Планктобактерии - Planctobacteria

Группа ПВХ
Хламидии TrachomatisEinschlusskörperchen.jpg
Хламидия трахоматис
Научная классификация
(временный)
Домен:
Бактерии
(без рейтинга):
Gracilicutes
Суперфилум:
Группа ПВХ
Phyla

Хламидии
Киритиматиллаеота
Lentisphaerae
Планктомицеты
Веррукомикробия
"Ca. Абиссубактерии "
"Ca. Ауреабактерии "
"Ca. Омнитрофика "

Синонимы

Планктобактерии Кавалер-Смит, 1987[1]

В Группа ПВХ это суперфильм из бактерии назван в честь трех его важных членов, Планктомицеты, Веррукомикробия, и Хламидии.[2] Кавалье-Смит предположил, что бактерии ПВХ, вероятно, потеряли или уменьшили свою пептидогликан клеточная стенка дважды.[3] Было высказано предположение, что член клады PVC мог быть клеткой-хозяином в эндосимбиотическое событие которые дали начало первым прото-эукариотический клетка.[4][5]

Кавалер-Смит вызывает ту же группу Планктобактерии и считает это филюм. Однако этого не придерживается более широкое научное сообщество.[6] В бактериальной мегаклассификации Кавалье-Смита он находится внутри бактериального Gracilicutes инфра-царство и включает в себя филы Хламидии, Lentisphaerae, Планктомицеты, Веррукомикробия.[3][7]

ПВХ суперфилум[8][9][2][10]
ПВХ
 

Ауреабактерии

 
 
 
 

Планктомицеты

 
 

Омнитрофика

 
 
 
 

Хламидии

 
 
 

Киритиматиллаеота

 
 
 

Lentisphaerae

 
 

Веррукомикробия

 
 
 
 
 
 

Молекулярные подписи

Планктомицеты, Веррукомикробия, и Хламидии в традиционный взгляд на молекулярную филогению считаются типами, а также объединяются в так называемые группы ПВХ суперфилум, вместе с тип кандидата Омнитрофика[11] (ранее OP3) и Poribacteria.[12] Важный молекулярный маркер в виде консервативный сигнатурный белок было обнаружено, что они постоянно разделяются членами PVC, за исключением Порибактерии. Консервативный сигнатурный белок может быть маркером, который представляет собой синапоморфный качество и средство для выделения этой группы бактерий. Недавние исследования охарактеризовали этот белок, и было приписано, что он играет важную домашнюю функцию в связывании ДНК / РНК.[13] Это наблюдение не только предоставляет средства для разграничения супрофилума PVC, но и решительно поддерживает эволюционные отношения, разделяемые этой кладой, которая отличается от других бактерий.[14][15]

Сохраненные индели подписи (CSI) также были обнаружены специфическими для Планктомицеты, Веррукомикробия, и Хламидии которые отличают каждый соответствующий тип друг от друга и от других бактерий.[14][16] Вставка из трех аминокислот в белке РНК-полимеразы RpoB было обнаружено, что общее для всех секвенированных Verrucomicrobia, Chlamydiae и Lentisphaerae разновидность. CSI отсутствует у соседних Planctomycetes и Poribacteria, что указывает на общее происхождение среди групп, для которых характерен CSI.[14]

Были найдены дополнительные доказательства существования этой клады.[17][18] К ним относятся наличие белков, похожих на мембранную оболочку, тубулин, синтез стеролов и наличие конденсированной ДНК.

Примечания

Рекомендации

  1. ^ Кавальер-Смит, Т. (1987). «Происхождение клеток эукариотов и архебактерий». Летопись Нью-Йоркской академии наук. 503: 17–54. Дои:10.1111 / j.1749-6632.1987.tb40596.x. PMID  3113314.
  2. ^ а б Вагнер, М .; Хорн, М. (2006). «Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и сестринские типы составляют супертип, имеющий биотехнологическое и медицинское значение». Текущее мнение в области биотехнологии. 17 (3): 241–249. Дои:10.1016 / j.copbio.2006.05.005. PMID  16704931.
  3. ^ а б Кавальер-Смит, Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 52 (Чт 1): 7–76. Дои:10.1099/00207713-52-1-7. PMID  11837318.
  4. ^ Фортер, Патрик (январь 2011 г.). «Новая гипотеза слияния для происхождения Eukarya: лучше, чем предыдущие, но, вероятно, также неверна». Исследования в области микробиологии. 162 (1): 77–91. Дои:10.1016 / j.resmic.2010.10.005. PMID  21034817.
  5. ^ Баум, Дэвид А; Баум, Базз (28 октября 2014 г.). «Вывернутое наизнанку происхождение эукариотической клетки». BMC Биология. 12 (1): 76. Дои:10.1186 / s12915-014-0076-2. ЧВК  4210606. PMID  25350791.
  6. ^ Krieg, N.R .; Ludwig, W .; Whitman, W.B .; Hedlund, B.P .; Пастер, Б.Дж .; Staley, J.T .; Ward, N .; Brown, D .; Партэ А. (24 ноября 2010 г.) [1984 (Уильямс и Уилкинс)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae и Planctomycetes. Руководство Берджи по систематической бактериологии. 4 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 908. ISBN  978-0-387-95042-6. Британская библиотека № GBA561951.
  7. ^ Кавалер-Смит Т. (2006). «Укоренение древа жизни посредством анализа переходов». Биол. Прямой. 1 (1): 19. Дои:10.1186/1745-6150-1-19. ЧВК  1586193. PMID  16834776.
  8. ^ Рапп, М. С .; Джованнони, С. Дж. (2003). «Культурное микробное большинство». Ежегодный обзор микробиологии. 57: 369–394. Дои:10.1146 / annurev.micro.57.030502.090759. PMID  14527284.
  9. ^ Woese, C. R. (1987). «Бактериальная эволюция». Микробиологические обзоры. 51 (2): 221–271. Дои:10.1128 / MMBR.51.2.221-271.1987. ЧВК  373105. PMID  2439888.
  10. ^ Стефан Спринг, Бойк Банк, Катрин Шпёр, Питер Шуман, Манфред Роде, Брайан Дж. Тиндалл и Ханс-Петер Кленк, (2016). Характеристика первого культивированного представителя Verrucomicrobia подразделения 5 указывает на предложение нового типа.. Природа.
  11. ^ «Таксономия - Candidatus Omnitrophica (PHYLUM)». UniProt.
  12. ^ Вагнер, М .; Хорн, М. (2006). «Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и сестринские типы составляют супертип, имеющий биотехнологическое и медицинское значение». Текущее мнение в области биотехнологии. 17 (3): 241–249. Дои:10.1016 / j.copbio.2006.05.005. PMID  16704931.
  13. ^ Lagkouvardos I, Jehl MA, Rattei T, Horn M (2014). «Сигнатурный белок супертипа ПВХ». Appl Environ Microbiol. 80 (2): 440–445. Дои:10.1128 / AEM.02655-13. ЧВК  3911108. PMID  24185849.
  14. ^ а б c Гупта Р.С., Бхандари В., Наушад Х.С. (2012). «Молекулярные сигнатуры для клады PVC (Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и Lentisphaerae) бактерий дают представление об их эволюционных взаимоотношениях». Передний микробиол. 3: 327. Дои:10.3389 / fmicb.2012.00327. ЧВК  3444138. PMID  23060863.
  15. ^ Гупта Р.С. (2016). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микробов: важность взглядов Дарвина на классификацию». FEMS Microbiol Rev. 40 (4): 520–53. Дои:10.1093 / femsre / fuw011. PMID  27279642.
  16. ^ Гупта Р.С., Наушад С., Чокши С., Гриффитс Е., Адеолу М. (2015). «Анализ филума Chlamydiae на основе филогеномных и молекулярных маркеров: предложение разделить класс Chlamydiia на два порядка, Chlamydiales и Parachlamydiales ord. Nov., И исправленное описание класса Chlamydiia». Антони ван Левенгук. 108 (3): 765–781. Дои:10.1007 / s10482-015-0532-1. PMID  26179278.
  17. ^ Вагнер М, Хорн М (2006). «Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и сестринские типы составляют супертип, имеющий биотехнологическое и медицинское значение». Curr. Мнение. Биотехнология. 17 (3): 241–9. Дои:10.1016 / j.copbio.2006.05.005. PMID  16704931.
  18. ^ Камнева О.К., Либерлес Д.А., Уорд Н.Л. (2010). «Влияние Indel-замен на весь геном на эволюцию бактерий супертипа ПВХ, выявленное с помощью нового вычислительного метода». Геном Биол Эвол. 2: 870–86. Дои:10.1093 / gbe / evq071. ЧВК  3000692. PMID  21048002.