Белланд Р.Дж., Уэллетт С.П., Гифферс Дж., Бирн Г.И. (февраль 2004 г.). «Chlamydia pneumoniae и атеросклероз». Клеточная микробиология. 6 (2): 117–27. Дои:10.1046 / j.1462-5822.2003.00352.x. PMID  14706098. S2CID  45218449.
  183. ^ Heise ER (февраль 1982 г.). «Заболевания, связанные с иммуносупрессией». Перспективы гигиены окружающей среды. 43: 9–19. Дои:10.2307/3429162. JSTOR  3429162. ЧВК  1568899. PMID  7037390.
  184. ^ Сайман Л. (2004). «Микробиология ранних заболеваний легких при МВ». Педиатрические респираторные обзоры. 5 Дополнение A: S367–69. Дои:10.1016 / S1526-0542 (04) 90065-6. PMID  14980298.
  185. ^ Йонат А, Башан А (2004). «Кристаллография рибосом: инициация, образование пептидной связи и полимеризация аминокислот затрудняются антибиотиками». Ежегодный обзор микробиологии. 58: 233–51. Дои:10.1146 / annurev.micro.58.030603.123822. PMID  15487937.
  186. ^ Хачатурян Г.Г. (ноябрь 1998 г.). «Использование антибиотиков в сельском хозяйстве и эволюция и передача устойчивых к антибиотикам бактерий». CMAJ. 159 (9): 1129–36. ЧВК  1229782. PMID  9835883.
  187. ^ Куо Дж (октябрь 2017 г.). «Процессы дезинфекции». Исследования водной среды. 89 (10): 1206–1244. Дои:10.2175 / 106143017X15023776270278. PMID  28954657.
  188. ^ Джонсон МЭ, Люси Дж. А. (апрель 2006 г.). «Основные технологические достижения и тенденции в области сыра». Журнал молочной науки. 89 (4): 1174–78. Дои:10.3168 / jds.S0022-0302 (06) 72186-5. PMID  16537950.
  189. ^ Хагедорн С., Капхаммер Б. (1994). «Микробный биокатализ в производстве ароматизаторов и ароматизаторов». Ежегодный обзор микробиологии. 48: 773–800. Дои:10.1146 / annurev.mi.48.100194.004013. PMID  7826026.
  190. ^ Коэн Y (декабрь 2002 г.). «Биоремедиация нефти морскими микробными матами». Международная микробиология. 5 (4): 189–93. Дои:10.1007 / s10123-002-0089-5. PMID  12497184. S2CID  26039323.
  191. ^ Невес Л.С., Миямура Т.Т., Мораес Д.А., Пенна Т.С., Конверти А (2006). «Методы биофильтрации для удаления фенольных остатков». Прикладная биохимия и биотехнология. 129–132 (1–3): 130–52. Дои:10.1385 / ABAB: 129: 1: 130. PMID  16915636. S2CID  189905816.
  192. ^ Лизе А., Филхо М.В. (декабрь 1999 г.). «Производство тонкой химии с использованием биокатализа». Текущее мнение в области биотехнологии. 10 (6): 595–603. Дои:10.1016 / S0958-1669 (99) 00040-3. PMID  10600695.
  193. ^ Аронсон А.И., Шай Й. (февраль 2001 г.). «Почему инсектицидные токсины Bacillus thuringiensis так эффективны: уникальные особенности механизма их действия». Письма о микробиологии FEMS. 195 (1): 1–8. Дои:10.1111 / j.1574-6968.2001.tb10489.x. PMID  11166987.
  194. ^ Божик А. (июль 2006 г.). «Восприимчивость взрослых особей Coccinella septempunctata (Coleoptera: Coccinellidae) к инсектицидам с различными механизмами действия». Наука о борьбе с вредителями. 62 (7): 651–54. Дои:10.1002 / л.с. 1221. PMID  16649191.
  195. ^ Чаттопадхьяй А., Бхатнагар Н.Б., Бхатнагар Р. (2004). «Бактериальные инсектицидные токсины». Критические обзоры в микробиологии. 30 (1): 33–54. Дои:10.1080/10408410490270712. PMID  15116762. S2CID  1580984.
  196. ^ Серрес М.Х., Гопал С., Нахум Л.А., Лян П., Гаастерленд Т., Райли М. (2001). «Функциональное обновление генома Escherichia coli K-12». Геномная биология. 2 (9): ИССЛЕДОВАНИЕ0035. Дои:10.1186 / gb-2001-2-9-research0035. ЧВК  56896. PMID  11574054.
  197. ^ Алмаас Э., Ковач Б., Вичек Т., Олтвай З.Н., Барабаши А.Л. (февраль 2004 г.). «Глобальная организация метаболических потоков у бактерии Escherichia coli». Природа. 427 (6977): 839–43. arXiv:q-bio / 0403001. Bibcode:2004Натура.427..839А. Дои:10.1038 / природа02289. PMID  14985762. S2CID  715721.
  198. ^ Рид JL, Vo TD, Schilling CH, Palsson BO (2003). «Расширенная модель в масштабе генома Escherichia coli K-12 (iJR904 GSM / GPR)». Геномная биология. 4 (9): R54. Дои:10.1186 / gb-2003-4-9-r54. ЧВК  193654. PMID  12952533.
  199. ^ Уолш Г. (апрель 2005 г.). «Лечебные инсулины и их серийное производство». Прикладная микробиология и биотехнология. 67 (2): 151–59. Дои:10.1007 / s00253-004-1809-х. PMID  15580495. S2CID  5986035.
  200. ^ Грауманн К., Премсталлер А. (февраль 2006 г.). «Производство рекомбинантных терапевтических белков в микробных системах». Биотехнологический журнал. 1 (2): 164–86. Дои:10.1002 / biot.200500051. PMID  16892246. S2CID  24702839.
  201. ^ Рабш В., Хельм Р.А., Эйзенштарк А. (февраль 2004 г.). «Разнообразие типов фагов среди архивных культур Демерецкой коллекции штаммов серовара Salmonella enterica Typhimurium». Прикладная и экологическая микробиология. 70 (2): 664–9. Дои:10.1128 / aem.70.2.664-669.2004. ЧВК  348941. PMID  14766539.
  202. ^ Портер-младший (июнь 1976 г.). «Энтони ван Левенгук: трехсотлетие открытия бактерий». Бактериологические обзоры. 40 (2): 260–69. Дои:10.1128 / ммбр.40.2.260-269.1976. ЧВК  413956. PMID  786250.
  203. ^ ван Левенгук А (1684). "Отрывок из письма мистера Энтони Леввенгука из Делфта от 17 сентября 1683 г., содержащего некоторые микроскопические наблюдения, о животных в зубном налете, о червях в носу, о кутикуле, состоящей из чешуек. ". Философские труды. 14 (155–166): 568–74. Bibcode:1684РСПТ ... 14..568Л. Дои:10.1098 / рстл.1684.0030.
  204. ^ ван Левенгук А (1700 г.). "Часть письма г-на Энтони ван Левенгука о червях в печени овец, о комарах и животных в экскрементах лягушек". Философские труды. 22 (260–276): 509–18. Bibcode:1700РСПТ ... 22..509В. Дои:10.1098 / рстл.1700.0013.
  205. ^ ван Левенгук А (1702 г.). «Часть письма г-на Энтони ван Левенгука, F.R.S. о зеленых сорняках, растущих в воде, и некоторых животных, обнаруженных вокруг них». Философские труды. 23 (277–288): 1304–11. Bibcode:1702РСПТ ... 23,1304В. Дои:10.1098 / рстл.1702.0042. S2CID  186209549.
  206. ^ Азимов I (1982). Биографическая энциклопедия науки и технологий Азимова (2-е изд.). Гарден-Сити, Нью-Йорк: Даблдей и компания. п.143.
  207. ^ Поммервиль стр.7
  208. ^ Эренберг К.Г. (1828 г.). Symbolae Physioe. Animalia evertebrata. Берлин: Decas prima.
  209. ^ Порода RS, Conn HJ (май 1936 г.). "Статус родового термина Bacterium Ehrenberg 1828". Журнал бактериологии. 31 (5): 517–18. Дои:10.1128 / jb.31.5.517-518.1936. ЧВК  543738. PMID  16559906.
  210. ^ Эренберг К.Г. (1835 г.). Dritter Beitrag zur Erkenntniss grosser Organization in der Richtung des kleinsten Raumes [Третий вклад в познание большой организации в направлении наименьшего пространства] (на немецком). Берлин: Physikalische Abhandlungen der Koeniglichen Akademie der Wissenschaften. С. 143–336.
  211. ^ «Статьи Пастера по теории зародыша». Сайт юридического центра LSU в области медицины и общественного здравоохранения, Исторические статьи о здравоохранении. В архиве из оригинала 18 декабря 2006 г.. Получено 23 ноября 2006.
  212. ^ "Нобелевская премия по физиологии и медицине 1905 г.". Nobelprize.org. В архиве из оригинала 10 декабря 2006 г.. Получено 22 ноября 2006.
  213. ^ О'Брайен SJ, Goedert JJ (октябрь 1996 г.). «ВИЧ вызывает СПИД: постулаты Коха выполнены». Текущее мнение в иммунологии. 8 (5): 613–18. Дои:10.1016 / S0952-7915 (96) 80075-6. PMID  8902385.
  214. ^ Чунг К. «Фердинанд Юлиус Кон (1828–1898): пионер бактериологии» (PDF). Департамент микробиологии и молекулярных клеточных наук, Университет Мемфиса. В архиве (PDF) из оригинала 27 июля 2011 г.
  215. ^ Дрюс, Герхарт (1999). «Фердинанд Кон, основоположник современной микробиологии» (PDF). Новости ASM. 65 (8): 547–52. Архивировано из оригинал (PDF) 13 июля 2017 г.
  216. ^ Терстон AJ (декабрь 2000 г.). «О крови, воспалении и огнестрельных ранениях: история борьбы с сепсисом». Австралийский и новозеландский журнал хирургии. 70 (12): 855–61. Дои:10.1046 / j.1440-1622.2000.01983.x. PMID  11167573.
  217. ^ Шварц RS (март 2004 г.). «Волшебные пули Пауля Эрлиха». Медицинский журнал Новой Англии. 350 (11): 1079–80. Дои:10.1056 / NEJMp048021. PMID  15014180.
  218. ^ «Биография Пауля Эрлиха». Nobelprize.org. В архиве из оригинала 28 ноября 2006 г.. Получено 26 ноября 2006.

Библиография

  • Поммервиль JC (2014). Основы микробиологии (10-е изд.). Бостон: Джонс и Бартлетт. ISBN  978-1-284-03968-9.

внешняя ссылка